More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_3397 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010001  Cphy_3397  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 
298 aa  611  9.999999999999999e-175  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000136095  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2461  AraC family transcriptional regulator  29.93 
 
 
277 aa  125  8.000000000000001e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1596  transcriptional regulator, AraC family  30.83 
 
 
287 aa  107  3e-22  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2058  transcriptional regulator, AraC family  29.89 
 
 
286 aa  103  5e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3256  AraC family transcriptional regulator  27.97 
 
 
292 aa  96.3  6e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3156  AraC family transcriptional regulator  28.41 
 
 
283 aa  92  1e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2338  AraC family transcriptional regulator  26.69 
 
 
294 aa  89.4  8e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3768  transcriptional regulator, AraC family  25.69 
 
 
297 aa  85.5  9e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1047  AraC family transcriptional regulator  27.72 
 
 
285 aa  84.3  0.000000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2139  transcriptional regulator, AraC family  27.47 
 
 
282 aa  81.3  0.00000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.669919  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2642  transcriptional regulator, AraC family  25.93 
 
 
304 aa  81.3  0.00000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2212  AraC family transcriptional regulator  27.6 
 
 
302 aa  81.3  0.00000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1172  transcriptional regulator, AraC family  24.6 
 
 
294 aa  80.9  0.00000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.324704  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3436  AraC family transcriptional regulator  23.88 
 
 
279 aa  80.1  0.00000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.462825 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  24.91 
 
 
299 aa  79.7  0.00000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1432  AraC family transcriptional regulator  27.44 
 
 
686 aa  79.3  0.00000000000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00438113  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1698  AraC family transcriptional regulator  27.44 
 
 
686 aa  79.3  0.00000000000007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000348751  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16600  transcriptional regulator, AraC family  23.68 
 
 
301 aa  78.6  0.0000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  36.19 
 
 
1201 aa  79  0.0000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  26.37 
 
 
293 aa  78.6  0.0000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4704  putative DNA-binding protein  26.12 
 
 
274 aa  76.3  0.0000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000153171  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2890  transcriptional regulator, AraC family  24.15 
 
 
300 aa  76.3  0.0000000000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.178075  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1659  transcriptional regulator, AraC family  22.85 
 
 
348 aa  76.3  0.0000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.278996 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05000  response regulator containing CheY-like receiver domain and AraC-type DNA-binding domain  21.43 
 
 
300 aa  75.9  0.0000000000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.989106  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0125  transcriptional regulator, AraC family  26.04 
 
 
300 aa  75.9  0.0000000000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0353  MSM (multiple sugar metabolism) operon regulatory protein  25.57 
 
 
301 aa  75.1  0.000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1172  AraC family DNA-binding response regulator  40.57 
 
 
250 aa  75.5  0.000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.409048  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2003  AraC family transcriptional regulator  33.66 
 
 
342 aa  75.1  0.000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0833293 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4263  transcriptional activator RhaR  22.94 
 
 
282 aa  75.5  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.814063 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4292  transcriptional activator RhaR  22.94 
 
 
282 aa  75.1  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4332  transcriptional activator RhaR  22.94 
 
 
282 aa  74.7  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0206667 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4378  transcriptional activator RhaR  22.58 
 
 
282 aa  74.3  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0600  two component transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 
546 aa  74.3  0.000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3115  helix-turn-helix domain-containing protein  34.46 
 
 
412 aa  74.7  0.000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4584  DNA-binding transcriptional regulator MelR  23.83 
 
 
302 aa  74.7  0.000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.781071  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2788  transcriptional regulator, AraC family  38.68 
 
 
408 aa  73.9  0.000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000435011  hitchhiker  0.0000000035636 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1237  AraC family transcriptional regulator  25.2 
 
 
272 aa  74.3  0.000000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000177874  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2110  transcriptional regulator, AraC family  39 
 
 
185 aa  73.9  0.000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.695339  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2535  transcriptional regulator, AraC family  38.68 
 
 
408 aa  73.9  0.000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03989  DNA-binding transcriptional dual regulator  23.83 
 
 
302 aa  73.6  0.000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3874  transcriptional regulator, AraC family  23.83 
 
 
302 aa  73.6  0.000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3159  AraC family transcriptional regulator  22.63 
 
 
296 aa  73.6  0.000000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2894  AraC family transcriptional regulator  40.43 
 
 
409 aa  73.6  0.000000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00223441  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03950  hypothetical protein  23.83 
 
 
302 aa  73.6  0.000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3148  transcriptional regulator, AraC family  40.43 
 
 
409 aa  73.6  0.000000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.322003 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6086  transcriptional regulator, AraC family  34.21 
 
 
288 aa  73.6  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.993456 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3909  DNA-binding transcriptional regulator MelR  23.83 
 
 
302 aa  73.6  0.000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3127  transcriptional regulator, AraC family  40.43 
 
 
409 aa  73.6  0.000000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4359  DNA-binding transcriptional regulator MelR  23.83 
 
 
302 aa  73.6  0.000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4672  DNA-binding transcriptional regulator MelR  23.83 
 
