More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2401 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_2401  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 202 aa  403  1e-111  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0180  AraC family transcriptional regulator  63.28 
 
 		 223 aa  215  4e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0517  helix-turn-helix domain-containing protein  43.4 
 
 		 180 aa  131  6e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.970363 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5108  AraC family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 316 aa  105  3e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.310256  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29260  putative transcriptional regulator  44.2 
 
 		 297 aa  103  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3971  putative transcriptional regulator  48.57 
 
 		 272 aa  103  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2387  AraC family transcriptional regulator  37.65 
 
 		 209 aa  103  2e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0159935  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  47.62 
 
 		 318 aa  102  4e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  33.52 
 
 		 299 aa  102  4e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1537  transcriptional regulator, AraC family  37.01 
 
 		 282 aa  102  4e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.164062  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4632  AraC family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 316 aa  100  1e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.569454  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2669  AraC family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 188 aa  99.8  2e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.588575  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0624  AraC family transcriptional regulator  44.34 
 
 		 299 aa  99.8  3e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5610  AraC family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 302 aa  99.4  3e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00190409  normal  0.169642 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0210  AraC family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 274 aa  99  4e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.85611 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5827  AraC family transcriptional regulator  52.53 
 
 		 302 aa  99  4e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0085  transcriptional regulator, AraC family  45.19 
 
 		 296 aa  99  5e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0195711 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6617  transcriptional regulator, AraC family  46.67 
 
 		 287 aa  98.2  6e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.131937 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1111  transcriptional regulator, AraC family  42.45 
 
 		 312 aa  97.4  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2390  AraC family transcriptional regulator  33.95 
 
 		 196 aa  97.4  1e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.245348  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5694  AraC family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 319 aa  96.3  3e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.730665  normal  0.260224 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  41.35 
 
 		 294 aa  95.9  4e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0798  AraC family transcriptional regulator  45.69 
 
 		 311 aa  95.1  6e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0091  AraC family transcriptional regulator  45.74 
 
 		 278 aa  94.7  7e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0345  AraC family transcriptional regulator  45.69 
 
 		 311 aa  94.4  1e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1480  AraC family transcriptional regulator  49.47 
 
 		 306 aa  94  1e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.237942  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0829  AraC family transcriptional regulator  45.69 
 
 		 311 aa  94.4  1e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0210284  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6349  AraC family transcriptional regulator  49.47 
 
 		 306 aa  94  1e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0502154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7015  AraC family transcriptional regulator  51.22 
 
 		 306 aa  94  2e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0570551 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3921  AraC family transcriptional regulator  45.69 
 
 		 311 aa  93.6  2e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.892105 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3482  AraC family transcriptional regulator  41.35 
 
 		 299 aa  93.6  2e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.675068  normal  0.589184 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1279  helix-turn-helix domain-containing protein  41.9 
 
 		 306 aa  93.2  3e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.665979 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0932  AraC family transcriptional regulator  43.93 
 
 		 291 aa  92.4  4e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0536  AraC family transcriptional regulator  45.28 
 
 		 304 aa  92.4  4e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7037  AraC family transcriptional regulator  48.86 
 
 		 301 aa  92  5e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.283867  normal  0.289972 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1458  AraC family transcriptional regulator  48.86 
 
 		 301 aa  92  5e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6370  AraC family transcriptional regulator  48.86 
 
 		 301 aa  92  5e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5475  transcriptional regulator, AraC family  39.32 
 
 		 305 aa  92  6e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.59164  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2413  transcriptional regulator, AraC family  43.45 
 
 		 322 aa  92  6e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1980  AraC family transcriptional regulator  36.69 
 
 		 293 aa  91.7  7e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.949603 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1041  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  46 
 
 		 291 aa  90.5  1e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2282  putative transcriptional regulator  41.12 
 
 		 294 aa  90.5  1e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4513  transcriptional regulator, AraC family  38.94 
 
 		 133 aa  90.9  1e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1268  transcriptional regulator, AraC family  42.86 
 
 		 300 aa  90.5  1e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6285  transcriptional regulator, AraC family  39.04 
 
 		 287 aa  90.5  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.671161  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2507  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 291 aa  90.9  1e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3201  AraC family transcriptional regulator  35.85 
 
 		 182 aa  90.5  2e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0116989 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2046  AraC family transcriptional regulator  44.76 
 
 		 291 aa  89.7  2e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0173792  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3218  AraC family transcriptional regulator  45.37 
 
 		 678 aa  90.1  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000051538  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1909  AraC family transcriptional regulator  44.76 
 
