More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bfae_05000 on replicon NC_013172
Organism: Brachybacterium faecium DSM 4810



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013172  Bfae_05000  response regulator containing CheY-like receiver domain and AraC-type DNA-binding domain  100 
 
 		 300 aa  609  1e-173  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.989106  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3465  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  40 
 
 		 282 aa  206  4e-52  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0879036  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2123  AraC family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 287 aa  152  7e-36  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.184363  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1626  AraC family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 292 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.954407  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2295  AraC family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 291 aa  137  2e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2344  AraC family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 291 aa  128  9.000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.415258  decreased coverage  0.000000160682 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5735  transcriptional regulator AraC family  31.27 
 
 		 311 aa  128  1.0000000000000001e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.582182  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6111  transcriptional regulator, AraC family  28.52 
 
 		 305 aa  127  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.863833  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6523  transcriptional regulator, AraC family  28.19 
 
 		 306 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.399934 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4615  DNA-binding transcriptional regulator MelR  26.4 
 
 		 302 aa  112  5e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03989  DNA-binding transcriptional dual regulator  26.4 
 
 		 302 aa  112  8.000000000000001e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3874  transcriptional regulator, AraC family  26.4 
 
 		 302 aa  112  8.000000000000001e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4584  DNA-binding transcriptional regulator MelR  26.4 
 
 		 302 aa  112  8.000000000000001e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.781071  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3909  DNA-binding transcriptional regulator MelR  26.4 
 
 		 302 aa  112  8.000000000000001e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4672  DNA-binding transcriptional regulator MelR  26.4 
 
 		 302 aa  112  8.000000000000001e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4359  DNA-binding transcriptional regulator MelR  26.4 
 
 		 302 aa  112  8.000000000000001e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03950  hypothetical protein  26.4 
 
 		 302 aa  112  8.000000000000001e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4643  DNA-binding transcriptional regulator MelR  28 
 
 		 296 aa  112  9e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4561  DNA-binding transcriptional regulator MelR  28 
 
 		 296 aa  112  9e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4643  DNA-binding transcriptional regulator MelR  28 
 
 		 296 aa  112  9e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4692  DNA-binding transcriptional regulator MelR  28 
 
 		 296 aa  112  9e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.887715  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4552  DNA-binding transcriptional regulator MelR  28 
 
 		 296 aa  112  9e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.316037  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5632  DNA-binding transcriptional regulator MelR  26.4 
 
 		 302 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5369  transcriptional regulator, AraC family  27.24 
 
 		 288 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.239018 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5309  helix-turn-helix domain-containing protein  26.17 
 
 		 296 aa  102  6e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.446177 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4754  transcriptional regulator, AraC family  25.71 
 
 		 287 aa  93.2  5e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.605594  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2550  two component transcriptional regulator, AraC family  27.45 
 
 		 502 aa  79.7  0.00000000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3397  AraC family transcriptional regulator  21.1 
 
 		 298 aa  79  0.0000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000136095  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2066  AraC family transcriptional regulator  38 
 
 		 338 aa  78.6  0.0000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.623235  normal  0.45327 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5388  transcriptional regulator, AraC family  25.36 
 
 		 298 aa  74.3  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.769805 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3165  helix-turn-helix domain-containing protein  34.29 
 
 		 308 aa  73.9  0.000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00840402  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0879  AraC/XylS family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 299 aa  72.4  0.000000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000031891  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0709  AraC family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 292 aa  72  0.00000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0399  response regulator receiver protein  24 
 
 		 365 aa  71.6  0.00000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  37.72 
 
 		 1201 aa  71.6  0.00000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0600  helix-turn-helix domain-containing protein  34.62 
 
 		 297 aa  71.2  0.00000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2718  two component transcriptional regulator, AraC family  32.99 
 
 		 259 aa  70.9  0.00000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2105  putative sigma54 specific transcriptional regulator  37.23 
 
 		 497 aa  70.9  0.00000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.619214  normal  0.0553697 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0133  AraC family transcriptional regulator  23.24 
 
 		 315 aa  70.5  0.00000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.13686 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1228  two component transcriptional regulator, AraC family  33.66 
 
 		 532 aa  70.1  0.00000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6144  transcriptional regulator, AraC family  34.31 
 
 		 301 aa  69.3  0.00000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.185797  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27420  transcriptional regulator MtlR (AraC family)  22.78 
 
 		 299 aa  68.9  0.0000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.467419  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2239  AraC family transcriptional regulator  21.53 
 
 		 295 aa  68.9  0.0000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2471  transcriptional regulator, AraC family  27.89 
 
 		 311 aa  68.6  0.0000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000518709  normal  0.0153728 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3159  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 296 aa  67.4  0.0000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0937  transcriptional regulator, AraC family  23.85 
 
 		 291 aa  67.8  0.0000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.440102  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1853  transcriptional regulator, AraC family  29.05 
 
