More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_5610 on replicon NC_010557
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010557  BamMC406_5610  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 302 aa  616  1e-175  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00190409  normal  0.169642 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5827  AraC family transcriptional regulator  98.01 
 
 		 302 aa  603  9.999999999999999e-173  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1480  AraC family transcriptional regulator  73.53 
 
 		 306 aa  461  1e-129  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.237942  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6349  AraC family transcriptional regulator  73.53 
 
 		 306 aa  461  1e-129  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0502154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7015  AraC family transcriptional regulator  73.53 
 
 		 306 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0570551 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5716  AraC family transcriptional regulator  55.26 
 
 		 304 aa  333  2e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2379  AraC family transcriptional regulator  50.68 
 
 		 304 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0538221  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6135  transcriptional regulator, AraC family  47.57 
 
 		 305 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0589  AraC family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 300 aa  239  4e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0682  AraC family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 300 aa  238  8e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1981  AraC family transcriptional regulator  44.18 
 
 		 384 aa  238  1e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.382238  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3975  helix-turn-helix domain-containing protein  41.86 
 
 		 302 aa  223  3e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1279  helix-turn-helix domain-containing protein  43.4 
 
 		 306 aa  219  5e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.665979 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  36.84 
 
 		 318 aa  152  8.999999999999999e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7037  AraC family transcriptional regulator  37.26 
 
 		 301 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.283867  normal  0.289972 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1458  AraC family transcriptional regulator  37.26 
 
 		 301 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6370  AraC family transcriptional regulator  37.26 
 
 		 301 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5475  transcriptional regulator, AraC family  36.33 
 
 		 305 aa  143  4e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.59164  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0624  AraC family transcriptional regulator  43.26 
 
 		 299 aa  138  1e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1524  transcriptional regulator, AraC family  34.11 
 
 		 301 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.753144  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3971  putative transcriptional regulator  43.75 
 
 		 272 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29260  putative transcriptional regulator  43.75 
 
 		 297 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1980  RC149  38.73 
 
 		 308 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.421398  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0588  AraC family transcriptional regulator  38.73 
 
 		 308 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3976  helix-turn-helix domain-containing protein  35.55 
 
 		 336 aa  127  3e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0681  AraC family transcriptional regulator  38.73 
 
 		 306 aa  126  5e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2883  AraC family transcriptional regulator  32 
 
 		 307 aa  110  3e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.858803 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1268  transcriptional regulator, AraC family  36.59 
 
 		 300 aa  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2973  AraC family transcriptional regulator  42.73 
 
 		 127 aa  101  1e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.947385  normal  0.597443 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1857  helix-turn-helix domain-containing protein  40.91 
 
 		 126 aa  100  4e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0222434 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2401  transcriptional regulator, AraC family  52.53 
 
 		 202 aa  99.4  7e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0810  AraC family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 306 aa  96.3  5e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3977  helix-turn-helix domain-containing protein  27.86 
 
 		 301 aa  96.7  5e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0134  AraC family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 322 aa  96.3  6e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1960  AraC family transcriptional regulator  41.9 
 
 		 143 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0180  AraC family transcriptional regulator  45.56 
 
 		 223 aa  93.6  4e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5244  AraC family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 134 aa  92.4  9e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.592893  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5154  helix-turn-helix domain-containing protein  39.29 
 
 		 120 aa  92  1e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 299 aa  91.3  2e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0228  AraC family transcriptional regulator  40.19 
 
 		 123 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.654381 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5827  helix-turn-helix domain-containing protein  29.2 
 
 		 316 aa  91.3  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.112164  normal  0.283627 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3415  AraC family transcriptional regulator  55.95 
 
 		 266 aa  89.4  7e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0085  transcriptional regulator, AraC family  27.95 
 
 		 296 aa  88.2  1e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0195711 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0007  AraC family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 272 aa  88.2  2e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3689  AraC family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 303 aa  87.8  2e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2693  AraC family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 278 aa  87.4  2e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5694  AraC family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 319 aa  87  3e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.730665  normal  0.260224 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2527  AraC family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 278 aa  87.4  3e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2594  AraC family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 278 aa  87  3e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3063  helix-turn-helix domain-containing protein  50.59 
 
 		 306 aa  87.4  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.13528 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2537  AraC family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 312 aa  86.3  5e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3520  helix-turn-helix domain-containing protein  39.05 
 
