More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_6500 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008392  Bamb_6500  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 294 aa  601  1.0000000000000001e-171  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.890756 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3244  AraC family transcriptional regulator  95.22 
 
 		 325 aa  572  1.0000000000000001e-162  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.515749  normal  0.506544 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4919  AraC family transcriptional regulator  95.22 
 
 		 325 aa  572  1.0000000000000001e-162  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2252  transcriptional regulator, AraC family  72.03 
 
 		 264 aa  386  1e-106  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.476643  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1502  AraC family transcriptional regulator  65.6 
 
 		 267 aa  340  1e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.244306 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1951  AraC family transcriptional regulator  65.04 
 
 		 274 aa  334  1e-90  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0409973  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1993  AraC family transcriptional regulator  61.94 
 
 		 284 aa  319  3.9999999999999996e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2982  transcriptional regulator, AraC family  60.73 
 
 		 273 aa  314  9.999999999999999e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.184639  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2335  AraC family transcriptional regulator  62.25 
 
 		 278 aa  311  1e-83  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5836  transcriptional regulator, AraC family  62.5 
 
 		 274 aa  303  2.0000000000000002e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.248139  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4158  putative transcriptional regulator  55.1 
 
 		 295 aa  293  2e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.329209  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48390  AraC family transcriptional regulator  54.29 
 
 		 268 aa  290  1e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.112276 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1893  putative transcriptional regulator  54.44 
 
 		 258 aa  289  5.0000000000000004e-77  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000476135 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1666  AraC family transcriptional regulator  57.25 
 
 		 263 aa  285  5e-76  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4313  transcriptional regulator, AraC family  56.35 
 
 		 264 aa  285  5.999999999999999e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3251  AraC family transcriptional regulator  51.43 
 
 		 273 aa  275  9e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.404361  normal  0.350151 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3418  AraC family transcriptional regulator  50.79 
 
 		 261 aa  274  1.0000000000000001e-72  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6507  AraC family transcriptional regulator  51.02 
 
 		 273 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.181119  normal  0.195081 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4912  AraC family transcriptional regulator  51.02 
 
 		 273 aa  272  5.000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1402  AraC family transcriptional regulator  52.78 
 
 		 269 aa  256  3e-67  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.617226  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1876  AraC family transcriptional regulator  52.78 
 
 		 273 aa  255  7e-67  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01759  predicted DNA-binding transcriptional regulator  52.78 
 
 		 273 aa  254  9e-67  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01747  hypothetical protein  52.78 
 
 		 273 aa  254  9e-67  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1843  AraC family transcriptional regulator  52.78 
 
 		 273 aa  254  9e-67  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.34721  normal  0.227218 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1853  transcriptional regulator, AraC family  52.78 
 
 		 272 aa  253  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0722482  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2513  transcriptional regulator, AraC family  52.38 
 
 		 269 aa  251  1e-65  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.914553 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5425  transcriptional regulator, AraC family  48.57 
 
 		 292 aa  250  2e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0415  transcriptional regulator, AraC family  48.05 
 
 		 269 aa  244  1.9999999999999999e-63  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2200  AraC family transcriptional regulator  44.7 
 
 		 280 aa  242  3.9999999999999997e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.21456  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3674  transcriptional regulator, AraC family  46.01 
 
 		 273 aa  241  9e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.222565  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0820  AraC family transcriptional regulator  47.01 
 
 		 261 aa  240  2.9999999999999997e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1909  AraC family transcriptional regulator  43.53 
 
 		 263 aa  235  5.0000000000000005e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0740  AraC family transcriptional regulator  43.73 
 
 		 279 aa  233  4.0000000000000004e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.218916  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3853  transcriptional regulator, AraC family protein  46.05 
 
 		 262 aa  231  1e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0885  transcriptional regulator, AraC family  46.25 
 
 		 267 aa  229  3e-59  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0430739 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3814  helix-turn-helix domain-containing protein  43.73 
 
 		 281 aa  228  1e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.777055 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0596  AraC family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 284 aa  225  7e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4116  AraC family transcriptional regulator  45.98 
 
 		 266 aa  224  1e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4278  AraC family transcriptional regulator  45.98 
 
 		 266 aa  224  1e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4421  putative HTH-type transcriptional regulator YeaM  43.32 
 
 		 278 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.755891  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4378  helix-turn-helix domain-containing protein  42.25 
 
