More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_3159 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_3159  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 296 aa  616  1e-175  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1528  AraC family transcriptional regulator  45.07 
 
 		 284 aa  270  2.9999999999999997e-71  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2652  AraC protein arabinose-binding/dimerisation  39.42 
 
 		 236 aa  156  4e-37  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2890  transcriptional regulator, AraC family  31.44 
 
 		 300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.178075  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0709  AraC family transcriptional regulator  24.55 
 
 		 292 aa  89  9e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2653  AraC family transcriptional regulator  59.09 
 
 		 78 aa  87.8  2e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3628  transcriptional regulator, AraC family  41.3 
 
 		 156 aa  85.5  9e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1596  transcriptional regulator, AraC family  26.09 
 
 		 287 aa  85.1  0.000000000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4952  helix-turn-helix domain-containing protein  37.5 
 
 		 292 aa  85.5  0.000000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.017601  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3986  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.2 
 
 		 289 aa  85.5  0.000000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.542106  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2058  transcriptional regulator, AraC family  26.57 
 
 		 286 aa  82.8  0.000000000000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2883  transcriptional regulator, AraC family  24.39 
 
 		 321 aa  81.6  0.00000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.00000839866  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2339  AraC family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 303 aa  81.3  0.00000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.295664 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3156  AraC family transcriptional regulator  25.29 
 
 		 283 aa  80.9  0.00000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1732  AraC family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 323 aa  81.3  0.00000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0413947  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2123  AraC family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 287 aa  80.9  0.00000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.184363  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1548  transcriptional regulator, AraC family  24.26 
 
 		 276 aa  80.9  0.00000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  37.37 
 
 		 309 aa  79.7  0.00000000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  28.4 
 
 		 331 aa  79.7  0.00000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5348  transcriptional regulator, AraC family  24.91 
 
 		 291 aa  79.3  0.00000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.650952  normal  0.226075 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5388  transcriptional regulator, AraC family  38.04 
 
 		 298 aa  79.3  0.00000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.769805 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  33.64 
 
 		 513 aa  79.7  0.00000000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3583  transcriptional regulator AraC family  34.17 
 
 		 293 aa  78.2  0.0000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1698  AraC family transcriptional regulator  22.11 
 
 		 686 aa  78.2  0.0000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000348751  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1432  AraC family transcriptional regulator  22.11 
 
 		 686 aa  78.2  0.0000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00438113  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3156  two component transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 		 515 aa  77.4  0.0000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.949308  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0371  AraC family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 288 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4074  AraC family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 290 aa  77.4  0.0000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.63505 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6995  AraC/XylS family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 255 aa  77  0.0000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00467693 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3069  transcriptional regulator, AraC family  36.61 
 
 		 296 aa  77.4  0.0000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2986  transcriptional regulator, AraC family  38.04 
 
 		 148 aa  77  0.0000000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4301  transcriptional regulator, AraC family  41 
 
 		 286 aa  77.4  0.0000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.220521  normal  0.797318 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3165  helix-turn-helix domain-containing protein  37.25 
 
 		 308 aa  77  0.0000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00840402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0731  AraC family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 328 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.617247  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0134  AraC family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 322 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1840  AraC family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 271 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000248404 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3053  transcriptional regulator, AraC family  35.71 
 
 		 296 aa  76.3  0.0000000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1639  transcriptional regulator, AraC family  26.32 
 
 		 307 aa  76.6  0.0000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.470025  normal  0.427706 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0089  helix-turn-helix domain-containing protein  26.46 
 
 		 745 aa  76.3  0.0000000000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0092  helix-turn-helix domain-containing protein  26.46 
 
 		 745 aa  76.3  0.0000000000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04745  transcriptional regulator  37.11 
 
 		 255 aa  76.3  0.0000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0315  transcriptional regulator, AraC family  34.91 
 
 		 168 aa  76.3  0.0000000000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0499  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 339 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00811586 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2463  transcriptional regulator, AraC family  28.91 
 
 		 162 aa  76.3  0.0000000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.400735  normal  0.926275 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2836  AraC family transcriptional regulator  35.65 
 
 		 296 aa  76.3  0.0000000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00254989  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3088  AraC family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 296 aa  75.9  0.0000000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.530109  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2843  AraC family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 296 aa  75.9  0.0000000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.538425  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3057  AraC family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 296 aa  75.9  0.0000000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.118978  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2193  transcriptional regulator, AraC family  35.71 
 
