More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4138 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4138  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 311 aa  638    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5122  transcriptional regulator AraC family  77.63 
 
 		 314 aa  498  1e-140  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.962416  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5909  transcriptional regulator, AraC family  74.65 
 
 		 291 aa  438  9.999999999999999e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.678896 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6879  transcriptional regulator, AraC family  74.65 
 
 		 291 aa  437  9.999999999999999e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0489024  normal  0.393248 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51400  transcriptional regulator AraC family  51.15 
 
 		 310 aa  304  1.0000000000000001e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1862  transcriptional regulator, AraC family  26.37 
 
 		 300 aa  98.6  1e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0180  AraC family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 223 aa  90.9  2e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3869  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  23.17 
 
 		 298 aa  89.7  5e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.604271  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4587  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 291 aa  89.7  5e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4464  helix-turn-helix domain-containing protein  41 
 
 		 291 aa  89.7  6e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3238  AraC family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 290 aa  89.4  8e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.996927 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3596  transcriptional regulator, AraC family  26.82 
 
 		 301 aa  89  9e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000000994716  hitchhiker  0.0000611237 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4605  AraC family transcriptional regulator  39 
 
 		 291 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3086  transcriptional regulator, AraC family  36.79 
 
 		 296 aa  85.9  9e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.164604  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0932  AraC family transcriptional regulator  41 
 
 		 291 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6795  transcriptional regulator, AraC family  26.72 
 
 		 306 aa  85.5  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.312804  hitchhiker  0.00000309577 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3996  helix-turn-helix domain-containing protein  38.83 
 
 		 289 aa  84  0.000000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3088  AraC family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 296 aa  83.6  0.000000000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.530109  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1165  AraC family transcriptional regulator  23.35 
 
 		 278 aa  82.8  0.000000000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1213  transcriptional regulator, AraC family  38.78 
 
 		 291 aa  82.4  0.000000000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1627  transcriptional regulator, AraC family  24.18 
 
 		 273 aa  81.6  0.00000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000116038  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1041  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  38 
 
 		 291 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2461  AraC family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 277 aa  81.3  0.00000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0716  AraC family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 296 aa  81.3  0.00000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00193737 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1172  AraC family DNA-binding response regulator  37.74 
 
 		 250 aa  81.3  0.00000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.409048  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13470  AraC family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 293 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0899227  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0937  transcriptional regulator, AraC family  29.02 
 
 		 291 aa  80.5  0.00000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.127184  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1224  AraC family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 288 aa  80.5  0.00000000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0494811  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0134  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 322 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6041  transcriptional regulator, AraC family  40.38 
 
 		 303 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0859  AraC family transcriptional regulator  37 
 
 		 291 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775109  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2158  AraC family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 294 aa  80.5  0.00000000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0583  AraC family transcriptional regulator  40.19 
 
 		 312 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.98908  normal  0.54842 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3053  transcriptional regulator, AraC family  34.91 
 
 		 296 aa  79.7  0.00000000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2836  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 296 aa  79.7  0.00000000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00254989  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1378  AraC family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 293 aa  79.7  0.00000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.230612  normal  0.324624 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1207  putative transcriptional regulator  39.18 
 
 		 293 aa  79.3  0.00000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2934  helix-turn-helix domain-containing protein  28.76 
 
 		 310 aa  79.3  0.00000000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0219137  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6955  transcriptional regulator, AraC family  42.55 
 
 		 346 aa  79.3  0.00000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.737934  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0236  transcriptional regulator, AraC family  24.9 
 
 		 273 aa  79.3  0.00000000000008  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37180  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  28.51 
 
 		 297 aa  78.6  0.0000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5332  AraC family transcriptional regulator  40.19 
 
 		 301 aa  78.6  0.0000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0276  helix-turn-helix domain-containing protein  38.38 
 
 		 291 aa  78.6  0.0000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1140  AraC family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 258 aa  79  0.0000000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6285  transcriptional regulator, AraC family  37.84 
 
 		 287 aa  79  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.671161  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0085  transcriptional regulator, AraC family  39.39 
 
 		 296 aa  78.6  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0195711 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1398  AraC family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 296 aa  78.2  0.0000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.584508  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2193  transcriptional regulator, AraC family  35.19 
 
 		 296 aa  78.2  0.0000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000412725 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1543  transcriptional regulator, AraC family  36 
 
