More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_2212 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_2212  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 302 aa  614  1e-175  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0125  transcriptional regulator, AraC family  64.26 
 
 		 300 aa  397  9.999999999999999e-111  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2139  transcriptional regulator, AraC family  38.93 
 
 		 282 aa  175  8e-43  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.669919  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1596  transcriptional regulator, AraC family  30.15 
 
 		 287 aa  110  4.0000000000000004e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2058  transcriptional regulator, AraC family  29.46 
 
 		 286 aa  109  7.000000000000001e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0572  AraC family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 300 aa  106  5e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3256  AraC family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 292 aa  103  4e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1698  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 686 aa  100  4e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000348751  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1432  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 686 aa  100  4e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00438113  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2101  putative DNA-binding protein  27.57 
 
 		 286 aa  100  4e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.326102  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0464  AraC family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 259 aa  98.2  2e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  37.74 
 
 		 1201 aa  94.4  2e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 316 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1003  transcriptional regulator, AraC family  28.74 
 
 		 289 aa  92.8  6e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2461  AraC family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 277 aa  92.8  7e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3869  AraC family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 304 aa  91.7  1e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0251  AraC family transcriptional regulator  24.73 
 
 		 309 aa  92  1e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2057  AraC family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 293 aa  90.9  2e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.227096  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3119  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  26.22 
 
 		 293 aa  91.3  2e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  hitchhiker  0.00676861  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1428  transcriptional regulator, AraC family  25.78 
 
 		 285 aa  91.3  2e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2113  two component transcriptional regulator, AraC family  34.78 
 
 		 538 aa  90.9  3e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.141697  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1001  transcriptional regulator, AraC family  26.52 
 
 		 307 aa  90.1  4e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2638  transcriptional regulator, AraC family  26.79 
 
 		 282 aa  89.4  7e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0765  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 279 aa  89  8e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.448457  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 299 aa  88.6  1e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  39.39 
 
 		 513 aa  88.6  1e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2718  two component transcriptional regulator, AraC family  35.44 
 
 		 259 aa  88.6  1e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0142  transcriptional regulator, AraC family  43.62 
 
 		 760 aa  88.2  2e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4320  transcriptional regulator, AraC family  36.27 
 
 		 427 aa  87.8  2e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0749  lactose operon transcriptional activator  41.59 
 
 		 279 aa  87.8  2e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0693788  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1106  AraC family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 309 aa  87  3e-16  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2291  transcriptional regulator, AraC family  26.4 
 
 		 292 aa  87.4  3e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1958  response regulator receiver protein  39 
 
 		 530 aa  86.7  5e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000471781  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2431  AraC protein arabinose-binding/dimerisation  26.38 
 
 		 294 aa  85.9  7e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.690566  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4316  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 320 aa  85.9  9e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27420  transcriptional regulator MtlR (AraC family)  24.06 
 
 		 299 aa  85.5  0.000000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.467419  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  40.62 
 
 		 309 aa  85.1  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2719  AraC family transcriptional regulator  23.79 
 
 		 276 aa  85.1  0.000000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.894112  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  28.75 
 
 		 294 aa  85.1  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2890  transcriptional regulator, AraC family  23.86 
 
 		 300 aa  85.5  0.000000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.178075  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2339  AraC family transcriptional regulator  26.43 
 
 		 303 aa  85.1  0.000000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.295664 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0841  transcriptional regulator, AraC family  27.57 
 
 		 300 aa  85.5  0.000000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2104  transcriptional regulator, AraC family  23.68 
 
 		 298 aa  84.3  0.000000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.244646 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3740  helix-turn-helix domain-containing protein  38.04 
 
 		 301 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.436963  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15370  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  43.24 
 
 		 415 aa  84.7  0.000000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1736  AraC family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 333 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.409703  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1312  AraC family transcriptional regulator  28.15 
 
 		 309 aa  84.7  0.000000000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1754  transcriptional regulator, AraC family  40.59 
 
 		 308 aa  84  0.000000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0224  response regulator receiver protein  36.22 
 
 		 537 aa  84  0.000000000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1602  transcriptional regulator  35.54 
 
 		 330 aa  84  0.000000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4467  AraC family transcriptional regulator  24.44 
 
 		 301 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1089  helix-turn-helix domain-containing protein  27.38 
 
