More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPF_1047 on replicon NC_008261
Organism: Clostridium perfringens ATCC 13124



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008261  CPF_1047  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 285 aa  587  1e-167  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3156  AraC family transcriptional regulator  45.88 
 
 		 283 aa  267  2e-70  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0928  AraC family transcriptional regulator  97.4 
 
 		 77 aa  157  2e-37  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0265632  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2890  transcriptional regulator, AraC family  31.14 
 
 		 300 aa  154  2e-36  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.178075  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2058  transcriptional regulator, AraC family  31.43 
 
 		 286 aa  144  2e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1596  transcriptional regulator, AraC family  31.16 
 
 		 287 aa  137  2e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1173  cupin 2 domain-containing protein  26.83 
 
 		 316 aa  100  3e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2239  AraC family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 295 aa  97.8  2e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3397  AraC family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 298 aa  91.3  2e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000136095  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1528  AraC family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 284 aa  86.3  5e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6068  AraC family transcriptional regulator  38 
 
 		 287 aa  86.3  6e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1318  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 294 aa  85.9  7e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.761239  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  36.04 
 
 		 513 aa  84  0.000000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4971  transcriptional regulator, AraC family  22.18 
 
 		 290 aa  84.3  0.000000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0504817  hitchhiker  0.0000000000361988 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1355  transcriptional regulator, AraC family  22.38 
 
 		 303 aa  83.2  0.000000000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000000118066  n/a   
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4172  AraC family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 295 aa  82.4  0.000000000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0833223  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1480  transcriptional regulator, AraC family  35.92 
 
 		 288 aa  82.4  0.000000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0895908  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1106  AraC family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 309 aa  81.6  0.00000000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  37.11 
 
 		 1201 aa  81.6  0.00000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0709  AraC family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 292 aa  81.3  0.00000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0516  PAS sensor protein  36.27 
 
 		 255 aa  80.5  0.00000000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1237  AraC family transcriptional regulator  25.27 
 
 		 272 aa  79.7  0.00000000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000177874  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1627  transcriptional regulator, AraC family  25.82 
 
 		 273 aa  79.3  0.00000000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000116038  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0919  two component AraC family transcriptional regulator  39.09 
 
 		 356 aa  79.3  0.00000000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1891  transcriptional regulator, AraC family  23.36 
 
 		 291 aa  79.3  0.00000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2926  transcriptional regulator MtlR  33.09 
 
 		 287 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.795893  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34440  transcriptional regulator MtlR  33.57 
 
 		 301 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000688741  normal  0.560291 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0085  transcriptional regulator, AraC family  37.39 
 
 		 296 aa  77  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0195711 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4952  helix-turn-helix domain-containing protein  24.15 
 
 		 292 aa  77  0.0000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.017601  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2057  AraC family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 293 aa  76.3  0.0000000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.227096  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4511  transcriptional regulator, AraC family  44.44 
 
 		 339 aa  74.7  0.000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.64274 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2434  AraC family transcriptional regulator  34.82 
 
 		 273 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1956  DNA-binding transcriptional regulator ChbR  25.86 
 
 		 279 aa  74.7  0.000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3159  AraC family transcriptional regulator  25.78 
 
 		 296 aa  75.5  0.000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01704  DNA-binding transcriptional dual regulator  25.86 
 
 		 280 aa  74.3  0.000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.906027  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1907  transcriptional regulator, AraC family  25.86 
 
 		 279 aa  74.3  0.000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00680023  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1435  AraC family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 324 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3697  two component AraC family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 517 aa  74.3  0.000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000611836  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01692  hypothetical protein  25.86 
 
 		 280 aa  74.3  0.000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2800  AraC family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 333 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3657  AraC family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 430 aa  74.3  0.000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0818  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 293 aa  74.3  0.000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2946  transcriptional regulator, AraC family  36.54 
 
 		 324 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1399  helix-turn-helix domain-containing protein  36.54 
 
 		 324 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.953379  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1402  transcriptional regulator, AraC family  20.85 
 
 		 288 aa  74.7  0.000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.283594  normal  0.8016 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1408  helix-turn-helix domain-containing protein  36.54 
 
 		 324 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1817  DNA-binding transcriptional regulator ChbR  25.86 
 
 		 279 aa  73.9  0.000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.208317  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2453  DNA-binding transcriptional regulator ChbR  25.86 
 
