More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_3256 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_3256  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 292 aa  609  1e-173  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1428  transcriptional regulator, AraC family  39.57 
 
 		 285 aa  185  1.0000000000000001e-45  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2212  AraC family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 302 aa  103  3e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0572  AraC family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 300 aa  103  4e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01665  predicted DNA-binding transcriptional regulator  27.24 
 
 		 303 aa  100  3e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01654  hypothetical protein  27.24 
 
 		 303 aa  100  3e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1935  AraC family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 303 aa  100  4e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0147604 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1946  transcriptional regulator, AraC family  27.93 
 
 		 303 aa  99.8  5e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.192766  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1451  transcriptional regulator, AraC family protein  28.57 
 
 		 296 aa  99.8  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0743909  normal  0.362871 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1467  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 296 aa  99.8  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.145729 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1912  AraC family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 303 aa  99.8  5e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1500  AraC family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 303 aa  99.8  5e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.831009  normal  0.0187399 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1817  transcriptional regulator, AraC family protein  28.57 
 
 		 296 aa  99.8  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.246217  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1899  transcriptional regulator, AraC family  27.93 
 
 		 303 aa  99.8  5e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2412  transcriptional regulator, AraC family  27.24 
 
 		 303 aa  99.4  7e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4704  putative DNA-binding protein  28.17 
 
 		 274 aa  99  9e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000153171  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1486  AraC family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 296 aa  96.7  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.012343 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3397  AraC family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 298 aa  96.3  6e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000136095  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1393  transcriptional regulator, AraC family  28.41 
 
 		 303 aa  94.7  1e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2113  two component transcriptional regulator, AraC family  37.8 
 
 		 538 aa  93.6  3e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.141697  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1958  response regulator receiver protein  41.9 
 
 		 530 aa  90.5  3e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000471781  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2134  AraC protein, arabinose-binding/dimerisation  25.37 
 
 		 306 aa  88.2  1e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3428  transcriptional regulator, AraC family  26.4 
 
 		 265 aa  87  3e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1106  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 309 aa  86.3  6e-16  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15370  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  44.9 
 
 		 415 aa  85.5  9e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0937  transcriptional regulator, AraC family  42.57 
 
 		 291 aa  85.5  0.000000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.440102  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0410  two component transcriptional regulator, AraC family  33.1 
 
 		 233 aa  84  0.000000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 316 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1809  transcriptional regulator, AraC family  34.06 
 
 		 273 aa  84.3  0.000000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000729156  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0125  transcriptional regulator, AraC family  26.04 
 
 		 300 aa  84.3  0.000000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2139  transcriptional regulator, AraC family  25.64 
 
 		 282 aa  83.6  0.000000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.669919  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3861  two component AraC family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 259 aa  82  0.000000000000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 513 aa  82.4  0.000000000000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2058  transcriptional regulator, AraC family  26.09 
 
 		 286 aa  82  0.00000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0224  response regulator receiver protein  41.18 
 
 		 537 aa  81.6  0.00000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0071  AraC family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 288 aa  82  0.00000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0659  AraC family transcriptional regulator  42.55 
 
 		 290 aa  81.3  0.00000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4136  transcriptional regulator, AraC family  28 
 
 		 278 aa  80.9  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.322145  normal  0.588482 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2461  AraC family transcriptional regulator  23.99 
 
 		 277 aa  81.3  0.00000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1583  two component AraC family transcriptional regulator  42.55 
 
 		 533 aa  80.5  0.00000000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.160886  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1237  AraC family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 272 aa  80.1  0.00000000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000177874  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1862  transcriptional regulator, AraC family  25.73 
 
 		 300 aa  80.1  0.00000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2356  transcriptional regulator, AraC family  27.76 
 
 		 296 aa  79.3  0.00000000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2113  two component AraC family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 548 aa  79.3  0.00000000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3979  two component transcriptional regulator, AraC family  38.53 
 
 		 348 aa  79  0.00000000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2791  transcriptional regulator, AraC family  27.07 
 
 		 307 aa  79  0.00000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.209694 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2104  transcriptional regulator, AraC family  39.6 
 
 		 298 aa  79  0.00000000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.244646 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6978  Transcriptional regulator containing an amidase domain and an AraC-type DNA-binding HTH domain-like protein  22.51 
 
 		 302 aa  78.6  0.0000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.16745 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  29.6 
 
 		 294 aa  78.6  0.0000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3156  two component transcriptional regulator, AraC family  38.14 
 
