More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPF_1237 on replicon NC_008261
Organism: Clostridium perfringens ATCC 13124



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008261  CPF_1237  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 272 aa  538  9.999999999999999e-153  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000177874  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1048  AraC family transcriptional regulator  96.04 
 
 		 101 aa  199  3.9999999999999996e-50  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000208047  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1596  transcriptional regulator, AraC family  25.47 
 
 		 287 aa  100  2e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2058  transcriptional regulator, AraC family  26.12 
 
 		 286 aa  98.2  1e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1428  transcriptional regulator, AraC family  30.92 
 
 		 285 aa  92.8  6e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3256  AraC family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 292 aa  88.2  1e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3156  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 283 aa  87.4  2e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1047  AraC family transcriptional regulator  25.55 
 
 		 285 aa  83.6  0.000000000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0276  helix-turn-helix domain-containing protein  21.4 
 
 		 291 aa  82.4  0.000000000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2340  helix-turn-helix domain-containing protein  25.1 
 
 		 290 aa  81.6  0.00000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.581264  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3397  AraC family transcriptional regulator  25.2 
 
 		 298 aa  80.5  0.00000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000136095  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1003  transcriptional regulator, AraC family  24.31 
 
 		 289 aa  79.3  0.00000000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3159  AraC family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 296 aa  78.2  0.0000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5735  transcriptional regulator AraC family  23.16 
 
 		 311 aa  78.6  0.0000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.582182  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1548  transcriptional regulator, AraC family  26.1 
 
 		 276 aa  78.2  0.0000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2338  AraC family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 294 aa  77.4  0.0000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0600  two component transcriptional regulator, AraC family  35.81 
 
 		 546 aa  76.6  0.0000000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3249  two component transcriptional regulator, AraC family  31.21 
 
 		 531 aa  76.3  0.0000000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2113  two component transcriptional regulator, AraC family  35.71 
 
 		 538 aa  75.9  0.0000000000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.141697  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0464  AraC family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 259 aa  75.1  0.000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1698  AraC family transcriptional regulator  26.72 
 
 		 686 aa  74.7  0.000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000348751  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1432  AraC family transcriptional regulator  26.72 
 
 		 686 aa  74.7  0.000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00438113  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4074  AraC family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 290 aa  73.9  0.000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.63505 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1744  AraC-like transcriptional regulator  34.21 
 
 		 299 aa  74.3  0.000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00012602  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2461  AraC family transcriptional regulator  22.35 
 
 		 277 aa  72.8  0.000000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1106  AraC family transcriptional regulator  24 
 
 		 309 aa  72.4  0.000000000007  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1549  transcriptional regulator, AraC family  19.92 
 
 		 311 aa  72.4  0.000000000007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00923391  normal  0.0459445 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4378  transcriptional regulator, AraC family  27.67 
 
 		 281 aa  72.4  0.000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0103943  hitchhiker  0.00146244 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1528  AraC family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 284 aa  71.6  0.00000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0224  response regulator receiver protein  32.29 
 
 		 537 aa  70.9  0.00000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1583  two component AraC family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 533 aa  70.9  0.00000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.160886  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6144  transcriptional regulator, AraC family  25.3 
 
 		 301 aa  70.5  0.00000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.185797  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1049  AraC family transcriptional regulator  19.92 
 
 		 276 aa  70.1  0.00000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000110999  normal  0.626735 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2057  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 293 aa  70.1  0.00000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.227096  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1757  transcriptional regulator, AraC family  23.79 
 
 		 278 aa  70.1  0.00000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000137432  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1799  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 299 aa  69.7  0.00000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000057295  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4301  transcriptional regulator, AraC family  33.67 
 
 		 286 aa  70.1  0.00000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.220521  normal  0.797318 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1732  AraC family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 323 aa  70.1  0.00000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0413947  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2348  AraC family transcriptional regulator  20.48 
 
 		 277 aa  69.7  0.00000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4098  AraC family transcriptional regulator  23.36 
 
 		 280 aa  69.3  0.00000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00424275 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4782  negative transcriptional regulator of cel operon  21.05 
 
 		 271 aa  69.3  0.00000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0663748  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0944  two component transcriptional regulator, AraC family  36.08 
 
 		 539 aa  68.9  0.00000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3697  two component AraC family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 517 aa  68.9  0.00000000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000611836  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1840  AraC family transcriptional regulator  19.92 
 
 		 271 aa  68.9  0.00000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000248404 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0572  AraC family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 300 aa  68.9  0.00000000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14410  Transcriptional regulator PobR (AraC family)  20.45 
 
 		 303 aa  68.2  0.0000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1385  AraC family transcriptional regulator  21.09 
 
 		 272 aa  68.6  0.0000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.791872  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2212  AraC family transcriptional regulator  26.72 
 
 		 302 aa  68.6  0.0000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2634  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 204 aa  68.6  0.0000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1472  transcriptional regulator, AraC family  24.8 
 
