More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4732 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4732  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 293 aa  595  1e-169  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0052536 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0536  AraC family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 304 aa  102  5e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3869  AraC family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 304 aa  102  1e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0574  AraC family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 311 aa  101  1e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0798057  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0716  AraC family transcriptional regulator  47.57 
 
 		 296 aa  100  2e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00193737 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7037  AraC family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 301 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.283867  normal  0.289972 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  29.69 
 
 		 309 aa  99.8  4e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1458  AraC family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 301 aa  100  4e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6370  AraC family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 301 aa  100  4e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2934  helix-turn-helix domain-containing protein  28.94 
 
 		 310 aa  99.4  7e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0219137  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0082  transcriptional regulator, AraC family  37.02 
 
 		 292 aa  99  8e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.628575  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6513  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 306 aa  99  9e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  27.41 
 
 		 299 aa  97.4  3e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0798  AraC family transcriptional regulator  44.76 
 
 		 311 aa  97.1  3e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0345  AraC family transcriptional regulator  44.76 
 
 		 311 aa  96.3  5e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0829  AraC family transcriptional regulator  44.76 
 
 		 311 aa  96.3  5e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0210284  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3921  AraC family transcriptional regulator  44.76 
 
 		 311 aa  95.9  6e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.892105 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  38 
 
 		 316 aa  95.9  7e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0085  transcriptional regulator, AraC family  45.36 
 
 		 296 aa  95.9  7e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0195711 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5332  AraC family transcriptional regulator  43.12 
 
 		 301 aa  95.1  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4258  AraC family transcriptional regulator  37.9 
 
 		 327 aa  94.4  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2932  transcriptional regulator, AraC family  39.37 
 
 		 293 aa  93.6  3e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4632  AraC family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 316 aa  93.6  3e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.569454  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1268  transcriptional regulator, AraC family  35.03 
 
 		 300 aa  93.2  4e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1207  putative transcriptional regulator  42.06 
 
 		 293 aa  93.2  5e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0867  AraC family transcriptional regulator  41.9 
 
 		 315 aa  92.8  6e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000394258  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2701  AraC family transcriptional regulator  41.9 
 
 		 315 aa  92.8  6e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.137316  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1909  AraC family transcriptional regulator  41.9 
 
 		 315 aa  92.8  6e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.190572  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2046  AraC family transcriptional regulator  41.9 
 
 		 291 aa  92.4  7e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0173792  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4587  AraC family transcriptional regulator  43.52 
 
 		 291 aa  92.4  7e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3164  AraC family transcriptional regulator  41.9 
 
 		 332 aa  92.8  7e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0245945  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0583  AraC family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 312 aa  92.4  8e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.98908  normal  0.54842 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3203  AraC family transcriptional regulator  41.9 
 
 		 315 aa  92.4  8e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.10279  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1980  AraC family transcriptional regulator  42.45 
 
 		 293 aa  92  9e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.949603 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3162  AraC family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 285 aa  92  9e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1405  AraC family transcriptional regulator  39.23 
 
 		 251 aa  91.7  1e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000697123  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13470  AraC family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 293 aa  92  1e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0899227  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1853  transcriptional regulator, AraC family  32.54 
 
 		 294 aa  91.7  1e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.801816 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4223  transcriptional regulator, AraC family  40.6 
 
 		 299 aa  90.9  2e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1524  transcriptional regulator, AraC family  37.31 
 
 		 301 aa  91.3  2e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.753144  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4111  transcriptional regulator, AraC family  40.6 
 
 		 299 aa  90.9  2e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.596036  normal  0.240547 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2907  transcriptional regulator, AraC family  31.37 
 
 		 289 aa  90.9  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0560618  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3129  AraC family transcriptional regulator  36.31 
 
 		 299 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6955  transcriptional regulator, AraC family  39.81 
 
 		 346 aa  91.3  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.737934  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2413  transcriptional regulator, AraC family  39.45 
 
 		 322 aa  90.9  3e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6041  transcriptional regulator, AraC family  46.94 
 
 		 303 aa  90.1  4e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2555  AraC family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 311 aa  89.7  5e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3218  AraC family transcriptional regulator  41.9 
 
 		 678 aa  89.4  6e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000051538  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2401  transcriptional regulator, AraC family  43 
 
