More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2344 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2344  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 291 aa  613  1e-175  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.415258  decreased coverage  0.000000160682 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1626  AraC family transcriptional regulator  73.45 
 
 		 292 aa  478  1e-134  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.954407  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2295  AraC family transcriptional regulator  74.14 
 
 		 291 aa  473  1e-132  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5632  DNA-binding transcriptional regulator MelR  36.92 
 
 		 302 aa  196  4.0000000000000005e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03989  DNA-binding transcriptional dual regulator  36.92 
 
 		 302 aa  195  7e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3874  transcriptional regulator, AraC family  36.92 
 
 		 302 aa  195  7e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4672  DNA-binding transcriptional regulator MelR  36.92 
 
 		 302 aa  195  7e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03950  hypothetical protein  36.92 
 
 		 302 aa  195  7e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4584  DNA-binding transcriptional regulator MelR  36.92 
 
 		 302 aa  195  7e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.781071  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4359  DNA-binding transcriptional regulator MelR  36.92 
 
 		 302 aa  195  7e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3909  DNA-binding transcriptional regulator MelR  36.92 
 
 		 302 aa  195  7e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4615  DNA-binding transcriptional regulator MelR  36.56 
 
 		 302 aa  194  2e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4692  DNA-binding transcriptional regulator MelR  34.55 
 
 		 296 aa  185  9e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.887715  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4552  DNA-binding transcriptional regulator MelR  34.55 
 
 		 296 aa  185  9e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.316037  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4643  DNA-binding transcriptional regulator MelR  34.55 
 
 		 296 aa  185  9e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4643  DNA-binding transcriptional regulator MelR  34.55 
 
 		 296 aa  185  9e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4561  DNA-binding transcriptional regulator MelR  34.55 
 
 		 296 aa  185  9e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2123  AraC family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 287 aa  171  1e-41  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.184363  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5735  transcriptional regulator AraC family  31.66 
 
 		 311 aa  163  4.0000000000000004e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.582182  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5369  transcriptional regulator, AraC family  32.26 
 
 		 288 aa  161  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.239018 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6523  transcriptional regulator, AraC family  31.92 
 
 		 306 aa  156  3e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.399934 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6111  transcriptional regulator, AraC family  31.15 
 
 		 305 aa  149  5e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.863833  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4754  transcriptional regulator, AraC family  30.97 
 
 		 287 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.605594  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5309  helix-turn-helix domain-containing protein  28.88 
 
 		 296 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.446177 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05000  response regulator containing CheY-like receiver domain and AraC-type DNA-binding domain  27.93 
 
 		 300 aa  128  9.000000000000001e-29  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.989106  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3465  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  29.41 
 
 		 282 aa  123  4e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0879036  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2212  AraC family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 302 aa  80.1  0.00000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2642  transcriptional regulator, AraC family  27.74 
 
 		 304 aa  75.9  0.0000000000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1687  AraC family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 345 aa  75.9  0.0000000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0447832  normal  0.915417 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0125  transcriptional regulator, AraC family  32.11 
 
 		 300 aa  72.8  0.000000000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1596  transcriptional regulator, AraC family  30.39 
 
 		 287 aa  72  0.00000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  33.66 
 
 		 1201 aa  71.6  0.00000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5912  transcriptional regulator Ada / DNA-3-methyladenine glycosylase II / DNA-O6-methylguanine--protein-cysteine S-methyltransferase  31.51 
 
 		 500 aa  70.9  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.838028 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3262  response regulator receiver protein  32.71 
 
 		 257 aa  69.7  0.00000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2058  transcriptional regulator, AraC family  24.1 
 
 		 286 aa  68.6  0.0000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28660  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  31.13 
 
 		 300 aa  68.6  0.0000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1350  AraC family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 349 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.956797  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1802  AraC family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 281 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.460896 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1173  cupin 2 domain-containing protein  28.28 
 
 		 316 aa  68.9  0.0000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6884  transcriptional regulator, AraC family  33.68 
 
 		 301 aa  67.8  0.0000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0526  transcriptional regulator, AraC family  35.42 
 
 		 129 aa  68.2  0.0000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000198595  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3276  AraC family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 348 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0583  AraC family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 312 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.98908  normal  0.54842 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4524  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  33.67 
 
 		 107 aa  67.8  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4610  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  33.67 
 
 		 107 aa  67.8  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0547666  normal  0.902957 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4660  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  33.67 
 
 		 107 aa  67.8  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4516  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  33.67 
 
 		 107 aa  67.8  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1537  transcriptional regulator, AraC family  26.47 
 
