More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0371 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_0371  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 
288 aa  603  9.999999999999999e-173  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1474  transcriptional regulator, AraC family  55.9 
 
 
286 aa  347  1e-94  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1217  transcription activator, effector binding  55.56 
 
 
288 aa  346  2e-94  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3356  transcription activator, effector binding  50.69 
 
 
288 aa  327  1.0000000000000001e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3425  transcription activator, effector binding  50 
 
 
288 aa  327  2.0000000000000001e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3431  transcription activator, effector binding  50 
 
 
288 aa  325  5e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3526  transcription activator, effector binding  50.35 
 
 
288 aa  325  7e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4046  AraC family transcriptional regulator  54.48 
 
 
289 aa  318  7e-86  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3013  transcription activator, effector binding  49.48 
 
 
289 aa  293  3e-78  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1774  AraC family transcriptional regulator  45.71 
 
 
289 aa  288  1e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.524324  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1224  AraC family transcriptional regulator  46.88 
 
 
288 aa  286  2.9999999999999996e-76  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0494811  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4381  transcription activator effector binding  47.02 
 
 
286 aa  285  5e-76  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.134609  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2173  AraC family transcriptional regulator  45.91 
 
 
289 aa  283  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.671765  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3564  AraC family transcriptional regulator  46.04 
 
 
279 aa  282  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.236142  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0076  transcription activator, effector binding  48.4 
 
 
288 aa  279  3e-74  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2158  AraC family transcriptional regulator  45.42 
 
 
294 aa  279  4e-74  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0034  transcriptional regulator, AraC family  41.16 
 
 
279 aa  244  9.999999999999999e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.255751 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0028  transcriptional regulator, AraC family  40.79 
 
 
279 aa  244  1.9999999999999999e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4566  transcriptional regulator, AraC family  42.12 
 
 
293 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.683768 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0132  transcription regulator protein  41.35 
 
 
265 aa  241  1e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0853  transcriptional regulator, AraC family  44.13 
 
 
284 aa  239  2.9999999999999997e-62  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1354  AraC family transcriptional regulator  41.44 
 
 
293 aa  239  2.9999999999999997e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.558119  normal  0.215319 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1644  transcriptional regulator, AraC family  40.82 
 
 
293 aa  232  5e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0930139  normal  0.386203 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1398  AraC family transcriptional regulator  39.8 
 
 
296 aa  225  8e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.584508  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04745  transcriptional regulator  46.15 
 
 
255 aa  213  1.9999999999999998e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2489  transcription activator, effector binding  33.33 
 
 
297 aa  177  2e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1272  AraC family transcriptional regulator  31.04 
 
 
350 aa  175  7e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.702716  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0771  AraC family transcriptional regulator  32.99 
 
 
288 aa  153  2.9999999999999998e-36  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.472166 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02845  hypothetical protein  45.16 
 
 
160 aa  144  2e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.429305  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02895  predicted transcriptional regulator  45.16 
 
 
160 aa  144  2e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.468717  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0677  transcription activator effector binding protein  45.16 
 
 
160 aa  144  2e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3201  transcription activator effector binding domain/DNA gyrase inhibitor domain-containing protein  45.16 
 
 
160 aa  144  2e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0674  transcription activator effector binding  45.16 
 
 
160 aa  144  2e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.112574 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3488  transcription activator effector binding domain/DNA gyrase inhibitor domain-containing protein  45.16 
 
 
160 aa  144  2e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3312  transcription activator effector binding domain/DNA gyrase inhibitor domain-containing protein  45.16 
 
 
160 aa  143  3e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.735437  normal  0.0832613 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4332  transcription activator effector binding domain/DNA gyrase inhibitor domain protein  45.16 
 
 
160 aa  143  4e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3457  transcription activator effector binding domain/DNA gyrase inhibitor domain protein  43.87 
 
 
160 aa  141  9.999999999999999e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.29584  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3503  transcription activator, effector binding  32.19 
 
 
294 aa  137  2e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00111619  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3702  transcriptional regulator, AraC type  30.1 
 
 
308 aa  135  5e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2590  transcription activator, effector binding  29.32 
 
 
301 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3099  AraC family transcriptional regulator  29.97 
 
 
326 aa  127  3e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1956  transcriptional regulator, AraC family  31.94 
 
 
283 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0993473  normal  0.479782 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2167  transcriptional regulator, AraC family  29.39 
 
 
283 aa  125  8.000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.273156  normal  0.0865176 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3953  AraC family transcriptional regulator  30.1 
 
 
287 aa  123  3e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0509927  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0019  transcriptional regulator, AraC family  30.38 
 
 
314 aa  123  3e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3088  AraC family transcriptional regulator  27.55 
 
 
296 aa  120  3e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.530109  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3086  transcriptional regulator, AraC family  27.21 
 
 
296 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.164604  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3069  transcriptional regulator, AraC family  27.21 
 
 
296 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2703  transcription activator, effector binding  26.67 
 
