More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5735 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5735  transcriptional regulator AraC family  100 
 
 		 311 aa  638    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.582182  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1626  AraC family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 292 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.954407  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5369  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 288 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.239018 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2295  AraC family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 291 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2344  AraC family transcriptional regulator  31.66 
 
 		 291 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.415258  decreased coverage  0.000000160682 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2123  AraC family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 287 aa  163  4.0000000000000004e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.184363  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6111  transcriptional regulator, AraC family  32.43 
 
 		 305 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.863833  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6523  transcriptional regulator, AraC family  30.74 
 
 		 306 aa  139  7.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.399934 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4754  transcriptional regulator, AraC family  30.45 
 
 		 287 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.605594  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5632  DNA-binding transcriptional regulator MelR  27.14 
 
 		 302 aa  129  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3465  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  32.16 
 
 		 282 aa  128  1.0000000000000001e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0879036  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03989  DNA-binding transcriptional dual regulator  26.79 
 
 		 302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3874  transcriptional regulator, AraC family  26.79 
 
 		 302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4692  DNA-binding transcriptional regulator MelR  26.79 
 
 		 296 aa  128  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.887715  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4561  DNA-binding transcriptional regulator MelR  26.79 
 
 		 296 aa  128  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4643  DNA-binding transcriptional regulator MelR  26.79 
 
 		 296 aa  128  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4359  DNA-binding transcriptional regulator MelR  26.79 
 
 		 302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03950  hypothetical protein  26.79 
 
 		 302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4643  DNA-binding transcriptional regulator MelR  26.79 
 
 		 296 aa  128  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4552  DNA-binding transcriptional regulator MelR  26.79 
 
 		 296 aa  128  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.316037  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3909  DNA-binding transcriptional regulator MelR  26.79 
 
 		 302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4672  DNA-binding transcriptional regulator MelR  26.79 
 
 		 302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4584  DNA-binding transcriptional regulator MelR  26.79 
 
 		 302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.781071  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5309  helix-turn-helix domain-containing protein  33.08 
 
 		 296 aa  126  4.0000000000000003e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.446177 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05000  response regulator containing CheY-like receiver domain and AraC-type DNA-binding domain  31.27 
 
 		 300 aa  126  4.0000000000000003e-28  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.989106  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4615  DNA-binding transcriptional regulator MelR  26.43 
 
 		 302 aa  126  5e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2463  transcriptional regulator, AraC family  36.21 
 
 		 162 aa  74.7  0.000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.400735  normal  0.926275 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1732  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 323 aa  75.1  0.000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0413947  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3942  AraC family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 336 aa  71.6  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.466068  normal  1 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0353  MSM (multiple sugar metabolism) operon regulatory protein  24.42 
 
 		 301 aa  71.2  0.00000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3203  transcriptional regulator  35.66 
 
 		 343 aa  71.6  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.123314  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1731  AraC family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 302 aa  71.2  0.00000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.533642 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1237  AraC family transcriptional regulator  23.16 
 
 		 272 aa  70.9  0.00000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000177874  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1001  transcriptional regulator, AraC family  22.69 
 
 		 307 aa  69.7  0.00000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2057  AraC family transcriptional regulator  19.85 
 
 		 293 aa  68.6  0.0000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.227096  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4467  AraC family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 301 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2642  transcriptional regulator, AraC family  23.27 
 
 		 304 aa  67.8  0.0000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0774  AraC family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 278 aa  67.4  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000960474 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2343  AraC family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 414 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.152678 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  33.01 
 
 		 1201 aa  66.2  0.0000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3985  xylose operon regulatory protein  35.71 
 
 		 392 aa  65.1  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4045  xylose operon regulatory protein  35.71 
 
 		 392 aa  65.1  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.654241  normal  0.387961 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4043  transcriptional regulator, AraC family  30.58 
 
 		 303 aa  65.5  0.000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2718  two component transcriptional regulator, AraC family  29.81 
 
 		 259 aa  65.5  0.000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34440  transcriptional regulator MtlR  32.08 
 
 		 301 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000688741  normal  0.560291 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3859  xylose operon regulatory protein  35.71 
 
 		 392 aa  65.1  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.897217  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2471  transcriptional regulator, AraC family  31.19 
 
 		 311 aa  65.1  0.000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000518709  normal  0.0153728 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1596  transcriptional regulator, AraC family  27 
 
 		 287 aa  65.1  0.000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2926  transcriptional regulator MtlR  32.08 
 
