More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1893 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1893  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 258 aa  532  1e-150  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000476135 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2252  transcriptional regulator, AraC family  55.38 
 
 		 264 aa  297  1e-79  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.476643  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3244  AraC family transcriptional regulator  55.65 
 
 		 325 aa  295  4e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.515749  normal  0.506544 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4919  AraC family transcriptional regulator  55.65 
 
 		 325 aa  295  4e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3418  AraC family transcriptional regulator  52.49 
 
 		 261 aa  292  4e-78  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6500  AraC family transcriptional regulator  54.44 
 
 		 294 aa  289  4e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.890756 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0820  AraC family transcriptional regulator  51.59 
 
 		 261 aa  276  2e-73  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1502  AraC family transcriptional regulator  52.21 
 
 		 267 aa  276  3e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.244306 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1951  AraC family transcriptional regulator  48.83 
 
 		 274 aa  271  6e-72  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0409973  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4313  transcriptional regulator, AraC family  49 
 
 		 264 aa  269  2.9999999999999997e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3251  AraC family transcriptional regulator  49.03 
 
 		 273 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.404361  normal  0.350151 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2982  transcriptional regulator, AraC family  47.86 
 
 		 273 aa  265  5e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.184639  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4158  putative transcriptional regulator  49.4 
 
 		 295 aa  265  5.999999999999999e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.329209  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48390  AraC family transcriptional regulator  50 
 
 		 268 aa  264  1e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.112276 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4912  AraC family transcriptional regulator  48.65 
 
 		 273 aa  263  2e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6507  AraC family transcriptional regulator  48.26 
 
 		 273 aa  263  2e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.181119  normal  0.195081 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1909  AraC family transcriptional regulator  50 
 
 		 263 aa  262  4e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3853  transcriptional regulator, AraC family protein  52.86 
 
 		 262 aa  262  4.999999999999999e-69  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1993  AraC family transcriptional regulator  47.6 
 
 		 284 aa  261  1e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2335  AraC family transcriptional regulator  49.03 
 
 		 278 aa  256  2e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5425  transcriptional regulator, AraC family  47.04 
 
 		 292 aa  253  3e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0415  transcriptional regulator, AraC family  45.91 
 
 		 269 aa  248  5e-65  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4378  helix-turn-helix domain-containing protein  46.25 
 
 		 273 aa  238  5.999999999999999e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.735178  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5836  transcriptional regulator, AraC family  47.39 
 
 		 274 aa  238  6.999999999999999e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.248139  normal  1 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4116  AraC family transcriptional regulator  46.93 
 
 		 266 aa  235  5.0000000000000005e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4278  AraC family transcriptional regulator  46.93 
 
 		 266 aa  235  5.0000000000000005e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1666  AraC family transcriptional regulator  47.77 
 
 		 263 aa  234  1.0000000000000001e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3814  helix-turn-helix domain-containing protein  42.97 
 
 		 281 aa  232  5e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.777055 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1876  AraC family transcriptional regulator  48.22 
 
 		 273 aa  229  4e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1402  AraC family transcriptional regulator  48.22 
 
 		 269 aa  229  5e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.617226  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1853  transcriptional regulator, AraC family  48.22 
 
 		 272 aa  228  6e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0722482  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01759  predicted DNA-binding transcriptional regulator  48.22 
 
 		 273 aa  228  1e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1843  AraC family transcriptional regulator  48.22 
 
 		 273 aa  228  1e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.34721  normal  0.227218 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01747  hypothetical protein  48.22 
 
 		 273 aa  228  1e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0596  AraC family transcriptional regulator  40.08 
 
 		 284 aa  224  1e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2513  transcriptional regulator, AraC family  47.83 
 
 		 269 aa  223  2e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.914553 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3674  transcriptional regulator, AraC family  44.1 
 
 		 273 aa  222  4.9999999999999996e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.222565  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2200  AraC family transcriptional regulator  42.17 
 
 		 280 aa  222  4.9999999999999996e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.21456  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0885  transcriptional regulator, AraC family  46.72 
 
 		 267 aa  216  4e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0430739 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2055  transcriptional regulator, AraC family  40.16 
 
 		 282 aa  215  5.9999999999999996e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.727489  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0740  AraC family transcriptional regulator  43.23 
 
 		 279 aa  215  5.9999999999999996e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.218916  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4421  putative HTH-type transcriptional regulator YeaM  43.67 
 
 		 278 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.755891  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5029  AraC family transcriptional regulator  42.13 
 
