More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_1299 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_1299  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 334 aa  696    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3170  transcriptional regulator, AraC family  33.74 
 
 		 332 aa  237  2e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.777646  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4385  transcriptional regulator, AraC family  26.94 
 
 		 323 aa  132  1.0000000000000001e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.357896  decreased coverage  0.000854827 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1596  transcriptional regulator, AraC family  35.26 
 
 		 287 aa  86.3  6e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0895  AraC family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 315 aa  79  0.0000000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  38.61 
 
 		 513 aa  79  0.0000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1795  transcriptional regulator, AraC family  19.7 
 
 		 334 aa  78.2  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0716  AraC family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 296 aa  77  0.0000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00193737 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5347  transcriptional regulator, AraC family  32.47 
 
 		 332 aa  75.9  0.0000000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.93449  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0361  AraC family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 245 aa  75.9  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7195  transcriptional regulator, AraC family  26.67 
 
 		 314 aa  73.9  0.000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2358  AraC family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 234 aa  73.2  0.000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.738853  normal  0.890173 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3316  helix-turn-helix domain-containing protein  26.04 
 
 		 330 aa  72.8  0.000000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.606896  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0516  PAS sensor protein  32.43 
 
 		 255 aa  72.8  0.000000000009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2291  transcriptional regulator, AraC family  34.58 
 
 		 292 aa  72  0.00000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3156  two component transcriptional regulator, AraC family  34.65 
 
 		 515 aa  72  0.00000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.949308  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3508  AraC family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 196 aa  72  0.00000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0210792  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3869  AraC family transcriptional regulator  34 
 
 		 304 aa  71.6  0.00000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  34.91 
 
 		 1201 aa  71.6  0.00000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1157  AraC family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 248 aa  71.6  0.00000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2890  transcriptional regulator, AraC family  32.56 
 
 		 300 aa  71.6  0.00000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.178075  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2212  AraC family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 302 aa  71.2  0.00000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1813  transcription regulator protein  29.5 
 
 		 303 aa  70.9  0.00000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.881353  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42390  transcriptional regulator ExsA  30.85 
 
 		 278 aa  70.9  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.732807  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0937  transcriptional regulator, AraC family  31.58 
 
 		 291 aa  70.5  0.00000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.127184  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3778  AraC family transcriptional regulator  31 
 
 		 329 aa  70.5  0.00000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2411  transcriptional regulator, AraC family  25.62 
 
 		 333 aa  70.5  0.00000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.382897  normal  0.850127 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3104  AraC family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 282 aa  70.1  0.00000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.187437 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2058  transcriptional regulator, AraC family  32.69 
 
 		 286 aa  70.1  0.00000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51400  transcriptional regulator AraC family  42.17 
 
 		 310 aa  70.1  0.00000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0276  helix-turn-helix domain-containing protein  26.64 
 
 		 291 aa  70.1  0.00000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010157  YpAngola_B0050  thermoregulatory protein LcrF  25.38 
 
 		 271 aa  70.1  0.00000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.24501  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0314  AraC family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 322 aa  69.7  0.00000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2480  AraC family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 354 aa  69.7  0.00000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0897  transcriptional regulator  34.26 
 
 		 335 aa  69.7  0.00000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4732  helix-turn-helix domain-containing protein  30 
 
 		 293 aa  69.3  0.00000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0052536 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2415  transcriptional regulator, AraC family  26.83 
 
 		 368 aa  68.9  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.125553 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2469  AraC family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 361 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3868  AraC family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 330 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1220  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 267 aa  68.6  0.0000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.21436  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1958  response regulator receiver protein  35.35 
 
 		 530 aa  68.6  0.0000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000471781  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0347  transcriptional regulator, AraC family  32.65 
 
 		 322 aa  68.2  0.0000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1687  AraC family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 345 aa  67.8  0.0000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0447832  normal  0.915417 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0816  transcriptional regulator, AraC family  32.67 
 
 		 327 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3697  two component AraC family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 517 aa  67.4  0.0000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000611836  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1643  transcriptional regulator, AraC family  29.46 
 
 		 351 aa  67.4  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.671722  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0219  helix-turn-helix domain-containing protein  35.42 
 
 		 293 aa  67.4  0.0000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.882333  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2476  AraC family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 333 aa  67  0.0000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.336808 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 316 aa  67  0.0000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1583  two component AraC family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 533 aa  67  0.0000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.160886  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0841  transcriptional regulator, AraC family  29.81 
 
