More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_4301 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_4301  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 255 aa  517  1e-146  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54010  transcriptional regulator  67.06 
 
 		 262 aa  339  2e-92  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4726  transcriptional regulator  67.06 
 
 		 262 aa  339  2e-92  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3734  AraC family transcriptional regulator  53.41 
 
 		 255 aa  278  9e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.147962  normal  0.0342105 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1654  transcriptional regulator, AraC family  57.26 
 
 		 255 aa  264  1e-69  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0592453  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0719  AraC family transcriptional regulator  53.28 
 
 		 261 aa  243  1.9999999999999999e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00523999 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4834  AraC family transcriptional regulator  49.01 
 
 		 262 aa  234  1.0000000000000001e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3347  AraC family transcriptional regulator  44.14 
 
 		 283 aa  219  3e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0937831  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4197  AraC family transcriptional regulator  44.14 
 
 		 259 aa  219  3e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.973971  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4057  AraC family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 303 aa  218  6e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.681219  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3576  AraC family transcriptional regulator  43.58 
 
 		 322 aa  218  6e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0189219  normal  0.239168 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4169  AraC family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 283 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.961188  normal  0.0248126 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1861  AraC family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 283 aa  218  8.999999999999998e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.301297 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3252  transcriptional regulator, AraC family  44.14 
 
 		 257 aa  211  9e-54  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2631  AraC family transcriptional regulator  43.95 
 
 		 291 aa  206  2e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.706027  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0140  AraC family transcriptional regulator  42.13 
 
 		 256 aa  206  3e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5828  AraC family transcriptional regulator  44.35 
 
 		 257 aa  205  7e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.243558  normal  0.949965 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0650  AraC family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 279 aa  204  1e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.687755  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0052  AraC family transcriptional regulator  44.08 
 
 		 275 aa  203  3e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0475  AraC family transcriptional regulator  41.53 
 
 		 271 aa  199  3e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0515677  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2259  AraC family transcriptional regulator  41.56 
 
 		 271 aa  199  5e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0423097  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1892  transcriptional regulator, AraC family  45.83 
 
 		 286 aa  198  6e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3166  AraC family transcriptional regulator  43.39 
 
 		 254 aa  196  2.0000000000000003e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5182  AraC family transcriptional regulator  42.98 
 
 		 241 aa  193  2e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1602  transcriptional regulator, AraC family  42.74 
 
 		 265 aa  192  5e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.188856  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2424  AraC family transcriptional regulator  39.84 
 
 		 287 aa  192  5e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.584107 
 
 
-
 
NC_004310  BR0657  AraC family transcriptional regulator  40.08 
 
 		 260 aa  191  1e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.83874  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0022  AraC family transcriptional regulator  42.92 
 
 		 272 aa  191  1e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1420  AraC protein arabinose-binding/dimerization  50.99 
 
 		 257 aa  190  2e-47  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.214439  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48310  putative transcriptional regulator  44.17 
 
 		 260 aa  184  8e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.141935  normal  0.137096 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3150  AraC family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 262 aa  184  9e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1180  putative transcriptional regulator  42.44 
 
 		 262 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4289  AraC family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 277 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.959419  normal  0.364848 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4970  AraC family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 277 aa  181  7e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3190  AraC family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 277 aa  181  7e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13060  putative transcriptional regulator  42.02 
 
 		 262 aa  181  7e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3062  transcription regulator protein  44.25 
 
 		 268 aa  181  8.000000000000001e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.413653  normal  0.153433 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2930  AraC family transcriptional regulator  38.37 
 
 		 257 aa  181  8.000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.954642  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1222  AraC family transcriptional regulator  42.79 
 
 		 292 aa  181  8.000000000000001e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0178453  normal  0.17813 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1956  AraC family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 293 aa  180  2e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00233066  normal  0.263741 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2086  AraC family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 293 aa  180  2e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000391503  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1991  AraC family transcriptional regulator  40.69 
 
 		 287 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00000491634  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1369  AraC family transcriptional regulator  41.56 
 
 		 287 aa  179  4e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.000576535  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3217  AraC family transcriptional regulator  41.56 
 
 		 287 aa  179  4e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00000309187  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1594  AraC family transcriptional regulator  41.56 
 
 		 287 aa  179  4e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.0000369845  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6773  AraC family transcriptional regulator  45.27 
 
 		 266 aa  179  4e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2532  AraC family transcriptional regulator  41.56 
 
