More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2495 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_2495  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 379 aa  773    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.939158  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3808  AraC family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 377 aa  255  8e-67  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1391  AraC family transcriptional regulator  35.01 
 
 		 379 aa  236  5.0000000000000005e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2491  AraC family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 385 aa  184  3e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2999  response regulator receiver/GGDEF/EAL domain-containing protein  30.73 
 
 		 404 aa  178  2e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000288968 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3025  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 390 aa  158  1e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000202158 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0802  AraC family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 381 aa  151  2e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2928  AraC family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 390 aa  133  6.999999999999999e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2274  AraC family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 392 aa  130  3e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.567279 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3057  AraC family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 389 aa  127  3e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0161665  normal  0.0111828 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1285  helix-turn-helix domain-containing protein  26.11 
 
 		 379 aa  114  4.0000000000000004e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.112275  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6150  transcriptional regulator, AraC family  24.68 
 
 		 381 aa  99.8  7e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2599  transcriptional regulator, AraC family  30.15 
 
 		 373 aa  95.9  1e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4113  transcriptional regulator, AraC family  31.62 
 
 		 375 aa  94  4e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.197438  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3712  AraC family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 337 aa  91.3  2e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.660721  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2491  response regulator receiver protein  22.92 
 
 		 379 aa  89.7  7e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00299433  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2203  transcriptional regulator, AraC family  35.83 
 
 		 285 aa  89.7  8e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0328064 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0018  AraC family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 358 aa  85.1  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.710124 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4331  transcriptional regulator, AraC family  25.84 
 
 		 371 aa  84.7  0.000000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.248399  normal  0.118283 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3234  helix-turn-helix domain-containing protein  39.39 
 
 		 106 aa  84.3  0.000000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2407  transcriptional regulator, AraC family  28.67 
 
 		 399 aa  81.6  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.411749  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0638  transcriptional regulator, AraC family  26.67 
 
 		 377 aa  81.3  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2584  transcriptional regulator, AraC family  36.54 
 
 		 357 aa  80.1  0.00000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.160731  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3165  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  22.87 
 
 		 389 aa  79  0.0000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1634  AraC family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 380 aa  79.3  0.0000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.33217  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0426  helix-turn-helix domain-containing protein  31.4 
 
 		 349 aa  79  0.0000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0607795  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1550  AraC family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 383 aa  78.2  0.0000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000434853  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3101  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  23.17 
 
 		 389 aa  77.4  0.0000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.866891  normal  0.240373 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2170  helix-turn-helix, AraC type  23.11 
 
 		 328 aa  77  0.0000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3809  transcriptional regulator, AraC family  35.58 
 
 		 376 aa  76.6  0.0000000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0312  AraC/XylS family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 347 aa  76.6  0.0000000000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1276  transcriptional regulator AraC family  32.73 
 
 		 380 aa  76.3  0.0000000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0732  AraC family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 331 aa  76.3  0.0000000000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.576299  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1306  transcriptional regulator, AraC family  25.16 
 
 		 390 aa  75.5  0.000000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2262  transcriptional regulator, AraC family  35.64 
 
 		 335 aa  75.5  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0879  transcriptional regulator, AraC family  35.79 
 
 		 363 aa  74.7  0.000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0404  AraC family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 399 aa  74.3  0.000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3858  AraC family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 393 aa  73.6  0.000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3410  transcriptional regulator, AraC family  32.26 
 
 		 359 aa  72.8  0.000000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.493578  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1555  AraC family transcriptional regulator  27.02 
 
 		 385 aa  72  0.00000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.294968  normal  0.931428 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0841  AraC family transcriptional regulator  26.18 
 
 		 392 aa  71.6  0.00000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.271665 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2515  AraC family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 373 aa  71.2  0.00000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3167  response regulator receiver protein  35.42 
 
 		 406 aa  71.2  0.00000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0664  AraC family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 422 aa  70.1  0.00000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0633  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 362 aa  68.9  0.0000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.311928  normal  0.134681 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1109  hypothetical protein  30.83 
 
 		 352 aa  69.3  0.0000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2612  AraC family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 349 aa  64.3  0.000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0135  AraC family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 391 aa  63.9  0.000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0106255  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1287  AraC family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 368 aa  63.5  0.000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.537021  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3153  AraC family transcriptional regulator  28 
 
 		 364 aa  61.6  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2366  AraC family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 370 aa  59.7  0.00000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4153  transcriptional regulator, AraC family  27.83 
 