 		 202 aa  89.4  7e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0810  AraC family transcriptional regulator  38.52 
 
 		 306 aa  88.6  1e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0841  transcriptional regulator, AraC family  24.37 
 
 		 300 aa  88.6  1e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2337  AraC family transcriptional regulator  47.17 
 
 		 289 aa  89  1e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000580503  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1549  transcriptional regulator, AraC family  45.92 
 
 		 316 aa  87.8  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0143415  hitchhiker  0.00302933 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2507  transcriptional regulator, AraC family  29.03 
 
 		 291 aa  87.8  2e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1673  AraC family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 314 aa  88.2  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.310754 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2274  AraC family transcriptional regulator  45.92 
 
 		 307 aa  87.4  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.348217  normal  0.470943 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1732  transcriptional regulator, AraC family  30.68 
 
 		 288 aa  88.2  2e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0803469 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0932  AraC family transcriptional regulator  41.28 
 
 		 291 aa  87  3e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3482  AraC family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 299 aa  87  3e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.675068  normal  0.589184 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6617  transcriptional regulator, AraC family  29.81 
 
 		 287 aa  87.4  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.131937 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3996  helix-turn-helix domain-containing protein  36.08 
 
 		 289 aa  87.4  3e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0180  AraC family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 223 aa  86.7  4e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2413  AraC family transcriptional regulator  37.27 
 
 		 305 aa  87  4e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1041  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  27.38 
 
 		 291 aa  86.7  5e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2736  AraC family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 154 aa  86.3  5e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.66637 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4605  AraC family transcriptional regulator  42.45 
 
 		 291 aa  86.3  6e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  39.25 
 
 		 331 aa  86.3  6e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2469  AraC family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 361 aa  86.3  6e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5108  AraC family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 316 aa  86.3  6e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.310256  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0624  AraC family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 299 aa  86.3  6e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4464  helix-turn-helix domain-containing protein  42.45 
 
 		 291 aa  86.3  6e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5475  transcriptional regulator, AraC family  27.95 
 
 		 305 aa  86.3  6e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.59164  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4441  transcriptional regulator, AraC family  31 
 
 		 300 aa  86.3  6e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.440571  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7634  transcriptional regulator AraC family  42.86 
 
 		 304 aa  86.3  6e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.63081  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1754  transcriptional regulator, AraC family  43.4 
 
 		 308 aa  85.9  7e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2379  AraC family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 304 aa  85.9  8e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0538221  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9084  transcriptional regulator AraC family  30.84 
 
 		 315 aa  85.9  8e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0608  AraC family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 305 aa  85.9  8e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4074  helix-turn-helix domain-containing protein  30.5 
 
 		 300 aa  85.5  9e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1213  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 291 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1318  AraC family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 294 aa  85.1  0.000000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.761239  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1357  transcriptional regulator, AraC family  45.74 
 
 		 277 aa  84.7  0.000000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.193095  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0091  AraC family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 278 aa  85.1  0.000000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1111  transcriptional regulator, AraC family  42 
 
 		 312 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05505  putative transcription regulator protein  30.28 
 
 		 270 aa  84.3  0.000000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3689  AraC family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 303 aa  84.3  0.000000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0708  AraC family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 311 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4318  AraC family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 305 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00219342 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4978  transcriptional regulator, AraC family  34.97 
 
 		 318 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.327567  normal  0.11746 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3740  helix-turn-helix domain-containing protein  36.31 
 
 		 301 aa  83.6  0.000000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.436963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3238  AraC family transcriptional regulator  40.57 
 
 		 290 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.996927 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6285  transcriptional regulator, AraC family  35.4 
 
 		 287 aa  83.6  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.671161  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4214  transcriptional regulator, AraC family  42.45 
 
 		 305 aa  84  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0725  AraC family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 311 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.576949 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4324  transcriptional regulator, AraC family  42.45 
 
 		 305 aa  84  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0282215 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5000  AraC family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 305 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1543  transcriptional regulator, AraC family  29.96 
 
 		 300 aa  84  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1279  helix-turn-helix domain-containing protein  36.04 
 
 		 306 aa  83.6  0.000000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.665979 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5860  AraC family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 305 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.499461  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2224  AraC family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 278 aa  83.6  0.000000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000575993  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>