More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_5992 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010557  BamMC406_5748  AraC family transcriptional regulator  98.13 
 
 
321 aa  634    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.389978  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5992  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 
348 aa  705    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728993  normal  0.755382 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6612  transcriptional regulator  87.91 
 
 
341 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5330  AraC family transcriptional regulator  87.54 
 
 
325 aa  568  1e-161  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0697804 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6685  AraC family transcriptional regulator  88.4 
 
 
321 aa  563  1.0000000000000001e-159  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.745893  normal  0.261527 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5842  AraC family transcriptional regulator  88.09 
 
 
321 aa  561  1.0000000000000001e-159  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.770334  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6209  AraC family transcriptional regulator  88.09 
 
 
321 aa  561  1.0000000000000001e-159  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00677646 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3129  transcriptional regulator, AraC family  68.45 
 
 
328 aa  437  9.999999999999999e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.554919  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1880  AraC family transcriptional regulator  65.73 
 
 
327 aa  414  1e-114  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1481  transcriptional regulator, AraC family  62.58 
 
 
321 aa  395  1e-109  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2287  transcriptional regulator, AraC family  61.08 
 
 
328 aa  387  1e-106  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.322568  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4827  transcriptional regulator, AraC family  62.7 
 
 
319 aa  387  1e-106  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5148  AraC family transcriptional regulator  62.97 
 
 
328 aa  383  1e-105  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0642429  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1145  AraC family transcriptional regulator  62.1 
 
 
326 aa  375  1e-103  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.480921  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5796  transcriptional regulator, AraC family  51.6 
 
 
317 aa  298  1e-79  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2605  transcriptional regulator  45.19 
 
 
319 aa  276  5e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.548413  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3465  transcriptional regulator, AraC family  46.77 
 
 
327 aa  274  2.0000000000000002e-72  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1153  ThiJ/PfpI domain-containing protein  47.04 
 
 
338 aa  273  3e-72  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.074608 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1312  transcriptional regulator, AraC family  46.73 
 
 
338 aa  264  1e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00374343  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0640  AraC family transcriptional regulator  47.96 
 
 
322 aa  264  2e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4716  transcriptional regulator, AraC family  43.91 
 
 
341 aa  261  2e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.777825 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3465  transcriptional regulator  45.03 
 
 
341 aa  260  2e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3529  AraC family transcriptional regulator  43.41 
 
 
336 aa  259  3e-68  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2686  AraC family transcriptional regulator  46.88 
 
 
324 aa  259  6e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2046  AraC family transcriptional regulator  46.71 
 
 
324 aa  258  1e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2657  AraC family transcriptional regulator  46.71 
 
 
324 aa  258  1e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0449258  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2704  AraC family transcriptional regulator  45.96 
 
 
322 aa  256  3e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.561895  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1836  transcriptional regulator  45.03 
 
 
327 aa  256  4e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4246  AraC family transcriptional regulator  46.37 
 
 
319 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5985  transcriptional regulator  46.73 
 
 
334 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0571562 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6986  transcriptional regulator, AraC family  44.41 
 
 
356 aa  253  5.000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.667581  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2518  transcriptional regulator, AraC family  43.4 
 
 
336 aa  249  4e-65  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.179818 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0160  transcriptional regulator, AraC family  46.3 
 
 
323 aa  249  5e-65  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0641212  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2578  AraC family transcriptional regulator  46.58 
 
 
322 aa  249  6e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2043  transcriptional regulator, AraC family  45.45 
 
 
330 aa  248  1e-64  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.437  normal  0.109712 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5399  transcriptional regulator  44.59 
 
 
321 aa  246  4e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.654414  hitchhiker  0.00149287 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5675  transcriptional regulator, AraC family  48.39 
 
 
320 aa  245  6.999999999999999e-64  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0741  AraC family transcriptional regulator  43.57 
 
 
321 aa  245  8e-64  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.223773  normal  0.885746 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3004  transcriptional regulator  46.06 
 
 
319 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000291789  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2502  transcriptional regulator, AraC family  42.15 
 
 
327 aa  244  9.999999999999999e-64  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1704  transcriptional regulator, AraC family  40.95 
 
 
362 aa  244  9.999999999999999e-64  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0747  AraC family transcriptional regulator  43.89 
 
 
321 aa  244  1.9999999999999999e-63  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.46918  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0761  AraC family transcriptional regulator  43.89 
 
 
321 aa  244  1.9999999999999999e-63  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.321335  normal  0.450606 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6979  transcriptional regulator, AraC family  45.43 
 
 
319 aa  243  5e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1088  transcriptional regulator, AraC family  41.72 
 
 
332 aa  241  1e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40600  putative transcriptional regulator  42.33 
 
 
334 aa  240  2e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3442  putative transcriptional regulator  42.33 
 
 
334 aa  241  2e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1652  AraC family transcriptional regulator  47.02 
 
 
327 aa  239  5e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.193118 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5829  AraC family transcriptional regulator  43.85 
 
