More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A4692 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011083  SeHA_C4643  DNA-binding transcriptional regulator MelR  100 
 
 		 296 aa  622  1e-177  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4692  DNA-binding transcriptional regulator MelR  100 
 
 		 296 aa  622  1e-177  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.887715  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4561  DNA-binding transcriptional regulator MelR  100 
 
 		 296 aa  622  1e-177  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4552  DNA-binding transcriptional regulator MelR  100 
 
 		 296 aa  622  1e-177  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.316037  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4643  DNA-binding transcriptional regulator MelR  100 
 
 		 296 aa  622  1e-177  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03989  DNA-binding transcriptional dual regulator  88.85 
 
 		 302 aa  563  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3874  transcriptional regulator, AraC family  88.85 
 
 		 302 aa  563  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5632  DNA-binding transcriptional regulator MelR  88.51 
 
 		 302 aa  560  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4672  DNA-binding transcriptional regulator MelR  88.85 
 
 		 302 aa  563  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4584  DNA-binding transcriptional regulator MelR  88.51 
 
 		 302 aa  561  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.781071  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3909  DNA-binding transcriptional regulator MelR  88.85 
 
 		 302 aa  563  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4615  DNA-binding transcriptional regulator MelR  88.51 
 
 		 302 aa  561  1.0000000000000001e-159  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4359  DNA-binding transcriptional regulator MelR  88.85 
 
 		 302 aa  563  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03950  hypothetical protein  88.85 
 
 		 302 aa  563  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2344  AraC family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 291 aa  185  9e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.415258  decreased coverage  0.000000160682 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2295  AraC family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 291 aa  181  1e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1626  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 292 aa  181  2e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.954407  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2123  AraC family transcriptional regulator  34.1 
 
 		 287 aa  145  1e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.184363  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5369  transcriptional regulator, AraC family  27.27 
 
 		 288 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.239018 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6523  transcriptional regulator, AraC family  29.57 
 
 		 306 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.399934 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5735  transcriptional regulator AraC family  26.79 
 
 		 311 aa  128  1.0000000000000001e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.582182  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6111  transcriptional regulator, AraC family  29.5 
 
 		 305 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.863833  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4754  transcriptional regulator, AraC family  27.24 
 
 		 287 aa  112  6e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.605594  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05000  response regulator containing CheY-like receiver domain and AraC-type DNA-binding domain  28 
 
 		 300 aa  111  1.0000000000000001e-23  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.989106  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5309  helix-turn-helix domain-containing protein  28.36 
 
 		 296 aa  111  1.0000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.446177 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3465  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  27.55 
 
 		 282 aa  97.8  2e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0879036  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2212  AraC family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 302 aa  80.1  0.00000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2239  AraC family transcriptional regulator  23.19 
 
 		 295 aa  78.6  0.0000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1173  cupin 2 domain-containing protein  21.43 
 
 		 316 aa  77.8  0.0000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2718  two component transcriptional regulator, AraC family  34.23 
 
 		 259 aa  77.4  0.0000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  34.55 
 
 		 1201 aa  75.9  0.0000000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0464  AraC family transcriptional regulator  21.74 
 
 		 259 aa  73.2  0.000000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0874  AraC family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 296 aa  71.2  0.00000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1106  AraC family transcriptional regulator  21.48 
 
 		 309 aa  69.7  0.00000000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2708  transcriptional activator MltR  29.03 
 
 		 301 aa  70.1  0.00000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.215541  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0142  transcriptional regulator, AraC family  29.89 
 
 		 760 aa  69.3  0.00000000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2917  transcriptional regulator, AraC family  31 
 
 		 118 aa  68.9  0.00000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.932782  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0579  two component AraC family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 531 aa  68.9  0.00000000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0125  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 300 aa  68.9  0.00000000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2642  transcriptional regulator, AraC family  30.83 
 
 		 304 aa  67.8  0.0000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2441  helix-turn-helix, AraC type  28.23 
 
 		 307 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0002572  decreased coverage  0.000290212 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0353  MSM (multiple sugar metabolism) operon regulatory protein  34.41 
 
 		 301 aa  67.8  0.0000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2634  AraC family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 204 aa  68.2  0.0000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2690  AraC family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 351 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.671467 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0991  transcriptional regulator, AraC family  30.69 
 
 		 276 aa  67.4  0.0000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0102  two component transcriptional regulator, AraC family  25.87 
 
 		 519 aa  67  0.0000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1205  AraC family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 440 aa  66.6  0.0000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.909691  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3397  AraC family transcriptional regulator  21.51 
 
