More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5827 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5827  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 316 aa  639    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.112164  normal  0.283627 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2907  transcriptional regulator, AraC family  29.77 
 
 		 289 aa  112  7.000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0560618  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  32.6 
 
 		 318 aa  109  8.000000000000001e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0624  AraC family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 299 aa  108  1e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0536  AraC family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 304 aa  103  3e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1111  transcriptional regulator, AraC family  30.88 
 
 		 312 aa  103  5e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6513  transcriptional regulator, AraC family  31.92 
 
 		 306 aa  102  7e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3869  AraC family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 304 aa  100  3e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2932  transcriptional regulator, AraC family  30.29 
 
 		 293 aa  99  8e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7037  AraC family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 301 aa  99.4  8e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.283867  normal  0.289972 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1458  AraC family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 301 aa  99  8e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6370  AraC family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 301 aa  99  8e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  25.64 
 
 		 309 aa  99  1e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6617  transcriptional regulator, AraC family  32.03 
 
 		 287 aa  97.8  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.131937 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6041  transcriptional regulator, AraC family  27.76 
 
 		 303 aa  97.1  3e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1732  transcriptional regulator, AraC family  27.78 
 
 		 288 aa  96.7  4e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0803469 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2413  transcriptional regulator, AraC family  28.7 
 
 		 322 aa  96.7  4e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3318  AraC family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 287 aa  96.7  5e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.877504 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1196  transcriptional regulator, AraC family  28.5 
 
 		 287 aa  96.7  5e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0716  AraC family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 296 aa  96.7  5e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00193737 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3174  helix-turn-helix domain-containing protein  28.5 
 
 		 287 aa  96.7  5e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3175  helix-turn-helix domain-containing protein  28.5 
 
 		 287 aa  96.7  5e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2507  transcriptional regulator, AraC family  30.47 
 
 		 291 aa  95.9  8e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0134  AraC family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 322 aa  95.1  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7015  AraC family transcriptional regulator  31 
 
 		 306 aa  94.4  2e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0570551 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1480  AraC family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 306 aa  93.6  4e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.237942  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6349  AraC family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 306 aa  93.6  4e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0502154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4172  AraC family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 295 aa  93.2  5e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0833223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1980  AraC family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 293 aa  92.8  6e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.949603 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 299 aa  92.4  9e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3975  helix-turn-helix domain-containing protein  30.05 
 
 		 302 aa  91.7  1e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5610  AraC family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 302 aa  91.3  2e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00190409  normal  0.169642 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3475  helix-turn-helix domain-containing protein  38.69 
 
 		 292 aa  91.3  2e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1881  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 305 aa  90.5  3e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.831794  normal  0.0117859 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5827  AraC family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 302 aa  89.7  5e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4214  transcriptional regulator, AraC family  33.18 
 
 		 305 aa  89.7  6e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4324  transcriptional regulator, AraC family  33.18 
 
 		 305 aa  89.7  6e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0282215 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4587  AraC family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 291 aa  89.4  8e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213128  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0859  AraC family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 291 aa  89  9e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775109  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5475  transcriptional regulator, AraC family  29.78 
 
 		 305 aa  89  9e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.59164  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1524  transcriptional regulator, AraC family  31.82 
 
 		 301 aa  88.2  2e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.753144  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1041  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  29.61 
 
 		 291 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6068  AraC family transcriptional regulator  41.74 
 
 		 287 aa  87.4  3e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1318  AraC family transcriptional regulator  24.1 
 
 		 294 aa  87  3e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.761239  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3971  putative transcriptional regulator  40 
 
 		 272 aa  87  4e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0798  AraC family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 311 aa  86.7  4e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2274  AraC family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 307 aa  87  4e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.348217  normal  0.470943 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1543  transcriptional regulator, AraC family  28.68 
 
 		 300 aa  87  4e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1213  transcriptional regulator, AraC family  28.7 
 
 		 291 aa  86.7  5e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  33.66 
 
 		 331 aa  86.3  6e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1279  helix-turn-helix domain-containing protein  31.43 
 
