More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1276 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_1276  transcriptional regulator AraC family  100 
 
 		 380 aa  762    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2584  transcriptional regulator, AraC family  38.46 
 
 		 357 aa  231  2e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.160731  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2262  transcriptional regulator, AraC family  38.92 
 
 		 335 aa  203  4e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3712  AraC family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 337 aa  196  5.000000000000001e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.660721  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0879  transcriptional regulator, AraC family  33.78 
 
 		 363 aa  176  4e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0426  helix-turn-helix domain-containing protein  33.61 
 
 		 349 aa  165  1.0000000000000001e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0607795  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3410  transcriptional regulator, AraC family  31.3 
 
 		 359 aa  162  1e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.493578  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0312  AraC/XylS family transcriptional regulator  30.7 
 
 		 347 aa  149  5e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0732  AraC family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 331 aa  131  2.0000000000000002e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.576299  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3165  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  31.65 
 
 		 389 aa  83.2  0.000000000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2599  transcriptional regulator, AraC family  34.78 
 
 		 373 aa  81.6  0.00000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1555  AraC family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 385 aa  78.6  0.0000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.294968  normal  0.931428 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2495  AraC family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 379 aa  76.3  0.0000000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.939158  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2436  AraC family transcriptional regulator  41.8 
 
 		 329 aa  76.3  0.0000000000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1919  AraC family transcriptional regulator  40.17 
 
 		 329 aa  76.3  0.0000000000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.480868  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3809  transcriptional regulator, AraC family  38.4 
 
 		 376 aa  75.5  0.000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2069  AraC family transcriptional regulator  40.17 
 
 		 329 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.020463  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0841  AraC family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 392 aa  75.1  0.000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.271665 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1906  AraC family transcriptional regulator  40.17 
 
 		 329 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.166677  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1562  histidine kinase  29.66 
 
 		 1296 aa  74.3  0.000000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.655639  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2491  AraC family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 385 aa  74.3  0.000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1199  AraC family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 329 aa  73.2  0.000000000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.33488  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2999  response regulator receiver/GGDEF/EAL domain-containing protein  30.7 
 
 		 404 aa  73.2  0.000000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000288968 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0855  AraC family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 329 aa  73.2  0.000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1643  AraC family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 329 aa  73.2  0.000000000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.78206  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0305  AraC family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 329 aa  73.2  0.000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.183082  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1391  AraC family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 379 aa  72.8  0.00000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4331  transcriptional regulator, AraC family  41.67 
 
 		 371 aa  71.6  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.248399  normal  0.118283 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6150  transcriptional regulator, AraC family  36.44 
 
 		 381 aa  71.6  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0538  helix-turn-helix domain-containing protein  32.11 
 
 		 353 aa  71.6  0.00000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.214837  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2641  AraC family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 301 aa  71.2  0.00000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0018  AraC family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 358 aa  70.9  0.00000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.710124 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2042  AraC family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 301 aa  70.5  0.00000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4467  AraC family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 301 aa  70.5  0.00000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2441  helix-turn-helix, AraC type  36.47 
 
 		 307 aa  70.1  0.00000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0002572  decreased coverage  0.000290212 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0251  AraC family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 309 aa  70.1  0.00000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3808  AraC family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 377 aa  70.1  0.00000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3165  helix-turn-helix domain-containing protein  41.46 
 
 		 308 aa  70.1  0.00000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00840402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0883  AraC family transcriptional regulator  44.05 
 
 		 322 aa  69.7  0.00000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.172871 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4202  AraC family transcriptional regulator  44.05 
 
 		 319 aa  69.7  0.00000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2928  AraC family transcriptional regulator  36.56 
 
 		 390 aa  69.3  0.00000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4725  AraC family transcriptional regulator  44.05 
 
 		 319 aa  69.3  0.0000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.70917  normal  0.0655004 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0133  AraC family transcriptional regulator  41.25 
 
 		 315 aa  69.3  0.0000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.13686 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0638  transcriptional regulator, AraC family  31.82 
 
 		 377 aa  69.3  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4147  transcriptional regulator, AraC family  28.78 
 
 		 438 aa  68.9  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0286987  normal  0.311664 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1285  helix-turn-helix domain-containing protein  29.93 
 
 		 379 aa  68.9  0.0000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.112275  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27420  transcriptional regulator MtlR (AraC family)  40 
 
 		 299 aa  69.3  0.0000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.467419  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0983  helix-turn-helix domain-containing protein  43.18 
 