 		 515 aa  78.6  0.0000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.949308  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5046  transcriptional regulator, AraC family  32.31 
 
 		 360 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.311453 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3263  transcriptional regulator  34.91 
 
 		 322 aa  78.6  0.0000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0142  transcriptional regulator, AraC family  37.96 
 
 		 760 aa  77.4  0.0000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1988  AraC family transcriptional regulator  39.82 
 
 		 194 aa  77.8  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.191818  hitchhiker  0.00402915 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0944  two component transcriptional regulator, AraC family  38.39 
 
 		 539 aa  77.8  0.0000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0125  transcriptional regulator  37 
 
 		 325 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1318  AraC family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 294 aa  77.4  0.0000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.761239  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3778  AraC family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 329 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6795  transcriptional regulator, AraC family  38.38 
 
 		 306 aa  77.8  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.312804  hitchhiker  0.00000309577 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0600  two component transcriptional regulator, AraC family  37.62 
 
 		 546 aa  77  0.0000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0555  AraC family DNA-binding response regulator  35 
 
 		 529 aa  77  0.0000000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0399  response regulator receiver protein  34.59 
 
 		 365 aa  77  0.0000000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1602  transcriptional regulator  32.79 
 
 		 330 aa  76.6  0.0000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1852  putative transcriptional regulator  24.91 
 
 		 284 aa  76.6  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.687343  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0219  helix-turn-helix domain-containing protein  38.66 
 
 		 293 aa  77  0.0000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.882333  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6717  transcriptional regulator, AraC family  29.01 
 
 		 296 aa  76.3  0.0000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121518  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1597  AraC family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 310 aa  76.3  0.0000000000006  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0928  AraC family transcriptional regulator  36.19 
 
 		 766 aa  76.3  0.0000000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.197774  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2641  AraC family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 301 aa  75.9  0.0000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1179  two component AraC family transcriptional regulator  39 
 
 		 359 aa  75.9  0.0000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2101  putative DNA-binding protein  27 
 
 		 286 aa  75.9  0.0000000000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.326102  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0539  AraC family DNA-binding response regulator  34.34 
 
 		 529 aa  75.9  0.0000000000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4320  transcriptional regulator, AraC family  32.35 
 
 		 427 aa  75.9  0.0000000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0919  two component AraC family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 356 aa  75.5  0.0000000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4467  AraC family transcriptional regulator  24.21 
 
 		 301 aa  75.5  0.0000000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1602  transcriptional regulator  30.77 
 
 		 360 aa  75.5  0.0000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3197  DNA-binding transcriptional regulator AraC  32.81 
 
 		 325 aa  75.9  0.0000000000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0504834 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2338  AraC family transcriptional regulator  24.09 
 
 		 294 aa  75.5  0.000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0152  transcriptional regulator, AraC family  32.74 
 
 		 318 aa  75.1  0.000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.143566 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2736  AraC family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 154 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.66637 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1596  transcriptional regulator, AraC family  25.37 
 
 		 287 aa  75.1  0.000000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1205  AraC family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 440 aa  75.1  0.000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.909691  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  34 
 
 		 1201 aa  75.5  0.000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1714  AraC-type transcriptional regulator-like protein  35.29 
 
 		 289 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00197834  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0091  AraC family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 278 aa  75.1  0.000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21720  AraC family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 284 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2467  two component transcriptional regulator, AraC family  35.71 
 
 		 251 aa  75.1  0.000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0276  helix-turn-helix domain-containing protein  34.65 
 
 		 291 aa  75.1  0.000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0484  transcriptional regulator  31.93 
 
 		 356 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1627  transcriptional regulator, AraC family  34.55 
 
 		 273 aa  74.3  0.000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000116038  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1111  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 506 aa  74.3  0.000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000128485  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0074  transcriptional regulator, AraC family protein  35.29 
 
 		 289 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4299  AraC family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 323 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0208  ThiJ/PfpI domain-containing protein  32.74 
 
 		 318 aa  74.7  0.000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0903161  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1993  transcriptional regulator, AraC family  38.1 
 
 		 508 aa  74.3  0.000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.04683  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02019  transcription regulator protein  32.2 
 
 		 387 aa  73.9  0.000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23290  transcriptional regulator, AraC family  26.09 
 
 		 276 aa  73.9  0.000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1012  transcriptional regulator, AraC family  27.86 
 
 		 274 aa  73.9  0.000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2399  AraC family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 324 aa  73.9  0.000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1295  AraC family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 317 aa  73.9  0.000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>