More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5309 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5309  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 296 aa  613  9.999999999999999e-175  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.446177 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6111  transcriptional regulator, AraC family  68.94 
 
 		 305 aa  424  1e-117  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.863833  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6523  transcriptional regulator, AraC family  68.71 
 
 		 306 aa  424  1e-117  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.399934 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1626  AraC family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 292 aa  149  6e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.954407  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2344  AraC family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 291 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.415258  decreased coverage  0.000000160682 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2295  AraC family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 291 aa  145  1e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5735  transcriptional regulator AraC family  33.33 
 
 		 311 aa  141  9.999999999999999e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.582182  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5369  transcriptional regulator, AraC family  29.3 
 
 		 288 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.239018 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2123  AraC family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 287 aa  139  4.999999999999999e-32  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.184363  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03989  DNA-binding transcriptional dual regulator  28.36 
 
 		 302 aa  126  3e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3874  transcriptional regulator, AraC family  28.36 
 
 		 302 aa  126  3e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03950  hypothetical protein  28.36 
 
 		 302 aa  126  3e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4359  DNA-binding transcriptional regulator MelR  28.36 
 
 		 302 aa  126  3e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4584  DNA-binding transcriptional regulator MelR  28.36 
 
 		 302 aa  127  3e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.781071  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4672  DNA-binding transcriptional regulator MelR  28.36 
 
 		 302 aa  126  3e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3909  DNA-binding transcriptional regulator MelR  28.36 
 
 		 302 aa  126  3e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4615  DNA-binding transcriptional regulator MelR  28.36 
 
 		 302 aa  126  5e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5632  DNA-binding transcriptional regulator MelR  28.36 
 
 		 302 aa  126  5e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4552  DNA-binding transcriptional regulator MelR  28.36 
 
 		 296 aa  120  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.316037  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4643  DNA-binding transcriptional regulator MelR  28.36 
 
 		 296 aa  120  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4561  DNA-binding transcriptional regulator MelR  28.36 
 
 		 296 aa  120  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4692  DNA-binding transcriptional regulator MelR  28.36 
 
 		 296 aa  120  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.887715  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4643  DNA-binding transcriptional regulator MelR  28.36 
 
 		 296 aa  120  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05000  response regulator containing CheY-like receiver domain and AraC-type DNA-binding domain  26.17 
 
 		 300 aa  112  6e-24  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.989106  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3465  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  33.21 
 
 		 282 aa  112  1.0000000000000001e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0879036  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4754  transcriptional regulator, AraC family  27.38 
 
 		 287 aa  104  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.605594  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2641  AraC family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 301 aa  79.7  0.00000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2708  transcriptional activator MltR  32.99 
 
 		 301 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.215541  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2441  helix-turn-helix, AraC type  21.01 
 
 		 307 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0002572  decreased coverage  0.000290212 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6068  AraC family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 287 aa  77.8  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1732  AraC family transcriptional regulator  32 
 
 		 323 aa  76.6  0.0000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0413947  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4074  AraC family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 290 aa  77  0.0000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.63505 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1575  AraC family transcriptional regulator  22.55 
 
 		 339 aa  75.9  0.0000000000009  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0102  two component transcriptional regulator, AraC family  27.52 
 
 		 519 aa  75.1  0.000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1597  AraC family transcriptional regulator  23.62 
 
 		 310 aa  74.3  0.000000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3256  AraC family transcriptional regulator  23.3 
 
 		 292 aa  73.6  0.000000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4467  AraC family transcriptional regulator  21.58 
 
 		 301 aa  73.6  0.000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2797  transcription activator effector binding  40.4 
 
 		 279 aa  73.2  0.000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.338998 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1205  AraC family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 440 aa  71.6  0.00000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.909691  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2057  AraC family transcriptional regulator  21.07 
 
 		 293 aa  70.9  0.00000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.227096  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4971  transcriptional regulator, AraC family  23.42 
 
 		 290 aa  71.6  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0504817  hitchhiker  0.0000000000361988 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1958  response regulator receiver protein  31.78 
 
 		 530 aa  71.2  0.00000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000471781  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2607  AraC family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 303 aa  71.2  0.00000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.334421  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0692  transcriptional regulator, AraC family  21.32 
 
 		 287 aa  70.9  0.00000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1919  AraC family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 329 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.480868  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0345  transcriptional regulator, AraC family  39.56 
 
 		 296 aa  70.1  0.00000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4732  helix-turn-helix domain-containing protein  28.19 
 
 		 293 aa  70.1  0.00000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0052536 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1432  AraC family transcriptional regulator  21.71 
 
 		 686 aa  69.7  0.00000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00438113  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4283  transcriptional regulator, AraC family  20.74 
 
