More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3853 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_3853  transcriptional regulator, AraC family protein  100 
 
 		 262 aa  550  1e-155  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1909  AraC family transcriptional regulator  56.98 
 
 		 263 aa  315  5e-85  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1893  putative transcriptional regulator  52.86 
 
 		 258 aa  262  4.999999999999999e-69  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000476135 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0820  AraC family transcriptional regulator  51.97 
 
 		 261 aa  260  2e-68  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3418  AraC family transcriptional regulator  50.22 
 
 		 261 aa  252  4.0000000000000004e-66  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2252  transcriptional regulator, AraC family  46.61 
 
 		 264 aa  249  3e-65  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.476643  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2982  transcriptional regulator, AraC family  47.39 
 
 		 273 aa  246  4e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.184639  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1951  AraC family transcriptional regulator  44.49 
 
 		 274 aa  241  6e-63  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0409973  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3244  AraC family transcriptional regulator  46.38 
 
 		 325 aa  233  3e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.515749  normal  0.506544 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4919  AraC family transcriptional regulator  46.38 
 
 		 325 aa  233  3e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6500  AraC family transcriptional regulator  46.05 
 
 		 294 aa  231  1e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.890756 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1993  AraC family transcriptional regulator  40.33 
 
 		 284 aa  229  3e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48390  AraC family transcriptional regulator  44.49 
 
 		 268 aa  228  8e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.112276 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1502  AraC family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 267 aa  227  2e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.244306 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4378  helix-turn-helix domain-containing protein  43.03 
 
 		 273 aa  224  8e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.735178  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4158  putative transcriptional regulator  44.05 
 
 		 295 aa  223  3e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.329209  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2335  AraC family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 278 aa  219  3.9999999999999997e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4313  transcriptional regulator, AraC family  41.53 
 
 		 264 aa  217  1e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1666  AraC family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 263 aa  215  5e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5425  transcriptional regulator, AraC family  41.06 
 
 		 292 aa  215  5.9999999999999996e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4912  AraC family transcriptional regulator  43.97 
 
 		 273 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3251  AraC family transcriptional regulator  43.97 
 
 		 273 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.404361  normal  0.350151 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6507  AraC family transcriptional regulator  43.53 
 
 		 273 aa  212  4.9999999999999996e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.181119  normal  0.195081 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1402  AraC family transcriptional regulator  47.58 
 
 		 269 aa  209  4e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.617226  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01759  predicted DNA-binding transcriptional regulator  47.58 
 
 		 273 aa  208  7e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1843  AraC family transcriptional regulator  47.58 
 
 		 273 aa  208  7e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.34721  normal  0.227218 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01747  hypothetical protein  47.58 
 
 		 273 aa  208  7e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1853  transcriptional regulator, AraC family  47.58 
 
 		 272 aa  207  1e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0722482  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1876  AraC family transcriptional regulator  47.58 
 
 		 273 aa  207  1e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2513  transcriptional regulator, AraC family  47.58 
 
 		 269 aa  205  5e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.914553 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5836  transcriptional regulator, AraC family  40.81 
 
 		 274 aa  204  8e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.248139  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0596  AraC family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 284 aa  203  2e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3674  transcriptional regulator, AraC family  38.53 
 
 		 273 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.222565  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0415  transcriptional regulator, AraC family  40.42 
 
 		 269 aa  198  7e-50  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0740  AraC family transcriptional regulator  37.83 
 
 		 279 aa  195  7e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.218916  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2200  AraC family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 280 aa  187  1e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.21456  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0885  transcriptional regulator, AraC family  39.04 
 
 		 267 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0430739 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4278  AraC family transcriptional regulator  37.34 
 
 		 266 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4116  AraC family transcriptional regulator  37.34 
 
 		 266 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3814  helix-turn-helix domain-containing protein  35.37 
 
 		 281 aa  175  5e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.777055 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4421  putative HTH-type transcriptional regulator YeaM  32.52 
 
 		 278 aa  176  5e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.755891  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2404  AraC family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 266 aa  169  4e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3705  AraC family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 266 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.14672  normal  0.18075 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4658  AraC family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 266 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3816  AraC family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 266 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.123017  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2055  transcriptional regulator, AraC family  32.02 
 
 		 282 aa  163  3e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.727489  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5029  AraC family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 268 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.31589  normal  0.688219 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55730  AraC family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 267 aa  157  1e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4855  putative transcriptional regulator  36.05 
 
 		 264 aa  156  3e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0159  AraC family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 277 aa  152  5.9999999999999996e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.512442 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1448  AraC family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 257 aa  145  4.0000000000000006e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2490  AraC family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 247 aa  144  2e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2370  AraC family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 275 aa  143  3e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.737872 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2365  AraC family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 257 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.192445  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0784  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 278 aa  141  9.999999999999999e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.620589  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0573  AraC family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 264 aa  140  3e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.361207  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3330  AraC family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 257 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.865476  normal  0.894904 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4026  AraC family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 267 aa  139  3.9999999999999997e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4298  AraC family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 271 aa  137  1e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.552158  normal  0.269124 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4979  AraC family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 271 aa  137  1e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05224  hypothetical protein  31.12 
 
 		 276 aa  137  1e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5828  AraC family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 257 aa  137  1e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.243558  normal  0.949965 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3181  AraC family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 271 aa  137  1e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.200885 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1773  AraC family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 267 aa  137  2e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0125271 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0401  putative transcriptional regulator, AraC family  32.65 
 
 		 264 aa  137  2e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0485221  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1967  AraC family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 257 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.397797  normal  0.0346972 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3256  AraC family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 262 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.673887  normal  0.287116 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3675  putative transcriptional regulator  28.06 
 
 		 260 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.308069  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1632  AraC family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 278 aa  132  5e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.653877  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001334  transcriptional regulator AraC family  30.8 
 
 		 240 aa  132  6.999999999999999e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000000128083  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5182  AraC family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 241 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0696  AraC family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 276 aa  131  1.0000000000000001e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4134  AraC family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 262 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.574832  normal  0.554852 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0926  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 259 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1308  AraC family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 261 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.998927 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4644  AraC family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 262 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.422657  normal  0.0579106 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2631  AraC family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 291 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.706027  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4887  AraC family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 278 aa  130  3e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0694091  normal  0.145685 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0961  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 259 aa  130  3e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.452942  normal  0.634145 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3660  AraC family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 262 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.812139  normal  0.771843 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0409  AraC family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 273 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.934009  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0303  AraC/XylS family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 263 aa  129  6e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3997  AraC family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 261 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.106241  normal  0.415557 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3150  AraC family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 262 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4464  AraC family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 263 aa  126  3e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0052  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 275 aa  126  3e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2424  AraC family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 287 aa  127  3e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.584107 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4238  AraC family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 263 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0843116 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2679  AraC family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 268 aa  127  3e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4128  AraC family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 263 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3128  AraC family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 261 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.030776  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3279  AraC family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 263 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00644243  normal  0.0774858 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4366  AraC family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 262 aa  125  6e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.177468  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1092  AraC/XylS family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 259 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1222  AraC family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 292 aa  124  1e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0178453  normal  0.17813 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0649  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  30.12 
 
 		 267 aa  124  1e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.323434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2874  helix-turn-helix domain-containing protein  29.82 
 
 		 305 aa  124  1e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0925  AraC family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 259 aa  125  1e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2930  AraC family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 257 aa  124  1e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.954642  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3190  AraC family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 277 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>