More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2282 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2282  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 294 aa  608  1e-173  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3996  helix-turn-helix domain-containing protein  33.57 
 
 		 289 aa  172  5e-42  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6041  transcriptional regulator, AraC family  29.62 
 
 		 303 aa  124  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2274  AraC family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 307 aa  120  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.348217  normal  0.470943 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2934  helix-turn-helix domain-containing protein  32.57 
 
 		 310 aa  117  1.9999999999999998e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0219137  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3740  helix-turn-helix domain-containing protein  27.34 
 
 		 301 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.436963  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3129  AraC family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 299 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0932  AraC family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 291 aa  113  3e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 299 aa  113  4.0000000000000004e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3869  AraC family transcriptional regulator  24.03 
 
 		 304 aa  112  6e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  27.93 
 
 		 331 aa  110  2.0000000000000002e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0085  transcriptional regulator, AraC family  27.34 
 
 		 296 aa  109  7.000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0195711 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4632  AraC family transcriptional regulator  32 
 
 		 316 aa  108  1e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.569454  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2907  transcriptional regulator, AraC family  31.8 
 
 		 289 aa  107  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0560618  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1041  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  31.31 
 
 		 291 aa  105  8e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_003296  RS05428  transcription regulator protein  32.41 
 
 		 324 aa  105  9e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1213  transcriptional regulator, AraC family  30.49 
 
 		 291 aa  102  7e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 316 aa  102  1e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5475  transcriptional regulator, AraC family  33.71 
 
 		 305 aa  101  1e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.59164  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0583  AraC family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 312 aa  100  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.98908  normal  0.54842 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3975  helix-turn-helix domain-containing protein  33.72 
 
 		 302 aa  101  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0536  AraC family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 304 aa  100  3e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4214  transcriptional regulator, AraC family  30.09 
 
 		 305 aa  100  3e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4324  transcriptional regulator, AraC family  30.09 
 
 		 305 aa  100  3e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0282215 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6955  transcriptional regulator, AraC family  31.28 
 
 		 346 aa  99  7e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.737934  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2469  AraC family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 361 aa  99  8e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4258  AraC family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 327 aa  99  9e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5694  AraC family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 319 aa  97.1  3e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.730665  normal  0.260224 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1732  transcriptional regulator, AraC family  29.22 
 
 		 288 aa  96.7  4e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0803469 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0624  AraC family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 299 aa  97.1  4e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2883  AraC family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 307 aa  96.3  5e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.858803 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1543  transcriptional regulator, AraC family  26.44 
 
 		 300 aa  95.9  7e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13470  AraC family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 293 aa  95.9  7e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0899227  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1365  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 353 aa  95.9  8e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.122979  normal  0.036458 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3238  AraC family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 290 aa  94  2e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.996927 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6717  transcriptional regulator, AraC family  34.36 
 
 		 296 aa  94  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121518  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1980  AraC family transcriptional regulator  24.65 
 
 		 293 aa  94  3e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.949603 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2932  transcriptional regulator, AraC family  27.91 
 
 		 293 aa  93.2  4e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  29.9 
 
 		 294 aa  93.2  4e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3976  helix-turn-helix domain-containing protein  32.08 
 
 		 336 aa  93.2  5e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1207  putative transcriptional regulator  27.59 
 
 		 293 aa  92.8  6e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3921  AraC family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 311 aa  92.8  6e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.892105 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1268  transcriptional regulator, AraC family  33.73 
 
 		 300 aa  92.8  6e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0517  helix-turn-helix domain-containing protein  36.94 
 
 		 180 aa  92.4  8e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.970363 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0345  AraC family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 311 aa  92  9e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0829  AraC family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 311 aa  92  9e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0210284  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0798  AraC family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 311 aa  92  1e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4464  helix-turn-helix domain-containing protein  28.31 
 
 		 291 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4605  AraC family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 291 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5332  AraC family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 301 aa  91.3  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4587  AraC family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 291 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213128  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2401  transcriptional regulator, AraC family  41.12 
 
