More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_3308 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_3308  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 		 255 aa  528  1e-149  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.598645 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000422  transcriptional regulator AraC/XylS family  64.17 
 
 		 257 aa  355  5e-97  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.342208  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0964  AraC/XylS family transcriptional regulator  64.96 
 
 		 257 aa  351  7e-96  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.541857  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3488  AraC/XylS family transcriptional regulator  48.24 
 
 		 255 aa  262  4e-69  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1081  AraC family transcriptional regulator  49.01 
 
 		 255 aa  254  7e-67  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2789  AraC family transcriptional regulator  48.05 
 
 		 258 aa  253  2.0000000000000002e-66  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.548019  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3173  AraC family transcriptional regulator  48.63 
 
 		 255 aa  253  2.0000000000000002e-66  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3550  AraC family transcriptional regulator  47.84 
 
 		 258 aa  252  4.0000000000000004e-66  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1081  AraC family transcriptional regulator  48.62 
 
 		 255 aa  252  5.000000000000001e-66  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3316  AraC family transcriptional regulator  48.24 
 
 		 255 aa  248  5e-65  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.410872 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3172  AraC family transcriptional regulator  48.24 
 
 		 255 aa  248  6e-65  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3275  AraC/XylS family transcriptional regulator  48.83 
 
 		 260 aa  247  1e-64  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0504601 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1198  transcriptional regulator, AraC family  47.45 
 
 		 255 aa  245  4.9999999999999997e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04860  hypothetical protein  46.48 
 
 		 266 aa  239  2.9999999999999997e-62  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0262  AraC family transcriptional regulator  43.36 
 
 		 255 aa  216  4e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2692  AraC protein arabinose-binding/dimerisation  47.1 
 
 		 266 aa  206  3e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0578  AraC family transcriptional regulator  40.77 
 
 		 255 aa  192  3e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4262  transcriptional regulator  37.5 
 
 		 259 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.141119  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50040  transcriptional regulator  35.89 
 
 		 259 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.101345  normal  0.0268029 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2259  AraC family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 271 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0423097  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1991  AraC family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 287 aa  132  3.9999999999999996e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00000491634  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1956  AraC family transcriptional regulator  33.48 
 
 		 293 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00233066  normal  0.263741 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2086  AraC family transcriptional regulator  33.48 
 
 		 293 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000391503  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3602  AraC family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 268 aa  130  2.0000000000000002e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.593194  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1222  AraC family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 292 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0178453  normal  0.17813 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2073  AraC family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 293 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000233142  normal  0.314085 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6023  AraC family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 293 aa  129  6e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0029418  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2054  AraC family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 293 aa  129  6e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000130101  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5363  AraC family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 311 aa  128  9.000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000169612  normal  0.258501 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2493  transcriptional regulator, AraC family  32.44 
 
 		 299 aa  126  3e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000346931  normal  0.0115142 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1644  AraC family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 333 aa  126  3e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000273212  normal  0.0582405 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5716  AraC family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 285 aa  125  9e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.205456 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3576  AraC family transcriptional regulator  33.63 
 
 		 322 aa  124  1e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0189219  normal  0.239168 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1594  AraC family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 287 aa  123  3e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.0000369845  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2478  AraC family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 287 aa  123  3e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000123953  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1369  AraC family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 287 aa  123  3e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.000576535  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4057  AraC family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 303 aa  123  3e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.681219  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3217  AraC family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 287 aa  123  3e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00000309187  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2532  AraC family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 287 aa  123  3e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.867635  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2096  AraC family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 297 aa  122  4e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000553056  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4026  AraC family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 267 aa  122  6e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1886  AraC family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 273 aa  122  8e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0784  helix-turn-helix domain-containing protein  31.47 
 
 		 278 aa  121  9e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.620589  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4421  putative HTH-type transcriptional regulator YeaM  30.42 
 
 		 278 aa  121  9e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.755891  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3062  transcription regulator protein  31.67 
 
 		 268 aa  121  9.999999999999999e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.413653  normal  0.153433 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13060  putative transcriptional regulator  33.19 
 
 		 262 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0159  AraC family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 277 aa  121  9.999999999999999e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.512442 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2619  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 450 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0177667  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1180  putative transcriptional regulator  32.89 
 
 		 262 aa  120  3e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3675  putative transcriptional regulator  32.89 
 
 		 260 aa  119  3e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.308069  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3397  AraC family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 272 aa  119  6e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3341  transcriptional regulator, AraC family  31.67 
 
 		 265 aa  118  7e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.811719 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1375  AraC family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 294 aa  118  7.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000191451  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4073  AraC family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 272 aa  118  9e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2252  transcriptional regulator, AraC family  30.52 
 
 		 264 aa  118  9e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.476643  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2994  transcriptional regulator, AraC family  31.22 
 
 		 265 aa  117  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3448  AraC family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 272 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.940044  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5182  AraC family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 241 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0415  transcriptional regulator, AraC family  28.74 
 
 		 269 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2455  AraC family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 280 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.157976  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5230  AraC family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 272 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.957838  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1849  transcriptional regulator, AraC family  31.28 
 
 		 280 aa  117  1.9999999999999998e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.976253  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4464  AraC family transcriptional regulator  34.08 
 
 		 263 aa  117  3e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5828  AraC family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 257 aa  116  3e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.243558  normal  0.949965 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4298  AraC family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 271 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.552158  normal  0.269124 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4238  AraC family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 263 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0843116 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2008  transcriptional regulator, AraC family  32.29 
 
 		 280 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000126108 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4128  AraC family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 263 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4979  AraC family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 271 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3181  AraC family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 271 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.200885 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2339  helix-turn-helix domain-containing protein  32.29 
 
 		 280 aa  115  5e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1773  AraC family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 267 aa  115  5e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0125271 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3997  AraC family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 261 aa  115  5e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.106241  normal  0.415557 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0808  transcriptional regulator, AraC family  32 
 
 		 264 aa  115  5e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.274557 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2721  AraC family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 272 aa  115  6e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4553  AraC family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 265 aa  115  7.999999999999999e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.340606  normal  0.506644 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3674  transcriptional regulator, AraC family  30.47 
 
 		 273 aa  115  8.999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.222565  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2350  AraC family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 283 aa  115  8.999999999999998e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2200  AraC family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 280 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.21456  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3279  AraC family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 263 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00644243  normal  0.0774858 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1951  AraC family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 274 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0409973  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3256  AraC family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 262 aa  113  3e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.673887  normal  0.287116 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3660  AraC family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 262 aa  113  3e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.812139  normal  0.771843 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1462  AraC family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 247 aa  112  6e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1856  transcriptional regulator, AraC family  28.7 
 
 		 273 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0387007  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4134  AraC family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 262 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.574832  normal  0.554852 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5835  AraC family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 276 aa  111  1.0000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.376008  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43820  putative transcriptional regulator  33.48 
 
 		 260 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3347  AraC family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 283 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0937831  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4169  AraC family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 283 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.961188  normal  0.0248126 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1861  AraC family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 283 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.301297 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0140  AraC family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 256 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1910  helix-turn-helix domain-containing protein  32.88 
 
 		 266 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4197  AraC family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 259 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.973971  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3870  transcriptional regulator, AraC family  30.24 
 
 		 265 aa  110  2.0000000000000002e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0740  AraC family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 279 aa  110  3e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.218916  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2825  AraC family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 267 aa  109  4.0000000000000004e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.254637 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2671  AraC family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 288 aa  109  5e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2424  AraC family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 287 aa  108  6e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.584107 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2679  AraC family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 268 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>