More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_2653 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_2653  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 78 aa  162  1.0000000000000001e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3159  AraC family transcriptional regulator  59.09 
 
 		 296 aa  87.8  4e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1528  AraC family transcriptional regulator  60.94 
 
 		 284 aa  80.5  0.000000000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1732  AraC family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 323 aa  68.9  0.00000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0413947  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0496  two component AraC family transcriptional regulator  47.69 
 
 		 543 aa  64.3  0.0000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2926  transcriptional regulator MtlR  44.12 
 
 		 287 aa  64.3  0.0000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.795893  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34440  transcriptional regulator MtlR  44.12 
 
 		 301 aa  63.9  0.0000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000688741  normal  0.560291 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2123  AraC family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 287 aa  63.5  0.000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.184363  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4952  helix-turn-helix domain-containing protein  39.68 
 
 		 292 aa  63.2  0.000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.017601  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2042  AraC family transcriptional regulator  44.62 
 
 		 301 aa  62.8  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2641  AraC family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 301 aa  62.4  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2599  transcriptional regulator, AraC family  45.9 
 
 		 373 aa  62  0.000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3979  two component transcriptional regulator, AraC family  36.36 
 
 		 348 aa  60.5  0.000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4074  AraC family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 290 aa  60.5  0.000000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.63505 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2708  transcriptional activator MltR  39.13 
 
 		 301 aa  58.9  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.215541  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4415  AraC family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 303 aa  58.9  0.00000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  hitchhiker  0.0031509  normal  0.543799 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4467  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 301 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3986  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  46.03 
 
 		 289 aa  59.3  0.00000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.542106  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5590  AraC family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 310 aa  57.8  0.00000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.651891 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0092  helix-turn-helix domain-containing protein  47.62 
 
 		 745 aa  57.4  0.00000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0089  helix-turn-helix domain-containing protein  47.62 
 
 		 745 aa  57.4  0.00000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2642  transcriptional regulator, AraC family  43.75 
 
 		 304 aa  57.4  0.00000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27420  transcriptional regulator MtlR (AraC family)  43.08 
 
 		 299 aa  57.4  0.00000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.467419  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1583  two component AraC family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 533 aa  57.4  0.00000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.160886  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3165  helix-turn-helix domain-containing protein  41.27 
 
 		 308 aa  57.4  0.00000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00840402  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4732  helix-turn-helix domain-containing protein  44.44 
 
 		 293 aa  57  0.00000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0052536 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  42.19 
 
 		 309 aa  57  0.00000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2441  helix-turn-helix, AraC type  37.68 
 
 		 307 aa  56.6  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0002572  decreased coverage  0.000290212 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0706  transcriptional regulator, AraC family  44.29 
 
 		 330 aa  56.2  0.0000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0374737  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0883  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 322 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.172871 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4725  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 319 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.70917  normal  0.0655004 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2113  two component AraC family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 548 aa  56.6  0.0000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5462  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 319 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.139699 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2170  helix-turn-helix, AraC type  40.91 
 
 		 328 aa  56.2  0.0000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3546  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 319 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.776433  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4821  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 319 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.535496  normal  0.116549 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4301  transcriptional regulator, AraC family  49.21 
 
 		 286 aa  56.6  0.0000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.220521  normal  0.797318 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2491  response regulator receiver protein  45.9 
 
 		 379 aa  56.2  0.0000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00299433  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2999  response regulator receiver/GGDEF/EAL domain-containing protein  42.47 
 
 		 404 aa  55.5  0.0000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000288968 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3808  AraC family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 377 aa  55.5  0.0000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3229  transcriptional regulator, AraC family  38.1 
 
 		 326 aa  55.8  0.0000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.382079  normal  0.686696 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  44.44 
 
 		 1201 aa  55.5  0.0000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0664  AraC family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 422 aa  56.2  0.0000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4202  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 319 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1280  two component transcriptional regulator, AraC family  47.46 
 
 		 492 aa  55.5  0.0000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4511  transcriptional regulator, AraC family  39.06 
 
 		 339 aa  55.1  0.0000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.64274 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2338  AraC family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 294 aa  55.1  0.0000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0951  AraC family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 571 aa  55.1  0.0000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00021324  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4811  helix-turn-helix, AraC type  36.51 
 