 		 300 aa  77.8  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4236  AraC family transcriptional regulator  39 
 
 		 285 aa  78.2  0.0000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.457979 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1549  transcriptional regulator, AraC family  40.22 
 
 		 316 aa  77  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0143415  hitchhiker  0.00302933 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4716  transcriptional regulator, AraC family  36.84 
 
 		 341 aa  77  0.0000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.777825 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  36.73 
 
 		 309 aa  77  0.0000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3503  transcription activator, effector binding  38.53 
 
 		 294 aa  77  0.0000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00111619  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2932  transcriptional regulator, AraC family  37.86 
 
 		 293 aa  76.6  0.0000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0574  AraC family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 311 aa  76.3  0.0000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0798057  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3099  AraC family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 326 aa  76.3  0.0000000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1003  DNA-binding response regulator  35.85 
 
 		 250 aa  75.9  0.0000000000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3104  AraC family transcriptional regulator  26.41 
 
 		 282 aa  75.9  0.0000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.187437 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4046  AraC family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 289 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3069  transcriptional regulator, AraC family  32.41 
 
 		 296 aa  75.5  0.000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29140  response regulator containing CheY-like receiver domain and AraC-type DNA-binding domain  28.26 
 
 		 279 aa  75.1  0.000000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0540  transcriptional regulator, AraC family  32.71 
 
 		 289 aa  74.3  0.000000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.516999  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9084  transcriptional regulator AraC family  34.38 
 
 		 315 aa  74.7  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2776  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 296 aa  74.7  0.000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1980  AraC family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 293 aa  75.1  0.000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.949603 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2274  AraC family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 307 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.348217  normal  0.470943 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2986  transcriptional regulator, AraC family  40.4 
 
 		 148 aa  74.7  0.000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0074  transcriptional regulator, AraC family  36.63 
 
 		 168 aa  74.3  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0076  transcription activator, effector binding  39.22 
 
 		 288 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2843  AraC family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 296 aa  73.9  0.000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.538425  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3129  AraC family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 299 aa  74.3  0.000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2816  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 296 aa  73.9  0.000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2638  transcriptional regulator, AraC family  24.63 
 
 		 282 aa  74.3  0.000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0082  transcriptional regulator, AraC family  36.63 
 
 		 168 aa  74.3  0.000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.802043 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3057  AraC family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 296 aa  73.9  0.000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.118978  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2736  AraC family transcriptional regulator  35 
 
 		 154 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.66637 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5000  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 305 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3170  transcriptional regulator, AraC family  34.65 
 
 		 332 aa  73.9  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.777646  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5860  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 305 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.499461  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0371  AraC family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 288 aa  73.9  0.000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  32.35 
 
 		 294 aa  73.6  0.000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0765  AraC family transcriptional regulator  23.83 
 
 		 279 aa  73.6  0.000000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.448457  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0517  helix-turn-helix domain-containing protein  34.91 
 
 		 180 aa  73.6  0.000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.970363 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4258  AraC family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 327 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  36.27 
 
 		 513 aa  73.2  0.000000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0019  transcriptional regulator, AraC family  33.06 
 
 		 314 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0829  transcriptional regulator  37.14 
 
 		 317 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.351289 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0749  lactose operon transcriptional activator  22.92 
 
 		 279 aa  73.2  0.000000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0693788  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1853  transcriptional regulator, AraC family  31.65 
 
 		 294 aa  72.8  0.000000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.801816 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 299 aa  72.8  0.000000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0071  transcriptional regulator, AraC family  32.65 
 
 		 308 aa  72.8  0.000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.462194  normal  0.509071 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1506  AraC family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 182 aa  72.8  0.000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.325288 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1432  transcriptional regulator, AraC family  39.13 
 
 		 387 aa  72.8  0.000000000007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.185359  normal  0.618503 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2401  transcriptional regulator, AraC family  36 
 
 		 202 aa  72.4  0.000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1217  transcription activator, effector binding  33.96 
 
 		 288 aa  72.8  0.000000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4318  AraC family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 305 aa  72.4  0.000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00219342 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3697  two component AraC family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 517 aa  72.4  0.000000000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000611836  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3156  two component transcriptional regulator, AraC family  36.63 
 
 		 515 aa  72.4  0.000000000009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.949308  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1596  transcriptional regulator, AraC family  30.77 
 
 		 287 aa  72.4  0.000000000009  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>