More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_0464 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_0464  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 259 aa  532  1e-150  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1548  transcriptional regulator, AraC family  31.95 
 
 		 276 aa  164  2.0000000000000002e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2212  AraC family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 302 aa  98.2  1e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1528  AraC family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 284 aa  91.7  1e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2058  transcriptional regulator, AraC family  27.84 
 
 		 286 aa  89.4  5e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1596  transcriptional regulator, AraC family  27.8 
 
 		 287 aa  86.3  5e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0125  transcriptional regulator, AraC family  24.11 
 
 		 300 aa  85.1  9e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1001  transcriptional regulator, AraC family  25.1 
 
 		 307 aa  84.7  0.000000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4316  transcriptional regulator, AraC family  25.3 
 
 		 320 aa  84.3  0.000000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0353  MSM (multiple sugar metabolism) operon regulatory protein  33.68 
 
 		 301 aa  83.2  0.000000000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3986  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25.1 
 
 		 289 aa  82.8  0.000000000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.542106  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4584  DNA-binding transcriptional regulator MelR  24 
 
 		 302 aa  82.8  0.000000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.781071  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4615  DNA-binding transcriptional regulator MelR  24 
 
 		 302 aa  82.8  0.000000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03989  DNA-binding transcriptional dual regulator  24 
 
 		 302 aa  82.8  0.000000000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3874  transcriptional regulator, AraC family  24 
 
 		 302 aa  82.8  0.000000000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4359  DNA-binding transcriptional regulator MelR  24 
 
 		 302 aa  82.8  0.000000000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3909  DNA-binding transcriptional regulator MelR  24 
 
 		 302 aa  82.8  0.000000000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03950  hypothetical protein  24 
 
 		 302 aa  82.8  0.000000000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4672  DNA-binding transcriptional regulator MelR  24 
 
 		 302 aa  82.8  0.000000000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1355  transcriptional regulator, AraC family  24.52 
 
 		 303 aa  82  0.000000000000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000000118066  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5632  DNA-binding transcriptional regulator MelR  23.6 
 
 		 302 aa  80.5  0.00000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1393  transcriptional regulator, AraC family  25.4 
 
 		 303 aa  80.9  0.00000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2718  two component transcriptional regulator, AraC family  38.3 
 
 		 259 aa  79.3  0.00000000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1597  AraC family transcriptional regulator  22.63 
 
 		 310 aa  79.3  0.00000000000005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0396  AraC-like transcriptional regulator  27.62 
 
 		 285 aa  79.3  0.00000000000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000261695 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4467  AraC family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 301 aa  79  0.00000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01665  predicted DNA-binding transcriptional regulator  24 
 
 		 303 aa  77.4  0.0000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1958  response regulator receiver protein  32.73 
 
 		 530 aa  77.8  0.0000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000471781  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1935  AraC family transcriptional regulator  24 
 
 		 303 aa  77.4  0.0000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0147604 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01654  hypothetical protein  24 
 
 		 303 aa  77.4  0.0000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1318  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 294 aa  77.8  0.0000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.761239  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2239  AraC family transcriptional regulator  26.2 
 
 		 295 aa  77.8  0.0000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1173  cupin 2 domain-containing protein  22.96 
 
 		 316 aa  77.4  0.0000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  38.71 
 
 		 513 aa  76.6  0.0000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0516  PAS sensor protein  33.93 
 
 		 255 aa  76.6  0.0000000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3156  two component transcriptional regulator, AraC family  38.71 
 
 		 515 aa  76.3  0.0000000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.949308  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3165  helix-turn-helix domain-containing protein  37.61 
 
 		 308 aa  76.3  0.0000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00840402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2641  AraC family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 301 aa  75.9  0.0000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4952  helix-turn-helix domain-containing protein  25.09 
 
 		 292 aa  75.5  0.0000000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.017601  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0951  AraC family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 571 aa  75.5  0.0000000000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00021324  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0771  two component AraC family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 355 aa  75.5  0.0000000000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000862622  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3021  transcriptional regulator, AraC family  32.76 
 
 		 372 aa  75.5  0.0000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3657  AraC family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 430 aa  74.7  0.000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316455  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3697  two component AraC family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 517 aa  75.1  0.000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000611836  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1946  transcriptional regulator, AraC family  23.6 
 
 		 303 aa  73.9  0.000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.192766  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1899  transcriptional regulator, AraC family  23.6 
 
 		 303 aa  73.9  0.000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1500  AraC family transcriptional regulator  23.6 
 
 		 303 aa  73.9  0.000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.831009  normal  0.0187399 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2121  transcriptional regulator, AraC family  34.31 
 
 		 341 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3262  response regulator receiver protein  35.42 
 
