More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1543 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1543  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 300 aa  613  1e-175  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3417  AraC family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 299 aa  202  8e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138414  normal  0.441033 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1365  AraC family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 353 aa  188  1e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.122979  normal  0.036458 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7634  transcriptional regulator AraC family  34.83 
 
 		 304 aa  187  2e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.63081  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1472  AraC family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 292 aa  140  1.9999999999999998e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.327977  normal  0.780269 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0085  transcriptional regulator, AraC family  27.92 
 
 		 296 aa  119  7e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0195711 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6041  transcriptional regulator, AraC family  28.62 
 
 		 303 aa  118  9e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2274  AraC family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 307 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.348217  normal  0.470943 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  28.87 
 
 		 309 aa  113  5e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 299 aa  112  1.0000000000000001e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0082  transcriptional regulator, AraC family  27.86 
 
 		 292 aa  109  5e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.628575  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  27.7 
 
 		 331 aa  104  1e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 316 aa  105  1e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6285  transcriptional regulator, AraC family  32.14 
 
 		 287 aa  102  6e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.671161  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3869  AraC family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 304 aa  99.8  5e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4587  AraC family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 291 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3996  helix-turn-helix domain-containing protein  27.49 
 
 		 289 aa  97.1  4e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4617  transcriptional regulator, AraC family  28.87 
 
 		 296 aa  96.3  6e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.107807 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4464  helix-turn-helix domain-containing protein  30.91 
 
 		 291 aa  95.9  7e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1754  transcriptional regulator, AraC family  35.58 
 
 		 308 aa  95.9  7e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1524  transcriptional regulator, AraC family  35.92 
 
 		 301 aa  95.9  8e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.753144  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2907  transcriptional regulator, AraC family  35.62 
 
 		 289 aa  95.5  9e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0560618  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2326  transcriptional regulator, AraC family  34.57 
 
 		 295 aa  94.7  1e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0937352 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13470  AraC family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 293 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0899227  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4605  AraC family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 291 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2469  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 361 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3482  AraC family transcriptional regulator  40.71 
 
 		 299 aa  94.7  2e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.675068  normal  0.589184 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3238  AraC family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 290 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.996927 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4236  AraC family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 285 aa  94.4  2e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.457979 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1213  transcriptional regulator, AraC family  30.22 
 
 		 291 aa  94  3e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0859  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 291 aa  93.2  4e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775109  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0536  AraC family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 304 aa  92.8  6e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1268  transcriptional regulator, AraC family  32.75 
 
 		 300 aa  92.8  6e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2282  putative transcriptional regulator  26.44 
 
 		 294 aa  92.8  6e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2577  transcriptional regulator, AraC family  27.76 
 
 		 298 aa  92.4  9e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.996426  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5827  helix-turn-helix domain-containing protein  28.68 
 
 		 316 aa  92  9e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.112164  normal  0.283627 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3232  transcriptional regulator, AraC family  26.55 
 
 		 296 aa  91.7  1e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0599312  hitchhiker  0.0000105754 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1207  putative transcriptional regulator  35.19 
 
 		 293 aa  92  1e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1041  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  30.22 
 
 		 291 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0758  AraC family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 299 aa  91.7  1e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6513  transcriptional regulator, AraC family  44.33 
 
 		 306 aa  91.7  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1111  transcriptional regulator, AraC family  43.43 
 
 		 312 aa  90.9  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3689  AraC family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 303 aa  90.5  3e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4632  AraC family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 316 aa  89.7  5e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.569454  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5122  transcriptional regulator AraC family  42.42 
 
 		 314 aa  89.7  5e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.962416  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0932  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 291 aa  89.4  7e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3315  AraC family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 281 aa  88.2  1e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.024617  hitchhiker  0.00000399067 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0134  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 322 aa  88.2  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0583  AraC family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 312 aa  88.2  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.98908  normal  0.54842 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2379  AraC family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 304 aa  88.2  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0538221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0810  AraC family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 306 aa  88.6  1e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4732  helix-turn-helix domain-containing protein  30.68 
 