 		 202 aa  90.9  2e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1279  helix-turn-helix domain-containing protein  33.15 
 
 		 306 aa  91.7  2e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.665979 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7015  AraC family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 306 aa  90.5  3e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0570551 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  25.13 
 
 		 309 aa  90.5  3e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1480  AraC family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 306 aa  90.5  3e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.237942  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6349  AraC family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 306 aa  90.5  3e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0502154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1318  AraC family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 294 aa  90.1  4e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.761239  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6135  transcriptional regulator, AraC family  30.43 
 
 		 305 aa  90.1  4e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0716  AraC family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 296 aa  89.7  6e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00193737 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1405  AraC family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 251 aa  89.7  6e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000697123  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6617  transcriptional regulator, AraC family  26.43 
 
 		 287 aa  89  9e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.131937 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0983  helix-turn-helix domain-containing protein  27.88 
 
 		 295 aa  88.2  1e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0180  AraC family transcriptional regulator  40.18 
 
 		 223 aa  88.6  1e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2507  transcriptional regulator, AraC family  23.96 
 
 		 291 aa  88.6  1e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4172  AraC family transcriptional regulator  23.33 
 
 		 295 aa  88.2  1e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0833223  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1524  transcriptional regulator, AraC family  28.93 
 
 		 301 aa  88.2  1e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.753144  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0867  AraC family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 315 aa  87.8  2e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000394258  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2701  AraC family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 315 aa  87.8  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.137316  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0588  AraC family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 308 aa  88.2  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3164  AraC family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 332 aa  87.4  2e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0245945  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1980  RC149  29.44 
 
 		 308 aa  88.2  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.421398  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3203  AraC family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 315 aa  87.4  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.10279  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1853  transcriptional regulator, AraC family  27.02 
 
 		 294 aa  87.4  2e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.801816 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1909  AraC family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 315 aa  87.8  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.190572  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2046  AraC family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 291 aa  87.4  3e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0173792  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2379  AraC family transcriptional regulator  28.75 
 
 		 304 aa  87  3e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0538221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0681  AraC family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 306 aa  87.4  3e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7634  transcriptional regulator AraC family  27.37 
 
 		 304 aa  87  3e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.63081  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2413  transcriptional regulator, AraC family  24.54 
 
 		 322 aa  87.4  3e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7037  AraC family transcriptional regulator  25.35 
 
 		 301 aa  85.9  7e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.283867  normal  0.289972 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2390  AraC family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 196 aa  85.9  7e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.245348  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1458  AraC family transcriptional regulator  25.35 
 
 		 301 aa  85.5  9e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6370  AraC family transcriptional regulator  25.35 
 
 		 301 aa  85.5  9e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  29.38 
 
 		 318 aa  85.1  0.000000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0859  AraC family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 291 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775109  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2093  AraC family transcriptional regulator  24.23 
 
 		 287 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.369123  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1895  AraC family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 277 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2669  AraC family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 188 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.588575  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5716  AraC family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 304 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2383  AraC family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 281 aa  83.6  0.000000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.499508  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2387  AraC family transcriptional regulator  39.42 
 
 		 209 aa  83.6  0.000000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0159935  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3312  AraC family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 281 aa  83.6  0.000000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.403912 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2555  AraC family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 311 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3417  AraC family transcriptional regulator  24.39 
 
 		 299 aa  82.8  0.000000000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138414  normal  0.441033 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1989  AraC family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 277 aa  82.4  0.000000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.753386  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3583  transcriptional regulator AraC family  32.35 
 
 		 293 aa  82.4  0.000000000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4617  transcriptional regulator, AraC family  26.48 
 
 		 296 aa  82.4  0.000000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.107807 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3218  AraC family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 678 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000051538  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2337  AraC family transcriptional regulator  22.34 
 
 		 289 aa  80.9  0.00000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000580503  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>