More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4587 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_4587  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 291 aa  591  1e-168  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213128  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4605  AraC family transcriptional regulator  95.5 
 
 		 291 aa  561  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4464  helix-turn-helix domain-containing protein  95.5 
 
 		 291 aa  562  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0859  AraC family transcriptional regulator  88.93 
 
 		 291 aa  537  1e-151  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775109  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1041  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  74.74 
 
 		 291 aa  443  1e-123  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1213  transcriptional regulator, AraC family  73.01 
 
 		 291 aa  434  1e-121  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0932  AraC family transcriptional regulator  71.63 
 
 		 291 aa  427  1e-118  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3238  AraC family transcriptional regulator  71.03 
 
 		 290 aa  422  1e-117  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.996927 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1207  putative transcriptional regulator  53.63 
 
 		 293 aa  291  7e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13470  AraC family transcriptional regulator  52.94 
 
 		 293 aa  289  3e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0899227  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5332  AraC family transcriptional regulator  51.23 
 
 		 301 aa  271  8.000000000000001e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5804  AraC family transcriptional regulator  47.24 
 
 		 305 aa  258  8e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4258  AraC family transcriptional regulator  48.19 
 
 		 327 aa  246  3e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0798  AraC family transcriptional regulator  46.69 
 
 		 311 aa  242  7e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0345  AraC family transcriptional regulator  47.31 
 
 		 311 aa  241  9e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0829  AraC family transcriptional regulator  47.31 
 
 		 311 aa  241  9e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0210284  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3921  AraC family transcriptional regulator  47.31 
 
 		 311 aa  241  1e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.892105 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2046  AraC family transcriptional regulator  46.59 
 
 		 291 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0173792  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2701  AraC family transcriptional regulator  46.59 
 
 		 315 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.137316  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4214  transcriptional regulator, AraC family  43.93 
 
 		 305 aa  233  2.0000000000000002e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4324  transcriptional regulator, AraC family  43.93 
 
 		 305 aa  233  2.0000000000000002e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0282215 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1909  AraC family transcriptional regulator  46.59 
 
 		 315 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.190572  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0867  AraC family transcriptional regulator  46.59 
 
 		 315 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000394258  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3203  AraC family transcriptional regulator  46.24 
 
 		 315 aa  231  7.000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.10279  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3164  AraC family transcriptional regulator  46.24 
 
 		 332 aa  232  7.000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0245945  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05428  transcription regulator protein  42.96 
 
 		 324 aa  231  1e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6955  transcriptional regulator, AraC family  44.4 
 
 		 346 aa  227  1e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.737934  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3218  AraC family transcriptional regulator  46.57 
 
 		 678 aa  226  3e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000051538  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1732  transcriptional regulator, AraC family  44.65 
 
 		 288 aa  226  5.0000000000000005e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0803469 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0536  AraC family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 304 aa  223  2e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0725  AraC family transcriptional regulator  45.88 
 
 		 311 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.576949 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0708  AraC family transcriptional regulator  45.88 
 
 		 311 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2555  AraC family transcriptional regulator  45.88 
 
 		 311 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6513  transcriptional regulator, AraC family  43.87 
 
 		 306 aa  220  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1405  AraC family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 251 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000697123  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2907  transcriptional regulator, AraC family  39.55 
 
 		 289 aa  206  5e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0560618  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1980  AraC family transcriptional regulator  37.82 
 
 		 293 aa  206  5e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.949603 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2337  AraC family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 289 aa  196  3e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000580503  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6617  transcriptional regulator, AraC family  40.14 
 
 		 287 aa  195  9e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.131937 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5208  AraC family transcriptional regulator  41.39 
 
 		 314 aa  192  5e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.360222  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2507  transcriptional regulator, AraC family  36.18 
 
 		 291 aa  191  1e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2413  transcriptional regulator, AraC family  37.28 
 
 		 322 aa  191  1e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2932  transcriptional regulator, AraC family  37.89 
 
 		 293 aa  187  1e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1881  transcriptional regulator, AraC family  37.54 
 
 		 305 aa  184  1.0000000000000001e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.831794  normal  0.0117859 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3174  helix-turn-helix domain-containing protein  36.33 
 
 		 287 aa  175  9e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1196  transcriptional regulator, AraC family  36.33 
 
 		 287 aa  175  9e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3175  helix-turn-helix domain-containing protein  36.33 
 
