More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0583 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0583  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 259 aa  529  1e-149  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.559328 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0622  helix-turn-helix domain-containing protein  98.84 
 
 		 259 aa  526  1e-148  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0628  AraC family transcriptional regulator  98.07 
 
 		 259 aa  520  1e-147  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.458217  hitchhiker  0.000431435 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4581  AraC family transcriptional regulator  91.12 
 
 		 259 aa  462  1e-129  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0126281 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0649  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  76.4 
 
 		 267 aa  383  1e-105  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.323434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0243  putative transcriptional regulator  70.88 
 
 		 265 aa  366  1e-100  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02030  AraC family transcriptional regulator  70.88 
 
 		 265 aa  367  1e-100  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.389083 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0808  transcriptional regulator, AraC family  57.65 
 
 		 264 aa  276  3e-73  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.274557 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4464  AraC family transcriptional regulator  56 
 
 		 263 aa  269  4e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3256  AraC family transcriptional regulator  52.11 
 
 		 262 aa  257  2e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.673887  normal  0.287116 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3675  putative transcriptional regulator  43.53 
 
 		 260 aa  191  8e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.308069  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3397  AraC family transcriptional regulator  40.23 
 
 		 272 aa  186  3e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5230  AraC family transcriptional regulator  40.23 
 
 		 272 aa  186  3e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.957838  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2721  AraC family transcriptional regulator  39.61 
 
 		 272 aa  186  4e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4073  AraC family transcriptional regulator  40.23 
 
 		 272 aa  186  4e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3448  AraC family transcriptional regulator  39.84 
 
 		 272 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.940044  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2766  transcriptional regulator, AraC family  37.4 
 
 		 265 aa  179  2.9999999999999997e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43820  putative transcriptional regulator  43.14 
 
 		 260 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3190  AraC family transcriptional regulator  42.08 
 
 		 277 aa  178  8e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4289  AraC family transcriptional regulator  42.08 
 
 		 277 aa  178  8e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.959419  normal  0.364848 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4970  AraC family transcriptional regulator  42.08 
 
 		 277 aa  178  8e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1171  AraC family transcriptional regulator  40.49 
 
 		 268 aa  177  2e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0384814  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2930  AraC family transcriptional regulator  40.49 
 
 		 257 aa  176  4e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.954642  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2490  AraC family transcriptional regulator  45 
 
 		 247 aa  176  5e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5145  transcriptional regulator, AraC family  41.52 
 
 		 248 aa  175  5e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5828  AraC family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 257 aa  172  3.9999999999999995e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.243558  normal  0.949965 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0052  AraC family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 275 aa  172  6.999999999999999e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5182  AraC family transcriptional regulator  38.2 
 
 		 241 aa  168  1e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48310  putative transcriptional regulator  42.62 
 
 		 260 aa  167  1e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.141935  normal  0.137096 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1235  transcriptional regulator, AraC family  34.31 
 
 		 282 aa  165  8e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.593995  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1991  AraC family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 287 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00000491634  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1602  transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 		 265 aa  164  2.0000000000000002e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.188856  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0283  transcriptional regulator, AraC family  40.49 
 
 		 246 aa  162  3e-39  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3330  AraC family transcriptional regulator  38.29 
 
 		 257 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.865476  normal  0.894904 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3387  AraC/XylS family transcriptional regulator  36.29 
 
 		 277 aa  162  7e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0140  AraC family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 256 aa  162  7e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1967  AraC family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 257 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.397797  normal  0.0346972 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2874  helix-turn-helix domain-containing protein  37.89 
 
 		 305 aa  160  2e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0409  AraC family transcriptional regulator  37.9 
 
 		 273 aa  160  2e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.934009  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0022  AraC family transcriptional regulator  38.66 
 
 		 272 aa  160  2e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2857  helix-turn-helix domain-containing protein  37.44 
 
 		 295 aa  159  4e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.611855  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2365  AraC family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 257 aa  159  6e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.192445  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4057  AraC family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 303 aa  158  7e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.681219  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1861  AraC family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 283 aa  158  8e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.301297 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1222  AraC family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 292 aa  158  9e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0178453  normal  0.17813 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7867  transcriptional regulator, AraC family  39.33 
 
 		 267 aa  158  9e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3997  AraC family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 261 aa  157  1e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.106241  normal  0.415557 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1502  transcriptional regulator, AraC family  37.83 
 
