More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_2287 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_2287  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 310 aa  640    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000984991  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1958  response regulator receiver protein  41.35 
 
 		 530 aa  90.9  3e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000471781  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2230  AraC family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 283 aa  85.5  0.000000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1451  transcriptional regulator, AraC family protein  36.7 
 
 		 296 aa  81.6  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0743909  normal  0.362871 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1817  transcriptional regulator, AraC family protein  36.7 
 
 		 296 aa  81.6  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.246217  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1467  AraC family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 296 aa  81.6  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.145729 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1988  AraC family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 194 aa  81.3  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.191818  hitchhiker  0.00402915 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01665  predicted DNA-binding transcriptional regulator  40.95 
 
 		 303 aa  80.5  0.00000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1935  AraC family transcriptional regulator  40.95 
 
 		 303 aa  80.5  0.00000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0147604 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01654  hypothetical protein  40.95 
 
 		 303 aa  80.5  0.00000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1500  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 303 aa  78.2  0.0000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.831009  normal  0.0187399 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2412  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 303 aa  78.6  0.0000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3170  transcriptional regulator, AraC family  34.69 
 
 		 332 aa  79  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.777646  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1946  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 303 aa  78.2  0.0000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.192766  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1912  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 303 aa  78.2  0.0000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1486  AraC family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 296 aa  77.8  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.012343 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1899  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 303 aa  78.2  0.0000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1393  transcriptional regulator, AraC family  39.05 
 
 		 303 aa  77.4  0.0000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0102  two component transcriptional regulator, AraC family  36.89 
 
 		 519 aa  77.4  0.0000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2113  two component transcriptional regulator, AraC family  37.86 
 
 		 538 aa  76.3  0.0000000000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.141697  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28970  transcriptional regulator, AraC family  29.73 
 
 		 310 aa  75.9  0.0000000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.91786  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0224  response regulator receiver protein  34.91 
 
 		 537 aa  75.1  0.000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0919  two component AraC family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 356 aa  74.7  0.000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4273  transcriptional regulator, AraC family  30.77 
 
 		 119 aa  72.4  0.000000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.673244 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0402  AraC family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 303 aa  72.4  0.000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455578  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4422  transcriptional regulator, AraC family  32.14 
 
 		 327 aa  72.4  0.000000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.465856  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2397  two component transcriptional regulator, AraC family  26.03 
 
 		 269 aa  72  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.92999  normal  0.351016 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0987  transcriptional regulator  28.67 
 
 		 375 aa  72  0.00000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1172  AraC family DNA-binding response regulator  31.07 
 
 		 250 aa  72  0.00000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.409048  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1809  transcriptional regulator, AraC family  31.48 
 
 		 273 aa  71.6  0.00000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000729156  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1982  two component transcriptional regulator, AraC family  33.61 
 
 		 544 aa  70.9  0.00000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.184696  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1179  two component AraC family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 359 aa  70.5  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0868  transcriptional regulator, AraC family  28.04 
 
 		 297 aa  70.5  0.00000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.670337  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1778  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  31.53 
 
 		 325 aa  70.5  0.00000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.545321  normal  0.0235367 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1047  transcriptional regulator, AraC family  30.48 
 
 		 273 aa  70.1  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.859066 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3785  AraC family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 335 aa  70.1  0.00000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06729  hypothetical protein  33.66 
 
 		 288 aa  69.7  0.00000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1687  AraC family transcriptional regulator  27.19 
 
 		 345 aa  69.7  0.00000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0447832  normal  0.915417 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1553  transcriptional regulator  29.25 
 
 		 331 aa  69.3  0.00000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.741987 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1003  DNA-binding response regulator  29.81 
 
 		 250 aa  69.3  0.00000000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1711  transcriptional regulator, AraC family  35.42 
 
 		 307 aa  69.3  0.00000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.78026  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1583  two component AraC family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 533 aa  68.9  0.00000000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.160886  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  29.6 
 
 		 1201 aa  68.9  0.0000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0125  transcriptional regulator, AraC family  30.1 
 
 		 288 aa  68.9  0.0000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3344  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  31.58 
 
 		 327 aa  68.6  0.0000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.430093 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4424  transcriptional regulator, AraC family  29.37 
 
 		 337 aa  68.9  0.0000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.353998  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3197  DNA-binding transcriptional regulator AraC  25.78 
 
