More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_2634 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_2634  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 204 aa  412  1e-114  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0276  helix-turn-helix domain-containing protein  35.29 
 
 		 291 aa  129  3e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4464  helix-turn-helix domain-containing protein  36.92 
 
 		 291 aa  97.8  9e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4587  AraC family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 291 aa  97.4  1e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213128  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4605  AraC family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 291 aa  97.1  2e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6995  AraC/XylS family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 255 aa  96.3  3e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00467693 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4172  AraC family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 295 aa  94.7  9e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0833223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2090  AraC family transcriptional regulator  39.05 
 
 		 261 aa  93.2  3e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00753492 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0859  AraC family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 291 aa  92  5e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775109  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 316 aa  90.9  1e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0560  AraC family transcriptional regulator  39.05 
 
 		 281 aa  90.1  2e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000376127 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2058  transcriptional regulator, AraC family  34.19 
 
 		 286 aa  89.7  3e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3869  AraC family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 304 aa  88.6  5e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3482  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 299 aa  88.6  5e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.675068  normal  0.589184 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4119  transcriptional regulator, AraC family  39 
 
 		 262 aa  88.2  7e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.840918  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2142  AraC family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 324 aa  88.2  7e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1365  AraC family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 353 aa  87.4  1e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.122979  normal  0.036458 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0168  AraC/XylS family transcriptional regulator  39.42 
 
 		 287 aa  87.8  1e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000293268  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3361  helix-turn-helix domain-containing protein  37.11 
 
 		 160 aa  87.8  1e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  36.46 
 
 		 318 aa  87  2e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6385  transcriptional regulator, AraC family  38.24 
 
 		 256 aa  86.7  2e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00774423 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0071  transcriptional regulator, AraC family  33.09 
 
 		 308 aa  86.3  3e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.462194  normal  0.509071 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2020  transcriptional regulator, AraC family  37.96 
 
 		 143 aa  85.9  4e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.206011  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5694  AraC family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 319 aa  85.5  5e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.730665  normal  0.260224 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4104  transcriptional regulator, AraC family  38 
 
 		 250 aa  85.1  6e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1980  AraC family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 293 aa  85.1  6e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.949603 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6279  AraC family transcriptional regulator  37 
 
 		 338 aa  84.7  7e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.147886  normal  0.656807 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3697  two component AraC family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 517 aa  84.7  8e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000611836  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6285  transcriptional regulator, AraC family  34.75 
 
 		 287 aa  84.7  8e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.671161  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1111  transcriptional regulator, AraC family  31.16 
 
 		 312 aa  84.7  8e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2693  helix-turn-helix domain-containing protein  36.36 
 
 		 261 aa  84.7  8e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.129803  normal  0.168058 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0479  AraC family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 279 aa  84.7  9e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00109362 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4716  transcriptional regulator, AraC family  31.09 
 
 		 341 aa  84  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.777825 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1736  AraC family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 146 aa  84.3  0.000000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.228742  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1783  AraC family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 146 aa  84.3  0.000000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.244044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1715  AraC family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 146 aa  84.3  0.000000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2379  AraC family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 304 aa  83.6  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0538221  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29260  putative transcriptional regulator  26.92 
 
 		 297 aa  83.2  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6355  transcriptional regulator, AraC family  40.2 
 
 		 265 aa  84  0.000000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0247335 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1213  transcriptional regulator, AraC family  35.42 
 
 		 291 aa  83.2  0.000000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1041  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  35.42 
 
 		 291 aa  82.8  0.000000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1537  transcriptional regulator, AraC family  32.35 
 
 		 282 aa  82.8  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.164062  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0810  AraC family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 306 aa  83.2  0.000000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0110  transcriptional regulator, AraC family  39.39 
 
 		 148 aa  82.8  0.000000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4483  AraC-like transcriptional regulator  32.64 
 
 		 336 aa  83.2  0.000000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000135378 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0210  AraC family transcriptional regulator  23.67 
 
 		 274 aa  82.8  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.85611 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2066  AraC family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 338 aa  82.8  0.000000000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.623235  normal  0.45327 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2499  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  34.96 
 
 		 156 aa  83.2  0.000000000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.401459  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 299 aa  82.8  0.000000000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6795  transcriptional regulator, AraC family  32.47 
 
 		 306 aa  82.4  0.000000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.312804  hitchhiker  0.00000309577 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1318  AraC family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 294 aa  82.4  0.000000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.761239  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0009  transcriptional regulator, AraC family  34.26 
 
 		 139 aa  82.4  0.000000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0874  AraC family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 296 aa  81.6  0.000000000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3971  putative transcriptional regulator  26.28 
 