 		 290 aa  69.7  0.00000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.294163  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3182  AraC family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 315 aa  69.7  0.00000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000265571 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1683  AraC family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 221 aa  69.3  0.00000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1698  AraC family transcriptional regulator  21.71 
 
 		 686 aa  69.7  0.00000000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000348751  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2042  AraC family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 301 aa  69.3  0.00000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1906  AraC family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 329 aa  68.9  0.00000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.166677  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2069  AraC family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 329 aa  68.9  0.00000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.020463  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1089  helix-turn-helix domain-containing protein  20.98 
 
 		 298 aa  68.9  0.00000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.99301  hitchhiker  0.00294409 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 309 aa  68.9  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2926  transcriptional regulator MtlR  28.28 
 
 		 287 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.795893  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2267  two component transcriptional regulator, AraC family  34.72 
 
 		 265 aa  68.6  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00808217 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34440  transcriptional regulator MtlR  28.28 
 
 		 301 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000688741  normal  0.560291 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4415  AraC family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 303 aa  68.6  0.0000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  hitchhiker  0.0031509  normal  0.543799 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0716  AraC family transcriptional regulator  34.82 
 
 		 296 aa  68.6  0.0000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00193737 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0133  AraC family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 315 aa  68.6  0.0000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.13686 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2436  AraC family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 329 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1294  AraC family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 252 aa  67.8  0.0000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0435473  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3546  AraC family transcriptional regulator  35 
 
 		 319 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.776433  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4821  AraC family transcriptional regulator  35 
 
 		 319 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.535496  normal  0.116549 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6144  transcriptional regulator, AraC family  31.18 
 
 		 301 aa  67.4  0.0000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.185797  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5462  AraC family transcriptional regulator  35 
 
 		 319 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.139699 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0977  AraC family transcriptional regulator  40.19 
 
 		 300 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000786642  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0464  AraC family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 259 aa  67.4  0.0000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2332  DNA-binding transcriptional regulator AraC  31.68 
 
 		 310 aa  67.4  0.0000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0890796  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3229  transcriptional regulator, AraC family  38.55 
 
 		 326 aa  67  0.0000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.382079  normal  0.686696 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2146  DNA-binding transcriptional regulator AraC  32.67 
 
 		 316 aa  67  0.0000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0883  AraC family transcriptional regulator  34 
 
 		 322 aa  67  0.0000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.172871 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0973  AraC family transcriptional regulator  40.19 
 
 		 300 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000577914  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3159  AraC family transcriptional regulator  24.23 
 
 		 296 aa  66.6  0.0000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3782  AraC family transcriptional regulator  33 
 
 		 319 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0502919 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2032  DNA-binding transcriptional regulator AraC  31.68 
 
 		 310 aa  67  0.0000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.527693  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0499  AraC family transcriptional regulator  22.61 
 
 		 339 aa  66.6  0.0000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00811586 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2248  DNA-binding transcriptional regulator AraC  31.37 
 
 		 305 aa  66.6  0.0000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000211757 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3417  transcriptional regulator, AraC family  37.37 
 
 		 279 aa  66.2  0.0000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.27768  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4725  AraC family transcriptional regulator  34 
 
 		 319 aa  66.2  0.0000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.70917  normal  0.0655004 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0125  transcriptional regulator, AraC family  20.75 
 
 		 300 aa  66.2  0.0000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0565  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 289 aa  66.2  0.0000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4043  transcriptional regulator, AraC family  26.76 
 
 		 303 aa  66.2  0.0000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1687  AraC family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 345 aa  66.2  0.0000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0447832  normal  0.915417 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1596  transcriptional regulator, AraC family  20.55 
 
 		 287 aa  66.2  0.0000000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1199  AraC family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 329 aa  66.2  0.0000000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.33488  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1852  putative transcriptional regulator  36.73 
 
 		 284 aa  65.9  0.0000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.687343  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1886  transcriptional regulator, AraC family  28.28 
 
 		 289 aa  66.2  0.0000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  27.55 
 
 		 513 aa  66.2  0.0000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6320  transcriptional regulator, AraC family  26.09 
 
 		 294 aa  65.9  0.0000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.636258  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1643  AraC family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 329 aa  66.2  0.0000000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.78206  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0305  AraC family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 329 aa  66.2  0.0000000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.183082  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0855  AraC family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 329 aa  66.2  0.0000000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1472  AraC family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 292 aa  65.9  0.0000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.327977  normal  0.780269 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0600  helix-turn-helix domain-containing protein  35.71 
 
 		 297 aa  65.9  0.0000000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2701  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  22.1 
 
 		 292 aa  65.5  0.0000000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.485012  normal  0.370839 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1480  transcriptional regulator, AraC family  30.33 
 
 		 288 aa  65.9  0.0000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0895908  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>