 		 295 aa  68.2  0.0000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3546  AraC family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 319 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.776433  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5462  AraC family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 319 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.139699 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4821  AraC family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 319 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.535496  normal  0.116549 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3237  transcriptional regulator, AraC family  40.45 
 
 		 325 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.434177  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2203  transcriptional regulator, AraC family  29.27 
 
 		 285 aa  67.8  0.0000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0328064 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3153  AraC family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 364 aa  67.8  0.0000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0810  AraC family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 306 aa  68.2  0.0000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2926  transcriptional regulator MtlR  35.29 
 
 		 287 aa  67.4  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.795893  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34440  transcriptional regulator MtlR  35.29 
 
 		 301 aa  67.4  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000688741  normal  0.560291 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3782  AraC family transcriptional regulator  44.05 
 
 		 319 aa  67  0.0000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0502919 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5590  AraC family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 310 aa  66.6  0.0000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.651891 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2708  transcriptional activator MltR  35.29 
 
 		 301 aa  66.6  0.0000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.215541  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2471  transcriptional regulator, AraC family  39.53 
 
 		 311 aa  66.6  0.0000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000518709  normal  0.0153728 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3858  AraC family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 393 aa  67  0.0000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6320  transcriptional regulator, AraC family  39.66 
 
 		 294 aa  66.6  0.0000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.636258  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4594  transcriptional regulator, AraC family  39.66 
 
 		 294 aa  66.2  0.0000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.571926  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0404  AraC family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 399 aa  66.2  0.0000000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1306  transcriptional regulator, AraC family  27.08 
 
 		 390 aa  65.5  0.000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0664  AraC family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 422 aa  65.9  0.000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0499  AraC family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 339 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00811586 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1116  transcriptional regulator, AraC family  37.65 
 
 		 325 aa  65.1  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  34.48 
 
 		 1201 aa  64.7  0.000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2339  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 303 aa  65.5  0.000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.295664 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2612  AraC family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 349 aa  65.1  0.000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3025  AraC family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 390 aa  64.7  0.000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000202158 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2366  AraC family transcriptional regulator  26.58 
 
 		 370 aa  64.3  0.000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0537  helix-turn-helix domain-containing protein  27.93 
 
 		 349 aa  64.3  0.000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.379134  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0731  AraC family transcriptional regulator  42.35 
 
 		 328 aa  64.3  0.000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.617247  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6144  transcriptional regulator, AraC family  31.78 
 
 		 301 aa  63.9  0.000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.185797  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0135  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 391 aa  63.9  0.000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0106255  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3182  AraC family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 315 aa  63.5  0.000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000265571 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2491  response regulator receiver protein  29.81 
 
 		 379 aa  63.5  0.000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00299433  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2267  two component transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 265 aa  62.8  0.000000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00808217 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3318  AraC family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 345 aa  62.4  0.00000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2274  AraC family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 392 aa  62.8  0.00000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.567279 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0142  transcriptional regulator, AraC family  34.04 
 
 		 760 aa  62.8  0.00000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2161  helix-turn-helix domain-containing protein  41.98 
 
 		 294 aa  62.4  0.00000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3808  AraC family transcriptional regulator  37.18 
 
 		 321 aa  62.8  0.00000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.323672  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3234  helix-turn-helix domain-containing protein  36.36 
 
 		 106 aa  62.4  0.00000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3101  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  27.74 
 
 		 389 aa  61.6  0.00000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.866891  normal  0.240373 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0681  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 256 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0895  AraC family transcriptional regulator  37.65 
 
 		 302 aa  61.6  0.00000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1089  helix-turn-helix domain-containing protein  33.71 
 
 		 298 aa  61.2  0.00000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.99301  hitchhiker  0.00294409 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1634  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 380 aa  60.8  0.00000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.33217  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0802  AraC family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 381 aa  60.8  0.00000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1558  AraC family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 320 aa  59.7  0.00000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00294158 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0365  transcriptional regulator, AraC family  35.58 
 
 		 299 aa  59.7  0.00000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0508  transcriptional regulator, AraC family  37.35 
 
 		 295 aa  59.7  0.00000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.3342  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2158  two component transcriptional regulator, AraC family  30.09 
 
 		 493 aa  59.7  0.00000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1890  AraC family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 120 aa  59.3  0.0000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.520011  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2123  AraC family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 287 aa  58.9  0.0000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.184363  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3580  AraC family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 159 aa  58.9  0.0000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>