188 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_0638 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_0638  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 377 aa  773    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6150  transcriptional regulator, AraC family  42.82 
 
 		 381 aa  314  1.9999999999999998e-84  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4331  transcriptional regulator, AraC family  29.36 
 
 		 371 aa  122  8e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.248399  normal  0.118283 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3167  response regulator receiver protein  26.62 
 
 		 406 aa  108  1e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2203  transcriptional regulator, AraC family  40.34 
 
 		 285 aa  106  7e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0328064 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3808  AraC family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 377 aa  92.4  1e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2491  AraC family transcriptional regulator  25.33 
 
 		 385 aa  89  1e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2274  AraC family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 392 aa  87  4e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.567279 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0633  transcriptional regulator, AraC family  44.21 
 
 		 362 aa  85.9  0.000000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.311928  normal  0.134681 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1391  AraC family transcriptional regulator  24.4 
 
 		 379 aa  85.9  0.000000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1306  transcriptional regulator, AraC family  23.75 
 
 		 390 aa  85.5  0.000000000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1287  AraC family transcriptional regulator  39.05 
 
 		 368 aa  84.7  0.000000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.537021  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2999  response regulator receiver/GGDEF/EAL domain-containing protein  23.87 
 
 		 404 aa  82.8  0.000000000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000288968 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2599  transcriptional regulator, AraC family  24.54 
 
 		 373 aa  82.8  0.000000000000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2495  AraC family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 379 aa  82  0.00000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.939158  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1555  AraC family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 385 aa  80.9  0.00000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.294968  normal  0.931428 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3165  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  38.54 
 
 		 389 aa  79.7  0.00000000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0404  AraC family transcriptional regulator  24.12 
 
 		 399 aa  79  0.0000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3057  AraC family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 389 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0161665  normal  0.0111828 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0312  AraC/XylS family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 347 aa  78.6  0.0000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2491  response regulator receiver protein  24.88 
 
 		 379 aa  76.6  0.0000000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00299433  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3101  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  22.05 
 
 		 389 aa  76.3  0.0000000000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.866891  normal  0.240373 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3809  transcriptional regulator, AraC family  31.82 
 
 		 376 aa  75.5  0.000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1109  hypothetical protein  27.34 
 
 		 352 aa  73.9  0.000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1550  AraC family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 383 aa  73.6  0.000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000434853  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0920  AraC family transcriptional regulator  36 
 
 		 274 aa  73.2  0.000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.100818  normal  0.609356 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3025  AraC family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 390 aa  73.6  0.000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000202158 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0841  AraC family transcriptional regulator  24.04 
 
 		 392 aa  72  0.00000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.271665 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3234  helix-turn-helix domain-containing protein  35.42 
 
 		 106 aa  72.4  0.00000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1285  helix-turn-helix domain-containing protein  35 
 
 		 379 aa  72  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.112275  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0906  helix-turn-helix domain-containing protein  34.04 
 
 		 274 aa  72  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.472278 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4113  transcriptional regulator, AraC family  26.01 
 
 		 375 aa  70.5  0.00000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.197438  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0802  AraC family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 381 aa  70.5  0.00000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0876  AraC family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 274 aa  70.1  0.00000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00939857  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1276  transcriptional regulator AraC family  31.82 
 
 		 380 aa  70.1  0.00000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2170  helix-turn-helix, AraC type  25 
 
 		 328 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19800  AraC family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 247 aa  69.3  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1703  putative transcriptional regulator  42.27 
 
 		 294 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0448635  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2152  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 275 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.488211  normal  0.369795 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3712  AraC family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 337 aa  68.6  0.0000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.660721  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3153  AraC family transcriptional regulator  36 
 
 		 364 aa  68.2  0.0000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2262  transcriptional regulator, AraC family  32.14 
 
 		 335 aa  67.8  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4302  AraC family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 269 aa  67.4  0.0000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0018  AraC family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 358 aa  67.4  0.0000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.710124 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2612  AraC family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 349 aa  66.6  0.0000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0538  helix-turn-helix domain-containing protein  35 
 
 		 353 aa  66.6  0.0000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.214837  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3410  transcriptional regulator, AraC family  31.36 
 
 		 359 aa  66.6  0.0000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.493578  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2674  AraC family transcriptional regulator  39 
 