 		 268 aa  208  6e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.31589  normal  0.688219 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2404  AraC family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 266 aa  207  1e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3705  AraC family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 266 aa  206  2e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.14672  normal  0.18075 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3816  AraC family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 266 aa  206  2e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.123017  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4658  AraC family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 266 aa  206  2e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0159  AraC family transcriptional regulator  37.3 
 
 		 277 aa  174  9.999999999999999e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.512442 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0784  helix-turn-helix domain-containing protein  39.19 
 
 		 278 aa  168  7e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.620589  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0140  AraC family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 256 aa  167  1e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3734  AraC family transcriptional regulator  36.78 
 
 		 255 aa  165  6.9999999999999995e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.147962  normal  0.0342105 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3256  AraC family transcriptional regulator  38.12 
 
 		 262 aa  165  8e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.673887  normal  0.287116 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3576  AraC family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 322 aa  164  9e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0189219  normal  0.239168 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2370  AraC family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 275 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.737872 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4057  AraC family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 303 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.681219  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5828  AraC family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 257 aa  163  2.0000000000000002e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.243558  normal  0.949965 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1548  AraC family transcriptional regulator  40.72 
 
 		 266 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.120016  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6281  AraC family transcriptional regulator  40.72 
 
 		 266 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0183081  normal  0.898598 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5182  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 241 aa  162  6e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6773  AraC family transcriptional regulator  39.82 
 
 		 266 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0052  AraC family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 275 aa  159  4e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3347  AraC family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 283 aa  159  4e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0937831  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4197  AraC family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 259 aa  159  4e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.973971  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4169  AraC family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 283 aa  159  4e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.961188  normal  0.0248126 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1861  AraC family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 283 aa  159  5e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.301297 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3330  AraC family transcriptional regulator  35.75 
 
 		 257 aa  157  1e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.865476  normal  0.894904 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6884  AraC family transcriptional regulator  39.37 
 
 		 266 aa  157  1e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.269096  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2424  AraC family transcriptional regulator  35.24 
 
 		 287 aa  157  2e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.584107 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2365  AraC family transcriptional regulator  35.75 
 
 		 257 aa  156  3e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.192445  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0808  transcriptional regulator, AraC family  32.94 
 
 		 264 aa  156  4e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.274557 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2671  AraC family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 288 aa  154  1e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0719  AraC family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 261 aa  154  1e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00523999 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0573  AraC family transcriptional regulator  36.65 
 
 		 264 aa  154  2e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.361207  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1967  AraC family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 257 aa  153  2e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.397797  normal  0.0346972 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4301  AraC family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 255 aa  152  4e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50040  transcriptional regulator  34.26 
 
 		 259 aa  152  4e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.101345  normal  0.0268029 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4464  AraC family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 263 aa  152  7e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0022  AraC family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 272 aa  151  1e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4262  transcriptional regulator  34.29 
 
 		 259 aa  150  1e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.141119  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4855  putative transcriptional regulator  33.76 
 
 		 264 aa  150  2e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55730  AraC family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 267 aa  150  3e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02220  Transcriptional regulator, AraC-family  33.2 
 
 		 296 aa  149  4e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3166  AraC family transcriptional regulator  35.24 
 
 		 254 aa  149  6e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3602  AraC family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 268 aa  147  1.0000000000000001e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.593194  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1654  transcriptional regulator, AraC family  36.12 
 
 		 255 aa  147  2.0000000000000003e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0592453  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1308  AraC family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 261 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.998927 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3675  putative transcriptional regulator  33.06 
 
 		 260 aa  146  3e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.308069  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4106  AraC family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 272 aa  145  5e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.302836  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1632  AraC family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 278 aa  145  5e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.653877  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2631  AraC family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 291 aa  145  7.0000000000000006e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.706027  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3252  transcriptional regulator, AraC family  31.73 
 
 		 257 aa  145  7.0000000000000006e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1448  AraC family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 257 aa  145  7.0000000000000006e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48310  putative transcriptional regulator  33.48 
 
 		 260 aa  144  9e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.141935  normal  0.137096 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4726  transcriptional regulator  32.59 
 
 		 262 aa  144  1e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54010  transcriptional regulator  31.39 
 
 		 262 aa  144  1e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4887  AraC family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 278 aa  144  2e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0694091  normal  0.145685 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0991  AraC family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 270 aa  144  2e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3150  AraC family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 262 aa  143  3e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4289  AraC family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 277 aa  142  7e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.959419  normal  0.364848 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4553  AraC family transcriptional regulator  33.63 
 
 		 265 aa  142  8e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.340606  normal  0.506644 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>