More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0210 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_0210  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 274 aa  561  1.0000000000000001e-159  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.85611 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1537  transcriptional regulator, AraC family  61.16 
 
 		 282 aa  260  1e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.164062  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5694  AraC family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 319 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.730665  normal  0.260224 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4632  AraC family transcriptional regulator  46.11 
 
 		 316 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.569454  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1111  transcriptional regulator, AraC family  42.94 
 
 		 312 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4513  transcriptional regulator, AraC family  51.72 
 
 		 133 aa  122  8e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4645  transcriptional regulator, AraC family  53.85 
 
 		 112 aa  120  3e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0412729 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0134  AraC family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 322 aa  110  3e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  35.15 
 
 		 318 aa  109  6e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1549  transcriptional regulator, AraC family  49.53 
 
 		 316 aa  108  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0143415  hitchhiker  0.00302933 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2401  transcriptional regulator, AraC family  42.31 
 
 		 202 aa  99  7e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3869  AraC family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 304 aa  97.8  2e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1268  transcriptional regulator, AraC family  43.43 
 
 		 300 aa  96.7  3e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  42.31 
 
 		 331 aa  96.3  4e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29260  putative transcriptional regulator  33.73 
 
 		 297 aa  96.7  4e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5912  AraC family transcriptional regulator  42.45 
 
 		 281 aa  95.1  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3971  putative transcriptional regulator  31.74 
 
 		 272 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0810  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 306 aa  92  8e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  30.81 
 
 		 294 aa  91.7  1e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4587  AraC family transcriptional regulator  39.09 
 
 		 291 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213128  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  35.71 
 
 		 309 aa  90.9  2e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0517  helix-turn-helix domain-containing protein  39.17 
 
 		 180 aa  90.9  2e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.970363 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 316 aa  90.1  3e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2463  transcriptional regulator, AraC family  44.12 
 
 		 162 aa  90.1  3e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.400735  normal  0.926275 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0180  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 223 aa  90.1  4e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1980  AraC family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 293 aa  88.6  1e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.949603 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3170  transcriptional regulator, AraC family  41 
 
 		 332 aa  88.6  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.777646  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0932  AraC family transcriptional regulator  38.53 
 
 		 291 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6513  transcriptional regulator, AraC family  39.13 
 
 		 306 aa  87  3e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0859  AraC family transcriptional regulator  40.57 
 
 		 291 aa  86.3  5e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775109  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1472  AraC family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 292 aa  86.3  5e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.327977  normal  0.780269 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4464  helix-turn-helix domain-containing protein  38.53 
 
 		 291 aa  85.9  6e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1041  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  37.61 
 
 		 291 aa  85.9  7e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4605  AraC family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 291 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2469  AraC family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 361 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1458  AraC family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 301 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1524  transcriptional regulator, AraC family  40.19 
 
 		 301 aa  84.7  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.753144  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7037  AraC family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 301 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.283867  normal  0.289972 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0168  AraC/XylS family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 287 aa  85.1  0.000000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000293268  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6370  AraC family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 301 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1279  helix-turn-helix domain-containing protein  37.96 
 
 		 306 aa  84  0.000000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.665979 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6717  transcriptional regulator, AraC family  30.95 
 
 		 296 aa  84  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121518  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5475  transcriptional regulator, AraC family  40.38 
 
 		 305 aa  84  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.59164  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1732  transcriptional regulator, AraC family  40.91 
 
 		 288 aa  84.3  0.000000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0803469 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1754  transcriptional regulator, AraC family  33.63 
 
 		 308 aa  83.6  0.000000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2669  AraC family transcriptional regulator  37.27 
 
 		 188 aa  83.6  0.000000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.588575  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3583  transcriptional regulator AraC family  30.5 
 
 		 293 aa  83.2  0.000000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3232  transcriptional regulator, AraC family  34.62 
 
 		 296 aa  83.2  0.000000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0599312  hitchhiker  0.0000105754 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0085  transcriptional regulator, AraC family  30.49 
 
 		 296 aa  83.2  0.000000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0195711 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6041  transcriptional regulator, AraC family  34.36 
 
