More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1993 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_1993  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 284 aa  584  1e-166  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1951  AraC family transcriptional regulator  80.92 
 
 		 274 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0409973  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2982  transcriptional regulator, AraC family  77.82 
 
 		 273 aa  414  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.184639  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1502  AraC family transcriptional regulator  64.11 
 
 		 267 aa  340  1e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.244306 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2252  transcriptional regulator, AraC family  62.8 
 
 		 264 aa  332  4e-90  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.476643  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2335  AraC family transcriptional regulator  61.66 
 
 		 278 aa  322  6e-87  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3244  AraC family transcriptional regulator  61.94 
 
 		 325 aa  320  9.999999999999999e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.515749  normal  0.506544 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4919  AraC family transcriptional regulator  61.94 
 
 		 325 aa  320  9.999999999999999e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6500  AraC family transcriptional regulator  61.94 
 
 		 294 aa  319  3.9999999999999996e-86  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.890756 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5836  transcriptional regulator, AraC family  61.26 
 
 		 274 aa  318  5e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.248139  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48390  AraC family transcriptional regulator  55.02 
 
 		 268 aa  295  4e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.112276 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4158  putative transcriptional regulator  53.82 
 
 		 295 aa  292  5e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.329209  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4313  transcriptional regulator, AraC family  51.36 
 
 		 264 aa  271  1e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3251  AraC family transcriptional regulator  49.19 
 
 		 273 aa  263  3e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.404361  normal  0.350151 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6507  AraC family transcriptional regulator  48.78 
 
 		 273 aa  262  4.999999999999999e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.181119  normal  0.195081 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1893  putative transcriptional regulator  47.6 
 
 		 258 aa  261  1e-68  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000476135 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4912  AraC family transcriptional regulator  48.78 
 
 		 273 aa  260  2e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1666  AraC family transcriptional regulator  48.62 
 
 		 263 aa  253  2.0000000000000002e-66  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1402  AraC family transcriptional regulator  47.51 
 
 		 269 aa  249  3e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.617226  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01759  predicted DNA-binding transcriptional regulator  47.89 
 
 		 273 aa  249  4e-65  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01747  hypothetical protein  47.89 
 
 		 273 aa  249  4e-65  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1843  AraC family transcriptional regulator  47.89 
 
 		 273 aa  249  4e-65  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.34721  normal  0.227218 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1853  transcriptional regulator, AraC family  47.51 
 
 		 272 aa  248  1e-64  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0722482  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1876  AraC family transcriptional regulator  47.13 
 
 		 273 aa  246  2e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2513  transcriptional regulator, AraC family  47.51 
 
 		 269 aa  244  9e-64  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.914553 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0415  transcriptional regulator, AraC family  43.8 
 
 		 269 aa  242  6e-63  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0820  AraC family transcriptional regulator  47.15 
 
 		 261 aa  241  1e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3418  AraC family transcriptional regulator  45.82 
 
 		 261 aa  239  2.9999999999999997e-62  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5425  transcriptional regulator, AraC family  50.43 
 
 		 292 aa  239  5e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3853  transcriptional regulator, AraC family protein  40.33 
 
 		 262 aa  229  3e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2200  AraC family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 280 aa  229  5e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.21456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3814  helix-turn-helix domain-containing protein  44.63 
 
 		 281 aa  228  1e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.777055 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4378  helix-turn-helix domain-containing protein  45.45 
 
 		 273 aa  226  3e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.735178  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3674  transcriptional regulator, AraC family  42.86 
 
 		 273 aa  225  5.0000000000000005e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.222565  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4421  putative HTH-type transcriptional regulator YeaM  43.87 
 
 		 278 aa  224  1e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.755891  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0596  AraC family transcriptional regulator  41.11 
 
 		 284 aa  223  3e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1909  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 263 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4278  AraC family transcriptional regulator  42.73 
 
 		 266 aa  217  2e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4116  AraC family transcriptional regulator  42.73 
 
 		 266 aa  217  2e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0885  transcriptional regulator, AraC family  43.65 
 
 		 267 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0430739 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0740  AraC family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 279 aa  207  1e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.218916  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2055  transcriptional regulator, AraC family  40.96 
 
