More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_4644 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_4644  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 262 aa  537  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.422657  normal  0.0579106 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4852  AraC family transcriptional regulator  90.04 
 
 		 262 aa  458  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0644466 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4730  AraC family transcriptional regulator  89.66 
 
 		 262 aa  457  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00390984 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4909  AraC family transcriptional regulator  89.27 
 
 		 262 aa  454  1e-127  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000033682 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0573  AraC family transcriptional regulator  64.06 
 
 		 264 aa  342  4e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.361207  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4855  putative transcriptional regulator  63.78 
 
 		 264 aa  328  6e-89  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55730  AraC family transcriptional regulator  63.78 
 
 		 267 aa  326  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1448  AraC family transcriptional regulator  55.95 
 
 		 257 aa  289  3e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3337  AraC family transcriptional regulator  48.76 
 
 		 257 aa  238  5e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0516036  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0401  putative transcriptional regulator, AraC family  41.63 
 
 		 264 aa  223  2e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0485221  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1526  AraC family transcriptional regulator  43.67 
 
 		 261 aa  217  1e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1417  AraC family transcriptional regulator  43.27 
 
 		 261 aa  217  2e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.17982  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05224  hypothetical protein  40.49 
 
 		 276 aa  214  8e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0365  AraC family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 261 aa  214  9.999999999999999e-55  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0791032  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3387  AraC/XylS family transcriptional regulator  40.64 
 
 		 277 aa  211  1e-53  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0409  AraC family transcriptional regulator  42.64 
 
 		 273 aa  211  1e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.934009  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1092  AraC/XylS family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 259 aa  209  3e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001334  transcriptional regulator AraC family  41.6 
 
 		 240 aa  209  3e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000000128083  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0303  AraC/XylS family transcriptional regulator  40.66 
 
 		 263 aa  208  8e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0927  helix-turn-helix domain-containing protein  41.2 
 
 		 259 aa  204  9e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0961  AraC family transcriptional regulator  40.08 
 
 		 259 aa  203  2e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.452942  normal  0.634145 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0925  AraC family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 259 aa  202  4e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0926  AraC family transcriptional regulator  40.08 
 
 		 259 aa  202  5e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3559  transcriptional regulator, AraC family  40.23 
 
 		 267 aa  199  3e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0696  AraC family transcriptional regulator  41.53 
 
 		 276 aa  197  2.0000000000000003e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3380  transcriptional regulator, AraC family  40.5 
 
 		 258 aa  196  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3453  helix-turn-helix domain-containing protein  39.3 
 
 		 272 aa  196  3e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0910  helix-turn-helix domain-containing protein  40.08 
 
 		 258 aa  194  1e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3577  AraC family transcriptional regulator  38.52 
 
 		 258 aa  193  2e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.186564 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4920  transcriptional regulator, AraC family  42.15 
 
 		 265 aa  191  8e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.94136 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3843  transcriptional regulator, AraC family  42.15 
 
 		 265 aa  191  8e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.419049 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1611  HTH-type transcriptional regulator, AraC family  34.94 
 
 		 275 aa  186  2e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.269856  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02197  transcriptional regulator transcription regulator protein  39.18 
 
 		 271 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0784  helix-turn-helix domain-containing protein  37.96 
 
 		 278 aa  168  9e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.620589  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3602  AraC family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 268 aa  167  1e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.593194  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3675  putative transcriptional regulator  37.94 
 
 		 260 aa  165  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.308069  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3256  AraC family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 262 aa  159  3e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.673887  normal  0.287116 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43820  putative transcriptional regulator  38.58 
 
 		 260 aa  159  6e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02030  AraC family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 265 aa  157  2e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.389083 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2721  AraC family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 272 aa  156  3e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5230  AraC family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 272 aa  156  3e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.957838  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0243  putative transcriptional regulator  35.86 
 
 		 265 aa  155  6e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3397  AraC family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 272 aa  155  6e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4464  AraC family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 263 aa  155  6e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3448  AraC family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 272 aa  155  7e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.940044  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0649  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  37.55 
 
 		 267 aa  155  7e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.323434  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4073  AraC family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 272 aa  155  9e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4116  AraC family transcriptional regulator  36 
 
 		 266 aa  154  2e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0596  AraC family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 284 aa  153  2e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4278  AraC family transcriptional regulator  36 
 
 		 266 aa  154  2e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2982  transcriptional regulator, AraC family  34.14 
 
 		 273 aa  152  7e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.184639  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0991  AraC family transcriptional regulator  37.28 
 
 		 270 aa  151  8.999999999999999e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2490  AraC family transcriptional regulator  40.66 
 
 		 247 aa  149  3e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1502  AraC family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 267 aa  150  3e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.244306 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6500  AraC family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 294 aa  150  3e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.890756 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1886  AraC family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 273 aa  149  5e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5029  AraC family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 268 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.31589  normal  0.688219 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3244  AraC family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 325 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.515749  normal  0.506544 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3128  AraC family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 261 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.030776  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4919  AraC family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 325 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5828  AraC family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 257 aa  146  3e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.243558  normal  0.949965 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2404  AraC family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 266 aa  146  3e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0140  AraC family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 256 aa  146  3e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2538  AraC family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 258 aa  146  3e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2335  AraC family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 278 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0622  helix-turn-helix domain-containing protein  34.54 
 
 		 259 aa  145  5e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2200  AraC family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 280 aa  145  5e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.21456  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3816  AraC family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 266 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.123017  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3705  AraC family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 266 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.14672  normal  0.18075 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4658  AraC family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 266 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3853  transcriptional regulator, AraC family protein  29.88 
 
 		 262 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2671  AraC family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 288 aa  144  1e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3997  AraC family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 261 aa  144  1e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.106241  normal  0.415557 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0628  AraC family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 259 aa  144  1e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.458217  hitchhiker  0.000431435 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1502  transcriptional regulator, AraC family  34.01 
 
 		 295 aa  144  1e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0346176  normal  0.551578 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0415  transcriptional regulator, AraC family  35.48 
 
 		 269 aa  143  2e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2424  AraC family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 287 aa  143  2e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.584107 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0583  AraC family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 259 aa  143  3e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.559328 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4366  AraC family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 262 aa  143  3e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.177468  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1951  AraC family transcriptional regulator  33.63 
 
 		 274 aa  143  3e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0409973  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2370  AraC family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 275 aa  143  3e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.737872 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3330  AraC family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 257 aa  142  4e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.865476  normal  0.894904 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1993  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 284 aa  142  4e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5835  AraC family transcriptional regulator  37.13 
 
 		 276 aa  142  4e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.376008  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2365  AraC family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 257 aa  142  5e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.192445  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1773  AraC family transcriptional regulator  33.62 
 
 		 267 aa  142  5e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0125271 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2750  putative transcriptional regulator  35.89 
 
 		 254 aa  142  5e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2857  helix-turn-helix domain-containing protein  34.01 
 
 		 295 aa  142  7e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.611855  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1893  putative transcriptional regulator  32.08 
 
 		 258 aa  142  8e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000476135 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2874  helix-turn-helix domain-containing protein  33.2 
 
 		 305 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4421  putative HTH-type transcriptional regulator YeaM  34.5 
 
 		 278 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.755891  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4134  AraC family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 262 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.574832  normal  0.554852 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3003  AraC family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 256 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1594  AraC family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 287 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.0000369845  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2096  AraC family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 297 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000553056  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2679  AraC family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 268 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2532  AraC family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 287 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.867635  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2478  AraC family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 287 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000123953  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1369  AraC family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 287 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.000576535  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3217  AraC family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 287 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00000309187  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>