 		 287 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3318  AraC family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 287 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.877504 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2934  helix-turn-helix domain-containing protein  37.12 
 
 		 310 aa  169  7e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0219137  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2093  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 287 aa  155  1e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.369123  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4318  AraC family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 305 aa  123  3e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00219342 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5000  AraC family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 305 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5860  AraC family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 305 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.499461  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2981  AraC family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 305 aa  115  6e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3244  AraC family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 301 aa  114  3e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.432164 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3996  helix-turn-helix domain-containing protein  32.56 
 
 		 289 aa  113  4.0000000000000004e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5093  AraC family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 301 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.467029 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1673  AraC family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 314 aa  109  5e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.310754 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5245  AraC family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 312 aa  109  6e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1472  AraC family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 292 aa  107  2e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.327977  normal  0.780269 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4978  transcriptional regulator, AraC family  36.11 
 
 		 318 aa  107  3e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.327567  normal  0.11746 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  30.09 
 
 		 309 aa  101  1e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0624  AraC family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 299 aa  100  2e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2634  AraC family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 204 aa  97.4  2e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1458  AraC family transcriptional regulator  44.04 
 
 		 301 aa  96.3  5e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6370  AraC family transcriptional regulator  44.04 
 
 		 301 aa  96.3  5e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6198  transcriptional regulator, AraC family  32.86 
 
 		 285 aa  96.3  6e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7037  AraC family transcriptional regulator  44.04 
 
 		 301 aa  95.9  6e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.283867  normal  0.289972 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6041  transcriptional regulator, AraC family  36.21 
 
 		 303 aa  95.5  8e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1318  AraC family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 294 aa  95.5  9e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.761239  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0716  AraC family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 296 aa  94  3e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00193737 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2326  transcriptional regulator, AraC family  45.28 
 
 		 295 aa  93.2  4e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0937352 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1268  transcriptional regulator, AraC family  30 
 
 		 300 aa  93.2  4e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0517  helix-turn-helix domain-containing protein  41.67 
 
 		 180 aa  92.8  5e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.970363 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21720  AraC family transcriptional regulator  49.07 
 
 		 284 aa  93.2  5e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1111  transcriptional regulator, AraC family  40.56 
 
 		 312 aa  92.8  6e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4732  helix-turn-helix domain-containing protein  43.52 
 
 		 293 aa  92.4  7e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0052536 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1543  transcriptional regulator, AraC family  35.44 
 
 		 300 aa  92.4  8e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  40.14 
 
 		 318 aa  92.4  9e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3327  AraC family transcriptional regulator  50 
 
 		 279 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.414693  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05505  putative transcription regulator protein  32.4 
 
 		 270 aa  90.9  2e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1989  AraC family transcriptional regulator  50.53 
 
 		 277 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.753386  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0210  AraC family transcriptional regulator  39.09 
 
 		 274 aa  90.9  2e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.85611 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4229  transcriptional regulator, AraC family  30.22 
 
 		 278 aa  91.3  2e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4172  AraC family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 295 aa  90.9  2e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0833223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1852  putative transcriptional regulator  47.22 
 
 		 284 aa  90.1  3e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.687343  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1895  AraC family transcriptional regulator  50.53 
 
 		 277 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6068  AraC family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 287 aa  90.1  4e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4236  AraC family transcriptional regulator  43.27 
 
 		 285 aa  90.1  4e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.457979 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2282  putative transcriptional regulator  27.98 
 
 		 294 aa  90.1  4e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4138  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 311 aa  89.7  5e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2383  AraC family transcriptional regulator  49.47 
 
 		 281 aa  89.4  7e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.499508  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3869  AraC family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 304 aa  89.4  7e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2300  AraC family transcriptional regulator  45.36 
 
 		 274 aa  89.4  7e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.457981  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3312  AraC family transcriptional regulator  49.47 
 
 		 281 aa  89.4  7e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.403912 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5827  helix-turn-helix domain-containing protein  28.19 
 
 		 316 aa  89.4  7e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.112164  normal  0.283627 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2883  AraC family transcriptional regulator  39.72 
 
 		 307 aa  88.2  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.858803 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5694  AraC family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 319 aa  88.2  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.730665  normal  0.260224 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0810  AraC family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 306 aa  88.2  1e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3976  helix-turn-helix domain-containing protein  39.29 
 
 		 336 aa  88.6  1e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>