 		 325 aa  68.6  0.0000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0504834 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1220  AraC family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 267 aa  68.6  0.0000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.21436  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5151  AraC family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 313 aa  68.6  0.0000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0765  AraC family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 279 aa  68.9  0.0000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.448457  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0749  lactose operon transcriptional activator  34.91 
 
 		 279 aa  68.9  0.0000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0693788  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1626  AraC family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 292 aa  68.6  0.0000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.954407  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5240  AraC family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 313 aa  68.6  0.0000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.183417  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2634  DNA-binding transcriptional regulator AraC  30.69 
 
 		 294 aa  68.9  0.0000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5532  AraC family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 313 aa  68.6  0.0000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.501091 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4172  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 295 aa  67.8  0.0000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0833223  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2467  two component transcriptional regulator, AraC family  31.82 
 
 		 251 aa  68.2  0.0000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2358  AraC family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 234 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.738853  normal  0.890173 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0465  transcriptional regulator, AraC family  30.15 
 
 		 367 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0318  AraC family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 368 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.120478 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4708  helix-turn-helix, AraC type:ThiJ/PfpI  30.15 
 
 		 367 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5236  transcriptional regulator  30.15 
 
 		 367 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.59007  normal  0.0230056 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4910  AraC family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 368 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00942326 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1836  two component AraC family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 1341 aa  67.8  0.0000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1428  transcriptional regulator, AraC family  31.68 
 
 		 285 aa  67.8  0.0000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0360  transcriptional regulator, AraC family  30.77 
 
 		 131 aa  67.4  0.0000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7173  two component AraC family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 268 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.495812 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0692  transcriptional regulator, AraC family  28.12 
 
 		 287 aa  67.4  0.0000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3979  two component transcriptional regulator, AraC family  33.65 
 
 		 348 aa  67.4  0.0000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0070  transcriptional regulator  28.32 
 
 		 347 aa  67.4  0.0000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.020859 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0068  transcriptional regulator  28.32 
 
 		 347 aa  67.4  0.0000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6368  two component AraC family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 271 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.434467  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0072  transcriptional regulator  28.32 
 
 		 347 aa  67.4  0.0000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000158985 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6071  two component AraC family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 271 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1362  transcriptional regulator, AraC family  30.69 
 
 		 332 aa  67.8  0.0000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00431533  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1394  two component AraC family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 523 aa  67.4  0.0000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0042226  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000110  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  29.29 
 
 		 285 aa  67  0.0000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.827796  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2821  transcriptional regulator  27.78 
 
 		 324 aa  66.6  0.0000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0773  AraC family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 237 aa  67  0.0000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0555  AraC family DNA-binding response regulator  29.52 
 
 		 529 aa  67  0.0000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0539  AraC family DNA-binding response regulator  29.52 
 
 		 529 aa  67  0.0000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4320  transcriptional regulator, AraC family  26.72 
 
 		 427 aa  66.6  0.0000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3327  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 146 aa  66.6  0.0000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000116444  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0142  transcriptional regulator, AraC family  34.38 
 
 		 760 aa  66.6  0.0000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0853  two component transcriptional regulator, AraC family  35.24 
 
 		 509 aa  66.6  0.0000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0937  transcriptional regulator, AraC family  29.36 
 
 		 291 aa  66.6  0.0000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.127184  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0298  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 368 aa  66.2  0.0000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000218642 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1588  transcriptional regulator, AraC family  30.77 
 
 		 325 aa  66.2  0.0000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0323  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 368 aa  66.6  0.0000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0936  transcriptional regulator, AraC family  29.47 
 
 		 289 aa  66.2  0.0000000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.352467  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 316 aa  66.2  0.0000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1736  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 333 aa  65.9  0.0000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.409703  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3306  transcriptional regulator, AraC family  27.67 
 
 		 275 aa  65.9  0.0000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0895  AraC family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 315 aa  65.9  0.0000000009  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1433  AraC family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 341 aa  65.9  0.0000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000646594 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1537  AraC family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 370 aa  65.9  0.0000000009  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3328  AraC family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 275 aa  65.5  0.000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2917  transcriptional regulator, AraC family  31.63 
 
 		 118 aa  65.1  0.000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.932782  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6350  two component AraC family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 271 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.787195  normal  0.900493 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6703  AraC family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 329 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>