More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4313 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4313  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 264 aa  543  1e-153  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2252  transcriptional regulator, AraC family  56.32 
 
 		 264 aa  298  5e-80  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.476643  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4919  AraC family transcriptional regulator  57.74 
 
 		 325 aa  290  1e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3244  AraC family transcriptional regulator  57.74 
 
 		 325 aa  290  1e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.515749  normal  0.506544 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6500  AraC family transcriptional regulator  56.35 
 
 		 294 aa  285  5e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.890756 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1502  AraC family transcriptional regulator  54.84 
 
 		 267 aa  283  3.0000000000000004e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.244306 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1951  AraC family transcriptional regulator  54.96 
 
 		 274 aa  281  9e-75  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0409973  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1993  AraC family transcriptional regulator  51.36 
 
 		 284 aa  271  9e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1893  putative transcriptional regulator  49 
 
 		 258 aa  269  2.9999999999999997e-71  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000476135 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2982  transcriptional regulator, AraC family  51.98 
 
 		 273 aa  266  2e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.184639  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5836  transcriptional regulator, AraC family  53.72 
 
 		 274 aa  266  2e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.248139  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5425  transcriptional regulator, AraC family  53.53 
 
 		 292 aa  263  2e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2335  AraC family transcriptional regulator  52.59 
 
 		 278 aa  262  4e-69  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48390  AraC family transcriptional regulator  50.41 
 
 		 268 aa  261  6e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.112276 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4158  putative transcriptional regulator  50 
 
 		 295 aa  258  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.329209  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3251  AraC family transcriptional regulator  44.79 
 
 		 273 aa  248  8e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.404361  normal  0.350151 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6507  AraC family transcriptional regulator  44.23 
 
 		 273 aa  247  1e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.181119  normal  0.195081 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4912  AraC family transcriptional regulator  44.4 
 
 		 273 aa  244  9e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1666  AraC family transcriptional regulator  50.2 
 
 		 263 aa  243  3e-63  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3814  helix-turn-helix domain-containing protein  46.28 
 
 		 281 aa  240  2e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.777055 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0415  transcriptional regulator, AraC family  47.35 
 
 		 269 aa  239  2.9999999999999997e-62  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3418  AraC family transcriptional regulator  45.14 
 
 		 261 aa  238  8e-62  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0820  AraC family transcriptional regulator  47.28 
 
 		 261 aa  235  6e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0596  AraC family transcriptional regulator  42.53 
 
 		 284 aa  230  2e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4278  AraC family transcriptional regulator  45.22 
 
 		 266 aa  230  2e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4116  AraC family transcriptional regulator  45.22 
 
 		 266 aa  230  2e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2055  transcriptional regulator, AraC family  45.56 
 
 		 282 aa  230  2e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.727489  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3816  AraC family transcriptional regulator  44.8 
 
 		 266 aa  228  6e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.123017  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3705  AraC family transcriptional regulator  44.8 
 
 		 266 aa  228  6e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.14672  normal  0.18075 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4658  AraC family transcriptional regulator  44.8 
 
 		 266 aa  228  6e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2200  AraC family transcriptional regulator  44.58 
 
 		 280 aa  228  1e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.21456  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5029  AraC family transcriptional regulator  46.7 
 
 		 268 aa  224  1e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.31589  normal  0.688219 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3674  transcriptional regulator, AraC family  46.09 
 
 		 273 aa  224  1e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.222565  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2404  AraC family transcriptional regulator  44.49 
 
 		 266 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4421  putative HTH-type transcriptional regulator YeaM  45.68 
 
 		 278 aa  221  7e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.755891  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1402  AraC family transcriptional regulator  46.59 
 
 		 269 aa  221  9.999999999999999e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.617226  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1876  AraC family transcriptional regulator  46.59 
 
 		 273 aa  219  3e-56  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0885  transcriptional regulator, AraC family  48.47 
 
 		 267 aa  219  3e-56  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0430739 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01759  predicted DNA-binding transcriptional regulator  46.18 
 
 		 273 aa  219  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01747  hypothetical protein  46.18 
 
 		 273 aa  219  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1909  AraC family transcriptional regulator  42.15 
 
 		 263 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1843  AraC family transcriptional regulator  46.18 
 
 		 273 aa  219  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.34721  normal  0.227218 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1853  transcriptional regulator, AraC family  46.59 
 
 		 272 aa  219  5e-56  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0722482  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3853  transcriptional regulator, AraC family protein  41.53 
 