 		 273 aa  214  1.9999999999999998e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.735178  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2404  AraC family transcriptional regulator  40.15 
 
 		 266 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2055  transcriptional regulator, AraC family  40.08 
 
 		 282 aa  200  1.9999999999999998e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.727489  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3705  AraC family transcriptional regulator  39.54 
 
 		 266 aa  200  3e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.14672  normal  0.18075 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4658  AraC family transcriptional regulator  39.54 
 
 		 266 aa  200  3e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3816  AraC family transcriptional regulator  39.54 
 
 		 266 aa  200  3e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.123017  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5029  AraC family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 268 aa  193  3e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.31589  normal  0.688219 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0159  AraC family transcriptional regulator  39.92 
 
 		 277 aa  186  4e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.512442 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55730  AraC family transcriptional regulator  38.66 
 
 		 267 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5182  AraC family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 241 aa  163  4.0000000000000004e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4855  putative transcriptional regulator  37.9 
 
 		 264 aa  161  1e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5828  AraC family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 257 aa  161  1e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.243558  normal  0.949965 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2370  AraC family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 275 aa  160  2e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.737872 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0784  helix-turn-helix domain-containing protein  40.09 
 
 		 278 aa  157  1e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.620589  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6281  AraC family transcriptional regulator  40.87 
 
 		 266 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0183081  normal  0.898598 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6884  AraC family transcriptional regulator  40.87 
 
 		 266 aa  157  2e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.269096  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1548  AraC family transcriptional regulator  40.87 
 
 		 266 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.120016  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0140  AraC family transcriptional regulator  35.46 
 
 		 256 aa  155  7e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3256  AraC family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 262 aa  155  9e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.673887  normal  0.287116 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0052  AraC family transcriptional regulator  40.09 
 
 		 275 aa  155  1e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1448  AraC family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 257 aa  154  2e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6773  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 266 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0573  AraC family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 264 aa  153  4e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.361207  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3675  putative transcriptional regulator  35.09 
 
 		 260 aa  151  1e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.308069  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4464  AraC family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 263 aa  149  8e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1128  AraC family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 266 aa  148  9e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2365  AraC family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 257 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.192445  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0649  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  37.89 
 
 		 267 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.323434  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2490  AraC family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 247 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14480  putative transcriptional regulator  38.39 
 
 		 270 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3330  AraC family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 257 aa  147  3e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.865476  normal  0.894904 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0172  AraC family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 263 aa  147  3e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5145  transcriptional regulator, AraC family  37.61 
 
 		 248 aa  146  3e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0610  helix-turn-helix, AraC type  35.75 
 
 		 259 aa  146  5e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2424  AraC family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 287 aa  145  7.0000000000000006e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.584107 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4726  transcriptional regulator  35.32 
 
 		 262 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3337  AraC family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 257 aa  144  1e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0516036  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54010  transcriptional regulator  35.32 
 
 		 262 aa  144  1e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1967  AraC family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 257 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.397797  normal  0.0346972 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3166  AraC family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 254 aa  144  2e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1773  AraC family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 267 aa  143  3e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0125271 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2671  AraC family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 288 aa  144  3e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0022  AraC family transcriptional regulator  36.94 
 
 		 272 aa  144  3e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02220  Transcriptional regulator, AraC-family  33.33 
 
 		 296 aa  142  7e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0808  transcriptional regulator, AraC family  32.82 
 
 		 264 aa  142  8e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.274557 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3602  AraC family transcriptional regulator  31 
 
 		 268 aa  141  9.999999999999999e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.593194  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0991  AraC family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 270 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3150  AraC family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 262 aa  141  9.999999999999999e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4262  transcriptional regulator  36.59 
 
 		 259 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.141119  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3279  AraC family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 263 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00644243  normal  0.0774858 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3128  AraC family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 261 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.030776  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1602  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 265 aa  140  3e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.188856  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4970  AraC family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 277 aa  140  3e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3190  AraC family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 277 aa  140  3e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1462  AraC family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 247 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3997  AraC family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 261 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.106241  normal  0.415557 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3660  AraC family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 262 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.812139  normal  0.771843 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48310  putative transcriptional regulator  34.78 
 
 		 260 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.141935  normal  0.137096 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5835  AraC family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 276 aa  139  4.999999999999999e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.376008  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01153  transcriptional regulator  35.06 
 
 		 283 aa  139  4.999999999999999e-32  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.593212  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>