More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2380 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



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Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_2380  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 
300 aa  609  1e-173  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0838291  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1987  helix-turn-helix domain-containing protein  62.72 
 
 
283 aa  327  2.0000000000000001e-88  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0799  AraC family transcriptional regulator  60.64 
 
 
280 aa  324  1e-87  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.506953 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0774  AraC family transcriptional regulator  56.83 
 
 
278 aa  318  7.999999999999999e-86  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000960474 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1802  AraC family transcriptional regulator  36.12 
 
 
281 aa  144  3e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.460896 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5737  transcriptional regulator, AraC family  43.81 
 
 
164 aa  86.3  6e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6041  transcriptional regulator, AraC family  39.35 
 
 
303 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5964  transcriptional regulator, AraC family  44.44 
 
 
134 aa  84.3  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.194078  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2642  transcriptional regulator, AraC family  35 
 
 
304 aa  83.6  0.000000000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3417  AraC family transcriptional regulator  33.54 
 
 
299 aa  83.2  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138414  normal  0.441033 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2463  transcriptional regulator, AraC family  42.98 
 
 
162 aa  82.4  0.000000000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.400735  normal  0.926275 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001441  L-rhamnose operon transcriptional activator RhaR  30.08 
 
 
275 aa  81.6  0.00000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3170  transcriptional regulator, AraC family  29.41 
 
 
332 aa  82  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.777646  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  37.76 
 
 
309 aa  81.6  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2932  transcriptional regulator, AraC family  40.4 
 
 
293 aa  80.5  0.00000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1357  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 
277 aa  80.1  0.00000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.193095  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2638  transcriptional regulator, AraC family  36 
 
 
282 aa  79.3  0.00000000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2274  AraC family transcriptional regulator  36.22 
 
 
307 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.348217  normal  0.470943 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4172  AraC family transcriptional regulator  41.94 
 
 
295 aa  79  0.0000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0833223  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1458  AraC family transcriptional regulator  32.66 
 
 
301 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6370  AraC family transcriptional regulator  32.66 
 
 
301 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7037  AraC family transcriptional regulator  32.66 
 
 
301 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.283867  normal  0.289972 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1284  AraC family transcriptional regulator  37.38 
 
 
168 aa  77  0.0000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2719  AraC family transcriptional regulator  27.31 
 
 
276 aa  76.6  0.0000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.894112  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6118  putative transcriptional regulator  28.34 
 
 
266 aa  75.9  0.0000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70530  AraC family transcriptional regulator  30.58 
 
 
266 aa  75.9  0.0000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.204165  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0091  AraC family transcriptional regulator  27.24 
 
 
278 aa  75.5  0.000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0716  AraC family transcriptional regulator  39.78 
 
 
296 aa  75.1  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00193737 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3129  AraC family transcriptional regulator  28.97 
 
 
299 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1472  AraC family transcriptional regulator  36.44 
 
 
292 aa  75.1  0.000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.327977  normal  0.780269 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2058  transcriptional regulator, AraC family  30.1 
 
 
286 aa  74.3  0.000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2441  helix-turn-helix, AraC type  40.2 
 
 
307 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0002572  decreased coverage  0.000290212 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1509  transcriptional regulator AraC family  37.41 
 
 
284 aa  74.3  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2641  AraC family transcriptional regulator  36.04 
 
 
301 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1801  AraC family transcriptional regulator  29.39 
 
 
278 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3740  helix-turn-helix domain-containing protein  28.46 
 
 
301 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.436963  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0624  AraC family transcriptional regulator  42.11 
 
 
299 aa  73.9  0.000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3895  helix-turn-helix domain-containing protein  36.84 
 
 
282 aa  73.9  0.000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0134  AraC family transcriptional regulator  34.07 
 
 
322 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5475  transcriptional regulator, AraC family  35 
 
 
305 aa  73.9  0.000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.59164  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2455  transcriptional regulator, AraC family  37.14 
 
 
351 aa  73.9  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.979358  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1852  putative transcriptional regulator  29.03 
 
 
284 aa  74.3  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.687343  n/a   
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0213  transcriptional regulator, AraC family protein  34.26 
 
 
287 aa  73.6  0.000000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00887507 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2855  AraC family substrate binding transcriptional regulator  40 
 
 
280 aa  73.6  0.000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.222069  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3104  response regulator receiver protein  34.23 
 
 
266 aa  73.2  0.000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2736  AraC family transcriptional regulator  37.62 
 
 
154 aa  73.6  0.000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.66637 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2300  AraC family transcriptional regulator  31.15 
 
 
274 aa  73.6  0.000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.457981  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5694  AraC family transcriptional regulator  31.58 
 
 
319 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.730665  normal  0.260224 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0102  two component transcriptional regulator, AraC family  22.75 
 
 
519 aa  73.2  0.000000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0872  AraC family transcriptional regulator  43.18 
 
 
292 aa  73.2  0.000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27420  transcriptional regulator MtlR (AraC family)  34.91 
 
 
299 aa  72.8  0.000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.467419  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1318  AraC family transcriptional regulator  38.3 
 