 		 309 aa  59.3  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.24804 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0731  transcriptional regulator  36.96 
 
 		 349 aa  58.9  0.0000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.523916 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0142  transcriptional regulator, AraC family  31.18 
 
 		 760 aa  58.2  0.0000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0106  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  30.69 
 
 		 394 aa  57.8  0.0000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1750  AraC family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 359 aa  57.4  0.0000004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2197  AraC family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 314 aa  57  0.0000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1583  two component AraC family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 533 aa  57  0.0000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.160886  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4578  AraC family transcriptional regulator  23.77 
 
 		 409 aa  56.6  0.0000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0591899  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2043  transcriptional regulator, AraC family  34.41 
 
 		 330 aa  56.2  0.0000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.437  normal  0.109712 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 513 aa  56.2  0.0000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29140  response regulator containing CheY-like receiver domain and AraC-type DNA-binding domain  32.08 
 
 		 279 aa  55.8  0.000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1147  response regulator receiver protein  29.9 
 
 		 397 aa  55.8  0.000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4147  transcriptional regulator, AraC family  24.32 
 
 		 438 aa  54.7  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0286987  normal  0.311664 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3156  two component transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 515 aa  55.1  0.000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.949308  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0607  helix-turn-helix domain-containing protein  28.15 
 
 		 348 aa  55.1  0.000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0579  two component AraC family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 531 aa  53.9  0.000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1205  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 440 aa  54.3  0.000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.909691  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2641  AraC family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 301 aa  53.9  0.000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1701  AraC family DNA-binding protein  27.82 
 
 		 296 aa  53.9  0.000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2653  AraC family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 78 aa  53.9  0.000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0538  helix-turn-helix domain-containing protein  23.85 
 
 		 353 aa  53.1  0.000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.214837  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1732  transcriptional regulator, AraC family  28.48 
 
 		 288 aa  53.1  0.000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0803469 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3465  transcriptional regulator, AraC family  31.07 
 
 		 327 aa  52.8  0.000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2982  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  21.68 
 
 		 398 aa  52.8  0.00001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.383323  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2674  AraC family transcriptional regulator  32 
 
 		 271 aa  52.4  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4302  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 269 aa  52.4  0.00001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0983  helix-turn-helix domain-containing protein  30.28 
 
 		 295 aa  52.4  0.00001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  27.93 
 
 		 1201 aa  52.8  0.00001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3405  two component AraC family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 253 aa  52.8  0.00001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.100445  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2988  transcriptional regulator  29.79 
 
 		 314 aa  52.4  0.00001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0489  transcriptional regulator, AraC family  32.67 
 
 		 147 aa  52.8  0.00001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.239723 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0224  response regulator receiver protein  29.89 
 
 		 537 aa  52.4  0.00001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4562  AraC family transcriptional regulator  23.32 
 
 		 409 aa  52  0.00002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00627934  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0230  transcriptional regulator  29.79 
 
 		 315 aa  51.6  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.964133 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4415  AraC family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 303 aa  51.6  0.00002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  hitchhiker  0.0031509  normal  0.543799 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4969  transcriptional regulator, AraC family  23.32 
 
 		 409 aa  52  0.00002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40600  putative transcriptional regulator  30.91 
 
 		 334 aa  51.6  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1288  AraC family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 299 aa  52  0.00002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0436335  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3199  two component transcriptional regulator, AraC family  35.87 
 
 		 940 aa  52  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.157032  normal  0.236848 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3657  AraC family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 430 aa  51.6  0.00002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316455  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6279  AraC family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 338 aa  51.6  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.147886  normal  0.656807 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2535  transcriptional regulator, AraC family  31.46 
 
 		 408 aa  51.2  0.00003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3034  two component AraC family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 556 aa  51.2  0.00003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00618221  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2788  transcriptional regulator, AraC family  31.46 
 
 		 408 aa  51.2  0.00003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000435011  hitchhiker  0.0000000035636 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5440  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 315 aa  50.8  0.00003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2152  AraC family transcriptional regulator  34 
 
 		 275 aa  51.2  0.00003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.488211  normal  0.369795 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2467  two component transcriptional regulator, AraC family  30.69 
 
 		 251 aa  51.2  0.00003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4467  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 301 aa  51.6  0.00003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3442  putative transcriptional regulator  30.91 
 
 		 334 aa  51.6  0.00003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>