 		 293 aa  87.4  3e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0052536 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6385  transcriptional regulator, AraC family  43.14 
 
 		 256 aa  87.4  3e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00774423 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0624  AraC family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 299 aa  87  4e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5694  AraC family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 319 aa  85.5  9e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.730665  normal  0.260224 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2180  helix-turn-helix domain-containing protein  37.04 
 
 		 281 aa  84.3  0.000000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.971115  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0574  AraC family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 311 aa  84.3  0.000000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0798057  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6374  transcriptional regulator, AraC family  45.74 
 
 		 255 aa  84.3  0.000000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.169212 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4229  transcriptional regulator, AraC family  27.55 
 
 		 278 aa  84  0.000000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2413  AraC family transcriptional regulator  33.76 
 
 		 305 aa  84  0.000000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6135  transcriptional regulator, AraC family  30 
 
 		 305 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4104  transcriptional regulator, AraC family  42.57 
 
 		 250 aa  83.6  0.000000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2638  transcriptional regulator, AraC family  30.19 
 
 		 282 aa  82.8  0.000000000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3089  helix-turn-helix domain-containing protein  26.21 
 
 		 297 aa  82.8  0.000000000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.830597 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5475  transcriptional regulator, AraC family  29.65 
 
 		 305 aa  82.8  0.000000000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.59164  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5108  AraC family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 316 aa  82.4  0.000000000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.310256  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6068  AraC family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 287 aa  82.4  0.000000000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0180  AraC family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 223 aa  82.4  0.000000000000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0758  AraC family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 315 aa  82.4  0.000000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2593  AraC family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 315 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3086  transcriptional regulator, AraC family  39.6 
 
 		 296 aa  81.6  0.00000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.164604  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6955  transcriptional regulator, AraC family  30.73 
 
 		 346 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.737934  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6355  transcriptional regulator, AraC family  40.2 
 
 		 265 aa  81.3  0.00000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0247335 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6717  transcriptional regulator, AraC family  36.19 
 
 		 296 aa  80.9  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121518  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3921  AraC family transcriptional regulator  43.3 
 
 		 311 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.892105 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0306  AraC family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 315 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4258  AraC family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 327 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1596  transcriptional regulator, AraC family  27.38 
 
 		 287 aa  81.3  0.00000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0789  AraC family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 315 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0276  helix-turn-helix domain-containing protein  36.04 
 
 		 291 aa  80.9  0.00000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2058  transcriptional regulator, AraC family  28.22 
 
 		 286 aa  80.5  0.00000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1840  AraC family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 271 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000248404 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1318  AraC family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 294 aa  80.5  0.00000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.761239  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2401  transcriptional regulator, AraC family  41.41 
 
 		 202 aa  80.5  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3361  helix-turn-helix domain-containing protein  41.9 
 
 		 160 aa  80.9  0.00000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1732  transcriptional regulator, AraC family  35.83 
 
 		 288 aa  80.5  0.00000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0803469 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3975  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 302 aa  80.1  0.00000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6879  transcriptional regulator, AraC family  38.38 
 
 		 291 aa  80.5  0.00000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0489024  normal  0.393248 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3879  AraC family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 315 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5909  transcriptional regulator, AraC family  38.38 
 
 		 291 aa  80.1  0.00000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.678896 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1047  transcriptional regulator, AraC family  40.62 
 
 		 273 aa  79.3  0.00000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.859066 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0798  AraC family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 311 aa  79.3  0.00000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0345  AraC family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 311 aa  79.3  0.00000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0829  AraC family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 311 aa  79.3  0.00000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0210284  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5000  AraC family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 305 aa  79  0.00000000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0667  AraC family transcriptional regulator  28.75 
 
 		 316 aa  79  0.00000000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5860  AraC family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 305 aa  79  0.00000000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.499461  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2677  AraC family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 147 aa  79  0.00000000000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.968923  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0009  helix-turn-helix domain-containing protein  37 
 
 		 306 aa  78.2  0.0000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000070115 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2081  transcriptional regulator, AraC family  38.46 
 
 		 153 aa  78.2  0.0000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.256  normal  0.670144 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>