 		 306 aa  86.3  6e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.665979 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0345  AraC family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 311 aa  86.3  6e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29260  putative transcriptional regulator  40 
 
 		 297 aa  86.3  6e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0829  AraC family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 311 aa  86.3  6e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0210284  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2093  AraC family transcriptional regulator  26.75 
 
 		 287 aa  86.3  7e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.369123  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3921  AraC family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 311 aa  85.9  9e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.892105 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1207  putative transcriptional regulator  28.9 
 
 		 293 aa  85.9  9e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2326  transcriptional regulator, AraC family  30.65 
 
 		 295 aa  85.5  0.000000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0937352 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0810  AraC family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 306 aa  85.1  0.000000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2379  AraC family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 304 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0538221  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4632  AraC family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 316 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.569454  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  36.54 
 
 		 294 aa  83.6  0.000000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6717  transcriptional regulator, AraC family  40.38 
 
 		 296 aa  83.6  0.000000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121518  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4464  helix-turn-helix domain-containing protein  27.63 
 
 		 291 aa  82.8  0.000000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4605  AraC family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 291 aa  82.8  0.000000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1472  AraC family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 292 aa  82.8  0.000000000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.327977  normal  0.780269 
 
 
-
 
NC_003296  RS05428  transcription regulator protein  31.8 
 
 		 324 aa  82.8  0.000000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0758  AraC family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 299 aa  82.8  0.000000000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0932  AraC family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 291 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2883  AraC family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 307 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.858803 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0085  transcriptional regulator, AraC family  23.33 
 
 		 296 aa  82  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0195711 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2934  helix-turn-helix domain-containing protein  26.15 
 
 		 310 aa  82  0.00000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0219137  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2058  transcriptional regulator, AraC family  30.3 
 
 		 286 aa  81.3  0.00000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0583  AraC family transcriptional regulator  26.27 
 
 		 312 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.98908  normal  0.54842 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5694  AraC family transcriptional regulator  25.22 
 
 		 319 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.730665  normal  0.260224 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13470  AraC family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 293 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0899227  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4229  transcriptional regulator, AraC family  32.39 
 
 		 278 aa  80.9  0.00000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3583  transcriptional regulator AraC family  40.38 
 
 		 293 aa  80.9  0.00000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1268  transcriptional regulator, AraC family  36.69 
 
 		 300 aa  80.5  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2337  AraC family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 289 aa  80.1  0.00000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000580503  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1405  AraC family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 251 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000697123  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0125  transcriptional regulator, AraC family  28.31 
 
 		 300 aa  79.3  0.00000000000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1909  AraC family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 315 aa  79.3  0.00000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.190572  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0867  AraC family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 315 aa  79.3  0.00000000000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000394258  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2701  AraC family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 315 aa  79.3  0.00000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.137316  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6955  transcriptional regulator, AraC family  30.3 
 
 		 346 aa  79  0.00000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.737934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3740  helix-turn-helix domain-containing protein  27.27 
 
 		 301 aa  79  0.00000000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.436963  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2046  AraC family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 291 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0173792  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5716  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 304 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3203  AraC family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 315 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.10279  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1472  transcriptional regulator, AraC family  29.57 
 
 		 269 aa  79  0.0000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.462639  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6135  transcriptional regulator, AraC family  26.39 
 
 		 305 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3164  AraC family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 332 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0245945  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4074  AraC family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 290 aa  78.6  0.0000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.63505 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3327  AraC family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 279 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.414693  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3089  helix-turn-helix domain-containing protein  25.69 
 
 		 297 aa  77.8  0.0000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.830597 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1477  transcriptional regulator, AraC family  41.24 
 
 		 278 aa  77.4  0.0000000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000537918  unclonable  0.00000296813 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1365  AraC family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 353 aa  77.4  0.0000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.122979  normal  0.036458 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0276  helix-turn-helix domain-containing protein  37.62 
 
 		 291 aa  77.4  0.0000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5108  AraC family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 316 aa  77.4  0.0000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.310256  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>