 		 287 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.795893  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3876  xylose operon regulatory protein  35.71 
 
 		 392 aa  65.1  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3940  xylose operon regulatory protein  35.71 
 
 		 392 aa  65.1  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.688005 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0937  transcriptional regulator, AraC family  27.27 
 
 		 291 aa  64.7  0.000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.440102  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3159  AraC family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 296 aa  63.9  0.000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0464  AraC family transcriptional regulator  21.83 
 
 		 259 aa  63.5  0.000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2206  regulatory protein PocR  33.33 
 
 		 303 aa  63.5  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.742166  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2213  regulatory protein PocR  33.33 
 
 		 303 aa  63.5  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.639643  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2372  regulatory protein PocR  33.33 
 
 		 303 aa  63.5  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.740068  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2259  regulatory protein PocR  33.33 
 
 		 303 aa  63.5  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.746184  normal  0.221956 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2042  AraC family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 301 aa  63.9  0.000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2159  regulatory protein PocR  33.33 
 
 		 303 aa  63.5  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.385139  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0816  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 319 aa  63.5  0.000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0152  AraC family transcriptional regulator  33 
 
 		 392 aa  62.8  0.000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2641  AraC family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 301 aa  62.4  0.000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4206  AraC family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 397 aa  62  0.00000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4432  transcriptional regulator, AraC family  35 
 
 		 392 aa  62.4  0.00000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4151  transcriptional regulator, AraC family  36 
 
 		 392 aa  61.6  0.00000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2121  transcriptional regulator, AraC family  33.94 
 
 		 341 aa  62  0.00000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4074  AraC family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 290 aa  62  0.00000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.63505 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1106  AraC family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 309 aa  61.6  0.00000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1627  transcriptional regulator, AraC family  32.99 
 
 		 273 aa  61.2  0.00000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000116038  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1173  cupin 2 domain-containing protein  28 
 
 		 316 aa  60.8  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0758  AraC family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 299 aa  61.6  0.00000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2277  regulatory protein PocR  32.67 
 
 		 304 aa  61.6  0.00000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000774305  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1548  transcriptional regulator, AraC family  20.75 
 
 		 276 aa  61.6  0.00000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1268  transcriptional regulator, AraC family  38.46 
 
 		 300 aa  61.2  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2441  helix-turn-helix, AraC type  30.17 
 
 		 307 aa  60.8  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0002572  decreased coverage  0.000290212 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4185  transcriptional regulator, AraC family  31.48 
 
 		 407 aa  60.8  0.00000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0750406  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0919  two component AraC family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 356 aa  60.5  0.00000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2623  AraC family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 405 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.242365 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1250  AraC family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 263 aa  60.8  0.00000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3550  transcriptional regulator, AraC family  30.61 
 
 		 313 aa  60.5  0.00000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4073  transcriptional regulator, AraC family  31.48 
 
 		 407 aa  60.8  0.00000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2339  AraC family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 303 aa  60.8  0.00000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.295664 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03421  DNA-binding transcriptional activator, xylose-binding  33.67 
 
 		 392 aa  60.5  0.00000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.684991  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0141  transcriptional regulator, AraC family  33.67 
 
 		 392 aa  60.5  0.00000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0145  AraC family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 392 aa  60.5  0.00000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4945  xylose operon regulatory protein  33.67 
 
 		 392 aa  60.5  0.00000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.462654  normal  0.028978 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03372  hypothetical protein  33.67 
 
 		 392 aa  60.5  0.00000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.716193  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3892  xylose operon regulatory protein  33.67 
 
 		 392 aa  60.5  0.00000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6507  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 397 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6330  AraC family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 397 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.768767  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6741  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 397 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.15092  normal  0.533175 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3657  AraC family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 430 aa  60.5  0.00000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4065  xylose operon regulatory protein  33.67 
 
 		 392 aa  60.5  0.00000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3953  xylose operon regulatory protein  33.67 
 
 		 392 aa  60.5  0.00000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3772  xylose operon regulatory protein  33.67 
 
 		 392 aa  60.5  0.00000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27420  transcriptional regulator MtlR (AraC family)  30.3 
 
 		 299 aa  60.1  0.00000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.467419  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4155  xylose operon regulatory protein  32 
 
 		 397 aa  59.7  0.00000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.664411  normal  0.0516528 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2380  transcriptional regulator, AraC family  36.78 
 
 		 300 aa  59.7  0.00000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0838291  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5005  AraC family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 331 aa  59.7  0.00000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.081564 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>