 
326 aa  116  3.9999999999999997e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.268178 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2843  AraC family transcriptional regulator  27.61 
 
 
296 aa  116  5e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.538425  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3057  AraC family transcriptional regulator  27.61 
 
 
296 aa  116  5e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.118978  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2776  AraC family transcriptional regulator  26.76 
 
 
296 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3053  transcriptional regulator, AraC family  26.97 
 
 
296 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2816  AraC family transcriptional regulator  26.19 
 
 
296 aa  110  3e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2836  AraC family transcriptional regulator  28.24 
 
 
296 aa  109  4.0000000000000004e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00254989  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2193  transcriptional regulator, AraC family  27.44 
 
 
296 aa  106  4e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000412725 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3161  AraC family transcriptional regulator  28.72 
 
 
277 aa  105  6e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000611  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  28.06 
 
 
289 aa  104  2e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0208776  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3306  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 
292 aa  104  2e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3627  DNA gyrase inhibitor  27.4 
 
 
300 aa  104  2e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000240584  hitchhiker  0.00747313 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1216  AraC family transcriptional regulator  31.03 
 
 
300 aa  103  3e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0140  AraC family transcriptional regulator  26.32 
 
 
293 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.877598  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2929  AraC family transcriptional regulator  26.32 
 
 
293 aa  103  4e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0126  AraC family transcriptional regulator  26.32 
 
 
293 aa  103  4e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.436666  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7295  AraC family transcriptional regulator  25.27 
 
 
277 aa  102  1e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.158014  normal  0.567517 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0540  transcriptional regulator, AraC family  25.95 
 
 
289 aa  101  1e-20  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.516999  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0077  HTH-type transcriptional regulator, AraC-family  27.7 
 
 
289 aa  99.8  5e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1021  AraC family transcriptional regulator  29.66 
 
 
300 aa  99.4  6e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1170  transcriptional regulator, AraC family  30.58 
 
 
300 aa  99  8e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00906983  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1013  AraC family transcriptional regulator  30.58 
 
 
300 aa  98.6  1e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.126228  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03191  transcription regulator protein  24.31 
 
 
310 aa  97.4  2e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1036  AraC family transcriptional regulator  30.58 
 
 
300 aa  97.8  2e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.139629  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4171  transcriptional regulator, AraC family  30.24 
 
 
300 aa  97.4  2e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1014  AraC family transcriptional regulator  30.58 
 
 
300 aa  97.4  2e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.210728  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1114  AraC family transcriptional regulator  30.58 
 
 
300 aa  97.8  2e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1576  transcriptional regulator, AraC family  42.72 
 
 
436 aa  97.1  3e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1271  transcriptional regulator, AraC family  29.83 
 
 
300 aa  96.3  6e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.121916  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1194  transcriptional regulator, AraC family  30.24 
 
 
300 aa  95.9  6e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.926126 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001047  transcriptional regulator AraC family  26.19 
 
 
299 aa  95.5  8e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3983  transcriptional regulator, AraC family  27.43 
 
 
291 aa  95.5  9e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06471  hypothetical protein  26.57 
 
 
289 aa  95.1  1e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3673  transcriptional regulator, AraC family  26.48 
 
 
295 aa  92.8  6e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3867  transcriptional regulator, AraC family  26.88 
 
 
295 aa  92  1e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.0000535009  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0946  transcriptional regulator, AraC family  26.6 
 
 
286 aa  90.5  3e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.584518  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1641  transcription activator effector binding protein  28.36 
 
 
287 aa  88.6  1e-16  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06300  methylphosphotriester-DNA alkyltransferase  27.27 
 
 
302 aa  89  1e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1523  AraC family transcriptional regulator  39.53 
 
 
152 aa  87  4e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00364512  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0529  transcriptional regulator, AraC family  27.13 
 
 
288 aa  85.9  6e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12290  Transcriptional regulator, AraC family  27.71 
 
 
325 aa  86.3  6e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5359  transcriptional regulator, AraC family  27.33 
 
 
297 aa  85.9  7e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.6789  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04272  DNA-binding transcriptional activator  40.57 
 
 
289 aa  84  0.000000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3601  transcriptional regulator, AraC family  40.57 
 
 
289 aa  84  0.000000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3660  AraC family transcriptional regulator  40.57 
 
 
289 aa  84  0.000000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4946  right origin-binding protein  40.57 
 
 
289 aa  84  0.000000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.96055 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1528  AraC family transcriptional regulator  37.61 
 
 
284 aa  84  0.000000000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4994  right origin-binding protein  40.57 
 
 
289 aa  84  0.000000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04237  hypothetical protein  40.57 
 
 
289 aa  84  0.000000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4632  right origin-binding protein  40.57 
 
 
289 aa  84  0.000000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5910  right origin-binding protein  40.57 
 
 
289 aa  84  0.000000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4943  right origin-binding protein  40.57 
 
 
289 aa  84  0.000000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>