 		 296 aa  75.9  0.0000000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000412725 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1891  transcriptional regulator, AraC family  27.11 
 
 		 291 aa  75.9  0.0000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5065  AraC family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 312 aa  75.9  0.0000000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.289747  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4384  AraC family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 312 aa  75.9  0.0000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.7748  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5795  AraC family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 312 aa  75.9  0.0000000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.112606  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2776  AraC family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 296 aa  75.1  0.000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3237  transcriptional regulator, AraC family  35.78 
 
 		 325 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.434177  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2436  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 329 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3782  AraC family transcriptional regulator  22.76 
 
 		 319 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0502919 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4744  transcriptional regulator, AraC family  38.04 
 
 		 157 aa  75.1  0.000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.235772  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05505  putative transcription regulator protein  26.75 
 
 		 270 aa  74.7  0.000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2461  AraC family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 277 aa  74.3  0.000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1051  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 276 aa  74.7  0.000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 1201 aa  74.7  0.000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2816  AraC family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 296 aa  74.7  0.000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0560  AraC family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 281 aa  74.3  0.000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000376127 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0133  AraC family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 315 aa  74.7  0.000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.13686 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3070  AraC family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 311 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1614  transcriptional regulator, AraC family  32.26 
 
 		 366 aa  74.3  0.000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4119  transcriptional regulator, AraC family  33.71 
 
 		 262 aa  74.7  0.000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.840918  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 316 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3086  transcriptional regulator, AraC family  35.71 
 
 		 296 aa  74.3  0.000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.164604  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0192  AraC family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 299 aa  73.9  0.000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0179  AraC family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 299 aa  73.9  0.000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0147136  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2372  regulatory protein PocR  29.69 
 
 		 303 aa  73.9  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.740068  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2213  regulatory protein PocR  29.69 
 
 		 303 aa  73.9  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.639643  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0841  transcriptional regulator, AraC family  38.24 
 
 		 176 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0211  transcriptional regulator, AraC family  32.69 
 
 		 299 aa  73.9  0.000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2159  regulatory protein PocR  29.69 
 
 		 303 aa  73.9  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.385139  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0191  AraC family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 299 aa  73.9  0.000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2259  regulatory protein PocR  29.69 
 
 		 303 aa  73.9  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.746184  normal  0.221956 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1575  AraC family transcriptional regulator  24.21 
 
 		 339 aa  73.9  0.000000000003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0732  AraC-like transcriptional regulator  24.71 
 
 		 292 aa  74.3  0.000000000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000000598686  normal  0.0654387 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0771  AraC family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 288 aa  73.9  0.000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.472166 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2090  AraC family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 261 aa  73.9  0.000000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00753492 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3808  AraC family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 321 aa  73.6  0.000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.323672  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2708  transcriptional activator MltR  32.04 
 
 		 301 aa  73.6  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.215541  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2193  AraC family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 323 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00215033 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1237  AraC family transcriptional regulator  26.72 
 
 		 272 aa  73.6  0.000000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000177874  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6320  transcriptional regulator, AraC family  25.28 
 
 		 294 aa  73.6  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.636258  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0328  transcriptional regulator, AraC family  32.67 
 
 		 323 aa  73.6  0.000000000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3397  AraC family transcriptional regulator  22.63 
 
 		 298 aa  73.6  0.000000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000136095  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1967  transcriptional regulator, AraC family  26.61 
 
 		 304 aa  73.6  0.000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.83417  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1474  transcriptional regulator, AraC family  34.26 
 
 		 286 aa  73.2  0.000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2693  helix-turn-helix domain-containing protein  30.3 
 
 		 261 aa  73.2  0.000000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.129803  normal  0.168058 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6068  AraC family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 287 aa  72.8  0.000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2413  transcriptional regulator, AraC family  34.38 
 
 		 322 aa  72.8  0.000000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0210  AraC family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 274 aa  72.8  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.85611 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3417  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 299 aa  72.8  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138414  normal  0.441033 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1472  AraC family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 292 aa  72.8  0.000000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.327977  normal  0.780269 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1732  transcriptional regulator, AraC family  31.29 
 
 		 288 aa  72.8  0.000000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0803469 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3855  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 285 aa  72.8  0.000000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>