More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_0312 on replicon NC_009456
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009456  VC0395_0312  AraC/XylS family transcriptional regulator  100 
 
 		 347 aa  718    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0426  helix-turn-helix domain-containing protein  44.96 
 
 		 349 aa  289  5.0000000000000004e-77  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0607795  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0879  transcriptional regulator, AraC family  33.15 
 
 		 363 aa  182  7e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3410  transcriptional regulator, AraC family  31.4 
 
 		 359 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.493578  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2584  transcriptional regulator, AraC family  33.71 
 
 		 357 aa  156  5.0000000000000005e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.160731  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1276  transcriptional regulator AraC family  30.85 
 
 		 380 aa  154  2.9999999999999998e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2262  transcriptional regulator, AraC family  32.24 
 
 		 335 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3712  AraC family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 337 aa  132  9e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.660721  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0732  AraC family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 331 aa  92.4  1e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.576299  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1285  helix-turn-helix domain-containing protein  38.58 
 
 		 379 aa  87.8  3e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.112275  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2999  response regulator receiver/GGDEF/EAL domain-containing protein  31.89 
 
 		 404 aa  85.5  0.000000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000288968 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3234  helix-turn-helix domain-containing protein  41.58 
 
 		 106 aa  85.5  0.000000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1555  AraC family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 385 aa  82.4  0.00000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.294968  normal  0.931428 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2928  AraC family transcriptional regulator  34.96 
 
 		 390 aa  81.6  0.00000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2491  AraC family transcriptional regulator  25.39 
 
 		 385 aa  80.5  0.00000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1391  AraC family transcriptional regulator  33.63 
 
 		 379 aa  79.7  0.00000000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2491  response regulator receiver protein  30.99 
 
 		 379 aa  78.2  0.0000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00299433  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0638  transcriptional regulator, AraC family  31.16 
 
 		 377 aa  78.6  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2495  AraC family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 379 aa  76.6  0.0000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.939158  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2170  helix-turn-helix, AraC type  30.23 
 
 		 328 aa  75.5  0.000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1287  AraC family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 368 aa  75.9  0.000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.537021  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6150  transcriptional regulator, AraC family  35 
 
 		 381 aa  75.1  0.000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2599  transcriptional regulator, AraC family  31.41 
 
 		 373 aa  75.1  0.000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3025  AraC family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 390 aa  73.9  0.000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000202158 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0018  AraC family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 358 aa  73.2  0.000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.710124 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2203  transcriptional regulator, AraC family  34.41 
 
 		 285 aa  72.8  0.000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0328064 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1634  AraC family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 380 aa  72  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.33217  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2274  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 392 aa  71.2  0.00000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.567279 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0404  AraC family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 399 aa  71.6  0.00000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1306  transcriptional regulator, AraC family  25.69 
 
 		 390 aa  71.6  0.00000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0538  helix-turn-helix domain-containing protein  33.06 
 
 		 353 aa  70.9  0.00000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.214837  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4331  transcriptional regulator, AraC family  31.94 
 
 		 371 aa  70.1  0.00000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.248399  normal  0.118283 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3167  response regulator receiver protein  35.42 
 
 		 406 aa  69.3  0.00000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0135  AraC family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 391 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0106255  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3057  AraC family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 389 aa  67.8  0.0000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0161665  normal  0.0111828 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3165  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  26.46 
 
 		 389 aa  67  0.0000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3809  transcriptional regulator, AraC family  32.17 
 
 		 376 aa  66.6  0.0000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4113  transcriptional regulator, AraC family  30.83 
 
 		 375 aa  65.9  0.0000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.197438  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4147  transcriptional regulator, AraC family  26.52 
 
 		 438 aa  65.9  0.0000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0286987  normal  0.311664 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3808  AraC family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 377 aa  65.5  0.000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1480  transcriptional regulator, AraC family  43.55 
 
 		 288 aa  65.5  0.000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0895908  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0664  AraC family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 422 aa  64.7  0.000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0508  transcriptional regulator, AraC family  36.84 
 
 		 295 aa  64.7  0.000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.3342  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0537  helix-turn-helix domain-containing protein  31.67 
 