 		 322 aa  86.7  5e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5342  AraC family transcriptional regulator  44.9 
 
 		 276 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.975436  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  32.64 
 
 		 294 aa  84.3  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5999  AraC family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 179 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3089  helix-turn-helix domain-containing protein  28.12 
 
 		 297 aa  84.3  0.000000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.830597 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3327  AraC family transcriptional regulator  44.34 
 
 		 279 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.414693  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2830  helix-turn-helix domain-containing protein  42.53 
 
 		 291 aa  84  0.000000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3418  AraC family transcriptional regulator  49.4 
 
 		 97 aa  83.6  0.000000000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0082  transcriptional regulator, AraC family  32.18 
 
 		 292 aa  83.2  0.000000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.628575  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4319  transcriptional regulator, AraC family  40.18 
 
 		 259 aa  83.2  0.000000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.15706 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0091  AraC family transcriptional regulator  38.79 
 
 		 278 aa  83.2  0.000000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4324  transcriptional regulator, AraC family  33.72 
 
 		 305 aa  83.2  0.000000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0282215 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4209  transcriptional regulator, AraC family  40.18 
 
 		 275 aa  83.2  0.000000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0776695  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4214  transcriptional regulator, AraC family  33.72 
 
 		 305 aa  83.2  0.000000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21720  AraC family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 284 aa  82.8  0.000000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4632  AraC family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 316 aa  82.4  0.000000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.569454  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3066  AraC family transcriptional regulator  45.36 
 
 		 275 aa  82.4  0.000000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.324544  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1754  transcriptional regulator, AraC family  41.35 
 
 		 308 aa  81.6  0.00000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2046  AraC family transcriptional regulator  38.53 
 
 		 291 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0173792  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0583  AraC family transcriptional regulator  33.13 
 
 		 312 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.98908  normal  0.54842 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1909  AraC family transcriptional regulator  38.53 
 
 		 315 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.190572  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0867  AraC family transcriptional regulator  38.53 
 
 		 315 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000394258  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2701  AraC family transcriptional regulator  38.53 
 
 		 315 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.137316  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3203  AraC family transcriptional regulator  38.53 
 
 		 315 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.10279  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  23.65 
 
 		 309 aa  81.3  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3164  AraC family transcriptional regulator  38.53 
 
 		 332 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0245945  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3869  AraC family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 304 aa  80.5  0.00000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3218  AraC family transcriptional regulator  38.53 
 
 		 678 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000051538  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1852  putative transcriptional regulator  40.62 
 
 		 284 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.687343  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0536  AraC family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 304 aa  80.1  0.00000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  28.75 
 
 		 331 aa  80.1  0.00000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3475  helix-turn-helix domain-containing protein  30.92 
 
 		 292 aa  79.7  0.00000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3138  AraC family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 279 aa  79.7  0.00000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.606385 
 
 
-
 
NC_003296  RS05505  putative transcription regulator protein  30.61 
 
 		 270 aa  79.3  0.00000000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0210  AraC family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 274 aa  79.3  0.00000000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.85611 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1405  AraC family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 251 aa  79  0.00000000000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000697123  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2463  transcriptional regulator, AraC family  36.89 
 
 		 162 aa  79  0.00000000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.400735  normal  0.926275 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3231  transcriptional regulator, AraC family  34.02 
 
 		 250 aa  78.2  0.0000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3329  hypothetical protein  39.36 
 
 		 298 aa  78.6  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.289343  normal  0.60626 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1895  AraC family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 277 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6513  transcriptional regulator, AraC family  37.74 
 
 		 306 aa  78.2  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1047  transcriptional regulator, AraC family  44 
 
 		 273 aa  77.4  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.859066 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001441  L-rhamnose operon transcriptional activator RhaR  30.9 
 
 		 275 aa  77.8  0.0000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1365  AraC family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 353 aa  78.2  0.0000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.122979  normal  0.036458 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2781  transcriptional regulator, AraC family  32.53 
 
 		 271 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.109963 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2950  transcriptional regulator, AraC family  40.74 
 
 		 268 aa  78.2  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0105763  normal  0.912836 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1568  AraC family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 278 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5108  AraC family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 316 aa  77.4  0.0000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.310256  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2719  AraC family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 276 aa  77.4  0.0000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.894112  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>