 
302 aa  73.6  0.000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4615  DNA-binding transcriptional regulator MelR  23.83 
 
 
302 aa  73.2  0.000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1137  transcriptional regulator, AraC family  25.19 
 
 
287 aa  72.8  0.000000000006  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  decreased coverage  0.000000101216  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1205  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 
440 aa  72.8  0.000000000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.909691  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4320  transcriptional regulator, AraC family  33.67 
 
 
427 aa  72.8  0.000000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  24.09 
 
 
311 aa  72.8  0.000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5632  DNA-binding transcriptional regulator MelR  23.83 
 
 
302 aa  72.4  0.000000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2239  AraC family transcriptional regulator  24.24 
 
 
295 aa  72.4  0.000000000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4299  transcriptional activator RhaR  23.51 
 
 
312 aa  72.4  0.000000000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0471375 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4439  transcriptional activator RhaR  22.76 
 
 
312 aa  72.4  0.000000000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5975  transcriptional regulator, AraC family  25.93 
 
 
299 aa  71.6  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1548  transcriptional regulator, AraC family  40.21 
 
 
276 aa  72  0.00000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0029  DNA-binding transcriptional regulator AraC  35.58 
 
 
242 aa  72  0.00000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.773429  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1575  AraC family transcriptional regulator  26.57 
 
 
339 aa  72  0.00000000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1428  transcriptional regulator, AraC family  26.52 
 
 
285 aa  72  0.00000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4444  transcriptional activator RhaR  22.58 
 
 
282 aa  71.6  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03792  DNA-binding transcriptional activator, L-rhamnose-binding  22.76 
 
 
312 aa  70.9  0.00000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4078  transcriptional regulator, AraC family  22.39 
 
 
312 aa  71.2  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5360  transcriptional activator RhaR  22.39 
 
 
312 aa  71.2  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.73393  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3197  DNA-binding transcriptional regulator AraC  25.71 
 
 
325 aa  71.2  0.00000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0504834 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1003  DNA-binding response regulator  41 
 
 
250 aa  71.2  0.00000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2635  transcriptional regulator, AraC family  29.31 
 
 
285 aa  70.9  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.82539 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4111  transcriptional activator RhaR  22.39 
 
 
312 aa  71.2  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03741  hypothetical protein  22.76 
 
 
312 aa  70.9  0.00000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4136  transcriptional activator RhaR  22.39 
 
 
312 aa  71.2  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2431  AraC protein arabinose-binding/dimerisation  23.28 
 
 
294 aa  71.2  0.00000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.690566  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0995  two component transcriptional regulator, AraC family  34.91 
 
 
542 aa  71.2  0.00000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0944  two component transcriptional regulator, AraC family  33.03 
 
 
539 aa  70.9  0.00000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4386  transcriptional activator RhaR  22.39 
 
 
312 aa  70.5  0.00000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.815414  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2050  AraC family transcriptional regulator  21.61 
 
 
284 aa  70.5  0.00000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.192935  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3887  two component AraC family transcriptional regulator  36.94 
 
 
252 aa  70.5  0.00000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5603  AraC family transcriptional regulator  37 
 
 
409 aa  70.5  0.00000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  24.42 
 
 
290 aa  70.5  0.00000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1528  AraC family transcriptional regulator  23.05 
 
 
284 aa  70.1  0.00000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1597  AraC family transcriptional regulator  23.53 
 
 
310 aa  70.1  0.00000000005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4021  AraC family transcriptional regulator  35.58 
 
 
288 aa  70.1  0.00000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.185045  normal  0.0217611 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2782  transcriptional regulator, AraC family  23.3 
 
 
293 aa  69.7  0.00000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0157891 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1614  transcriptional regulator, AraC family  31.13 
 
 
366 aa  69.7  0.00000000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05185  hypothetical protein  33.33 
 
 
280 aa  69.7  0.00000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1138  two component transcriptional regulator, AraC family  33.59 
 
 
519 aa  69.3  0.00000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2104  transcriptional regulator, AraC family  38.71 
 
 
298 aa  69.3  0.00000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.244646 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1385  AraC family transcriptional regulator  23.14 
 
 
272 aa  69.3  0.00000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.791872  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0147  two component transcriptional regulator, AraC family  35.71 
 
 
525 aa  68.9  0.00000000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  30.43 
 
 
318 aa  68.9  0.00000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2310  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  27.27 
 
 
299 aa  68.9  0.00000000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.120361  normal  0.040249 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5342  AraC family transcriptional regulator  23.51 
 
 
276 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.975436  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2213  regulatory protein PocR  29.06 
 
 
303 aa  68.6  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.639643  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2372  regulatory protein PocR  29.06 
 
 
303 aa  68.6  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.740068  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2090  AraC family transcriptional regulator  32.32 
 
 
261 aa  68.9  0.0000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00753492 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1824  two component AraC family transcriptional regulator  31.63 
 
 
362 aa  68.9  0.0000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000196685  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1051  transcriptional regulator, AraC family  37.23 
 
 
276 aa  68.6  0.0000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>