 		 315 aa  54.7  0.0000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0133  AraC family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 315 aa  54.7  0.0000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.13686 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3858  AraC family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 393 aa  54.7  0.0000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1116  transcriptional regulator, AraC family  42.37 
 
 		 325 aa  54.7  0.0000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0224  response regulator receiver protein  35.14 
 
 		 537 aa  54.7  0.0000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20280  transcriptional regulator, AraC family  41.27 
 
 		 309 aa  54.7  0.0000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0229385  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0365  transcriptional regulator, AraC family  36.51 
 
 		 299 aa  54.7  0.0000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3809  transcriptional regulator, AraC family  43.08 
 
 		 376 aa  54.3  0.0000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3740  helix-turn-helix domain-containing protein  42.19 
 
 		 301 aa  54.3  0.0000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.436963  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1958  response regulator receiver protein  36.36 
 
 		 530 aa  54.3  0.0000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000471781  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2928  AraC family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 390 aa  54.3  0.0000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2461  AraC family transcriptional regulator  46.03 
 
 		 277 aa  54.3  0.0000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3397  AraC family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 298 aa  54.3  0.0000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000136095  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0018  AraC family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 358 aa  53.9  0.0000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.710124 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1613  cupin 2 domain-containing protein  40.62 
 
 		 299 aa  53.9  0.0000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0246689  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2515  AraC family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 373 aa  53.9  0.0000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2495  AraC family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 379 aa  53.9  0.0000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.939158  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5737  transcriptional regulator, AraC family  35.06 
 
 		 164 aa  53.9  0.0000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5388  transcriptional regulator, AraC family  41.94 
 
 		 298 aa  53.9  0.0000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.769805 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5065  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 312 aa  53.5  0.0000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.289747  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4384  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 312 aa  53.5  0.0000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.7748  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5795  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 312 aa  53.5  0.0000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.112606  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1762  transcriptional regulator, AraC family  35.71 
 
 		 155 aa  53.5  0.0000009  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  hitchhiker  0.00442451  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6144  transcriptional regulator, AraC family  36.51 
 
 		 301 aa  52.8  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.185797  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3070  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 311 aa  52.8  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1982  two component transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 544 aa  52.8  0.000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.184696  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3613  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 385 aa  53.1  0.000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.350742  normal  0.0515113 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2499  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  36.99 
 
 		 156 aa  53.1  0.000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.401459  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1537  transcriptional regulator, AraC family  33.78 
 
 		 282 aa  53.1  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.164062  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3628  transcriptional regulator, AraC family  40.62 
 
 		 156 aa  53.1  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0841  AraC family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 392 aa  52.8  0.000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.271665 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1710  transcriptional regulator, AraC family  41.27 
 
 		 326 aa  53.1  0.000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.492868 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3034  two component AraC family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 556 aa  53.1  0.000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00618221  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1919  AraC family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 329 aa  53.5  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.480868  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5635  transcriptional regulator, AraC family  38.1 
 
 		 282 aa  53.1  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0154737  normal  0.936217 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0944  two component transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 539 aa  53.1  0.000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2206  regulatory protein PocR  36.99 
 
 		 303 aa  52.8  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.742166  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1109  hypothetical protein  48.33 
 
 		 352 aa  52.8  0.000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5735  transcriptional regulator AraC family  39.06 
 
 		 311 aa  52.8  0.000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.582182  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1199  AraC family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 329 aa  52.4  0.000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.33488  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2081  transcriptional regulator, AraC family  40.62 
 
 		 153 aa  52.4  0.000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.256  normal  0.670144 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2436  AraC family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 329 aa  52.4  0.000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0681  AraC family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 256 aa  52.4  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2259  regulatory protein PocR  36.99 
 
 		 303 aa  52.4  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.746184  normal  0.221956 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3336  AraC family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 367 aa  52.4  0.000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2090  AraC family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 261 aa  52.8  0.000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00753492 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1698  AraC family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 686 aa  52.8  0.000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000348751  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16600  transcriptional regulator, AraC family  39.68 
 
 		 301 aa  52.4  0.000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0626  AraC family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 330 aa  52.8  0.000002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.653952  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2159  regulatory protein PocR  36.99 
 
 		 303 aa  52.4  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.385139  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0855  AraC family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 329 aa  52.4  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2372  regulatory protein PocR  36.99 
 
 		 303 aa  52.4  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.740068  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>