More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3674 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_3674  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 273 aa  544  1e-154  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.222565  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0740  AraC family transcriptional regulator  86.81 
 
 		 279 aa  480  1e-134  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.218916  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0885  transcriptional regulator, AraC family  73.23 
 
 		 267 aa  382  1e-105  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0430739 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2200  AraC family transcriptional regulator  60.84 
 
 		 280 aa  328  6e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.21456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4278  AraC family transcriptional regulator  49.02 
 
 		 266 aa  261  8e-69  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4116  AraC family transcriptional regulator  49.02 
 
 		 266 aa  261  8e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3814  helix-turn-helix domain-containing protein  51.81 
 
 		 281 aa  259  3e-68  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.777055 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4421  putative HTH-type transcriptional regulator YeaM  47.57 
 
 		 278 aa  246  3e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.755891  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0596  AraC family transcriptional regulator  46.03 
 
 		 284 aa  243  1.9999999999999999e-63  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4919  AraC family transcriptional regulator  46.01 
 
 		 325 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3244  AraC family transcriptional regulator  46.01 
 
 		 325 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.515749  normal  0.506544 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6500  AraC family transcriptional regulator  46.01 
 
 		 294 aa  241  7.999999999999999e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.890756 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2055  transcriptional regulator, AraC family  48.4 
 
 		 282 aa  239  4e-62  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.727489  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3816  AraC family transcriptional regulator  44.53 
 
 		 266 aa  237  1e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.123017  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4658  AraC family transcriptional regulator  44.53 
 
 		 266 aa  237  1e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3705  AraC family transcriptional regulator  44.53 
 
 		 266 aa  237  1e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.14672  normal  0.18075 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2252  transcriptional regulator, AraC family  48.05 
 
 		 264 aa  236  2e-61  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.476643  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2404  AraC family transcriptional regulator  47.18 
 
 		 266 aa  237  2e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5029  AraC family transcriptional regulator  47.35 
 
 		 268 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.31589  normal  0.688219 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1951  AraC family transcriptional regulator  45.59 
 
 		 274 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0409973  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1993  AraC family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 284 aa  225  5.0000000000000005e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0159  AraC family transcriptional regulator  46.64 
 
 		 277 aa  225  7e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.512442 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4313  transcriptional regulator, AraC family  46.09 
 
 		 264 aa  224  1e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1893  putative transcriptional regulator  44.1 
 
 		 258 aa  222  6e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000476135 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3251  AraC family transcriptional regulator  43.03 
 
 		 273 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.404361  normal  0.350151 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6507  AraC family transcriptional regulator  43.03 
 
 		 273 aa  219  3e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.181119  normal  0.195081 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2982  transcriptional regulator, AraC family  43.48 
 
 		 273 aa  219  5e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.184639  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1502  AraC family transcriptional regulator  44.58 
 
 		 267 aa  219  5e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.244306 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4912  AraC family transcriptional regulator  42.63 
 
 		 273 aa  218  1e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0415  transcriptional regulator, AraC family  44.62 
 
 		 269 aa  215  8e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5425  transcriptional regulator, AraC family  47.16 
 
 		 292 aa  213  2.9999999999999995e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4158  putative transcriptional regulator  42.91 
 
 		 295 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.329209  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48390  AraC family transcriptional regulator  42.8 
 
 		 268 aa  208  7e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.112276 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5836  transcriptional regulator, AraC family  46.22 
 
 		 274 aa  207  1e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.248139  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1909  AraC family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 263 aa  204  8e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3418  AraC family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 261 aa  203  3e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3853  transcriptional regulator, AraC family protein  38.53 
 
 		 262 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1666  AraC family transcriptional regulator  43.65 
 
 		 263 aa  201  1.9999999999999998e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01759  predicted DNA-binding transcriptional regulator  43.03 
 
 		 273 aa  199  3e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1843  AraC family transcriptional regulator  43.03 
 
 		 273 aa  199  3e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.34721  normal  0.227218 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01747  hypothetical protein  43.03 
 
 		 273 aa  199  3e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1402  AraC family transcriptional regulator  42.63 
 
 		 269 aa  199  3.9999999999999996e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.617226  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1876  AraC family transcriptional regulator  42.63 
 
 		 273 aa  199  5e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1853  transcriptional regulator, AraC family  42.23 
 
 		 272 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0722482  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2335  AraC family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 278 aa  196  3e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2513  transcriptional regulator, AraC family  42.23 
 
 		 269 aa  194  2e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.914553 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0820  AraC family transcriptional regulator  41.15 
 
 		 261 aa  190  2e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2370  AraC family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 275 aa  187  2e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.737872 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5182  AraC family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 241 aa  185  6e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4378  helix-turn-helix domain-containing protein  37.82 
 
