More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_6288 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_6288  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 268 aa  533  1e-150  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.247167  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7370  transcriptional regulator  40.34 
 
 		 251 aa  169  4e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.660604  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0616  AraC family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 247 aa  161  9e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1594  AraC family transcriptional regulator  41.91 
 
 		 287 aa  154  1e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.0000369845  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2478  AraC family transcriptional regulator  41.91 
 
 		 287 aa  154  1e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000123953  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2532  AraC family transcriptional regulator  41.91 
 
 		 287 aa  154  1e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.867635  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1369  AraC family transcriptional regulator  41.91 
 
 		 287 aa  154  1e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.000576535  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3217  AraC family transcriptional regulator  41.91 
 
 		 287 aa  154  1e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00000309187  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2096  AraC family transcriptional regulator  42.08 
 
 		 297 aa  154  2e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000553056  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2619  AraC family transcriptional regulator  41.91 
 
 		 450 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0177667  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2259  AraC family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 271 aa  152  5e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0423097  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5363  AraC family transcriptional regulator  41.77 
 
 		 311 aa  151  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000169612  normal  0.258501 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1956  AraC family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 293 aa  150  2e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00233066  normal  0.263741 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1644  AraC family transcriptional regulator  40.57 
 
 		 333 aa  150  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000273212  normal  0.0582405 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2086  AraC family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 293 aa  150  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000391503  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1222  AraC family transcriptional regulator  41.35 
 
 		 292 aa  149  4e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0178453  normal  0.17813 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1602  transcriptional regulator, AraC family  38.59 
 
 		 265 aa  148  7e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.188856  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1856  transcriptional regulator, AraC family  32.83 
 
 		 273 aa  148  9e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0387007  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2493  transcriptional regulator, AraC family  40.16 
 
 		 299 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000346931  normal  0.0115142 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2073  AraC family transcriptional regulator  41.35 
 
 		 293 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000233142  normal  0.314085 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6023  AraC family transcriptional regulator  41.35 
 
 		 293 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0029418  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2054  AraC family transcriptional regulator  41.35 
 
 		 293 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000130101  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1991  AraC family transcriptional regulator  40.66 
 
 		 287 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00000491634  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4057  AraC family transcriptional regulator  40.16 
 
 		 303 aa  143  4e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.681219  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3576  AraC family transcriptional regulator  40.16 
 
 		 322 aa  142  5e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0189219  normal  0.239168 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5182  AraC family transcriptional regulator  37.6 
 
 		 241 aa  142  8e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1861  AraC family transcriptional regulator  39.76 
 
 		 283 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.301297 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2671  AraC family transcriptional regulator  37.01 
 
 		 288 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2711  AraC family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 262 aa  140  3e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000615291 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2712  transcriptional regulator, AraC family  34.89 
 
 		 264 aa  139  4.999999999999999e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.771976  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4197  AraC family transcriptional regulator  37.35 
 
 		 259 aa  139  6e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.973971  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1849  transcriptional regulator, AraC family  37.34 
 
 		 280 aa  139  7e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.976253  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4169  AraC family transcriptional regulator  37.35 
 
 		 283 aa  139  7e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.961188  normal  0.0248126 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3347  AraC family transcriptional regulator  37.35 
 
 		 283 aa  138  7.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0937831  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1375  AraC family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 294 aa  138  1e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000191451  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0784  helix-turn-helix domain-containing protein  37.5 
 
 		 278 aa  136  5e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.620589  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3252  transcriptional regulator, AraC family  39.48 
 
 		 257 aa  135  7.000000000000001e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3761  AraC family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 262 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1180  putative transcriptional regulator  36.29 
 
 		 262 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0140  AraC family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 256 aa  132  5e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13060  putative transcriptional regulator  36.84 
 
 		 262 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2116  AraC family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 244 aa  129  3e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1886  AraC family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 273 aa  128  9.000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4654  transcriptional regulator  38.43 
 
 		 262 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5716  AraC family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 285 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.205456 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4092  AraC family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 267 aa  126  3e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1923  AraC family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 270 aa  127  3e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2424  AraC family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 287 aa  125  6e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.584107 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0172  AraC family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 263 aa  125  6e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1868  AraC family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 270 aa  125  6e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.598218 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2110  AraC family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 270 aa  125  6e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0650904 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0808  transcriptional regulator, AraC family  38.49 
 
 		 264 aa  124  1e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.274557 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3097  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 270 aa  124  2e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.413253 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3734  AraC family transcriptional regulator  37.3 
 
 		 255 aa  124  2e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.147962  normal  0.0342105 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1910  helix-turn-helix domain-containing protein  32.07 
 
 		 266 aa  123  3e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0719  AraC family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 261 aa  123  4e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00523999 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1308  AraC family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 261 aa  122  5e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.998927 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2825  AraC family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 267 aa  122  5e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.254637 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3997  AraC family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 261 aa  122  6e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.106241  normal  0.415557 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2857  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 295 aa  122  6e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.611855  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2874  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 305 aa  122  7e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1502  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 295 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0346176  normal  0.551578 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2370  AraC family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 275 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.737872 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2538  AraC family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 258 aa  121  9.999999999999999e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53090  transcriptional regulator  38.11 
 
 		 262 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3330  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 257 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.865476  normal  0.894904 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0240  AraC family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 285 aa  120  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4726  transcriptional regulator  38.37 
 
 		 262 aa  120  3e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4106  AraC family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 272 aa  119  3.9999999999999996e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.302836  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02220  Transcriptional regulator, AraC-family  34.03 
 
 		 296 aa  119  4.9999999999999996e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2631  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 291 aa  119  4.9999999999999996e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.706027  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54010  transcriptional regulator  38.37 
 
 		 262 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2070  AraC family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 236 aa  119  6e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.527007 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43820  putative transcriptional regulator  36.29 
 
 		 260 aa  119  6e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7122  transcriptional regulator, AraC family  35.25 
 
 		 276 aa  119  7e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.91221  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3644  AraC family transcriptional regulator  35.68 
 
 		 272 aa  119  7e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0842357 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2200  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 280 aa  118  7.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.21456  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2365  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 257 aa  118  9e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.192445  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1967  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 257 aa  118  9e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.397797  normal  0.0346972 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3341  transcriptional regulator, AraC family  35.08 
 
 		 265 aa  117  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.811719 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4301  AraC family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 255 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3003  AraC family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 256 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3675  putative transcriptional regulator  35.48 
 
 		 260 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.308069  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3275  AraC/XylS family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 260 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0504601 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3674  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 273 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.222565  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3673  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 236 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5828  AraC family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 257 aa  117  1.9999999999999998e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.243558  normal  0.949965 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3814  helix-turn-helix domain-containing protein  32.47 
 
 		 281 aa  117  1.9999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.777055 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2350  AraC family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 283 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0650  AraC family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 279 aa  117  3e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.687755  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4458  AraC family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 249 aa  116  3e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2994  transcriptional regulator, AraC family  34.68 
 
 		 265 aa  116  3.9999999999999997e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6884  AraC family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 266 aa  116  5e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.269096  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1479  transcriptional regulator, AraC family  34.63 
 
 		 263 aa  115  6.9999999999999995e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2490  AraC family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 247 aa  115  8.999999999999998e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0740  AraC family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 279 aa  115  8.999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.218916  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2008  transcriptional regulator, AraC family  30.21 
 
 		 280 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000126108 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3172  AraC family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 255 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2455  AraC family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 280 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.157976  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2750  putative transcriptional regulator  35.54 
 
 		 254 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>