 		 298 aa  66.2  0.0000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000136095  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4320  transcriptional regulator, AraC family  32.65 
 
 		 427 aa  65.9  0.0000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1958  response regulator receiver protein  25.93 
 
 		 530 aa  65.5  0.0000000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000471781  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4482  AraC family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 326 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.821893 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1972  AraC family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 701 aa  65.5  0.000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000433091  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3869  AraC family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 304 aa  65.5  0.000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4287  AraC family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 326 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3282  two component AraC family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 535 aa  65.5  0.000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1433  helix-turn-helix domain-containing protein  29.36 
 
 		 326 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.392956  normal  0.582162 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0399  response regulator receiver protein  30.63 
 
 		 365 aa  65.1  0.000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3771  AraC family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 326 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.128178  normal  0.013148 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1831  transcriptional regulator ArgR  29.36 
 
 		 351 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3987  AraC family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 326 aa  65.1  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3566  helix-turn-helix, AraC type  29.36 
 
 		 351 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.139016  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2405  helix-turn-helix domain-containing protein  31.25 
 
 		 701 aa  64.7  0.000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.269245  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3156  two component transcriptional regulator, AraC family  28.28 
 
 		 515 aa  64.3  0.000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.949308  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0171  AraC family transcriptional regulator  24.66 
 
 		 719 aa  64.3  0.000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  28.95 
 
 		 513 aa  64.3  0.000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0474  AraC family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 284 aa  64.7  0.000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2452  helix-turn-helix domain-containing protein  31.25 
 
 		 701 aa  64.7  0.000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0494728  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2180  helix-turn-helix domain-containing protein  29.7 
 
 		 281 aa  64.3  0.000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.971115  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0771  two component AraC family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 355 aa  64.7  0.000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000862622  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2090  AraC family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 261 aa  63.9  0.000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00753492 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2641  AraC family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 301 aa  64.3  0.000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1179  two component AraC family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 359 aa  63.9  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34510  ArgR-like transcriptional regulator, AraC family  30.48 
 
 		 324 aa  63.9  0.000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2912  AraC family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 326 aa  63.9  0.000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.299019 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0774  AraC family transcriptional regulator  23.35 
 
 		 278 aa  63.9  0.000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000960474 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0810  AraC family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 306 aa  63.5  0.000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1596  transcriptional regulator, AraC family  27.27 
 
 		 287 aa  63.5  0.000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1312  AraC family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 309 aa  63.5  0.000000004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1001  transcriptional regulator, AraC family  30.17 
 
 		 307 aa  63.2  0.000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0995  two component transcriptional regulator, AraC family  26.4 
 
 		 542 aa  63.2  0.000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1770  transcriptional regulator, AraC family  33.66 
 
 		 320 aa  63.2  0.000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1575  AraC family transcriptional regulator  23.27 
 
 		 339 aa  63.2  0.000000005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0224  response regulator receiver protein  28.28 
 
 		 537 aa  63.2  0.000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1886  transcriptional regulator, AraC family  28.87 
 
 		 289 aa  63.2  0.000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4621  transcriptional regulator ArgR  29.52 
 
 		 329 aa  62.8  0.000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2123  two component AraC family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 414 aa  62.8  0.000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.331776  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2550  two component transcriptional regulator, AraC family  29.41 
 
 		 502 aa  62.8  0.000000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3249  two component transcriptional regulator, AraC family  26.53 
 
 		 531 aa  62.8  0.000000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52740  transcriptional regulator ArgR  29.52 
 
 		 329 aa  62.8  0.000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23290  transcriptional regulator, AraC family  27.56 
 
 		 276 aa  62.4  0.000000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6995  AraC/XylS family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 255 aa  62.4  0.000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00467693 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0227  AraC family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 324 aa  62.4  0.000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.583389 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5694  AraC family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 319 aa  62.4  0.000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.730665  normal  0.260224 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3104  response regulator receiver protein  32.99 
 
 		 266 aa  62.4  0.000000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3159  AraC family transcriptional regulator  23.43 
 
 		 296 aa  62  0.00000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0853  two component transcriptional regulator, AraC family  26.79 
 
 		 509 aa  61.6  0.00000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4740  AraC family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 277 aa  61.6  0.00000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.287591  normal  0.0863508 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0216  transcriptional regulator, AraC family  29.41 
 
 		 299 aa  62  0.00000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0765  AraC family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 279 aa  62  0.00000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.448457  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0749  lactose operon transcriptional activator  32.32 
 
 		 279 aa  62  0.00000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0693788  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>