More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3330 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_3330  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 257 aa  530  1e-149  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.865476  normal  0.894904 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2365  AraC family transcriptional regulator  98.44 
 
 		 257 aa  523  1e-147  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.192445  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1967  AraC family transcriptional regulator  95.72 
 
 		 257 aa  510  1e-144  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.397797  normal  0.0346972 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0022  AraC family transcriptional regulator  52.57 
 
 		 272 aa  268  8.999999999999999e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0052  AraC family transcriptional regulator  54.03 
 
 		 275 aa  255  4e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1602  transcriptional regulator, AraC family  51.46 
 
 		 265 aa  254  7e-67  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.188856  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5828  AraC family transcriptional regulator  51.57 
 
 		 257 aa  228  5e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.243558  normal  0.949965 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5182  AraC family transcriptional regulator  42.98 
 
 		 241 aa  203  3e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4289  AraC family transcriptional regulator  42.98 
 
 		 277 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.959419  normal  0.364848 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3190  AraC family transcriptional regulator  42.98 
 
 		 277 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4970  AraC family transcriptional regulator  42.98 
 
 		 277 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6281  AraC family transcriptional regulator  47.9 
 
 		 266 aa  198  7.999999999999999e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0183081  normal  0.898598 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1548  AraC family transcriptional regulator  47.9 
 
 		 266 aa  198  7.999999999999999e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.120016  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6884  AraC family transcriptional regulator  47.48 
 
 		 266 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.269096  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6773  AraC family transcriptional regulator  47.48 
 
 		 266 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0140  AraC family transcriptional regulator  41.32 
 
 		 256 aa  195  7e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2930  AraC family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 257 aa  193  3e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.954642  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48310  putative transcriptional regulator  41.08 
 
 		 260 aa  190  2e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.141935  normal  0.137096 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2490  AraC family transcriptional regulator  43.39 
 
 		 247 aa  188  8e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0784  helix-turn-helix domain-containing protein  42.15 
 
 		 278 aa  188  9e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.620589  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3097  AraC family transcriptional regulator  40.95 
 
 		 270 aa  186  3e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.413253 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3166  AraC family transcriptional regulator  39.91 
 
 		 254 aa  184  1.0000000000000001e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2711  AraC family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 262 aa  182  4.0000000000000006e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000615291 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2982  transcriptional regulator, AraC family  40.09 
 
 		 273 aa  182  4.0000000000000006e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.184639  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4834  AraC family transcriptional regulator  38.37 
 
 		 262 aa  181  1e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2370  AraC family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 275 aa  180  2e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.737872 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3734  AraC family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 255 aa  179  4e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.147962  normal  0.0342105 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2200  AraC family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 280 aa  178  7e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.21456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4464  AraC family transcriptional regulator  40.81 
 
 		 263 aa  178  7e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3256  AraC family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 262 aa  177  1e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.673887  normal  0.287116 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54010  transcriptional regulator  35.92 
 
 		 262 aa  177  1e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14480  putative transcriptional regulator  40.17 
 
 		 270 aa  177  2e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02220  Transcriptional regulator, AraC-family  37.5 
 
 		 296 aa  176  3e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4726  transcriptional regulator  35.51 
 
 		 262 aa  176  4e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0159  AraC family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 277 aa  175  7e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.512442 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13060  putative transcriptional regulator  38.72 
 
 		 262 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4421  putative HTH-type transcriptional regulator YeaM  37.99 
 
 		 278 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.755891  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0719  AraC family transcriptional regulator  38.15 
 
 		 261 aa  174  1.9999999999999998e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00523999 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1180  putative transcriptional regulator  38.72 
 
 		 262 aa  172  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5292  AraC family transcriptional regulator  40.73 
 
 		 310 aa  172  5e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5145  transcriptional regulator, AraC family  40.54 
 
 		 248 aa  172  5.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0650  AraC family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 279 aa  171  1e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.687755  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0172  AraC family transcriptional regulator  39.48 
 
 		 263 aa  169  3e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2631  AraC family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 291 aa  170  3e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.706027  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0243  putative transcriptional regulator  36.25 
 
 		 265 aa  169  4e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1993  AraC family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 284 aa  169  5e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02030  AraC family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 265 aa  169  5e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.389083 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1876  AraC family transcriptional regulator  40.17 
 