 		 257 aa  74.3  0.000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2412  transcriptional regulator, AraC family  23.6 
 
 		 303 aa  73.9  0.000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1912  AraC family transcriptional regulator  23.6 
 
 		 303 aa  73.9  0.000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34440  transcriptional regulator MtlR  36.56 
 
 		 301 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000688741  normal  0.560291 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3550  transcriptional regulator, AraC family  24.43 
 
 		 313 aa  73.6  0.000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2926  transcriptional regulator MtlR  36.56 
 
 		 287 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.795893  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2401  transcriptional regulator, AraC family  32.65 
 
 		 202 aa  73.2  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4552  DNA-binding transcriptional regulator MelR  21.74 
 
 		 296 aa  73.2  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.316037  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4561  DNA-binding transcriptional regulator MelR  21.74 
 
 		 296 aa  73.2  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2708  transcriptional activator MltR  31.62 
 
 		 301 aa  73.2  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.215541  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6685  AraC family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 321 aa  73.2  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.745893  normal  0.261527 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4643  DNA-binding transcriptional regulator MelR  21.74 
 
 		 296 aa  73.2  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4643  DNA-binding transcriptional regulator MelR  21.74 
 
 		 296 aa  73.2  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1506  helix-turn-helix domain-containing protein  24.8 
 
 		 240 aa  73.2  0.000000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4692  DNA-binding transcriptional regulator MelR  21.74 
 
 		 296 aa  73.2  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.887715  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1891  transcriptional regulator, AraC family  24.03 
 
 		 291 aa  72.8  0.000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2441  helix-turn-helix, AraC type  31.62 
 
 		 307 aa  72.8  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0002572  decreased coverage  0.000290212 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1237  AraC family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 272 aa  72.8  0.000000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000177874  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4066  transcriptional activator RhaS  24.08 
 
 		 278 aa  72.8  0.000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.828841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4484  transcriptional regulator  24.34 
 
 		 361 aa  72.8  0.000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2066  AraC family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 338 aa  72.4  0.000000000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.623235  normal  0.45327 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5330  AraC family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 325 aa  72.8  0.000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0697804 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27420  transcriptional regulator MtlR (AraC family)  39.78 
 
 		 299 aa  72.4  0.000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.467419  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4262  transcriptional activator RhaS  25.4 
 
 		 278 aa  72.4  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1467  AraC family transcriptional regulator  20.37 
 
 		 296 aa  72.4  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.145729 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1451  transcriptional regulator, AraC family protein  20.37 
 
 		 296 aa  72.4  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0743909  normal  0.362871 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1817  transcriptional regulator, AraC family protein  20.37 
 
 		 296 aa  72.4  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.246217  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1003  transcriptional regulator, AraC family  22.05 
 
 		 289 aa  72  0.000000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5842  AraC family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 321 aa  72  0.000000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.770334  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6209  AraC family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 321 aa  72  0.000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00677646 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2123  AraC family transcriptional regulator  22.14 
 
 		 287 aa  71.6  0.00000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.184363  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0216  transcriptional regulator, AraC family  31.07 
 
 		 299 aa  71.2  0.00000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5388  transcriptional regulator, AraC family  25.77 
 
 		 298 aa  71.6  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.769805 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2042  AraC family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 301 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5748  AraC family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 321 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.389978  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1480  transcriptional regulator, AraC family  22.78 
 
 		 288 aa  71.6  0.00000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0895908  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1216  AraC family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 300 aa  71.2  0.00000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4171  transcriptional regulator, AraC family  34.62 
 
 		 300 aa  70.5  0.00000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1013  AraC family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 300 aa  70.5  0.00000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.126228  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1271  transcriptional regulator, AraC family  35.58 
 
 		 300 aa  70.5  0.00000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.121916  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1014  AraC family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 300 aa  71.2  0.00000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.210728  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4578  AraC family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 409 aa  70.5  0.00000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0591899  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1194  transcriptional regulator, AraC family  35.58 
 
 		 300 aa  71.2  0.00000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.926126 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1021  AraC family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 300 aa  70.9  0.00000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4331  transcriptional activator RhaS  25 
 
 		 278 aa  71.2  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0197402 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5992  AraC family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 348 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728993  normal  0.755382 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4415  AraC family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 303 aa  70.9  0.00000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  hitchhiker  0.0031509  normal  0.543799 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1419  transcriptional regulator  30.63 
 
 		 279 aa  70.9  0.00000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4377  transcriptional activator RhaS  25 
 
 		 278 aa  70.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3282  two component AraC family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 535 aa  71.2  0.00000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4291  transcriptional activator RhaS  25 
 
 		 278 aa  70.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2339  AraC family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 303 aa  70.9  0.00000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.295664 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>