 		 294 aa  67.4  0.0000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.801816 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6995  AraC/XylS family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 255 aa  67  0.0000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00467693 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3182  AraC family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 315 aa  67  0.0000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000265571 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1701  AraC family DNA-binding protein  24.57 
 
 		 296 aa  66.6  0.0000000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2642  transcriptional regulator, AraC family  21.75 
 
 		 304 aa  66.6  0.0000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0872  AraC family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 292 aa  66.2  0.0000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0091  AraC family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 278 aa  66.2  0.0000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5590  AraC family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 310 aa  66.2  0.0000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.651891 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0874  AraC family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 296 aa  65.9  0.0000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4578  AraC family transcriptional regulator  28 
 
 		 409 aa  65.1  0.000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0591899  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2813  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  21.2 
 
 		 290 aa  65.5  0.000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1507  AraC family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 370 aa  65.5  0.000000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1915  AraC family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 775 aa  65.5  0.000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000415573  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2180  helix-turn-helix domain-containing protein  31.91 
 
 		 281 aa  65.5  0.000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.971115  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4562  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 409 aa  64.3  0.000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00627934  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0464  AraC family transcriptional regulator  22.71 
 
 		 259 aa  64.3  0.000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3988  transcriptional regulator, AraC family  25.18 
 
 		 291 aa  64.7  0.000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00119398  normal  0.630817 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2461  AraC family transcriptional regulator  23.23 
 
 		 277 aa  64.3  0.000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2634  AraC family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 204 aa  64.7  0.000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4969  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 409 aa  64.3  0.000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3232  transcriptional regulator, AraC family  38.24 
 
 		 296 aa  64.3  0.000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0599312  hitchhiker  0.0000105754 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0600  two component transcriptional regulator, AraC family  24.48 
 
 		 546 aa  64.7  0.000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0210  AraC family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 274 aa  63.9  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.85611 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1710  transcriptional regulator, AraC family  32 
 
 		 326 aa  63.9  0.000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.492868 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2711  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  27.8 
 
 		 319 aa  63.9  0.000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4074  AraC family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 290 aa  63.9  0.000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.63505 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1698  AraC family transcriptional regulator  18.28 
 
 		 686 aa  64.3  0.000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000348751  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1432  AraC family transcriptional regulator  18.28 
 
 		 686 aa  63.9  0.000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00438113  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4258  AraC family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 327 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2507  transcriptional regulator, AraC family  32.31 
 
 		 291 aa  63.9  0.000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2406  AraC family DNA-binding response regulator  29.41 
 
 		 251 aa  63.5  0.000000004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1106  AraC family transcriptional regulator  24.75 
 
 		 309 aa  63.5  0.000000004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0893  putative HTH-type regulatory protein, AraC family  28.26 
 
 		 284 aa  63.5  0.000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.364356  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1408  helix-turn-helix domain-containing protein  23.64 
 
 		 324 aa  63.5  0.000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0371  AraC family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 288 aa  63.5  0.000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1268  transcriptional regulator, AraC family  37.37 
 
 		 300 aa  63.5  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  28.16 
 
 		 309 aa  63.2  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0944  two component transcriptional regulator, AraC family  25.25 
 
 		 539 aa  63.2  0.000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1402  transcriptional regulator, AraC family  28.85 
 
 		 288 aa  63.2  0.000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.283594  normal  0.8016 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0583  AraC family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 312 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.98908  normal  0.54842 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1435  AraC family transcriptional regulator  23.64 
 
 		 324 aa  63.2  0.000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1399  helix-turn-helix domain-containing protein  23.64 
 
 		 324 aa  63.2  0.000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.953379  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2946  transcriptional regulator, AraC family  23.64 
 
 		 324 aa  63.2  0.000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2090  AraC family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 261 aa  63.5  0.000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00753492 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34440  transcriptional regulator MtlR  29.41 
 
 		 301 aa  62.8  0.000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000688741  normal  0.560291 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2926  transcriptional regulator MtlR  29.41 
 
 		 287 aa  62.8  0.000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.795893  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4119  transcriptional regulator, AraC family  30.3 
 
 		 262 aa  63.2  0.000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.840918  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1173  cupin 2 domain-containing protein  20.37 
 
 		 316 aa  62.8  0.000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0224  response regulator receiver protein  26.53 
 
 		 537 aa  63.2  0.000000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0142  transcriptional regulator, AraC family  26.73 
 
 		 760 aa  62.8  0.000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4104  transcriptional regulator, AraC family  35 
 
 		 250 aa  62.8  0.000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6355  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 265 aa  62.8  0.000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0247335 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4320  transcriptional regulator, AraC family  33.7 
 
 		 427 aa  62.4  0.000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2339  AraC family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 303 aa  62.8  0.000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.295664 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>