More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3550 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_3550  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 258 aa  537  9.999999999999999e-153  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3275  AraC/XylS family transcriptional regulator  56.42 
 
 		 260 aa  299  3e-80  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0504601 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3172  AraC family transcriptional regulator  54.51 
 
 		 255 aa  289  2e-77  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3316  AraC family transcriptional regulator  54.51 
 
 		 255 aa  290  2e-77  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.410872 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3173  AraC family transcriptional regulator  54.12 
 
 		 255 aa  288  7e-77  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3488  AraC/XylS family transcriptional regulator  52.94 
 
 		 255 aa  287  1e-76  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1198  transcriptional regulator, AraC family  53.73 
 
 		 255 aa  286  2.9999999999999996e-76  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2789  AraC family transcriptional regulator  53.33 
 
 		 258 aa  285  8e-76  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.548019  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04860  hypothetical protein  52.55 
 
 		 266 aa  283  1.0000000000000001e-75  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000422  transcriptional regulator AraC/XylS family  52.92 
 
 		 257 aa  279  4e-74  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.342208  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1081  AraC family transcriptional regulator  52.94 
 
 		 255 aa  278  6e-74  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1081  AraC family transcriptional regulator  52.16 
 
 		 255 aa  277  1e-73  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0964  AraC/XylS family transcriptional regulator  49.02 
 
 		 257 aa  260  1e-68  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.541857  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3308  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  47.84 
 
 		 255 aa  252  5.000000000000001e-66  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.598645 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0262  AraC family transcriptional regulator  46.48 
 
 		 255 aa  228  6e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0578  AraC family transcriptional regulator  45.74 
 
 		 255 aa  223  2e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2692  AraC protein arabinose-binding/dimerisation  43.92 
 
 		 266 aa  199  3e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4262  transcriptional regulator  37.4 
 
 		 259 aa  160  2e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.141119  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50040  transcriptional regulator  36.18 
 
 		 259 aa  154  1e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.101345  normal  0.0268029 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3602  AraC family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 268 aa  145  7.0000000000000006e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.593194  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4298  AraC family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 271 aa  142  5e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.552158  normal  0.269124 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4979  AraC family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 271 aa  142  5e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3181  AraC family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 271 aa  142  5e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.200885 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5828  AraC family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 257 aa  140  3e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.243558  normal  0.949965 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3870  transcriptional regulator, AraC family  35.91 
 
 		 265 aa  136  4e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2370  AraC family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 275 aa  135  6.0000000000000005e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.737872 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5182  AraC family transcriptional regulator  34.05 
 
 		 241 aa  134  9.999999999999999e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2679  AraC family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 268 aa  133  3e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6023  AraC family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 293 aa  133  3e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0029418  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2073  AraC family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 293 aa  133  3e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000233142  normal  0.314085 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2054  AraC family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 293 aa  133  3e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000130101  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1180  putative transcriptional regulator  35.68 
 
 		 262 aa  132  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1956  AraC family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 293 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00233066  normal  0.263741 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2086  AraC family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 293 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000391503  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13060  putative transcriptional regulator  35.68 
 
 		 262 aa  132  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3674  transcriptional regulator, AraC family  30.71 
 
 		 273 aa  132  5e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.222565  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2259  AraC family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 271 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0423097  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3675  putative transcriptional regulator  34.53 
 
 		 260 aa  130  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.308069  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4464  AraC family transcriptional regulator  34.82 
 
 		 263 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5363  AraC family transcriptional regulator  31.66 
 
 		 311 aa  129  3e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000169612  normal  0.258501 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1222  AraC family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 292 aa  130  3e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0178453  normal  0.17813 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0784  helix-turn-helix domain-containing protein  31.87 
 
 		 278 aa  128  7.000000000000001e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.620589  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1991  AraC family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 287 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00000491634  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1886  AraC family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 273 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1462  AraC family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 247 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0159  AraC family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 277 aa  127  2.0000000000000002e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.512442 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4458  AraC family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 249 aa  127  2.0000000000000002e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4887  AraC family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 278 aa  127  3e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0694091  normal  0.145685 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1773  AraC family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 267 aa  126  3e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0125271 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2217  AraC family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 280 aa  126  4.0000000000000003e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.471705  normal  0.0945315 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1849  transcriptional regulator, AraC family  32.76 
 
 		 280 aa  125  5e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.976253  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0808  transcriptional regulator, AraC family  35.37 
 
 		 264 aa  125  6e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.274557 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01153  transcriptional regulator  32.88 
 
 		 283 aa  125  7e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.593212  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3256  AraC family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 262 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.673887  normal  0.287116 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3448  AraC family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 272 aa  124  1e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.940044  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4134  AraC family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 262 aa  124  1e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.574832  normal  0.554852 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0740  AraC family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 279 aa  124  1e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.218916  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1632  AraC family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 278 aa  124  1e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.653877  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4073  AraC family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 272 aa  123  3e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3217  AraC family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 287 aa  123  3e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00000309187  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1594  AraC family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 287 aa  123  3e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.0000369845  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2478  AraC family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 287 aa  123  3e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000123953  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1369  AraC family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 287 aa  123  3e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.000576535  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2532  AraC family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 287 aa  123  3e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.867635  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4092  AraC family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 267 aa  122  4e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4654  transcriptional regulator  33.04 
 
 		 262 aa  122  4e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3397  AraC family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 272 aa  122  4e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2096  AraC family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 297 aa  122  4e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000553056  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2200  AraC family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 280 aa  123  4e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.21456  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3062  transcription regulator protein  32.29 
 
 		 268 aa  122  5e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.413653  normal  0.153433 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0573  AraC family transcriptional regulator  33.48 
 
 		 264 aa  122  6e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.361207  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5716  AraC family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 285 aa  122  7e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.205456 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3279  AraC family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 263 aa  122  7e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00644243  normal  0.0774858 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5230  AraC family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 272 aa  122  7e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.957838  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43820  putative transcriptional regulator  35.43 
 
 		 260 aa  122  7e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53090  transcriptional regulator  33.04 
 
 		 262 aa  122  7e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0172  AraC family transcriptional regulator  36.32 
 
 		 263 aa  121  9e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2365  AraC family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 257 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.192445  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2404  AraC family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 266 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2721  AraC family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 272 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1967  AraC family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 257 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.397797  normal  0.0346972 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4855  putative transcriptional regulator  31.7 
 
 		 264 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2619  AraC family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 450 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0177667  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4238  AraC family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 263 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0843116 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2671  AraC family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 288 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2825  AraC family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 267 aa  120  1.9999999999999998e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.254637 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1856  transcriptional regulator, AraC family  31.39 
 
 		 273 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0387007  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4128  AraC family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 263 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2424  AraC family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 287 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.584107 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2493  transcriptional regulator, AraC family  29.62 
 
 		 299 aa  120  3e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000346931  normal  0.0115142 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0240  AraC family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 285 aa  119  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3660  AraC family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 262 aa  119  3e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.812139  normal  0.771843 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4366  AraC family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 262 aa  120  3e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.177468  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1644  AraC family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 333 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000273212  normal  0.0582405 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3705  AraC family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 266 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.14672  normal  0.18075 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3816  AraC family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 266 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.123017  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4658  AraC family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 266 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5029  AraC family transcriptional regulator  30.7 
 
 		 268 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.31589  normal  0.688219 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4026  AraC family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 267 aa  119  6e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55730  AraC family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 267 aa  119  6e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>