 		 300 aa  66.6  0.0000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0102  two component transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 519 aa  67  0.0000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1434  AraC family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 312 aa  66.6  0.0000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.458798  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2344  AraC family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 291 aa  66.6  0.0000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.415258  decreased coverage  0.000000160682 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2461  AraC family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 277 aa  66.2  0.0000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4262  transcriptional activator RhaS  27.36 
 
 		 278 aa  66.2  0.0000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  34.65 
 
 		 331 aa  65.9  0.0000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4321  helix-turn-helix domain-containing protein  28.04 
 
 		 357 aa  65.9  0.0000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3197  DNA-binding transcriptional regulator AraC  30 
 
 		 325 aa  65.9  0.000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0504834 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3497  AraC family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 198 aa  65.1  0.000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.27794  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4484  transcriptional regulator  31.91 
 
 		 361 aa  65.5  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5122  transcriptional regulator AraC family  32.11 
 
 		 314 aa  65.5  0.000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.962416  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1175  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 322 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.253072 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0864  two component AraC family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 503 aa  65.5  0.000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6041  transcriptional regulator, AraC family  30 
 
 		 303 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2121  transcriptional regulator, AraC family  28.85 
 
 		 341 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0540  transcriptional regulator, AraC family  30.63 
 
 		 289 aa  65.5  0.000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.516999  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4138  AraC family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 311 aa  65.5  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0937  transcriptional regulator, AraC family  27.73 
 
 		 291 aa  65.5  0.000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.440102  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1313  AraC family transcriptional regulator  31 
 
 		 306 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.459937  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0920  AraC family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 313 aa  64.7  0.000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0175793  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4377  transcriptional activator RhaS  26.42 
 
 		 278 aa  65.1  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5008  putative transcriptional regulator  32 
 
 		 332 aa  65.1  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4437  transcriptional activator RhaS  27.78 
 
 		 278 aa  65.1  0.000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0224  response regulator receiver protein  27.55 
 
 		 537 aa  64.7  0.000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2694  AraC family transcriptional regulator  23.78 
 
 		 332 aa  64.7  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.899645 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4536  AraC family transcriptional regulator  31 
 
 		 334 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4331  transcriptional activator RhaS  26.42 
 
 		 278 aa  65.1  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0197402 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1173  cupin 2 domain-containing protein  28.16 
 
 		 316 aa  65.1  0.000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001535  transcriptional regulator AraC family  33 
 
 		 318 aa  64.7  0.000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4291  transcriptional activator RhaS  26.42 
 
 		 278 aa  65.1  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4443  transcriptional activator RhaS  26.42 
 
 		 278 aa  65.1  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1524  transcriptional regulator, AraC family  27.78 
 
 		 301 aa  64.7  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.753144  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0920  AraC family transcriptional regulator  31 
 
 		 334 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4411  helix-turn-helix domain-containing protein  31 
 
 		 334 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.321471  normal  0.2451 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0125  transcriptional regulator, AraC family  27.69 
 
 		 300 aa  64.7  0.000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0152  AraC family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 392 aa  64.7  0.000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4066  transcriptional activator RhaS  28.44 
 
 		 278 aa  65.1  0.000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.828841  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6795  transcriptional regulator, AraC family  29.51 
 
 		 306 aa  64.3  0.000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.312804  hitchhiker  0.00000309577 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3485  AraC family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 198 aa  64.3  0.000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.781082  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1111  transcriptional regulator, AraC family  31 
 
 		 312 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4121  helix-turn-helix, AraC type  31.48 
 
 		 334 aa  63.9  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0464  AraC family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 259 aa  64.3  0.000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3869  Ada regulatory protein/6-O-methylguanine-DNA methyltransferase  33.05 
 
 		 198 aa  63.9  0.000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  23.65 
 
 		 309 aa  63.9  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1528  AraC family transcriptional regulator  30.7 
 
 		 284 aa  63.9  0.000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2808  transcriptional regulator, AraC family  31.31 
 
 		 330 aa  63.9  0.000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.627946  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2274  AraC family transcriptional regulator  29 
 
 		 307 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.348217  normal  0.470943 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0983  helix-turn-helix domain-containing protein  33 
 
 		 295 aa  64.3  0.000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3089  helix-turn-helix domain-containing protein  31.63 
 
 		 297 aa  63.9  0.000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.830597 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>