 		 282 aa  67.8  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.164062  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3224  AraC family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 326 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3262  AraC family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 326 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4609  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  33.67 
 
 		 107 aa  67.8  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.917171  normal  0.375209 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1001  transcriptional regulator, AraC family  30.1 
 
 		 307 aa  67.4  0.0000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3986  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  33.67 
 
 		 289 aa  66.6  0.0000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.542106  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6692  transcriptional regulator, AraC family  31.31 
 
 		 313 aa  66.6  0.0000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.178977 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1299  transcriptional regulator, AraC family  30.85 
 
 		 334 aa  66.6  0.0000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1458  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 331 aa  66.6  0.0000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3256  AraC family transcriptional regulator  22.47 
 
 		 292 aa  66.2  0.0000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0883  AraC family transcriptional regulator  24.43 
 
 		 322 aa  66.2  0.0000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.172871 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0009  helix-turn-helix domain-containing protein  31.37 
 
 		 306 aa  65.9  0.0000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000070115 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1355  transcriptional regulator, AraC family  22.3 
 
 		 303 aa  65.9  0.0000000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000000118066  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2090  AraC family transcriptional regulator  29 
 
 		 261 aa  65.9  0.0000000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00753492 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2922  transcriptional regulator  34.26 
 
 		 337 aa  65.9  0.0000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1567  AraC family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 337 aa  65.9  0.0000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.226821  normal  0.377129 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2471  transcriptional regulator, AraC family  30.1 
 
 		 311 aa  65.9  0.0000000009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000518709  normal  0.0153728 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1205  AraC family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 440 aa  65.9  0.0000000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.909691  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0464  AraC family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 259 aa  65.9  0.0000000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0353  MSM (multiple sugar metabolism) operon regulatory protein  33.33 
 
 		 301 aa  65.1  0.000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0937  transcriptional regulator, AraC family  27.93 
 
 		 291 aa  65.5  0.000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.440102  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2380  transcriptional regulator, AraC family  35.48 
 
 		 300 aa  65.5  0.000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0838291  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0768  AraC family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 261 aa  65.1  0.000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4725  AraC family transcriptional regulator  24.43 
 
 		 319 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.70917  normal  0.0655004 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2983  transcriptional regulator  32.38 
 
 		 331 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00333809  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3546  AraC family transcriptional regulator  22.99 
 
 		 319 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.776433  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4821  AraC family transcriptional regulator  22.99 
 
 		 319 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.535496  normal  0.116549 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2461  AraC family transcriptional regulator  23.51 
 
 		 277 aa  65.1  0.000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2239  AraC family transcriptional regulator  21.67 
 
 		 295 aa  65.1  0.000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5462  AraC family transcriptional regulator  22.99 
 
 		 319 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.139699 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3397  AraC family transcriptional regulator  21.64 
 
 		 298 aa  64.7  0.000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000136095  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0192  AraC family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 299 aa  64.3  0.000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6737  AraC family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 251 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0179  AraC family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 299 aa  64.3  0.000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0147136  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2441  helix-turn-helix, AraC type  24.1 
 
 		 307 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0002572  decreased coverage  0.000290212 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5315  transcriptional regulator Ada  31.51 
 
 		 509 aa  64.7  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2641  AraC family transcriptional regulator  23.89 
 
 		 301 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0191  AraC family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 299 aa  64.3  0.000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0211  transcriptional regulator, AraC family  30.3 
 
 		 299 aa  64.3  0.000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0216  transcriptional regulator, AraC family  31.31 
 
 		 299 aa  64.7  0.000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0765  AraC family transcriptional regulator  32 
 
 		 279 aa  64.3  0.000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.448457  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3782  AraC family transcriptional regulator  23.66 
 
 		 319 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0502919 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0749  lactose operon transcriptional activator  32 
 
 		 279 aa  64.3  0.000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0693788  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2287  AraC family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 310 aa  64.3  0.000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000984991  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1548  transcriptional regulator, AraC family  31.25 
 
 		 276 aa  64.7  0.000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1100  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 334 aa  64.3  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0397278 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03934  DNA-binding transcriptional dual regulator  32.65 
 
 		 107 aa  63.9  0.000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0326041  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4580  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  32.65 
 
 		 107 aa  63.9  0.000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5565  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  32.65 
 
 		 107 aa  63.9  0.000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.601347  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2274  AraC family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 307 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.348217  normal  0.470943 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03894  hypothetical protein  32.65 
 
 		 107 aa  63.9  0.000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0334168  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4524  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  32.65 
 
 		 107 aa  63.9  0.000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3965  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  32.65 
 
 		 107 aa  63.9  0.000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.105984 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>