 		 279 aa  73.9  0.000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0517  helix-turn-helix domain-containing protein  31.68 
 
 		 180 aa  73.6  0.000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.970363 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1472  AraC family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 292 aa  73.9  0.000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.327977  normal  0.780269 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1897  DNA-binding transcriptional regulator ChbR  25.86 
 
 		 279 aa  73.9  0.000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.737431  normal  0.387468 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1456  DNA-binding transcriptional regulator ChbR  25.86 
 
 		 279 aa  73.9  0.000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.276942 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0774  AraC family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 278 aa  73.6  0.000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000960474 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3156  two component transcriptional regulator, AraC family  37.23 
 
 		 515 aa  73.6  0.000000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.949308  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4467  AraC family transcriptional regulator  33 
 
 		 301 aa  73.6  0.000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1165  AraC family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 278 aa  73.6  0.000000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1583  two component AraC family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 533 aa  73.6  0.000000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.160886  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1548  transcriptional regulator, AraC family  25.88 
 
 		 276 aa  73.6  0.000000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1524  transcriptional regulator, AraC family  30.1 
 
 		 301 aa  73.2  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.753144  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1003  transcriptional regulator, AraC family  24.11 
 
 		 289 aa  73.2  0.000000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2718  two component transcriptional regulator, AraC family  33.01 
 
 		 259 aa  73.2  0.000000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1602  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 330 aa  73.2  0.000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2379  AraC family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 304 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0538221  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5388  transcriptional regulator, AraC family  38.78 
 
 		 298 aa  72.8  0.000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.769805 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0991  transcriptional regulator, AraC family  29.8 
 
 		 276 aa  72.8  0.000000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1140  AraC family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 258 aa  72.4  0.000000000008  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2607  AraC family transcriptional regulator  24.39 
 
 		 303 aa  72  0.000000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.334421  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1103  helix-turn-helix domain-containing protein  26.28 
 
 		 298 aa  71.6  0.00000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.403298  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2641  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 301 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5587  transcriptional regulator, AraC family  34.95 
 
 		 291 aa  72  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.425806  normal  0.825086 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1456  AraC family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 320 aa  71.6  0.00000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0572  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 300 aa  71.6  0.00000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2917  transcriptional regulator, AraC family  41.05 
 
 		 118 aa  71.6  0.00000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.932782  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3436  AraC family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 279 aa  72  0.00000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.462825 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27420  transcriptional regulator MtlR (AraC family)  30.16 
 
 		 299 aa  71.6  0.00000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.467419  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1467  AraC family transcriptional regulator  24.73 
 
 		 296 aa  71.6  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.145729 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1451  transcriptional regulator, AraC family protein  24.73 
 
 		 296 aa  71.6  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0743909  normal  0.362871 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1817  transcriptional regulator, AraC family protein  24.73 
 
 		 296 aa  71.6  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.246217  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2634  AraC family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 204 aa  71.6  0.00000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2066  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 338 aa  72  0.00000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.623235  normal  0.45327 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5196  AraC family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 264 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.82206  normal  0.599062 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6330  AraC family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 318 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.361086 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4961  AraC family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 264 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0263791 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3988  transcriptional regulator, AraC family  22.64 
 
 		 291 aa  71.2  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00119398  normal  0.630817 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3060  AraC family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 264 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3546  AraC family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 319 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.776433  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1886  transcriptional regulator, AraC family  29.76 
 
 		 289 aa  71.2  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4668  AraC family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 264 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.622787 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4821  AraC family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 319 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.535496  normal  0.116549 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5307  AraC family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 264 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0914956 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0972  AraC family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 336 aa  71.2  0.00000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0276  helix-turn-helix domain-containing protein  32.69 
 
 		 291 aa  70.9  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1839  AraC family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 281 aa  71.2  0.00000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4301  transcriptional regulator, AraC family  33.61 
 
 		 286 aa  70.9  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.220521  normal  0.797318 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2461  AraC family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 277 aa  71.6  0.00000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1393  transcriptional regulator, AraC family  24.3 
 
 		 303 aa  71.2  0.00000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3596  transcriptional regulator, AraC family  32.04 
 
 		 301 aa  70.5  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000000994716  hitchhiker  0.0000611237 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0573  transcriptional regulator  29.32 
 
 		 342 aa  70.5  0.00000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0972711  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5462  AraC family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 319 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.139699 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4587  AraC family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 291 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213128  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>