 		 295 aa  158  1e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0346176  normal  0.551578 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1956  AraC family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 293 aa  158  1e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00233066  normal  0.263741 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2086  AraC family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 293 aa  158  1e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000391503  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1594  AraC family transcriptional regulator  36.44 
 
 		 287 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.0000369845  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1644  AraC family transcriptional regulator  36.29 
 
 		 333 aa  157  2e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000273212  normal  0.0582405 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3217  AraC family transcriptional regulator  36.44 
 
 		 287 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00000309187  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1369  AraC family transcriptional regulator  36.44 
 
 		 287 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.000576535  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2096  AraC family transcriptional regulator  36.44 
 
 		 297 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000553056  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3576  AraC family transcriptional regulator  35.39 
 
 		 322 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0189219  normal  0.239168 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2532  AraC family transcriptional regulator  36.44 
 
 		 287 aa  157  2e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.867635  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2478  AraC family transcriptional regulator  36.44 
 
 		 287 aa  157  2e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000123953  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2493  transcriptional regulator, AraC family  36.29 
 
 		 299 aa  156  3e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000346931  normal  0.0115142 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6023  AraC family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 293 aa  156  4e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0029418  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2073  AraC family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 293 aa  156  4e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000233142  normal  0.314085 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2054  AraC family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 293 aa  156  4e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000130101  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31220  transcriptional regulator containing an amidase domain and an AraC-type DNA-binding HTH domain  38.79 
 
 		 261 aa  155  5.0000000000000005e-37  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5363  AraC family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 311 aa  155  6e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000169612  normal  0.258501 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2982  transcriptional regulator, AraC family  35.77 
 
 		 273 aa  155  6e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.184639  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3003  AraC family transcriptional regulator  37 
 
 		 256 aa  155  6e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4458  AraC family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 249 aa  155  6e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4421  putative HTH-type transcriptional regulator YeaM  35.29 
 
 		 278 aa  155  7e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.755891  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3347  AraC family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 283 aa  155  7e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0937831  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4197  AraC family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 259 aa  155  7e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.973971  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4169  AraC family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 283 aa  155  8e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.961188  normal  0.0248126 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2619  AraC family transcriptional regulator  36.02 
 
 		 450 aa  154  1e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0177667  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1180  putative transcriptional regulator  37.7 
 
 		 262 aa  154  1e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2538  AraC family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 258 aa  154  1e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0573  AraC family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 264 aa  153  2e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.361207  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1849  transcriptional regulator, AraC family  34.55 
 
 		 280 aa  153  2.9999999999999998e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.976253  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2259  AraC family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 271 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0423097  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0172  AraC family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 263 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4855  putative transcriptional regulator  34 
 
 		 264 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3150  AraC family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 262 aa  152  5e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13060  putative transcriptional regulator  37.39 
 
 		 262 aa  152  5e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3062  transcription regulator protein  36.99 
 
 		 268 aa  152  5.9999999999999996e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.413653  normal  0.153433 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1502  AraC family transcriptional regulator  37.27 
 
 		 267 aa  152  7e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.244306 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2631  AraC family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 291 aa  151  1e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.706027  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4726  transcriptional regulator  35.2 
 
 		 262 aa  150  2e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1876  AraC family transcriptional regulator  41.35 
 
 		 253 aa  150  2e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.974841  normal  0.0151551 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3705  AraC family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 266 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.14672  normal  0.18075 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6884  AraC family transcriptional regulator  40.33 
 
 		 266 aa  150  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.269096  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2404  AraC family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 266 aa  150  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3341  transcriptional regulator, AraC family  36.69 
 
 		 265 aa  150  2e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.811719 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2370  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 275 aa  150  2e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.737872 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4658  AraC family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 266 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3816  AraC family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 266 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.123017  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3734  AraC family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 255 aa  149  3e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.147962  normal  0.0342105 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54010  transcriptional regulator  35.2 
 
 		 262 aa  150  3e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2825  AraC family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 267 aa  149  5e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.254637 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2994  transcriptional regulator, AraC family  36.29 
 
 		 265 aa  149  5e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2116  AraC family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 244 aa  149  6e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0784  helix-turn-helix domain-containing protein  37.29 
 
 		 278 aa  149  6e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.620589  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1892  transcriptional regulator, AraC family  37.19 
 
 		 286 aa  148  7e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>