 
338 aa  239  5.999999999999999e-62  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.959562 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4002  transcriptional regulator, AraC family  41.82 
 
 
311 aa  239  6.999999999999999e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.474244  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3889  transcriptional regulator, AraC family  41.82 
 
 
311 aa  239  6.999999999999999e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.363483 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2066  AraC family transcriptional regulator  44.37 
 
 
338 aa  239  8e-62  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.623235  normal  0.45327 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2453  transcriptional regulator  40.25 
 
 
339 aa  238  9e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2640  AraC family transcriptional regulator  40.88 
 
 
329 aa  238  9e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.708344  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0513  AraC family transcriptional regulator  44.16 
 
 
387 aa  238  1e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0468  AraC family transcriptional regulator  44.86 
 
 
357 aa  237  2e-61  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5005  AraC family transcriptional regulator  41.67 
 
 
331 aa  237  2e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.081564 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5246  transcriptional regulator, AraC family  42.07 
 
 
331 aa  237  3e-61  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.893549 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1008  Fis family transcriptional regulator  42.6 
 
 
346 aa  237  3e-61  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.254492 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0972  AraC family transcriptional regulator  44.31 
 
 
336 aa  235  8e-61  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2121  transcriptional regulator, AraC family  41.4 
 
 
341 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1848  transcriptional regulator, AraC family  44.24 
 
 
338 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.172735  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5267  AraC family transcriptional regulator  43.57 
 
 
320 aa  234  2.0000000000000002e-60  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.589428 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1581  transcriptional regulator  39.57 
 
 
335 aa  234  2.0000000000000002e-60  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0522474  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3225  transcriptional regulator, AraC family  43.97 
 
 
322 aa  232  8.000000000000001e-60  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.448526 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1219  transcriptional regulator  41.36 
 
 
329 aa  231  1e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2196  transcriptional regulator  42.42 
 
 
334 aa  231  2e-59  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0955  DarR  44.44 
 
 
369 aa  230  3e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2667  DarR  44.44 
 
 
374 aa  230  3e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2526  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  44.44 
 
 
369 aa  230  3e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0374888  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1610  AraC family transcriptional regulator  44.44 
 
 
346 aa  229  4e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0268  AraC family transcriptional regulator  44.44 
 
 
346 aa  229  4e-59  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1414  AraC family transcriptional regulator  44.44 
 
 
346 aa  229  4e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0231  AraC family transcriptional regulator  44.44 
 
 
343 aa  229  5e-59  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5819  transcriptional regulator  41.77 
 
 
338 aa  229  5e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.321081  normal  0.280114 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2808  transcriptional regulator, AraC family  38.36 
 
 
330 aa  229  7e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.627946  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5976  transcriptional regulator  38.87 
 
 
325 aa  226  3e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.557743  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1617  transcriptional regulator  39.42 
 
 
344 aa  225  7e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4229  transcriptional regulator  40.38 
 
 
312 aa  225  7e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1956  transcriptional regulator  41.01 
 
 
316 aa  224  1e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5514  transcriptional regulator, AraC family  36.28 
 
 
334 aa  225  1e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.75242  normal  0.0584888 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5085  transcriptional regulator, AraC family  38.17 
 
 
358 aa  224  1e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.145128  normal  0.0831016 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2695  transcriptional regulator, AraC family  38.63 
 
 
344 aa  224  2e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.448661  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2164  transcriptional regulator  43.25 
 
 
340 aa  224  2e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.124166  normal  0.0201995 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2375  AraC family transcriptional regulator  39.63 
 
 
351 aa  223  3e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.229949  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1070  transcriptional regulator  41.41 
 
 
331 aa  223  4e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1844  transcriptional regulator, AraC family  40.43 
 
 
326 aa  223  4.9999999999999996e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1615  transcriptional regulator  40.94 
 
 
333 aa  222  7e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0573  transcriptional regulator  40.56 
 
 
342 aa  222  7e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0972711  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6950  transcriptional regulator  40.38 
 
 
310 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.591911  normal  0.520078 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5155  AraC family transcriptional regulator  41.99 
 
 
348 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.976904 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4484  transcriptional regulator  36.39 
 
 
361 aa  218  7.999999999999999e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5245  AraC family transcriptional regulator  41.35 
 
 
328 aa  218  1e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.608948  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0687  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  43.75 
 
 
321 aa  218  1e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1772  AraC family transcriptional regulator  43.75 
 
 
321 aa  218  1e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2061  AraC family transcriptional regulator  43.75 
 
 
321 aa  218  1e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.284962  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1055  AraC family transcriptional regulator  43.75 
 
 
321 aa  218  1e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0762  AraC family transcriptional regulator  43.75 
 
 
321 aa  218  1e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1295  AraC family transcriptional regulator  40.94 
 
 
317 aa  217  2e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3021  transcriptional regulator, AraC family  36.76 
 
 
372 aa  218  2e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>