More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1856 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_1856  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 273 aa  573  1.0000000000000001e-162  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0387007  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2712  transcriptional regulator, AraC family  51.87 
 
 		 264 aa  271  6e-72  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.771976  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7370  transcriptional regulator  36.75 
 
 		 251 aa  160  2e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.660604  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5182  AraC family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 241 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2259  AraC family transcriptional regulator  35 
 
 		 271 aa  150  2e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0423097  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1594  AraC family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 287 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.0000369845  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3217  AraC family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 287 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00000309187  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1369  AraC family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 287 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.000576535  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2478  AraC family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 287 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000123953  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2532  AraC family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 287 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.867635  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2096  AraC family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 297 aa  146  3e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000553056  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1991  AraC family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 287 aa  145  9e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00000491634  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6023  AraC family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 293 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0029418  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2054  AraC family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 293 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000130101  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2073  AraC family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 293 aa  143  2e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000233142  normal  0.314085 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2619  AraC family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 450 aa  143  3e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0177667  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2711  AraC family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 262 aa  143  3e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000615291 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2086  AraC family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 293 aa  143  4e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000391503  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1956  AraC family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 293 aa  143  4e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00233066  normal  0.263741 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0140  AraC family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 256 aa  142  9e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5363  AraC family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 311 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000169612  normal  0.258501 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1602  transcriptional regulator, AraC family  31.25 
 
 		 265 aa  140  1.9999999999999998e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.188856  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2671  AraC family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 288 aa  140  3e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0650  AraC family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 279 aa  140  3e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.687755  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4726  transcriptional regulator  33.19 
 
 		 262 aa  140  3e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3062  transcription regulator protein  31.42 
 
 		 268 aa  139  4.999999999999999e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.413653  normal  0.153433 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2994  transcriptional regulator, AraC family  31.49 
 
 		 265 aa  138  1e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6288  AraC family transcriptional regulator  32.83 
 
 		 268 aa  137  1e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.247167  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2631  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 291 aa  137  2e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.706027  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1222  AraC family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 292 aa  137  2e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0178453  normal  0.17813 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3341  transcriptional regulator, AraC family  31.06 
 
 		 265 aa  136  4e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.811719 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54010  transcriptional regulator  32.77 
 
 		 262 aa  135  8e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5716  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 285 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.205456 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1462  AraC family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 247 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0052  AraC family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 275 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0172  AraC family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 263 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1644  AraC family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 333 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000273212  normal  0.0582405 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0616  AraC family transcriptional regulator  33.62 
 
 		 247 aa  133  3e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3166  AraC family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 254 aa  133  3e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2493  transcriptional regulator, AraC family  31.39 
 
 		 299 aa  133  3e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000346931  normal  0.0115142 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3576  AraC family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 322 aa  132  5e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0189219  normal  0.239168 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1479  transcriptional regulator, AraC family  31.51 
 
 		 263 aa  132  6e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1910  helix-turn-helix domain-containing protein  34.36 
 
 		 266 aa  132  6.999999999999999e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4553  AraC family transcriptional regulator  31 
 
 		 265 aa  132  7.999999999999999e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.340606  normal  0.506644 
 
 
-
 
NC_004310  BR0657  AraC family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 260 aa  131  9e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.83874  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0808  transcriptional regulator, AraC family  31.78 
 
 		 264 aa  132  9e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.274557 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0475  AraC family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 271 aa  131  1.0000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0515677  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1375  AraC family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 294 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000191451  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3256  AraC family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 262 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.673887  normal  0.287116 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4057  AraC family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 303 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.681219  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4464  AraC family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 263 aa  130  3e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3761  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 262 aa  129  3e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1861  AraC family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 283 aa  128  8.000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.301297 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3347  AraC family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 283 aa  128  9.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0937831  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3734  AraC family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 255 aa  128  1.0000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.147962  normal  0.0342105 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4169  AraC family transcriptional regulator  28.45 
 
 		 283 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.961188  normal  0.0248126 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2350  AraC family transcriptional regulator  33.48 
 
 		 283 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2424  AraC family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 287 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.584107 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4197  AraC family transcriptional regulator  28.45 
 
 		 259 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.973971  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14480  putative transcriptional regulator  29.06 
 
 		 270 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2008  transcriptional regulator, AraC family  33.63 
 
 		 280 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000126108 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2339  helix-turn-helix domain-containing protein  33.63 
 
 		 280 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5835  AraC family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 276 aa  127  3e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.376008  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2116  AraC family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 244 aa  127  3e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1868  AraC family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 270 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.598218 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2110  AraC family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 270 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0650904 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4301  AraC family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 255 aa  125  6e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1923  AraC family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 270 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2455  AraC family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 280 aa  125  9e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.157976  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02030  AraC family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 265 aa  124  2e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.389083 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1886  AraC family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 273 aa  123  3e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3252  transcriptional regulator, AraC family  28.82 
 
 		 257 aa  123  3e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0022  AraC family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 272 aa  123  3e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7122  transcriptional regulator, AraC family  33.06 
 
 		 276 aa  123  3e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.91221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0243  putative transcriptional regulator  30.38 
 
 		 265 aa  122  6e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1849  transcriptional regulator, AraC family  29.79 
 
 		 280 aa  122  6e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.976253  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2055  transcriptional regulator, AraC family  29.82 
 
 		 282 aa  121  9.999999999999999e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.727489  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0240  AraC family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 285 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2370  AraC family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 275 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.737872 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3550  AraC family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 258 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1308  AraC family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 261 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.998927 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4979  AraC family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 271 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001495  transcriptional regulator AraC family protein  31.3 
 
 		 264 aa  121  1.9999999999999998e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.12324  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4298  AraC family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 271 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.552158  normal  0.269124 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53090  transcriptional regulator  30.42 
 
 		 262 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3181  AraC family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 271 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.200885 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2365  AraC family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 257 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.192445  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1967  AraC family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 257 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.397797  normal  0.0346972 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1081  AraC family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 255 aa  120  3e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2692  AraC protein arabinose-binding/dimerisation  32.6 
 
 		 266 aa  119  3.9999999999999996e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4092  AraC family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 267 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0784  helix-turn-helix domain-containing protein  30.17 
 
 		 278 aa  119  4.9999999999999996e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.620589  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5828  AraC family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 257 aa  119  4.9999999999999996e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.243558  normal  0.949965 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31220  transcriptional regulator containing an amidase domain and an AraC-type DNA-binding HTH domain  28.38 
 
 		 261 aa  119  4.9999999999999996e-26  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5145  transcriptional regulator, AraC family  32.3 
 
 		 248 aa  119  6e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3172  AraC family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 255 aa  119  6e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3173  AraC family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 255 aa  119  6e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3251  AraC family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 273 aa  119  7e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.404361  normal  0.350151 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4912  AraC family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 273 aa  119  7e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1773  AraC family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 267 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0125271 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>