 		 303 aa  82.8  0.000000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2634  AraC family transcriptional regulator  23.67 
 
 		 204 aa  82.8  0.000000000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 299 aa  82.4  0.000000000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3238  AraC family transcriptional regulator  37.27 
 
 		 290 aa  81.3  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.996927 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1213  transcriptional regulator, AraC family  37.74 
 
 		 291 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1225  AraC family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 249 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.615855  normal  0.0441463 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1250  AraC family transcriptional regulator  39 
 
 		 263 aa  81.6  0.00000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001016  transcriptional regulator AraC/XylS family  33.33 
 
 		 270 aa  81.6  0.00000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0540486  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0624  AraC family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 299 aa  81.6  0.00000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1853  transcriptional regulator, AraC family  30.61 
 
 		 294 aa  80.9  0.00000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.801816 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1960  AraC family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 143 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5342  AraC family transcriptional regulator  49.43 
 
 		 276 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.975436  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0082  transcriptional regulator, AraC family  39.81 
 
 		 292 aa  81.3  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.628575  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5108  AraC family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 316 aa  80.5  0.00000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.310256  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07095  hypothetical protein  32.35 
 
 		 270 aa  80.1  0.00000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7634  transcriptional regulator AraC family  40.78 
 
 		 304 aa  80.1  0.00000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.63081  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2413  transcriptional regulator, AraC family  39.6 
 
 		 322 aa  79.7  0.00000000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5000  AraC family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 305 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3129  AraC family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 299 aa  79.7  0.00000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5860  AraC family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 305 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.499461  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2981  AraC family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 305 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3475  helix-turn-helix domain-containing protein  33.11 
 
 		 292 aa  79.7  0.00000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4732  helix-turn-helix domain-containing protein  35.71 
 
 		 293 aa  79.3  0.00000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0052536 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0937  transcriptional regulator, AraC family  32.35 
 
 		 291 aa  79.3  0.00000000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.440102  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0971  AraC family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 136 aa  79.3  0.00000000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000205729  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2736  AraC family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 154 aa  79.3  0.00000000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.66637 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3218  AraC family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 678 aa  79.3  0.00000000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000051538  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1284  AraC family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 168 aa  79  0.00000000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1528  AraC family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 284 aa  79  0.00000000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5827  AraC family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 302 aa  79.3  0.00000000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5610  AraC family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 302 aa  79  0.00000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00190409  normal  0.169642 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0525  two component AraC family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 522 aa  79  0.00000000000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3335  AraC family transcriptional regulator  39.45 
 
 		 150 aa  79  0.00000000000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.602589  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3397  AraC family transcriptional regulator  39.45 
 
 		 150 aa  79  0.00000000000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.287817 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3346  AraC family transcriptional regulator  39.45 
 
 		 150 aa  79  0.00000000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.143712  normal  0.196941 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2274  AraC family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 307 aa  78.6  0.00000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.348217  normal  0.470943 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3628  transcriptional regulator, AraC family  40.23 
 
 		 156 aa  79  0.00000000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6285  transcriptional regulator, AraC family  34.48 
 
 		 287 aa  78.6  0.00000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.671161  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4258  AraC family transcriptional regulator  36.94 
 
 		 327 aa  79  0.00000000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4318  AraC family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 305 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00219342 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3244  AraC family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 301 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.432164 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3417  AraC family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 299 aa  78.6  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138414  normal  0.441033 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4223  transcriptional regulator, AraC family  37.31 
 
 		 299 aa  78.2  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3482  AraC family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 299 aa  78.2  0.0000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.675068  normal  0.589184 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4111  transcriptional regulator, AraC family  37.31 
 
 		 299 aa  78.2  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.596036  normal  0.240547 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0681  AraC family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 306 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2387  AraC family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 209 aa  78.2  0.0000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0159935  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0091  AraC family transcriptional regulator  41.05 
 
 		 278 aa  77.8  0.0000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1980  RC149  36.11 
 
 		 308 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.421398  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3740  helix-turn-helix domain-containing protein  33.63 
 
 		 301 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.436963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0588  AraC family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 308 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>