 		 349 aa  64.3  0.000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.379134  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3858  AraC family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 393 aa  63.9  0.000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2641  AraC family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 301 aa  63.9  0.000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4467  AraC family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 301 aa  63.2  0.000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2042  AraC family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 301 aa  62.8  0.000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1562  histidine kinase  34.78 
 
 		 1296 aa  62.4  0.00000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.655639  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0841  AraC family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 392 aa  62  0.00000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.271665 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3165  helix-turn-helix domain-containing protein  32.61 
 
 		 308 aa  62  0.00000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00840402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1550  AraC family transcriptional regulator  24.49 
 
 		 383 aa  60.8  0.00000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000434853  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0920  AraC family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 274 aa  60.8  0.00000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.100818  normal  0.609356 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0906  helix-turn-helix domain-containing protein  33.03 
 
 		 274 aa  61.2  0.00000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.472278 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34440  transcriptional regulator MtlR  33.33 
 
 		 301 aa  60.1  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000688741  normal  0.560291 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2926  transcriptional regulator MtlR  33.33 
 
 		 287 aa  60.1  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.795893  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2708  transcriptional activator MltR  33.33 
 
 		 301 aa  59.7  0.00000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.215541  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0876  AraC family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 274 aa  59.3  0.00000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00939857  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0802  AraC family transcriptional regulator  26.5 
 
 		 381 aa  59.3  0.00000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2441  helix-turn-helix, AraC type  32.94 
 
 		 307 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0002572  decreased coverage  0.000290212 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0951  AraC family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 571 aa  58.9  0.0000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00021324  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4130  putative transcriptional regulator  33.96 
 
 		 265 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47910  putative transcriptional regulator  33.96 
 
 		 224 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00926121  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0895  AraC family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 302 aa  58.5  0.0000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0133  AraC family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 315 aa  58.5  0.0000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.13686 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2674  AraC family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 271 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2123  AraC family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 287 aa  58.2  0.0000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.184363  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4602  AraC family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 279 aa  57.8  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0287774  normal  0.364439 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3101  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  23.97 
 
 		 389 aa  57.4  0.0000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.866891  normal  0.240373 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4302  AraC family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 269 aa  57  0.0000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1287  AraC family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 260 aa  57  0.0000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.400393 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  32.98 
 
 		 1201 aa  57  0.0000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2612  AraC family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 349 aa  57  0.0000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27420  transcriptional regulator MtlR (AraC family)  36.67 
 
 		 299 aa  56.6  0.0000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.467419  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3156  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 283 aa  56.2  0.0000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4415  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 303 aa  56.2  0.0000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  hitchhiker  0.0031509  normal  0.543799 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0883  AraC family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 322 aa  55.8  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.172871 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4725  AraC family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 319 aa  55.5  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.70917  normal  0.0655004 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3153  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 364 aa  55.5  0.000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4202  AraC family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 319 aa  55.8  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3580  AraC family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 159 aa  55.8  0.000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0934  AraC family transcriptional regulator  28 
 
 		 365 aa  55.5  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.887658  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1891  transcriptional regulator, AraC family  40.32 
 
 		 291 aa  55.1  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3657  AraC family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 430 aa  54.7  0.000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3546  AraC family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 319 aa  55.1  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.776433  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4821  AraC family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 319 aa  55.1  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.535496  normal  0.116549 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5462  AraC family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 319 aa  55.1  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.139699 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1280  two component transcriptional regulator, AraC family  29.82 
 
 		 492 aa  54.7  0.000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5509  putative transcriptional regulator  31.07 
 
 		 333 aa  54.3  0.000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5590  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 310 aa  54.3  0.000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.651891 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6981  AraC family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 345 aa  53.9  0.000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0671274  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63280  putative transcriptional regulator  31.07 
 
 		 333 aa  54.3  0.000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0263362  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0464  AraC family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 259 aa  54.3  0.000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1919  AraC family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 329 aa  54.3  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.480868  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2471  transcriptional regulator, AraC family  28.71 
 
 		 311 aa  53.9  0.000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000518709  normal  0.0153728 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1199  AraC family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 329 aa  53.5  0.000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.33488  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0633  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 362 aa  53.5  0.000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.311928  normal  0.134681 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0737  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  31.96 
 
 		 290 aa  53.5  0.000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.359471  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1643  AraC family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 329 aa  53.5  0.000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.78206  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0305  AraC family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 329 aa  53.5  0.000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.183082  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>