More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_2461 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_2461  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 277 aa  574  1.0000000000000001e-163  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3397  AraC family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 298 aa  125  7e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000136095  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2113  two component AraC family transcriptional regulator  45 
 
 		 548 aa  97.4  3e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1003  transcriptional regulator, AraC family  28.52 
 
 		 289 aa  93.6  3e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2212  AraC family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 302 aa  92.8  6e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1428  transcriptional regulator, AraC family  27.94 
 
 		 285 aa  91.3  2e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0125  transcriptional regulator, AraC family  24.32 
 
 		 300 aa  89  8e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27420  transcriptional regulator MtlR (AraC family)  27.31 
 
 		 299 aa  87.8  2e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.467419  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0937  transcriptional regulator, AraC family  42.72 
 
 		 291 aa  87.4  3e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.440102  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3156  two component transcriptional regulator, AraC family  43.88 
 
 		 515 aa  85.9  6e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.949308  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1078  AraC family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 318 aa  85.5  8e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.441231  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2441  helix-turn-helix, AraC type  26.44 
 
 		 307 aa  85.5  8e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0002572  decreased coverage  0.000290212 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0236  AraC family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 339 aa  85.5  9e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0070  AraC family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 332 aa  85.5  9e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0349  AraC family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 332 aa  85.5  9e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1744  AraC family transcription regulator  27.89 
 
 		 350 aa  85.5  9e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.109239  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1655  AraC family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 350 aa  85.5  9e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.365127  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1237  AraC family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 332 aa  85.5  9e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.89016  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4467  AraC family transcriptional regulator  24.81 
 
 		 301 aa  85.5  9e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1174  AraC family transcriptional regulator  27 
 
 		 330 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0789379  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2139  transcriptional regulator, AraC family  27.34 
 
 		 282 aa  85.1  0.000000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.669919  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  43.88 
 
 		 513 aa  84.3  0.000000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34440  transcriptional regulator MtlR  25.66 
 
 		 301 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000688741  normal  0.560291 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2642  transcriptional regulator, AraC family  25.18 
 
 		 304 aa  83.6  0.000000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2926  transcriptional regulator MtlR  25.48 
 
 		 287 aa  83.6  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.795893  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1958  response regulator receiver protein  39.81 
 
 		 530 aa  83.2  0.000000000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000471781  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2641  AraC family transcriptional regulator  24.33 
 
 		 301 aa  83.2  0.000000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3237  transcriptional regulator, AraC family  24.5 
 
 		 325 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.434177  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2813  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25.37 
 
 		 290 aa  83.6  0.000000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2506  transcriptional regulator, AraC family  27.82 
 
 		 303 aa  83.2  0.000000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.707887  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1583  two component AraC family transcriptional regulator  41 
 
 		 533 aa  82.8  0.000000000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.160886  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2058  transcriptional regulator, AraC family  26.69 
 
 		 286 aa  82.4  0.000000000000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3697  two component AraC family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 517 aa  82  0.000000000000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000611836  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2708  transcriptional activator MltR  26.05 
 
 		 301 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.215541  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0102  two component transcriptional regulator, AraC family  37.61 
 
 		 519 aa  82  0.00000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0572  AraC family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 300 aa  81.6  0.00000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2239  AraC family transcriptional regulator  26.72 
 
 		 295 aa  80.9  0.00000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3256  AraC family transcriptional regulator  23.99 
 
 		 292 aa  81.3  0.00000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5388  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 298 aa  80.9  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.769805 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4138  AraC family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 311 aa  81.3  0.00000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3988  transcriptional regulator, AraC family  28.46 
 
 		 291 aa  80.9  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00119398  normal  0.630817 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15370  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  45 
 
 		 415 aa  80.1  0.00000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3156  AraC family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 283 aa  80.5  0.00000000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1172  AraC family DNA-binding response regulator  38.83 
 
 		 250 aa  80.1  0.00000000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.409048  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3104  AraC family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 282 aa  80.1  0.00000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.187437 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4292  transcriptional activator RhaR  24.31 
 
 		 282 aa  79.7  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  34.02 
 
 		 318 aa  79.7  0.00000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4332  transcriptional activator RhaR  24.31 
 
 		 282 aa  79.3  0.00000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0206667 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4263  transcriptional activator RhaR  24.31 
 
 		 282 aa  79.3  0.00000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.814063 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3070  AraC family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 311 aa  79  0.00000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4725  AraC family transcriptional regulator  24.13 
 
 		 319 aa  79  0.00000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.70917  normal  0.0655004 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5065  AraC family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 312 aa  79  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.289747  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4202  AraC family transcriptional regulator  24.48 
 