 		 271 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2928  AraC family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 390 aa  65.5  0.000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3858  AraC family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 393 aa  65.1  0.000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0537  helix-turn-helix domain-containing protein  36 
 
 		 349 aa  65.1  0.000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.379134  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1147  response regulator receiver protein  26.92 
 
 		 397 aa  64.7  0.000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3028  response regulator receiver protein  29.92 
 
 		 558 aa  65.5  0.000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.360206  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4147  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 438 aa  63.9  0.000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0286987  normal  0.311664 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2584  transcriptional regulator, AraC family  28.71 
 
 		 357 aa  63.9  0.000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.160731  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2982  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.89 
 
 		 398 aa  62.8  0.00000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.383323  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1634  AraC family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 380 aa  61.6  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.33217  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0664  AraC family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 422 aa  60.5  0.00000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2515  AraC family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 373 aa  59.3  0.0000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1038  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  24.56 
 
 		 394 aa  59.3  0.0000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.895405  normal  0.923131 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0106  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  27.36 
 
 		 394 aa  59.3  0.0000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0879  transcriptional regulator, AraC family  30 
 
 		 363 aa  59.3  0.0000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4364  helix-turn-helix domain-containing protein  28.24 
 
 		 557 aa  58.2  0.0000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.187105  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0426  helix-turn-helix domain-containing protein  25.37 
 
 		 349 aa  57  0.0000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0607795  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1291  response regulator receiver protein  30 
 
 		 585 aa  55.8  0.000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.655637  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  31.43 
 
 		 1201 aa  56.2  0.000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2407  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 399 aa  55.1  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.411749  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4301  transcriptional regulator, AraC family  33.71 
 
 		 286 aa  55.5  0.000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.220521  normal  0.797318 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0180  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 378 aa  53.5  0.000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.34579  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1891  transcriptional regulator, AraC family  30.77 
 
 		 291 aa  53.9  0.000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0135  AraC family transcriptional regulator  21.29 
 
 		 391 aa  53.5  0.000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0106255  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2708  transcriptional activator MltR  28.57 
 
 		 301 aa  53.1  0.000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.215541  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2641  AraC family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 301 aa  53.1  0.000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2917  transcriptional regulator, AraC family  30.39 
 
 		 118 aa  52.4  0.00001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.932782  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0324  AraC family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 383 aa  51.6  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.645662 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3336  AraC family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 367 aa  52  0.00002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0737  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  30 
 
 		 290 aa  51.6  0.00002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.359471  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6144  transcriptional regulator, AraC family  32.58 
 
 		 301 aa  51.2  0.00003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.185797  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2441  helix-turn-helix, AraC type  32.56 
 
 		 307 aa  50.4  0.00004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0002572  decreased coverage  0.000290212 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4767  AraC family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 318 aa  50.4  0.00005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.179878  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0981  helix-turn-helix domain-containing protein  29.55 
 
 		 791 aa  50.4  0.00005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.300542 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  29.17 
 
 		 513 aa  50.1  0.00006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2607  AraC family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 303 aa  50.1  0.00007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.334421  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3129  transcriptional regulator, AraC family  26.5 
 
 		 328 aa  48.9  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.554919  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2042  AraC family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 301 aa  49.3  0.0001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5842  AraC family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 321 aa  49.3  0.0001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.770334  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6685  AraC family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 321 aa  49.3  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.745893  normal  0.261527 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6209  AraC family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 321 aa  49.3  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00677646 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5330  AraC family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 325 aa  48.9  0.0001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0697804 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6288  AraC family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 268 aa  49.3  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.247167  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5093  AraC family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 319 aa  48.9  0.0001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0650203 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3156  two component transcriptional regulator, AraC family  29.17 
 
 		 515 aa  48.9  0.0001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.949308  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1831  transcriptional regulator ArgR  25 
 
 		 351 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3566  helix-turn-helix, AraC type  25 
 
 		 351 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.139016  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3782  AraC family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 319 aa  48.5  0.0002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0502919 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2366  AraC family transcriptional regulator  26 
 
 		 370 aa  48.5  0.0002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5992  AraC family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 348 aa  48.9  0.0002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728993  normal  0.755382 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1280  two component transcriptional regulator, AraC family  28.28 
 
 		 492 aa  48.1  0.0002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4482  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 326 aa  48.1  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.821893 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5748  AraC family transcriptional regulator  25.22 
 
 		 321 aa  47.8  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.389978  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>