More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_5348 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_5348  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 291 aa  600  1.0000000000000001e-171  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.650952  normal  0.226075 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0508  transcriptional regulator, AraC family  40.34 
 
 		 295 aa  212  4.9999999999999996e-54  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.3342  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4971  transcriptional regulator, AraC family  39.36 
 
 		 290 aa  210  2e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0504817  hitchhiker  0.0000000000361988 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5736  transcriptional regulator, AraC family  41.02 
 
 		 302 aa  205  8e-52  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.458087  normal  0.0804567 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2701  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  36.9 
 
 		 292 aa  196  3e-49  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.485012  normal  0.370839 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3988  transcriptional regulator, AraC family  37.84 
 
 		 291 aa  196  4.0000000000000005e-49  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00119398  normal  0.630817 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4301  transcriptional regulator, AraC family  39.35 
 
 		 286 aa  194  1e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.220521  normal  0.797318 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1891  transcriptional regulator, AraC family  36.09 
 
 		 291 aa  190  2e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4043  transcriptional regulator, AraC family  35.69 
 
 		 303 aa  184  1.0000000000000001e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2813  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  35.8 
 
 		 290 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0737  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  36.78 
 
 		 290 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.359471  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2939  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  35.02 
 
 		 289 aa  183  3e-45  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0806864  normal  0.433201 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2340  helix-turn-helix domain-containing protein  34.66 
 
 		 290 aa  182  8.000000000000001e-45  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.581264  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1886  transcriptional regulator, AraC family  34.75 
 
 		 289 aa  181  2e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2310  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  37.22 
 
 		 299 aa  175  9e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.120361  normal  0.040249 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4952  helix-turn-helix domain-containing protein  35.38 
 
 		 292 aa  173  3.9999999999999995e-42  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.017601  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1402  transcriptional regulator, AraC family  35.36 
 
 		 288 aa  168  9e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.283594  normal  0.8016 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3986  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  34.73 
 
 		 289 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.542106  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1667  transcriptional regulator, AraC family  34.39 
 
 		 281 aa  166  4e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0862  transcriptional regulator, AraC family  33.71 
 
 		 318 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000330517  normal  0.0669751 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4378  transcriptional regulator, AraC family  35.55 
 
 		 281 aa  163  4.0000000000000004e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0103943  hitchhiker  0.00146244 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0565  AraC family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 289 aa  161  1e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5388  transcriptional regulator, AraC family  34.77 
 
 		 298 aa  159  7e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.769805 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1480  transcriptional regulator, AraC family  34.63 
 
 		 288 aa  158  1e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0895908  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4283  transcriptional regulator, AraC family  32.06 
 
 		 290 aa  157  2e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.294163  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2607  AraC family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 303 aa  154  2e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.334421  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5280  transcriptional regulator, AraC family  32.98 
 
 		 280 aa  152  5e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0499  AraC family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 339 aa  149  4e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00811586 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3237  transcriptional regulator, AraC family  32.63 
 
 		 325 aa  149  4e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.434177  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2708  transcriptional activator MltR  31.9 
 
 		 301 aa  149  7e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.215541  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2193  AraC family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 323 aa  149  7e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00215033 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27420  transcriptional regulator MtlR (AraC family)  32.7 
 
 		 299 aa  149  7e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.467419  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2441  helix-turn-helix, AraC type  31.9 
 
 		 307 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0002572  decreased coverage  0.000290212 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4642  AraC family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 318 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16600  transcriptional regulator, AraC family  33.46 
 
 		 301 aa  145  9e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3833  AraC family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 327 aa  144  1e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.699646 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3317  AraC family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 327 aa  144  1e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.672566 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0666  AraC family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 322 aa  143  3e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00660506  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3586  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  31.99 
 
 		 294 aa  141  9.999999999999999e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.700608 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1743  AraC family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 324 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.173397  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0787  AraC family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 324 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0185188  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0505  AraC family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 324 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.66204  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2466  AraC family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 324 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000149064  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1627  AraC family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 324 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0192166  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1835  AraC family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 324 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00187488  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3808  AraC family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 321 aa  140  1.9999999999999998e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.323672  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3070  AraC family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 311 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2436  AraC family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 329 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6330  AraC family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 318 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.361086 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4467  AraC family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 301 aa  140  3e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4811  helix-turn-helix, AraC type  31.92 
 
 		 315 aa  140  3e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5065  AraC family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 312 aa  140  3e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.289747  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5795  AraC family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 312 aa  140  3e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.112606  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4384  AraC family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 312 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.7748  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1078  AraC family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 318 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.441231  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2069  AraC family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 329 aa  138  7.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.020463  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0236  AraC family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 339 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1237  AraC family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 332 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.89016  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1655  AraC family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 350 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.365127  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1744  AraC family transcription regulator  32.02 
 
 		 350 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.109239  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0070  AraC family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 332 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0349  AraC family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 332 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1906  AraC family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 329 aa  138  1e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.166677  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2641  AraC family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 301 aa  137  2e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1174  AraC family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 330 aa  137  2e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0789379  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1919  AraC family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 329 aa  137  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.480868  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0731  AraC family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 328 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.617247  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2042  AraC family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 301 aa  136  4e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5587  transcriptional regulator, AraC family  31.1 
 
 		 291 aa  136  4e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.425806  normal  0.825086 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2926  transcriptional regulator MtlR  30.04 
 
 		 287 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.795893  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6660  AraC family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 297 aa  135  8e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2146  AraC family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 325 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.536281  normal  0.441975 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20280  transcriptional regulator, AraC family  34.46 
 
 		 309 aa  134  9.999999999999999e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0229385  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4427  AraC family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 325 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34440  transcriptional regulator MtlR  29.67 
 
 		 301 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000688741  normal  0.560291 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3588  AraC family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 325 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0511949  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3940  AraC family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 325 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0365  transcriptional regulator, AraC family  31.01 
 
 		 299 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4202  AraC family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 319 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1199  AraC family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 329 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.33488  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0305  AraC family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 329 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.183082  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0855  AraC family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 329 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1643  AraC family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 329 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.78206  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2339  AraC family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 303 aa  132  6e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.295664 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3546  AraC family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 319 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.776433  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4821  AraC family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 319 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.535496  normal  0.116549 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5462  AraC family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 319 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.139699 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1089  helix-turn-helix domain-containing protein  30.07 
 
 		 298 aa  132  9e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.99301  hitchhiker  0.00294409 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0883  AraC family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 322 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.172871 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4725  AraC family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 319 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.70917  normal  0.0655004 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2328  AraC family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 324 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.241475  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3782  AraC family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 319 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0502919 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1408  helix-turn-helix domain-containing protein  29.19 
 
 		 324 aa  128  9.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5590  AraC family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 310 aa  128  1.0000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.651891 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1399  helix-turn-helix domain-containing protein  28.88 
 
 		 324 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.953379  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1435  AraC family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 324 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2161  helix-turn-helix domain-containing protein  29.3 
 
 		 294 aa  127  2.0000000000000002e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2946  transcriptional regulator, AraC family  28.88 
 
 		 324 aa  127  3e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3182  AraC family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 315 aa  126  4.0000000000000003e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000265571 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0345  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 296 aa  126  5e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>