More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3327 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3327  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 279 aa  555  1e-157  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.414693  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5342  AraC family transcriptional regulator  63.2 
 
 		 276 aa  339  4e-92  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.975436  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21720  AraC family transcriptional regulator  61.68 
 
 		 284 aa  322  6e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1852  putative transcriptional regulator  60.95 
 
 		 284 aa  319  3e-86  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.687343  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1895  AraC family transcriptional regulator  59.54 
 
 		 277 aa  302  4.0000000000000003e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1989  AraC family transcriptional regulator  59.16 
 
 		 277 aa  299  3e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.753386  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2383  AraC family transcriptional regulator  59.46 
 
 		 281 aa  296  2e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.499508  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3312  AraC family transcriptional regulator  59.46 
 
 		 281 aa  296  2e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.403912 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1049  AraC family transcriptional regulator  45.35 
 
 		 276 aa  219  3e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000110999  normal  0.626735 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2935  transcriptional regulator, AraC family  44.94 
 
 		 276 aa  218  1e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000000465121  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0805  AraC family transcriptional regulator  45.93 
 
 		 275 aa  209  4e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000161693  normal  0.19096 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0091  AraC family transcriptional regulator  44.73 
 
 		 278 aa  202  7e-51  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001441  L-rhamnose operon transcriptional activator RhaR  41.04 
 
 		 275 aa  195  7e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3138  AraC family transcriptional regulator  40.15 
 
 		 279 aa  194  1e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.606385 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2887  transcriptional regulator, AraC family  44.92 
 
 		 264 aa  193  2e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.700128 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06279  hypothetical protein  40.3 
 
 		 275 aa  192  5e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0977  AraC family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 300 aa  192  7e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000786642  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1357  transcriptional regulator, AraC family  39.56 
 
 		 277 aa  191  1e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.193095  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0973  AraC family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 300 aa  191  2e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000577914  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2206  AraC family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 303 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000287978  normal  0.709471 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0236  AraC/XylS family transcriptional regulator  40.37 
 
 		 277 aa  189  5e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2527  AraC family transcriptional regulator  37.82 
 
 		 278 aa  189  5e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2442  AraC family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 278 aa  188  7e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.314191 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2594  AraC family transcriptional regulator  37.82 
 
 		 278 aa  187  1e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2693  AraC family transcriptional regulator  37.82 
 
 		 278 aa  188  1e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1460  AraC family transcriptional regulator  37.82 
 
 		 278 aa  186  4e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1762  AraC/XylS family transcriptional regulator  37.09 
 
 		 278 aa  185  7e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1562  AraC family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 278 aa  185  7e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1599  AraC family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 278 aa  185  7e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000366861  normal  0.399443 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3801  transcriptional regulator, AraC family  38.35 
 
 		 278 aa  184  9e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2855  AraC family substrate binding transcriptional regulator  37.45 
 
 		 280 aa  183  2.0000000000000003e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.222069  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1568  AraC family transcriptional regulator  37.09 
 
 		 278 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1056  AraC family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 306 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000221071  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0618  AraC family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 306 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0105124  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1097  AraC family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 306 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000000022105  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2781  transcriptional regulator, AraC family  36.36 
 
 		 271 aa  179  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.109963 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2537  AraC family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 312 aa  178  9e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0918  transcriptional regulator, AraC family  40.96 
 
 		 283 aa  177  1e-43  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.473523  normal  0.595819 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4210  AraC family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 299 aa  175  9e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000259018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1187  transcriptional regulator, AraC-family  35.71 
 
 		 278 aa  172  5.999999999999999e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3613  transcriptional regulator, AraC family  38.35 
 
 		 278 aa  172  6.999999999999999e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.522508  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0806  transcriptional regulator, AraC family  39.86 
 
 		 355 aa  165  6.9999999999999995e-40  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.311156 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2300  AraC family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 274 aa  164  2.0000000000000002e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.457981  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1477  transcriptional regulator, AraC family  37.36 
 