 		 298 aa  83.6  0.000000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.99301  hitchhiker  0.00294409 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1093  AraC family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 331 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6068  AraC family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 287 aa  83.2  0.000000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3697  two component AraC family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 517 aa  82.8  0.000000000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000611836  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1688  AraC family transcriptional regulator  24.61 
 
 		 280 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0399  response regulator receiver protein  36.94 
 
 		 365 aa  82  0.00000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0410  two component transcriptional regulator, AraC family  39.22 
 
 		 233 aa  82  0.00000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2453  AraC family transcriptional regulator  22.76 
 
 		 279 aa  82  0.00000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  unclonable  0.00000000000537916  normal  0.591211 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0864  two component AraC family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 503 aa  81.6  0.00000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4732  helix-turn-helix domain-containing protein  39.58 
 
 		 293 aa  82  0.00000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0052536 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1393  transcriptional regulator, AraC family  26.97 
 
 		 303 aa  82  0.00000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03989  DNA-binding transcriptional dual regulator  28.31 
 
 		 302 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3874  transcriptional regulator, AraC family  28.31 
 
 		 302 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3909  DNA-binding transcriptional regulator MelR  28.31 
 
 		 302 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0516  PAS sensor protein  33.94 
 
 		 255 aa  81.6  0.00000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3397  AraC family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 298 aa  81.3  0.00000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000136095  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4359  DNA-binding transcriptional regulator MelR  28.31 
 
 		 302 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03950  hypothetical protein  28.31 
 
 		 302 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4594  transcriptional regulator, AraC family  24.03 
 
 		 294 aa  80.9  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.571926  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3653  helix-turn-helix domain-containing protein  34.38 
 
 		 240 aa  80.9  0.00000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0946  helix-turn-helix domain-containing protein  21.45 
 
 		 307 aa  81.3  0.00000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.233091  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5632  DNA-binding transcriptional regulator MelR  28.31 
 
 		 302 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16600  transcriptional regulator, AraC family  24.06 
 
 		 301 aa  80.9  0.00000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1583  two component AraC family transcriptional regulator  38.3 
 
 		 533 aa  80.9  0.00000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.160886  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4584  DNA-binding transcriptional regulator MelR  28.31 
 
 		 302 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.781071  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4615  DNA-binding transcriptional regulator MelR  28.31 
 
 		 302 aa  81.3  0.00000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4672  DNA-binding transcriptional regulator MelR  28.31 
 
 		 302 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6717  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 296 aa  80.5  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121518  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2113  two component AraC family transcriptional regulator  39 
 
 		 548 aa  80.9  0.00000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3417  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 299 aa  80.5  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138414  normal  0.441033 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1318  AraC family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 294 aa  80.9  0.00000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.761239  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3249  two component transcriptional regulator, AraC family  33.06 
 
 		 531 aa  80.5  0.00000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0991  transcriptional regulator, AraC family  39.58 
 
 		 276 aa  80.5  0.00000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0085  transcriptional regulator, AraC family  38.95 
 
 		 296 aa  80.5  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0195711 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2476  AraC family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 333 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.336808 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0886  transcriptional regulator, AraC family  27.33 
 
 		 313 aa  80.9  0.00000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2401  transcriptional regulator, AraC family  35.48 
 
 		 202 aa  80.5  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4632  AraC family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 316 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.569454  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4820  AraC family transcriptional regulator  24.81 
 
 		 274 aa  80.5  0.00000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4692  DNA-binding transcriptional regulator MelR  25.77 
 
 		 296 aa  80.1  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.887715  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5108  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 316 aa  80.5  0.00000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.310256  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2505  transcriptional regulator, AraC family  23.92 
 
 		 277 aa  80.1  0.00000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.470919  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4643  DNA-binding transcriptional regulator MelR  25.77 
 
 		 296 aa  80.1  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4552  DNA-binding transcriptional regulator MelR  25.77 
 
 		 296 aa  80.1  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.316037  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2344  AraC family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 291 aa  80.1  0.00000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.415258  decreased coverage  0.000000160682 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4561  DNA-binding transcriptional regulator MelR  25.77 
 
 		 296 aa  80.1  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0937  transcriptional regulator, AraC family  36 
 
 		 291 aa  80.1  0.00000000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.440102  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4643  DNA-binding transcriptional regulator MelR  25.77 
 
 		 296 aa  80.1  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01665  predicted DNA-binding transcriptional regulator  26.51 
 
 		 303 aa  79.7  0.00000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>