 		 253 aa  168  6e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.974841  normal  0.0151551 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0649  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  37.39 
 
 		 267 aa  167  1e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.323434  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2671  AraC family transcriptional regulator  36.48 
 
 		 288 aa  167  1e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4887  AraC family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 278 aa  167  2e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0694091  normal  0.145685 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1951  AraC family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 274 aa  166  2.9999999999999998e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0409973  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2259  AraC family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 271 aa  166  4e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0423097  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2424  AraC family transcriptional regulator  38.2 
 
 		 287 aa  165  8e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.584107 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0475  AraC family transcriptional regulator  37.18 
 
 		 271 aa  164  1.0000000000000001e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0515677  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4313  transcriptional regulator, AraC family  36.77 
 
 		 264 aa  164  1.0000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1632  AraC family transcriptional regulator  35.68 
 
 		 278 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.653877  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3576  AraC family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 322 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0189219  normal  0.239168 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1502  AraC family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 267 aa  163  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.244306 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2252  transcriptional regulator, AraC family  35.71 
 
 		 264 aa  163  2.0000000000000002e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.476643  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3251  AraC family transcriptional regulator  36.65 
 
 		 273 aa  163  3e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.404361  normal  0.350151 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1654  transcriptional regulator, AraC family  38.46 
 
 		 255 aa  163  3e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0592453  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6507  AraC family transcriptional regulator  36.2 
 
 		 273 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.181119  normal  0.195081 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4057  AraC family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 303 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.681219  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0596  AraC family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 284 aa  162  5.0000000000000005e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5716  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 285 aa  161  8.000000000000001e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.205456 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2116  AraC family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 244 aa  161  9e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3674  transcriptional regulator, AraC family  35.56 
 
 		 273 aa  160  1e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.222565  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2825  AraC family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 267 aa  161  1e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.254637 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4912  AraC family transcriptional regulator  36.2 
 
 		 273 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1462  AraC family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 247 aa  160  3e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3814  helix-turn-helix domain-containing protein  35.29 
 
 		 281 aa  160  3e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.777055 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3347  AraC family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 283 aa  159  4e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0937831  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0991  AraC family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 270 aa  159  5e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4169  AraC family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 283 aa  159  5e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.961188  normal  0.0248126 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4197  AraC family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 259 aa  159  5e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.973971  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1886  AraC family transcriptional regulator  37.77 
 
 		 273 aa  158  6e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1291  transcriptional regulator, AraC family  38.2 
 
 		 268 aa  158  7e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1594  AraC family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 287 aa  158  8e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.0000369845  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1369  AraC family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 287 aa  158  8e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.000576535  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2478  AraC family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 287 aa  158  8e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000123953  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3217  AraC family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 287 aa  158  8e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00000309187  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2532  AraC family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 287 aa  158  8e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.867635  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3252  transcriptional regulator, AraC family  33.6 
 
 		 257 aa  158  9e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2096  AraC family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 297 aa  158  9e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000553056  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1893  putative transcriptional regulator  35.75 
 
 		 258 aa  157  1e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000476135 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3062  transcription regulator protein  38.74 
 
 		 268 aa  157  2e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.413653  normal  0.153433 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3150  AraC family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 262 aa  157  2e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0583  AraC family transcriptional regulator  38.29 
 
 		 259 aa  156  3e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.559328 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5029  AraC family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 268 aa  156  3e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.31589  normal  0.688219 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1479  transcriptional regulator, AraC family  38.77 
 
 		 263 aa  156  3e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2055  transcriptional regulator, AraC family  34.35 
 
 		 282 aa  155  4e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.727489  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2404  AraC family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 266 aa  155  4e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0622  helix-turn-helix domain-containing protein  37.84 
 
 		 259 aa  155  4e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4366  AraC family transcriptional regulator  38.29 
 
 		 262 aa  155  4e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.177468  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2493  transcriptional regulator, AraC family  35.32 
 
 		 299 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000346931  normal  0.0115142 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2619  AraC family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 450 aa  155  6e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0177667  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1773  AraC family transcriptional regulator  38.12 
 
 		 267 aa  155  6e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0125271 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2335  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 278 aa  155  6e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0283  transcriptional regulator, AraC family  37.87 
 
 		 246 aa  155  6e-37  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>