 		 272 aa  81.6  0.000000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2641  transcriptional activator FtrA  32.35 
 
 		 322 aa  82  0.000000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001016  transcriptional regulator AraC/XylS family  27.71 
 
 		 270 aa  82  0.000000000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0540486  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1596  transcriptional regulator, AraC family  37.11 
 
 		 287 aa  82  0.000000000000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6068  AraC family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 287 aa  81.6  0.000000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0134  AraC family transcriptional regulator  33 
 
 		 322 aa  81.6  0.000000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0091  AraC family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 278 aa  81.3  0.000000000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1477  transcriptional regulator, AraC family  36.96 
 
 		 278 aa  81.3  0.000000000000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000537918  unclonable  0.00000296813 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4732  helix-turn-helix domain-containing protein  36.36 
 
 		 293 aa  80.5  0.00000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0052536 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  36.56 
 
 		 513 aa  80.9  0.00000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2229  helix-turn-helix domain-containing protein  35.92 
 
 		 160 aa  80.5  0.00000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0224  response regulator receiver protein  38.38 
 
 		 537 aa  80.5  0.00000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2425  transcriptional regulator, AraC family  36.27 
 
 		 147 aa  81.3  0.00000000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0298532  hitchhiker  0.00178687 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5388  transcriptional regulator, AraC family  30.5 
 
 		 298 aa  80.9  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.769805 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0937  transcriptional regulator, AraC family  20.72 
 
 		 291 aa  81.3  0.00000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.127184  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0102  two component transcriptional regulator, AraC family  34.11 
 
 		 519 aa  80.9  0.00000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  33.09 
 
 		 309 aa  80.9  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1692  transcriptional regulator, AraC family  41.3 
 
 		 144 aa  81.3  0.00000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.623268  normal  0.377935 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5208  transcriptional regulator, AraC family  32.32 
 
 		 324 aa  79.7  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000934033  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  30.15 
 
 		 331 aa  80.5  0.00000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0125  transcriptional regulator, AraC family  29.09 
 
 		 300 aa  80.1  0.00000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3232  transcriptional regulator, AraC family  34.15 
 
 		 296 aa  80.1  0.00000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0599312  hitchhiker  0.0000105754 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6374  transcriptional regulator, AraC family  35.92 
 
 		 255 aa  80.1  0.00000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.169212 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2093  AraC family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 287 aa  79.7  0.00000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.369123  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3417  AraC family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 299 aa  80.1  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138414  normal  0.441033 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0835  AraC family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 306 aa  80.1  0.00000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.283236  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6135  transcriptional regulator, AraC family  39.02 
 
 		 305 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1757  transcriptional regulator, AraC family  38.1 
 
 		 278 aa  80.1  0.00000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000137432  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3787  transcriptional regulator  35.51 
 
 		 321 aa  80.1  0.00000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.113221 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4074  AraC family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 290 aa  80.5  0.00000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.63505 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0804  transcriptional regulator, AraC family  37 
 
 		 145 aa  80.1  0.00000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1163  AraC-type transcriptional regulator domain protein  39.77 
 
 		 300 aa  80.5  0.00000000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000040891  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4632  AraC family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 316 aa  79.7  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.569454  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1614  transcriptional regulator, AraC family  33.67 
 
 		 366 aa  79.7  0.00000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4645  transcriptional regulator, AraC family  33 
 
 		 112 aa  79.3  0.00000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0412729 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1268  transcriptional regulator, AraC family  36.36 
 
 		 300 aa  79.3  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2401  transcriptional regulator, AraC family  27.72 
 
 		 202 aa  79.3  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3042  putative transcriptional regulator, AraC family, isolated domain protein  36.19 
 
 		 141 aa  79.3  0.00000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.319564  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2560  transcriptional regulator, AraC family  35.16 
 
 		 333 aa  79.7  0.00000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2180  helix-turn-helix domain-containing protein  36 
 
 		 281 aa  79.7  0.00000000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.971115  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0085  transcriptional regulator, AraC family  35.71 
 
 		 296 aa  79.7  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0195711 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6338  transcriptional regulator, AraC family  36.54 
 
 		 145 aa  79.3  0.00000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2101  putative DNA-binding protein  31.37 
 
 		 286 aa  79.3  0.00000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.326102  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2441  helix-turn-helix, AraC type  30.3 
 
 		 307 aa  79.3  0.00000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0002572  decreased coverage  0.000290212 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5108  AraC family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 316 aa  79.3  0.00000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.310256  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1385  AraC family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 305 aa  79  0.00000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1435  AraC family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 324 aa  79  0.00000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>