 
294 aa  72.8  0.000000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.761239  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2507  transcriptional regulator, AraC family  39.05 
 
 
291 aa  73.2  0.000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0804  transcriptional regulator, AraC family  42.45 
 
 
145 aa  72.8  0.000000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3628  transcriptional regulator, AraC family  41.24 
 
 
156 aa  72.8  0.000000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0074  transcriptional regulator, AraC family  35.9 
 
 
168 aa  72.8  0.000000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3156  AraC family transcriptional regulator  23.08 
 
 
283 aa  72.8  0.000000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6285  transcriptional regulator, AraC family  27.36 
 
 
287 aa  72.4  0.000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.671161  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0758  AraC family transcriptional regulator  38.04 
 
 
299 aa  72.4  0.000000000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06279  hypothetical protein  28.75 
 
 
275 aa  72.4  0.000000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6513  transcriptional regulator, AraC family  35.34 
 
 
306 aa  72.4  0.000000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2898  transcriptional regulator, AraC family  37.89 
 
 
282 aa  72.4  0.000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2708  transcriptional activator MltR  39.22 
 
 
301 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.215541  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1524  transcriptional regulator, AraC family  38 
 
 
301 aa  72.4  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.753144  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3583  transcriptional regulator AraC family  35.66 
 
 
293 aa  71.6  0.00000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2795  AraC family transcriptional regulator  27.69 
 
 
275 aa  72  0.00000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0806  transcriptional regulator, AraC family  30.08 
 
 
355 aa  72  0.00000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.311156 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0082  transcriptional regulator, AraC family  35.9 
 
 
168 aa  72.4  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.802043 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  35.65 
 
 
316 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1596  transcriptional regulator, AraC family  29 
 
 
287 aa  71.2  0.00000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4384  transcriptional activator RhaS  25.78 
 
 
278 aa  70.9  0.00000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1688  AraC family transcriptional regulator  28.85 
 
 
280 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  34.45 
 
 
294 aa  71.6  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3231  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 
250 aa  71.6  0.00000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2413  transcriptional regulator, AraC family  41.3 
 
 
322 aa  70.9  0.00000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21720  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 
284 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  28.76 
 
 
513 aa  71.6  0.00000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05428  transcription regulator protein  41.58 
 
 
324 aa  70.9  0.00000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0810  AraC family transcriptional regulator  36.9 
 
 
306 aa  70.5  0.00000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0182  AraC family transcriptional regulator  32.29 
 
 
299 aa  70.5  0.00000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3869  AraC family transcriptional regulator  31 
 
 
304 aa  70.5  0.00000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0116  transcriptional regulator, AraC family  37.37 
 
 
351 aa  70.9  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.615337  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6717  transcriptional regulator, AraC family  31.58 
 
 
296 aa  70.5  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121518  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4599  transcriptional regulator, AraC family  40.86 
 
 
332 aa  70.5  0.00000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4098  AraC family transcriptional regulator  27.24 
 
 
280 aa  70.5  0.00000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00424275 
 
 
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NC_009456  VC0395_0236  AraC/XylS family transcriptional regulator  29.3 
 
 
277 aa  70.1  0.00000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_011981  Avi_7634  transcriptional regulator AraC family  30.26 
 
 
304 aa  70.1  0.00000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.63081  n/a   
 
 
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NC_007952  Bxe_B2800  AraC family transcriptional regulator  36.7 
 
 
333 aa  69.7  0.00000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4587  AraC family transcriptional regulator  36.79 
 
 
291 aa  69.7  0.00000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213128  normal 
 
 
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NC_010681  Bphyt_2935  transcriptional regulator, AraC family  30.83 
 
 
276 aa  70.1  0.00000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000000465121  normal 
 
 
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NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 
299 aa  69.7  0.00000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
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NC_009654  Mmwyl1_1089  helix-turn-helix domain-containing protein  32.38 
 
 
298 aa  69.7  0.00000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.99301  hitchhiker  0.00294409 
 
 
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NC_010681  Bphyt_0113  transcriptional regulator, AraC family  36.46 
 
 
354 aa  69.7  0.00000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_011729  PCC7424_0085  transcriptional regulator, AraC family  34.04 
 
 
296 aa  69.3  0.00000000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0195711 
 
 
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NC_003296  RS05505  putative transcription regulator protein  43.37 
 
 
270 aa  69.3  0.00000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_011004  Rpal_1268  transcriptional regulator, AraC family  35.65 
 
 
300 aa  69.3  0.00000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_010681  Bphyt_1111  transcriptional regulator, AraC family  37.11 
 
 
312 aa  69.3  0.00000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_010184  BcerKBAB4_0176  AraC family transcriptional regulator  32.29 
 
 
299 aa  69.3  0.00000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_010581  Bind_2339  AraC family transcriptional regulator  39.77 
 
 
303 aa  69.3  0.00000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.295664 
 
 
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NC_011071  Smal_2081  transcriptional regulator, AraC family  36.63 
 
 
153 aa  69.3  0.00000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.256  normal  0.670144 
 
 
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