 		 315 aa  90.5  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.190572  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3164  AraC family transcriptional regulator  44.76 
 
 		 332 aa  89.7  2e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0245945  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3203  AraC family transcriptional regulator  44.76 
 
 		 315 aa  89.7  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.10279  n/a   
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4172  AraC family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 295 aa  90.1  2e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0833223  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0867  AraC family transcriptional regulator  44.76 
 
 		 315 aa  90.5  2e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000394258  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2701  AraC family transcriptional regulator  44.76 
 
 		 315 aa  90.5  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.137316  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4645  transcriptional regulator, AraC family  40.59 
 
 		 112 aa  89.7  3e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0412729 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 316 aa  89.7  3e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4732  helix-turn-helix domain-containing protein  43 
 
 		 293 aa  89.4  4e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0052536 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0583  AraC family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 312 aa  89.4  4e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.98908  normal  0.54842 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5716  AraC family transcriptional regulator  48.78 
 
 		 304 aa  89  5e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  34.62 
 
 		 309 aa  88.2  8e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4236  AraC family transcriptional regulator  41.44 
 
 		 285 aa  87.4  1e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.457979 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3869  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 304 aa  87.4  1e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0937  transcriptional regulator, AraC family  31.78 
 
 		 291 aa  87.4  1e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.440102  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2932  transcriptional regulator, AraC family  39.86 
 
 		 293 aa  87  2e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1980  RC149  33.86 
 
 		 308 aa  87  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.421398  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1960  AraC family transcriptional regulator  40.52 
 
 		 143 aa  86.7  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2224  AraC family transcriptional regulator  41.49 
 
 		 278 aa  87  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000575993  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1405  AraC family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 251 aa  87  2e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000697123  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0134  AraC family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 322 aa  87  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0588  AraC family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 308 aa  86.7  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0681  AraC family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 306 aa  87  2e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1172  AraC family DNA-binding response regulator  35 
 
 		 250 aa  86.7  2e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.409048  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6717  transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 		 296 aa  86.3  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121518  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2369  transcriptional regulator  36.7 
 
 		 368 aa  85.9  3e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4258  AraC family transcriptional regulator  40.52 
 
 		 327 aa  86.3  3e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6795  transcriptional regulator, AraC family  30.22 
 
 		 306 aa  85.9  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.312804  hitchhiker  0.00000309577 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3583  transcriptional regulator AraC family  36.97 
 
 		 293 aa  86.3  3e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6135  transcriptional regulator, AraC family  44.19 
 
 		 305 aa  85.9  4e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6513  transcriptional regulator, AraC family  45.83 
 
 		 306 aa  85.5  4e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1213  transcriptional regulator, AraC family  42.31 
 
 		 291 aa  85.1  6e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3238  AraC family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 290 aa  85.1  6e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.996927 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2379  AraC family transcriptional regulator  41.86 
 
 		 304 aa  84.7  8e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0538221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3329  hypothetical protein  31.18 
 
 		 298 aa  84.3  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.289343  normal  0.60626 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3361  helix-turn-helix domain-containing protein  44.55 
 
 		 160 aa  84  0.000000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0973  transcriptional regulator, AraC family  45.65 
 
 		 260 aa  84  0.000000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1524  transcriptional regulator, AraC family  41.51 
 
 		 301 aa  84  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.753144  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1207  putative transcriptional regulator  44.23 
 
 		 293 aa  84.3  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  34.62 
 
 		 331 aa  83.6  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1853  transcriptional regulator, AraC family  34.34 
 
 		 294 aa  84  0.000000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.801816 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4464  helix-turn-helix domain-containing protein  43.16 
 
 		 291 aa  83.2  0.000000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2890  transcriptional regulator, AraC family  32.18 
 
 		 300 aa  83.2  0.000000000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.178075  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2555  AraC family transcriptional regulator  47.46 
 
 		 311 aa  82.8  0.000000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05428  transcription regulator protein  43.93 
 
 		 324 aa  82.4  0.000000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1003  DNA-binding response regulator  32 
 
 		 250 aa  82.4  0.000000000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5487  transcriptional regulator, AraC family  31.85 
 
 		 275 aa  82  0.000000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.341172 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6118  putative transcriptional regulator  36.31 
 
 		 266 aa  82  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4587  AraC family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 291 aa  82  0.000000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213128  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4871  AraC family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 308 aa  82  0.000000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.412804  normal  0.401729 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13470  AraC family transcriptional regulator  40.52 
 
 		 293 aa  81.6  0.000000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0899227  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>