 		 278 aa  158  8e-38  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000537918  unclonable  0.00000296813 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1047  transcriptional regulator, AraC family  35.77 
 
 		 273 aa  158  9e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.859066 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2573  AraC/XylS family transcriptional regulator  38.34 
 
 		 270 aa  155  9e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1393  transcriptional regulator, AraC family  34.03 
 
 		 277 aa  154  1e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00346  AraC family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 279 aa  153  2.9999999999999998e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002090  transcriptional regulator AraC/XylS family  33.95 
 
 		 265 aa  152  5.9999999999999996e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0382  AraC family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 274 aa  152  7e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0731  AraC family transcriptional regulator  36.1 
 
 		 285 aa  152  8e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0743378  normal  0.147127 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0954  AraC family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 290 aa  151  1e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.809333  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1383  AraC family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 290 aa  151  1e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.108127  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1793  AraC family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 432 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1878  AraC family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 432 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0305888  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0424  AraC family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 432 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0220  AraC family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 432 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.15358  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0342  transcriptional regulatory protein  35.38 
 
 		 432 aa  147  3e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.606755  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1791  transcriptional regulator, AraC family  35.9 
 
 		 277 aa  146  3e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2317  AraC family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 284 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0577  AraC family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 313 aa  144  2e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3646  AraC family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 275 aa  143  2e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6120  transcriptional regulator, AraC family  37.69 
 
 		 284 aa  142  6e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2540  AraC family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 275 aa  142  7e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7070  transcriptional regulator AraC family  30.38 
 
 		 283 aa  141  9.999999999999999e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1509  transcriptional regulator AraC family  31.27 
 
 		 284 aa  140  3e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2348  AraC family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 277 aa  138  1e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6117  transcriptional regulator, AraC family  34.16 
 
 		 297 aa  136  3.0000000000000003e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.939175  normal  0.0684426 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26330  AraC family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 278 aa  133  3e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.643276  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6122  AraC family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 280 aa  132  5e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0193396  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2430  AraC family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 276 aa  132  9e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3265  AraC family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 276 aa  132  9e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.60832  normal  0.647045 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2237  putative transcriptional regulator  34.08 
 
 		 278 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2811  transcriptional regulator, AraC family  35.83 
 
 		 303 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2388  AraC family transcriptional regulator  35.61 
 
 		 278 aa  130  3e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.262251  unclonable  0.0000340178 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05420  putative transcriptional regulator  37.37 
 
 		 264 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3402  AraC protein, arabinose-binding/dimerisation  35.36 
 
 		 281 aa  128  9.000000000000001e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05505  putative transcription regulator protein  31.5 
 
 		 270 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5781  AraC family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 267 aa  128  1.0000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00273852 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0766  AraC/XylS family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 273 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0279  AraC family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 282 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.431722  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1801  AraC family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 278 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1460  AraC family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 282 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2795  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 275 aa  127  3e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0688  transcriptional regulator, AraC family  32.04 
 
 		 280 aa  127  3e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2585  AraC family transcription regulator  32.3 
 
 		 284 aa  127  3e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.429451  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1657  AraC family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 284 aa  127  3e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.441347  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0312  AraC family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 284 aa  127  3e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00105398  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0479  AraC family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 279 aa  127  3e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00109362 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2552  transcriptional regulator, AraC family  34.25 
 
 		 288 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.974489  normal  0.68822 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0886  AraC family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 316 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2453  AraC family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 279 aa  126  4.0000000000000003e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  unclonable  0.00000000000537916  normal  0.591211 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0516  putative transcriptional regulator  36.88 
 
 		 264 aa  126  5e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5582  transcriptional regulator, AraC family  33.72 
 
 		 272 aa  125  6e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2449  AraC family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 284 aa  125  7e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1463  AraC family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 279 aa  125  9e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2075  AraC family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 278 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0576  AraC family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 284 aa  124  2e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3689  AraC family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 280 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0698  AraC family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 280 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>