More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_3341 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_3341  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 265 aa  532  1e-150  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.811719 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2994  transcriptional regulator, AraC family  99.25 
 
 		 265 aa  529  1e-149  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3062  transcription regulator protein  91.12 
 
 		 268 aa  481  1e-135  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.413653  normal  0.153433 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1375  AraC family transcriptional regulator  61.39 
 
 		 294 aa  300  2e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000191451  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1991  AraC family transcriptional regulator  59.61 
 
 		 287 aa  297  1e-79  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00000491634  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2493  transcriptional regulator, AraC family  60.92 
 
 		 299 aa  296  2e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000346931  normal  0.0115142 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2073  AraC family transcriptional regulator  59.36 
 
 		 293 aa  296  2e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000233142  normal  0.314085 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6023  AraC family transcriptional regulator  59.36 
 
 		 293 aa  296  3e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0029418  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2054  AraC family transcriptional regulator  59.36 
 
 		 293 aa  296  3e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000130101  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1222  AraC family transcriptional regulator  58.96 
 
 		 292 aa  295  6e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0178453  normal  0.17813 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1644  AraC family transcriptional regulator  61.75 
 
 		 333 aa  293  2e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000273212  normal  0.0582405 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1594  AraC family transcriptional regulator  58.82 
 
 		 287 aa  292  4e-78  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.0000369845  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2086  AraC family transcriptional regulator  58.96 
 
 		 293 aa  292  4e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000391503  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1369  AraC family transcriptional regulator  58.82 
 
 		 287 aa  292  4e-78  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.000576535  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2478  AraC family transcriptional regulator  58.82 
 
 		 287 aa  292  4e-78  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000123953  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3217  AraC family transcriptional regulator  58.82 
 
 		 287 aa  292  4e-78  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00000309187  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2532  AraC family transcriptional regulator  58.82 
 
 		 287 aa  292  4e-78  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.867635  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1956  AraC family transcriptional regulator  58.96 
 
 		 293 aa  292  4e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00233066  normal  0.263741 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2096  AraC family transcriptional regulator  58.82 
 
 		 297 aa  291  6e-78  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000553056  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2619  AraC family transcriptional regulator  58.43 
 
 		 450 aa  290  2e-77  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0177667  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5363  AraC family transcriptional regulator  58.17 
 
 		 311 aa  288  7e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000169612  normal  0.258501 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2825  AraC family transcriptional regulator  50.38 
 
 		 267 aa  241  1e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.254637 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2217  AraC family transcriptional regulator  49.03 
 
 		 280 aa  225  4e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.471705  normal  0.0945315 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0054  transcriptional regulator, AraC family  47.86 
 
 		 306 aa  221  9.999999999999999e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.354122  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0038  AraC family transcriptional regulator  49.82 
 
 		 288 aa  217  1e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.175935 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1555  AraC family transcriptional regulator  47.67 
 
 		 286 aa  211  1e-53  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1849  transcriptional regulator, AraC family  41.44 
 
 		 280 aa  207  1e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.976253  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1886  AraC family transcriptional regulator  44.18 
 
 		 273 aa  199  5e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0082  AraC family transcriptional regulator  47.19 
 
 		 304 aa  197  2.0000000000000003e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0058  AraC family transcriptional regulator  43.17 
 
 		 309 aa  195  6e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2259  AraC family transcriptional regulator  43.56 
 
 		 271 aa  192  4e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0423097  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5182  AraC family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 241 aa  187  2e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0235  AraC family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 263 aa  182  3e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1180  putative transcriptional regulator  43.56 
 
 		 262 aa  180  2e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13060  putative transcriptional regulator  43.56 
 
 		 262 aa  180  2e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54010  transcriptional regulator  42.13 
 
 		 262 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0140  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 256 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0784  helix-turn-helix domain-containing protein  41.18 
 
 		 278 aa  172  6.999999999999999e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.620589  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4726  transcriptional regulator  41.7 
 
 		 262 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4654  transcriptional regulator  42.92 
 
 		 262 aa  171  1e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5828  AraC family transcriptional regulator  41.44 
 
 		 257 aa  171  1e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.243558  normal  0.949965 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3166  AraC family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 254 aa  171  1e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3675  putative transcriptional regulator  39.38 
 
 		 260 aa  169  4e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.308069  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0022  AraC family transcriptional regulator  42.34 
 
 		 272 aa  168  6e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3761  AraC family transcriptional regulator  42.34 
 
 		 262 aa  167  2e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2671  AraC family transcriptional regulator  42.79 
 