 		 269 aa  68.6  0.0000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.462639  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4643  DNA-binding transcriptional regulator MelR  21.46 
 
 		 296 aa  67.4  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4552  DNA-binding transcriptional regulator MelR  21.46 
 
 		 296 aa  67.4  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.316037  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4692  DNA-binding transcriptional regulator MelR  21.46 
 
 		 296 aa  67.4  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.887715  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15370  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  33.07 
 
 		 415 aa  67.8  0.0000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4561  DNA-binding transcriptional regulator MelR  21.46 
 
 		 296 aa  67.4  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2935  transcriptional regulator, AraC family  21.4 
 
 		 276 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000000465121  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4643  DNA-binding transcriptional regulator MelR  21.46 
 
 		 296 aa  67.4  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1891  transcriptional regulator, AraC family  24.43 
 
 		 291 aa  67  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1958  response regulator receiver protein  31.58 
 
 		 530 aa  67  0.0000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000471781  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2101  putative DNA-binding protein  24.18 
 
 		 286 aa  67  0.0000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.326102  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4856  negative transcriptional regulator of cel operon  20.68 
 
 		 271 aa  67  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2752  transcriptional regulator, AraC family  24.16 
 
 		 294 aa  67.4  0.0000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.612701  hitchhiker  0.00970108 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3104  response regulator receiver protein  29.17 
 
 		 266 aa  67  0.0000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4415  AraC family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 303 aa  66.6  0.0000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  hitchhiker  0.0031509  normal  0.543799 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0737  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  30.84 
 
 		 290 aa  66.6  0.0000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.359471  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0995  two component transcriptional regulator, AraC family  35.14 
 
 		 542 aa  66.6  0.0000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0293  two component AraC family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 532 aa  66.2  0.0000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0125  transcriptional regulator, AraC family  26.69 
 
 		 300 aa  66.2  0.0000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0209  AraC family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 252 aa  66.2  0.0000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0142  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 760 aa  66.2  0.0000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0805  AraC family transcriptional regulator  21.35 
 
 		 275 aa  66.2  0.0000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000161693  normal  0.19096 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0208  AraC family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 252 aa  66.2  0.0000000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6374  transcriptional regulator, AraC family  28.42 
 
 		 255 aa  66.2  0.0000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.169212 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4615  helix-turn-helix domain-containing protein  24.41 
 
 		 281 aa  65.9  0.0000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00567057  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2125  AraC family transcriptional regulator  22.27 
 
 		 292 aa  65.5  0.0000000008  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6068  AraC family transcriptional regulator  23.68 
 
 		 287 aa  65.5  0.0000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  19.23 
 
 		 316 aa  65.9  0.0000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2708  transcriptional activator MltR  19.75 
 
 		 301 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.215541  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0807  transcriptional regulator, AraC family  26.21 
 
 		 299 aa  65.5  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.344416  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1981  AraC family transcriptional regulator  20.61 
 
 		 299 aa  65.1  0.000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2832  ATP-binding region ATPase domain protein  35.37 
 
 		 1340 aa  65.1  0.000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0201204  hitchhiker  0.008817 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  30.77 
 
 		 513 aa  65.5  0.000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2506  transcriptional regulator, AraC family  21.96 
 
 		 294 aa  64.3  0.000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.108721 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1667  transcriptional regulator, AraC family  22.39 
 
 		 281 aa  64.7  0.000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2641  AraC family transcriptional regulator  22.73 
 
 		 301 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3428  transcriptional regulator, AraC family  32.08 
 
 		 265 aa  64.7  0.000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1467  AraC family transcriptional regulator  22.04 
 
 		 296 aa  64.3  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.145729 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1817  transcriptional regulator, AraC family protein  22.04 
 
 		 296 aa  64.3  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.246217  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1451  transcriptional regulator, AraC family protein  22.04 
 
 		 296 aa  64.3  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0743909  normal  0.362871 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  30.3 
 
 		 1201 aa  64.3  0.000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0479  AraC family transcriptional regulator  20.81 
 
 		 279 aa  64.3  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00109362 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3357  AraC family transcriptional regulator  21.97 
 
 		 303 aa  64.3  0.000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.784583  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3156  two component transcriptional regulator, AraC family  27.13 
 
 		 515 aa  64.3  0.000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.949308  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3086  transcriptional regulator, AraC family  30.84 
 
 		 296 aa  64.3  0.000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.164604  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6355  transcriptional regulator, AraC family  27.84 
 
 		 265 aa  63.9  0.000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0247335 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3066  AraC family transcriptional regulator  19.18 
 
 		 275 aa  64.7  0.000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.324544  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2441  helix-turn-helix, AraC type  19.14 
 
 		 307 aa  63.5  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0002572  decreased coverage  0.000290212 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1935  AraC family transcriptional regulator  24 
 
 		 303 aa  63.9  0.000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0147604 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1602  transcriptional regulator  23.02 
 
 		 330 aa  63.9  0.000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2329  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 773 aa  63.5  0.000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>