 		 273 aa  185  6e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.735178  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1632  AraC family transcriptional regulator  39.75 
 
 		 278 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.653877  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4887  AraC family transcriptional regulator  39.75 
 
 		 278 aa  181  2e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0694091  normal  0.145685 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5828  AraC family transcriptional regulator  39.37 
 
 		 257 aa  178  7e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.243558  normal  0.949965 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1773  AraC family transcriptional regulator  42.79 
 
 		 267 aa  176  3e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0125271 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3576  AraC family transcriptional regulator  37.45 
 
 		 322 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0189219  normal  0.239168 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4057  AraC family transcriptional regulator  37.45 
 
 		 303 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.681219  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4197  AraC family transcriptional regulator  40.53 
 
 		 259 aa  172  5e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.973971  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4169  AraC family transcriptional regulator  40.53 
 
 		 283 aa  172  5e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.961188  normal  0.0248126 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3347  AraC family transcriptional regulator  40.53 
 
 		 283 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0937831  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1861  AraC family transcriptional regulator  39.65 
 
 		 283 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.301297 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0052  AraC family transcriptional regulator  39.64 
 
 		 275 aa  171  1e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2930  AraC family transcriptional regulator  39.56 
 
 		 257 aa  171  1e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.954642  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3279  AraC family transcriptional regulator  41.89 
 
 		 263 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00644243  normal  0.0774858 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4128  AraC family transcriptional regulator  42.34 
 
 		 263 aa  170  3e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4238  AraC family transcriptional regulator  42.34 
 
 		 263 aa  170  3e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0843116 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0784  helix-turn-helix domain-containing protein  39.64 
 
 		 278 aa  169  4e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.620589  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14480  putative transcriptional regulator  38.7 
 
 		 270 aa  169  4e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3660  AraC family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 262 aa  169  5e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.812139  normal  0.771843 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4134  AraC family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 262 aa  168  7e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.574832  normal  0.554852 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2490  AraC family transcriptional regulator  43.3 
 
 		 247 aa  168  7e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3190  AraC family transcriptional regulator  39.11 
 
 		 277 aa  168  8e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4970  AraC family transcriptional regulator  39.11 
 
 		 277 aa  168  8e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4289  AraC family transcriptional regulator  39.11 
 
 		 277 aa  168  9e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.959419  normal  0.364848 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4726  transcriptional regulator  38.06 
 
 		 262 aa  168  9e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0808  transcriptional regulator, AraC family  39.29 
 
 		 264 aa  167  1e-40  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.274557 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0022  AraC family transcriptional regulator  36.1 
 
 		 272 aa  168  1e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54010  transcriptional regulator  38.06 
 
 		 262 aa  167  1e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0991  AraC family transcriptional regulator  40.87 
 
 		 270 aa  167  2e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4366  AraC family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 262 aa  167  2e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.177468  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3675  putative transcriptional regulator  39.92 
 
 		 260 aa  167  2e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.308069  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001495  transcriptional regulator AraC family protein  36.12 
 
 		 264 aa  166  2.9999999999999998e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.12324  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01153  transcriptional regulator  40.09 
 
 		 283 aa  166  5e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.593212  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3128  AraC family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 261 aa  165  5.9999999999999996e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.030776  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3734  AraC family transcriptional regulator  40.16 
 
 		 255 aa  166  5.9999999999999996e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.147962  normal  0.0342105 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2365  AraC family transcriptional regulator  36 
 
 		 257 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.192445  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5835  AraC family transcriptional regulator  39.91 
 
 		 276 aa  163  2.0000000000000002e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.376008  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2671  AraC family transcriptional regulator  38.17 
 
 		 288 aa  163  3e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0140  AraC family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 256 aa  162  5.0000000000000005e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2679  AraC family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 268 aa  162  7e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1967  AraC family transcriptional regulator  36 
 
 		 257 aa  160  1e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.397797  normal  0.0346972 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3330  AraC family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 257 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.865476  normal  0.894904 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1285  transcriptional regulator, AraC family  38.64 
 
 		 293 aa  160  2e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.325206 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3252  transcriptional regulator, AraC family  38.87 
 
 		 257 aa  160  2e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4464  AraC family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 263 aa  159  3e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3397  AraC family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 272 aa  158  1e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48310  putative transcriptional regulator  39.26 
 
 		 260 aa  158  1e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.141935  normal  0.137096 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2721  AraC family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 272 aa  157  2e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5230  AraC family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 272 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.957838  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13060  putative transcriptional regulator  38.6 
 
 		 262 aa  157  2e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1180  putative transcriptional regulator  38.5 
 
 		 262 aa  156  3e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>