 		 287 aa  179  4e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.867635  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2478  AraC family transcriptional regulator  41.56 
 
 		 287 aa  179  4e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000123953  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3814  helix-turn-helix domain-containing protein  38.78 
 
 		 281 aa  179  4e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.777055 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6281  AraC family transcriptional regulator  44.86 
 
 		 266 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0183081  normal  0.898598 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5363  AraC family transcriptional regulator  41.23 
 
 		 311 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000169612  normal  0.258501 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1548  AraC family transcriptional regulator  44.86 
 
 		 266 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.120016  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2096  AraC family transcriptional regulator  41.56 
 
 		 297 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000553056  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2116  AraC family transcriptional regulator  42.74 
 
 		 244 aa  178  8e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4116  AraC family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 266 aa  178  9e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4278  AraC family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 266 aa  178  9e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5716  AraC family transcriptional regulator  41.04 
 
 		 285 aa  177  1e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.205456 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2619  AraC family transcriptional regulator  41.13 
 
 		 450 aa  176  2e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0177667  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0808  transcriptional regulator, AraC family  40.89 
 
 		 264 aa  177  2e-43  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.274557 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2671  AraC family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 288 aa  177  2e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2493  transcriptional regulator, AraC family  41.48 
 
 		 299 aa  177  2e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000346931  normal  0.0115142 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6884  AraC family transcriptional regulator  44.67 
 
 		 266 aa  176  3e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.269096  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2073  AraC family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 293 aa  176  3e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000233142  normal  0.314085 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3341  transcriptional regulator, AraC family  43.36 
 
 		 265 aa  176  4e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.811719 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1644  AraC family transcriptional regulator  41.48 
 
 		 333 aa  176  4e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000273212  normal  0.0582405 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0172  AraC family transcriptional regulator  41.91 
 
 		 263 aa  175  5e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2994  transcriptional regulator, AraC family  43.36 
 
 		 265 aa  175  6e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6023  AraC family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 293 aa  175  7e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0029418  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2054  AraC family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 293 aa  175  7e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000130101  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4421  putative HTH-type transcriptional regulator YeaM  39.92 
 
 		 278 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.755891  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2200  AraC family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 280 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.21456  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2370  AraC family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 275 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.737872 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14480  putative transcriptional regulator  40.41 
 
 		 270 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0596  AraC family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 284 aa  173  1.9999999999999998e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1876  AraC family transcriptional regulator  43.98 
 
 		 253 aa  172  2.9999999999999996e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.974841  normal  0.0151551 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0399  AraC family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 253 aa  172  3.9999999999999995e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2490  AraC family transcriptional regulator  42.15 
 
 		 247 aa  172  5e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5145  transcriptional regulator, AraC family  41.67 
 
 		 248 aa  171  9e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3644  AraC family transcriptional regulator  41.63 
 
 		 272 aa  169  4e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0842357 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1462  AraC family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 247 aa  168  6e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1375  AraC family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 294 aa  168  9e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000191451  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2070  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 236 aa  167  1e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.527007 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3256  AraC family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 262 aa  167  1e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.673887  normal  0.287116 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2711  AraC family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 262 aa  167  2e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000615291 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4464  AraC family transcriptional regulator  42.32 
 
 		 263 aa  165  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3673  helix-turn-helix domain-containing protein  40 
 
 		 236 aa  165  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3997  AraC family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 261 aa  164  9e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.106241  normal  0.415557 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3674  transcriptional regulator, AraC family  36.59 
 
 		 273 aa  163  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.222565  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3097  AraC family transcriptional regulator  36.29 
 
 		 270 aa  163  3e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.413253 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1308  AraC family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 261 aa  163  3e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.998927 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4073  AraC family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 272 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0784  helix-turn-helix domain-containing protein  37.15 
 
 		 278 aa  162  6e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.620589  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3448  AraC family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 272 aa  161  8.000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.940044  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2365  AraC family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 257 aa  161  9e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.192445  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3330  AraC family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 257 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.865476  normal  0.894904 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2404  AraC family transcriptional regulator  40.08 
 
 		 266 aa  160  2e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3705  AraC family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 266 aa  159  3e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.14672  normal  0.18075 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3816  AraC family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 266 aa  159  3e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.123017  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1967  AraC family transcriptional regulator  34.89 
 
 		 257 aa  159  3e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.397797  normal  0.0346972 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4658  AraC family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 266 aa  159  3e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>