 		 262 aa  217  1e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0740  AraC family transcriptional regulator  44.35 
 
 		 279 aa  216  4e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.218916  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2513  transcriptional regulator, AraC family  46.18 
 
 		 269 aa  215  5.9999999999999996e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.914553 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4378  helix-turn-helix domain-containing protein  38.84 
 
 		 273 aa  194  1e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.735178  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0159  AraC family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 277 aa  181  2e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.512442 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0052  AraC family transcriptional regulator  40.08 
 
 		 275 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3734  AraC family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 255 aa  172  5e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.147962  normal  0.0342105 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5828  AraC family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 257 aa  172  5.999999999999999e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.243558  normal  0.949965 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5182  AraC family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 241 aa  171  1e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2365  AraC family transcriptional regulator  36.94 
 
 		 257 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.192445  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3330  AraC family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 257 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.865476  normal  0.894904 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1967  AraC family transcriptional regulator  36.32 
 
 		 257 aa  163  3e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.397797  normal  0.0346972 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0022  AraC family transcriptional regulator  37.6 
 
 		 272 aa  162  5.0000000000000005e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3166  AraC family transcriptional regulator  38.5 
 
 		 254 aa  161  1e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6281  AraC family transcriptional regulator  41.63 
 
 		 266 aa  159  4e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0183081  normal  0.898598 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1548  AraC family transcriptional regulator  41.63 
 
 		 266 aa  159  4e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.120016  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3576  AraC family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 322 aa  159  5e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0189219  normal  0.239168 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6773  AraC family transcriptional regulator  41.63 
 
 		 266 aa  159  5e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2370  AraC family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 275 aa  158  7e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.737872 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4057  AraC family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 303 aa  157  1e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.681219  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3256  AraC family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 262 aa  156  4e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.673887  normal  0.287116 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6884  AraC family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 266 aa  156  4e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.269096  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4726  transcriptional regulator  35.62 
 
 		 262 aa  154  1e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0784  helix-turn-helix domain-containing protein  36.08 
 
 		 278 aa  154  1e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.620589  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4970  AraC family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 277 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4289  AraC family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 277 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.959419  normal  0.364848 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3190  AraC family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 277 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14480  putative transcriptional regulator  38.57 
 
 		 270 aa  154  1e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0808  transcriptional regulator, AraC family  37.89 
 
 		 264 aa  154  2e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.274557 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2930  AraC family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 257 aa  153  2e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.954642  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2490  AraC family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 247 aa  154  2e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54010  transcriptional regulator  35.62 
 
 		 262 aa  154  2e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02220  Transcriptional regulator, AraC-family  35.1 
 
 		 296 aa  153  2.9999999999999998e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1861  AraC family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 283 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.301297 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0991  AraC family transcriptional regulator  37.99 
 
 		 270 aa  152  5e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3347  AraC family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 283 aa  152  8e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0937831  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4169  AraC family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 283 aa  151  8e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.961188  normal  0.0248126 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4197  AraC family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 259 aa  151  8.999999999999999e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.973971  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4834  AraC family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 262 aa  151  1e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3150  AraC family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 262 aa  151  1e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1632  AraC family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 278 aa  151  1e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.653877  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4464  AraC family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 263 aa  150  2e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0140  AraC family transcriptional regulator  34.96 
 
 		 256 aa  150  2e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3675  putative transcriptional regulator  36.32 
 
 		 260 aa  150  2e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.308069  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1448  AraC family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 257 aa  150  3e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2671  AraC family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 288 aa  150  3e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0719  AraC family transcriptional regulator  36 
 
 		 261 aa  149  3e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00523999 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2424  AraC family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 287 aa  149  4e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.584107 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1602  transcriptional regulator, AraC family  34.36 
 
 		 265 aa  149  4e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.188856  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3252  transcriptional regulator, AraC family  35.06 
 
 		 257 aa  149  5e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4887  AraC family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 278 aa  149  6e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0694091  normal  0.145685 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5835  AraC family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 276 aa  146  4.0000000000000006e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.376008  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2679  AraC family transcriptional regulator  36.69 
 
 		 268 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4106  AraC family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 272 aa  144  1e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.302836  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2339  transcriptional regulator, AraC family  35.22 
 
 		 270 aa  144  1e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4855  putative transcriptional regulator  35.86 
 
 		 264 aa  144  1e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0172  AraC family transcriptional regulator  34 
 
 		 263 aa  145  1e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>