 		 288 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0052  AraC family transcriptional regulator  41.7 
 
 		 275 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4057  AraC family transcriptional regulator  40.6 
 
 		 303 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.681219  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4092  AraC family transcriptional regulator  40.78 
 
 		 267 aa  163  3e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3576  AraC family transcriptional regulator  40.6 
 
 		 322 aa  163  3e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0189219  normal  0.239168 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43820  putative transcriptional regulator  39.23 
 
 		 260 aa  162  3e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48310  putative transcriptional regulator  40.25 
 
 		 260 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.141935  normal  0.137096 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1602  transcriptional regulator, AraC family  36.82 
 
 		 265 aa  162  7e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.188856  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4464  AraC family transcriptional regulator  41.15 
 
 		 263 aa  162  7e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4289  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 277 aa  161  8.000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.959419  normal  0.364848 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1654  transcriptional regulator, AraC family  46.7 
 
 		 255 aa  162  8.000000000000001e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0592453  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53090  transcriptional regulator  40.42 
 
 		 262 aa  161  8.000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5145  transcriptional regulator, AraC family  39.91 
 
 		 248 aa  160  1e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2370  AraC family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 275 aa  161  1e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.737872 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4073  AraC family transcriptional regulator  36.22 
 
 		 272 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4298  AraC family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 271 aa  160  3e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.552158  normal  0.269124 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3190  AraC family transcriptional regulator  39.57 
 
 		 277 aa  159  3e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2874  helix-turn-helix domain-containing protein  38.52 
 
 		 305 aa  160  3e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0240  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 285 aa  160  3e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4970  AraC family transcriptional regulator  39.57 
 
 		 277 aa  159  3e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4979  AraC family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 271 aa  160  3e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3181  AraC family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 271 aa  160  3e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.200885 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2711  AraC family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 262 aa  160  3e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000615291 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3448  AraC family transcriptional regulator  36.22 
 
 		 272 aa  159  4e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.940044  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4301  AraC family transcriptional regulator  43.36 
 
 		 255 aa  158  7e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5716  AraC family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 285 aa  158  7e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.205456 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0650  AraC family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 279 aa  158  7e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.687755  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1861  AraC family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 283 aa  158  8e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.301297 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0808  transcriptional regulator, AraC family  39.75 
 
 		 264 aa  157  2e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.274557 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7122  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 276 aa  157  2e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.91221  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0482  AraC family transcriptional regulator  42.08 
 
 		 264 aa  157  2e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4197  AraC family transcriptional regulator  37.45 
 
 		 259 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.973971  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3397  AraC family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 272 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3347  AraC family transcriptional regulator  37.45 
 
 		 283 aa  156  3e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0937831  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4169  AraC family transcriptional regulator  37.45 
 
 		 283 aa  156  3e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.961188  normal  0.0248126 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5230  AraC family transcriptional regulator  35.04 
 
 		 272 aa  155  4e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.957838  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1462  AraC family transcriptional regulator  38.84 
 
 		 247 aa  155  5.0000000000000005e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2857  helix-turn-helix domain-containing protein  38.11 
 
 		 295 aa  155  5.0000000000000005e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.611855  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0254  transcriptional regulator, AraC family  40.24 
 
 		 264 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3256  AraC family transcriptional regulator  37.35 
 
 		 262 aa  155  9e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.673887  normal  0.287116 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2424  AraC family transcriptional regulator  38.84 
 
 		 287 aa  154  1e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.584107 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2721  AraC family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 272 aa  154  1e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4553  AraC family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 265 aa  154  2e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.340606  normal  0.506644 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0649  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  35.74 
 
 		 267 aa  154  2e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.323434  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2930  AraC family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 257 aa  154  2e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.954642  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02220  Transcriptional regulator, AraC-family  38.62 
 
 		 296 aa  154  2e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2200  AraC family transcriptional regulator  40.44 
 
 		 280 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.21456  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2365  AraC family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 257 aa  152  5e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.192445  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3003  AraC family transcriptional regulator  36.78 
 
 		 256 aa  152  5e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2631  AraC family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 291 aa  152  5e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.706027  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1876  AraC family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 253 aa  152  5.9999999999999996e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.974841  normal  0.0151551 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1502  transcriptional regulator, AraC family  36.89 
 
 		 295 aa  152  7e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0346176  normal  0.551578 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14480  putative transcriptional regulator  39.59 
 
 		 270 aa  152  7e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3330  AraC family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 257 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.865476  normal  0.894904 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1967  AraC family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 257 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.397797  normal  0.0346972 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>