 		 282 aa  207  2e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.727489  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5029  AraC family transcriptional regulator  41.59 
 
 		 268 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.31589  normal  0.688219 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3705  AraC family transcriptional regulator  41.15 
 
 		 266 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.14672  normal  0.18075 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2404  AraC family transcriptional regulator  41.59 
 
 		 266 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4658  AraC family transcriptional regulator  41.15 
 
 		 266 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3816  AraC family transcriptional regulator  41.15 
 
 		 266 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.123017  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0159  AraC family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 277 aa  188  8e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.512442 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0784  helix-turn-helix domain-containing protein  37.5 
 
 		 278 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.620589  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2365  AraC family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 257 aa  170  2e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.192445  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3330  AraC family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 257 aa  169  6e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.865476  normal  0.894904 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5182  AraC family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 241 aa  167  1e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1967  AraC family transcriptional regulator  36.94 
 
 		 257 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.397797  normal  0.0346972 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0991  AraC family transcriptional regulator  40.69 
 
 		 270 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0052  AraC family transcriptional regulator  36.65 
 
 		 275 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2490  AraC family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 247 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0235  AraC family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 263 aa  161  1e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3660  AraC family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 262 aa  161  1e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.812139  normal  0.771843 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4134  AraC family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 262 aa  160  2e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.574832  normal  0.554852 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2370  AraC family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 275 aa  160  3e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.737872 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48310  putative transcriptional regulator  34.94 
 
 		 260 aa  160  3e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.141935  normal  0.137096 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4289  AraC family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 277 aa  159  4e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.959419  normal  0.364848 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3190  AraC family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 277 aa  159  5e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4970  AraC family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 277 aa  159  5e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1773  AraC family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 267 aa  159  6e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0125271 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02220  Transcriptional regulator, AraC-family  34.25 
 
 		 296 aa  158  1e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0140  AraC family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 256 aa  157  2e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0022  AraC family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 272 aa  157  2e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2930  AraC family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 257 aa  157  3e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.954642  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3675  putative transcriptional regulator  37.22 
 
 		 260 aa  155  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.308069  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55730  AraC family transcriptional regulator  37.66 
 
 		 267 aa  154  1e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5828  AraC family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 257 aa  154  1e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.243558  normal  0.949965 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3166  AraC family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 254 aa  154  1e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3256  AraC family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 262 aa  154  2e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.673887  normal  0.287116 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1632  AraC family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 278 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.653877  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4887  AraC family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 278 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0694091  normal  0.145685 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4855  putative transcriptional regulator  35.83 
 
 		 264 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3128  AraC family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 261 aa  152  4e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.030776  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13060  putative transcriptional regulator  34.82 
 
 		 262 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1180  putative transcriptional regulator  34.82 
 
 		 262 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2424  AraC family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 287 aa  152  7e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.584107 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6281  AraC family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 266 aa  151  1e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0183081  normal  0.898598 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1548  AraC family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 266 aa  151  1e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.120016  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4128  AraC family transcriptional regulator  38.29 
 
 		 263 aa  151  1e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4238  AraC family transcriptional regulator  38.29 
 
 		 263 aa  151  1e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0843116 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3279  AraC family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 263 aa  151  1e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00644243  normal  0.0774858 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4106  AraC family transcriptional regulator  32 
 
 		 272 aa  150  2e-35  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.302836  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0696  AraC family transcriptional regulator  37 
 
 		 276 aa  150  3e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5835  AraC family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 276 aa  149  4e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.376008  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0649  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  34.51 
 
 		 267 aa  149  4e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.323434  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50040  transcriptional regulator  35.74 
 
 		 259 aa  149  4e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.101345  normal  0.0268029 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2631  AraC family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 291 aa  149  5e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.706027  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6884  AraC family transcriptional regulator  35.65 
 
 		 266 aa  149  5e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.269096  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4026  AraC family transcriptional regulator  33.63 
 
 		 267 aa  148  8e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4464  AraC family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 263 aa  148  8e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6773  AraC family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 266 aa  148  9e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2671  AraC family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 288 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3997  AraC family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 261 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.106241  normal  0.415557 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4057  AraC family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 303 aa  146  3e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.681219  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3576  AraC family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 322 aa  147  3e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0189219  normal  0.239168 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>