 		 319 aa  79  0.00000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5795  AraC family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 312 aa  79  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.112606  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4378  transcriptional activator RhaR  23.92 
 
 		 282 aa  79  0.00000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0883  AraC family transcriptional regulator  23.79 
 
 		 322 aa  78.6  0.00000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.172871 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4384  AraC family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 312 aa  79  0.00000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.7748  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0224  response regulator receiver protein  32.09 
 
 		 537 aa  78.6  0.0000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1645  two component transcriptional regulator, AraC family  34.71 
 
 		 526 aa  78.2  0.0000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.168722  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4299  transcriptional activator RhaR  23.81 
 
 		 312 aa  78.2  0.0000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0471375 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0091  AraC family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 278 aa  78.2  0.0000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2291  transcriptional regulator, AraC family  35.83 
 
 		 292 aa  78.2  0.0000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2635  transcriptional regulator, AraC family  24.1 
 
 		 285 aa  78.6  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.82539 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3782  AraC family transcriptional regulator  23.78 
 
 		 319 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0502919 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1228  two component transcriptional regulator, AraC family  40.2 
 
 		 532 aa  78.6  0.0000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2462  AraC family transcriptional regulator  23.23 
 
 		 267 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.177963  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1596  transcriptional regulator, AraC family  28.63 
 
 		 287 aa  78.6  0.0000000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2917  transcriptional regulator, AraC family  35 
 
 		 118 aa  78.2  0.0000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.932782  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4439  transcriptional activator RhaR  23.41 
 
 		 312 aa  78.2  0.0000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5360  transcriptional activator RhaR  23.41 
 
 		 312 aa  77.4  0.0000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.73393  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1572  AraC-type DNA-binding protein, response regulator  35.19 
 
 		 387 aa  77.4  0.0000000000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2104  transcriptional regulator, AraC family  39.22 
 
 		 298 aa  77.8  0.0000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.244646 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4464  helix-turn-helix domain-containing protein  38.71 
 
 		 291 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2237  putative transcriptional regulator  25.58 
 
 		 278 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4078  transcriptional regulator, AraC family  24.21 
 
 		 312 aa  77.4  0.0000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3797  transcriptional regulator, AraC family  26.1 
 
 		 293 aa  77  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00910315  normal  0.099485 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4111  transcriptional activator RhaR  24.21 
 
 		 312 aa  77.4  0.0000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4444  transcriptional activator RhaR  24.31 
 
 		 282 aa  77.4  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2042  AraC family transcriptional regulator  24.06 
 
 		 301 aa  77  0.0000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4136  transcriptional activator RhaR  24.21 
 
 		 312 aa  77.4  0.0000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0499  AraC family transcriptional regulator  23.84 
 
 		 339 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00811586 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2158  two component transcriptional regulator, AraC family  36.3 
 
 		 493 aa  76.6  0.0000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5462  AraC family transcriptional regulator  23.78 
 
 		 319 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.139699 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2123  two component AraC family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 414 aa  76.6  0.0000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.331776  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3546  AraC family transcriptional regulator  23.78 
 
 		 319 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.776433  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1003  DNA-binding response regulator  37.25 
 
 		 250 aa  76.6  0.0000000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26330  AraC family transcriptional regulator  25.87 
 
 		 278 aa  76.6  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.643276  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4821  AraC family transcriptional regulator  23.78 
 
 		 319 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.535496  normal  0.116549 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3104  response regulator receiver protein  39 
 
 		 266 aa  76.6  0.0000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03792  DNA-binding transcriptional activator, L-rhamnose-binding  23.02 
 
 		 312 aa  76.3  0.0000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 1201 aa  76.3  0.0000000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4386  transcriptional activator RhaR  23.02 
 
 		 312 aa  76.6  0.0000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.815414  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1268  transcriptional regulator, AraC family  35 
 
 		 300 aa  76.3  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03741  hypothetical protein  23.02 
 
 		 312 aa  76.3  0.0000000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4587  AraC family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 291 aa  76.3  0.0000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1597  AraC family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 310 aa  76.3  0.0000000000006  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1089  helix-turn-helix domain-containing protein  23.62 
 
 		 298 aa  75.9  0.0000000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.99301  hitchhiker  0.00294409 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3483  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 296 aa  75.5  0.0000000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1549  transcriptional regulator, AraC family  36.63 
 
 		 316 aa  75.9  0.0000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0143415  hitchhiker  0.00302933 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1701  AraC family DNA-binding protein  25.26 
 
 		 296 aa  75.5  0.0000000000008  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>